Exploring high-risk neuroblastoma by sequencing technology
Prosjekt
- Prosjektnummer
- 2015050
- Ansvarlig person
- Lars O. Baumbusch
- Institusjon
- Oslo universitetssykehus HF
- Prosjektkategori
- Doktorgradsstipend
- Helsekategori
- Cancer
- Forskningsaktivitet
- 4. Detection and Diagnosis
Rapporter
Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling og økt kunnskap om de molekylære mekanismene er barnekreft fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år. De finnes fremdeles noen grupper av barnekreft som skiller seg ut med kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger.
Neuroblastom (NBL) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. Høy- og lavrisiko tumores kjennetegnes ved en rekke genetiske forandringer som er assosiert med klinisk forløp og overlevelse. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi. Likevel vil størstedelen av pasientene med høy risiko NBL får tilbakefall. For denne pasientgruppen kunne bedre innsikt i de molekylære mekanismene i utvikling av den aggressive formen av NBL føre til ytterligere risikostratifisering og mer målrettet behandling i fremtiden.
I dette prosjektet studerer vi de molekylære mekanismene i utviklingen av aggressive neuroblastomer. Ved å anvende både mikromatrise baserte analyser og sekvensering kartlegger vi den molekylærgenetiske bakgrunnen av primærtumor og mikrometastaser. Vi har gjennomført eksom-sekvensering, kopitallsanalyse (CGH) og målrettet sekvensering av en panel av kjente kreftgener av sirka 30 NB pasienter i både primærtumor og i noen enkeltceller i metastaser i benmarg. Vi har analysert data fra disse studier ved å anvende forskjellige avanserte bioinformatiske metoder. Kjente og nye mutasjoner er identifisert og relateres til tidligere publiserte funn og kliniske karakteristika. Komparative analyser i de pågående prosjekter vil fremme bedre forståelse av NBL, ny innsikt i de metastatiske prosesser og forhåpentlig føre til ny viten om barnekreft.
Vi holder fremdeles på med de neste manuskripter om kopitallsanalyse og målrettet sekvensering av enkeltceller i metastaser i benmarg og primærtumoren.
NO
Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling og økt kunnskap om de molekylære mekanismene er barnekreft fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år. De finnes fremdeles noen grupper av barnekreft som skiller seg ut med kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger.
Neuroblastom (NBL) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. Høy- og lavrisiko tumores kjennetegnes ved en rekke genetiske forandringer som er assosiert med klinisk forløp og overlevelse. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi. Likevel vil størstedelen av pasientene med høy risiko NBL får tilbakefall. For denne pasientgruppen kunne bedre innsikt i de molekylære mekanismene i utvikling av den aggressive formen av NBL føre til ytterligere risikostratifisering og mer målrettet behandling i fremtiden.
I dette prosjektet studerer vi de molekylære mekanismene i utviklingen av aggressive neuroblastomer. Ved å anvende både mikromatrise baserte analyser og sekvensering kartlegger vi den molekylærgenetiske bakgrunnen av primærtumor og mikrometastaser. Vi har gjennomført eksom-sekvensering, kopitallsanalyse (CGH) og målrettet sekvensering av en panel av kjente kreftgener av sirka 30 NB pasienter i både primærtumor og i noen enkeltceller i metastaser i benmarg. Vi har analysert data fra disse studier ved å anvende forskjellige avanserte bioinformatiske metoder. Kjente og nye mutasjoner er identifisert og relateres til tidligere publiserte funn og kliniske karakteristika. Komparative analyser i de pågående prosjekter vil fremme bedre forståelse av NBL, ny innsikt i de metastatiske prosesser og forhåpentlig føre til ny viten om barnekreft.
Vi har publisert resultater fra eksom-sekvenseringen og vi holder på med de neste manuskripter om kopitallsanalyse og målrettet sekvensering av enkeltceller i metastaser i benmarg og primærtumoren.
NO
Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling og økt kunnskap om de molekylære mekanismene er barnekreft fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år. De finnes fremdeles noen grupper av barnekreft som skiller seg ut med kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger.
Neuroblastom (NBL) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. Høy- og lavrisiko tumores kjennetegnes ved en rekke genetiske forandringer som er assosiert med klinisk forløp og overlevelse. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi. Likevel vil størstedelen av pasientene med høy risiko NBL får tilbakefall. For denne pasientgruppen kunne bedre innsikt i de molekylære mekanismene i utvikling av den aggressive formen av NBL føre til ytterligere risikostratifisering og mer målrettet behandling i fremtiden.
I dette prosjektet studerer vi de molekylære mekanismene i utviklingen av aggressive neuroblastomer. Ved å anvende både mikromatrise baserte analyser og sekvensering kartlegger vi den molekylærgenetiske bakgrunnen av primærtumor og mikrometastaser. Vi har gjennomført eksom-sekvensering, kopitallsanalyse (CGH) og målrettet sekvensering av en panel av kjente kreftgener av sirka 30 NB pasienter i både primærtumor og i noen enkeltceller i metastaser i benmarg. Vi har analysert data fra disse studier ved å anvende forskjellige avanserte bioinformatiske metoder. Kjente og nye mutasjoner er identifisert og relateres til tidligere publiserte funn og kliniske karakteristika. Akkurat nå holder vi på med å publisere våre resultater i internasjonale tidskrifter. Komparative analyser i de pågående prosjekter vil fremme bedre forståelse av NBL, ny innsikt i de metastatiske prosesser og forhåpentlig føre til ny viten om barnekreft.
NO
Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling og økt kunnskap om de molekylære mekanismene er barnekreft fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år. De finnes fremdeles noen grupper av barnekreft som skiller seg ut med kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger: Neuroblastom (NBL) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi. Likevel vil størstedelen av pasientene med høy risiko NBL får tilbakefall. For denne pasientgruppen kunne bedre innsikt i de molekylære mekanismene i utvikling av den aggressive formen av NBL føre til mer målrettet behandling i fremtiden.
Vi har gjennomført eksom-sekvensering, kopitallsanalyse (CGH) og målrettet sekvensering av en panel av kjente kreftgener av sirka 30 NB pasienter i både primærtumor og i noen enkeltceller i metastaser i benmarg. Vi holder på med å analysere data fra disse mikromatrise- og sekvensering-baserte data ved å anvende forskjellige avanserte bioinformatiske metoder. Ved å anvende både kopitall- og sekvenseringanalyser ønsker vi å kartlegge den molekylærgenetiske heterogeniteten av primærtumor og metastaser og for å fremme ny kunnskap om den metastatiske prosessen. Komparative analyser i de pågående prosjekter vil fremme bedre forståelse av NBL og forhåpentlig føre til ny viten om barnekreft.
NO
Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling og økt kunnskap om de molekylære mekanismene er barnekreft fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år. De finnes fremdeles noen grupper av barnekreft som skiller seg ut med kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger: Neuroblastom (NB) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi. Likevel vil størstedelen av pasientene med høy risiko neuroblastom får tilbakefall. For denne pasientgruppen kunne bedre innsikt i de molekylære mekanismene i utvikling av den aggressive formen av NB føre til mer målrettet behandling i fremtiden.
Vi har gjennomført eksom-sekvensering, kopitallsanalyse (CGH) og målrettet sekvensering av en panel av kjente kreftgener av sirka 30 NB pasienter. Vi har etablert metoder for å studere enkeltceller i både primærtumor og i metastaser i benmarg. Analysering av data fra disse mikromatrise-baserte og sekvensering analyser er pågående og vil føre til kartlegging av
den molekylærgenetiske heterogeniteten av primærtumor og metastaser for å fremme ny innsikt om den metastatiske prosessen. Denne komparative analysen for de pågående prosjekter vil føre til bedre forståelse av NB og forhåpentlig føre til bedre behandling for denne barnekreftsykdommen i fremtiden.
Nei
Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Barnekreft er fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år til tross for betydelig forbedret behandling og økt kunnskap om de molekylære mekanismer. Det finnes fortsatt grupper av barnekreft med kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange seneffekter av behandlingen.Siden barnekreft skiller seg fra kreft hos voksne både biologisk, behandlingsmessig og prognostisk, er det behov for dedikerte prosjekter med fokus på barnekreftsekvensering. Det vil føre til økt forståelse av årsaker og forløp av barnekreft og hjelpe til å oppnå en mer målrettet strategi for kreftbehandling i nær fremtid.
Neuroblastom (NB) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. Høyrisiko neuroblastomer metastaserer ofte til benmargen, regionale lymfeknuter ben-/bløtvev og organer som lever og hjerne. Høy- og lavrisiko tumores kjennetegnes ved en rekke genetiske forandringer som er assosiert med klinisk forløp og overlevelse. Barn diagnostisert med høy risiko neuroblastom er derfor en gruppe hvor utvidet genetisk sekvensering vil være relevant for ytterligere risikostratifisering og identifikasjon av biomarkører med tanke på målrettet behandling. Ved å studerer de molekylære mekanismene i utvikling av NB vil vi oppnå en større innsikt i utviklingen av aggressiv sykdom.
I dette prosjektet studerer vi de molekylære mekanismene i utviklingen av aggressive neuroblastomer. Ved å anvende både mikromatrise baserte analyser og sekvensering av enkeltceller kartlegger vi den molekylærgenetiske bakgrunnen av primærtumor og mikrometastaser. I en kohort av over 20 NB pasienter har vi utført eksom-sekvensering, kopitallsanalyse (CGH) og dypsekvensering av enkeltgener, både med tanke på mutasjoner i DNA og RNA. Sekvenseringsdataene ble analysert ved hjelp av etablerte bioinformatiske analyseverktøy. Kjente og nye mutasjoner er identifisert og vil relateres til tidligere publiserte funn og kliniske karakteristika. Basert på egne tidligere studier har vi utviklet og etablert metoder for å studere enkeltceller i både primærtumor og i metastaser i benmarg. Uttesting av et nytt enkeltgen sekvenseringspanel har fungert utmerket for fersk og parafininnstøpt vevsmaterial og for enkeltceller. Ved å anvende både kopitall-, genekspresjonsanalyser og sekvensering kartlegger vi den molekylærgenetiske profilen av primærtumor og metastaser. Avanserte, komparative analyser vil fremme ny innsikt i de metastatiske prosesser og vil på sikt kunne føre til bedre behandling for barnekreft i form av en vridning mot personrettet medisin og redusert kjemoterapi og dens seneffekter.
Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Barnekreft er fremdeles den dominerende dødsårsaken blant barn over ett år til tross for betydelig forbedret behandling, internasjonal forskning og økt kunnskap om de molekylære mekanismene ved barnekreft.
Neuroblastom (NB) er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 40% for barn i høyrisikogruppen. Lite differensierte neuroblastomer metastaserer ofte til regionale lymfeknuter, benmarg og organer som lever og hjerne.
I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi, men uansett vil en stor del av pasientene med høy risiko neuroblastom får tilbakefall.
Barn diagnostisert med høy risiko neuroblastom er en gruppe hvor utvidet genetisk sekvensering kan være relevant for ytterligere diagnostikk med tanke på målrettet behandling i fremtiden.
Vi studerer de molekylære mekanismene i utvikling av NB for å oppnå en større innsikt for utvikling av aggressiv sykdom. I en pilotstudie har vi utført eksom-sekvensering og kopitallsanalyse (CGH) av 15 NB pasienter. Vi har videre utviklet metoder for å studere enkeltceller i både primærtumor og i metastaser i benmarg. Det vil bli inkludert flere pasienter, og resultatene vil bli sammenholdt med genekspresjonsanalyser. Ved å anvende både mikromatrise-baserte analyser og sekvensering vil vi kartlegge den molekylærgenetiske heterogeniteten av primærtumor ogmetastaser. Denne komparative analysen vil fremme ny innsikt om den metastatiske prosessen og vil på sikt kunne føre til bedre behandling for denne barnekreftsykdommen.
Barn diagnostisert med høy risiko neuroblastom er en gruppe hvor utvidet genetisk sekvensering kan være relevant for ytterligere diagnostikk med tanke på målrettet behandling i fremtiden. Mål med dette prosjektet er å øke kunnskap om barnekreft og om mulige fordeler av genomsekvensering i diagnostikk og behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling, internasjonale forskningsprosjekter og økt kunnskap om de molekylære mekanismer til ulike kreftformer de siste tiårene finnes det forstsatt grupper av barnekreft som kjennetegnes av kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger.
Neuroblastom er en gruppe av perifere nevroblastiske tumores med meget heterogene undergrupper, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. Det kliniske forløpet av neuroblastom varierer fra god overlevelse for barn i lav-risikogruppen til en dødelighet på ca 50% for barn i høyrisikogruppen. Lite differensierte neuroblastomer metastaserer ofte til regionale lymfeknuter, benmarg og organer som lever og hjerne. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til en standardisert behandlingsprotokoll (internasjonal multisenterstudie SIOP HR-NBL-01), som inkluderer en kombinasjon av høy dose kjemoterapi, kirurgi og stråling, eventuelt følget av immunterapi. Denne behandlingen representerer et av de mest intensive terapeutiske regimer i moderne pediatrisk onkologi, men uansett vil størstedelen av pasientene med høy risiko neuroblastom får tilbakefall. For disse pasienter mangler det for tiden en etablert behandling og prognosen er svært dårlig.
Sekvensering er den mest omfattende og detaljerte genetiske undersøkelsen som finnes i dag. Formålet med prosjektet er å sammenligne kliniske data med genomiske data av barn med neuroblastom. For barn med høy risiko neuroblastom vil sekvensering kunne danne grunnlaget for målrettet behandling i fremtiden.
Sekvensering er den mest omfattende og detaljerte genetiske undersøkelsen som finnes i dag. For barn med høy risiko neuroblastom vil sekvensering kunne danne grunnlaget for målrettet behandling i fremtiden.Hvert år utvikler omtrent 150 barn kreft i Norge. Til tross for betydelig forbedret behandling, internasjonale forskningsprosjekter og økt kunnskap om de molekylære mekanismer til ulike kreftformer de siste tiårene finnes det forstsatt grupper av barnekreft som kjennetegnes av kort overlevelse, uventede tilbakefall og/eller livslange bivirkninger. Neuroblastom hos barn er en klinisk og biologisk ekstrem heterogen kreftsykdom og en undergruppe med høyrisiko neuroblastom viser hyppig tilbakefall og kort overlevelse, noe som gjør sykdommen til en av de store utfordringer i pediatrisk onkologi. I Norge, som i andre europeiske land, behandles pasienter med høy risiko neuroblastom i henhold til standardiserte behandlingsprotokoller, som inkluderer en kombinasjon av høy dose kjemoterapi, kirurgi og stråling, eventuelt følget av immunterapi. Sekvensering er den mest omfattende og detaljerte genetiske undersøkelsen som finnes i dag. Nasjonale og internasjonale sekvenseringsprosjekter har blitt igangsatt for de hyppigste krefttyper for voksende de siste årene, men barnekreft skiller seg fra kreft hos voksne både biologisk, behandlingsmessig og prognostisk. Representanter fra patologi, barneonkologi og molekylærbiologisk forskning ønsker i dette prosjektet å øke forståelsen av årsaken og forløp av høy risiko neuroblastomer for å oppnå en mer målrettet strategi for kreftbehandling i nær fremtid. For barn med høy risiko neuroblastom vil sekvensering kunne danne grunnlaget for målrettet behandling i fremtiden.
Vitenskapelige artikler
Przybyla W, Gjersvoll Paulsen KM, Mishra CK, Nygård S, Engebretsen S, Ruud E, Trøen G, Beiske K, Baumbusch LO
Whole exome sequencing of high-risk neuroblastoma identifies novel non-synonymous variants.
PLoS One 2022;17(8):e0273280. Epub 2022 aug 29
PMID: 36037157 - Inngår i doktorgradsavhandlingen
Deltagere
- Kirsti Paulsen Doktorgradsstipendiat (annen finansiering)
- Ståle Nygård Forsker (annen finansiering)
- Solveig Engebretsen Forsker (annen finansiering)
- Fatemeh Kaveh Forsker (annen finansiering)
- Ellen Ruud Forsker (annen finansiering)
- Charitra Kumar Mishra Forsker (annen finansiering)
- Gunhild Trøen Forsker (annen finansiering)
- Weronika Przybyla Doktorgradsstipendiat (finansiert av denne bevilgning)
- Klaus Beiske Medveileder
- Lars O. Baumbusch Prosjektleder
- Weronika Przybyła Doktorgradsstipendiat
eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT
Alle henvendelser rettes til eRapport