Exom-sekvensering for å identifisere høyrisiko genvarianter i en familie predisponert for colorectal cancer
Prosjekt
- Prosjektnummer
- 46056725-1
- Ansvarlig person
- Maren F. Hansen
- Institusjon
- NTNU, LBK
- Prosjektkategori
- Utenlandsstipend 2014
- Helsekategori
- Cancer
- Forskningsaktivitet
- 4. Detection and Diagnosis
Rapporter
Tarmkreft er en av de vanligste krefttyper i Norge, og langtkommet sykdom gir høy dødelighet. Derfor er det viktig å identifisere personer som tilhører familier med en arvelig disposisjon. Identifikasjon av predisponerende genetiske faktorer gjør at mutasjonsbærere kan inngå i kontrollopplegg, og dermed kan tarmkreft unngås eller oppdages tidlig.Hovedhensikten med dette prosjektet er å utvikle diagnostiske verktøy for å identifisere individer med økt risiko for tarmkreft. Omtrent 30 % av alle tarmkrefttilfeller er trolig forårsaket av arvelige faktorer. Likevel er den genetiske årsaken til predisposisjon kjent i bare 5 % av disse tilfellene og fortsatt ukjent i resterende 25 %. I en familie med høy opphopning av tarmkreft, men hvor man ikke kjenner genetisk årsak, er det umulig å skille individer med økt genetisk risiko for å utvikle kreft fra de som ikke har økt risiko. Dermed må alle familiemedlemmer gå i kontrollopplegg og blir jevnlig tilbudt koloskopi for å oppdage og fjerne forstadier til kreft. Dette er både resurskrevende for helsevesenet og ubehagelig for pasientene. Hvis man derimot kan finne mutasjonen som gir sykdom kan individene med økt genetisk risiko indentifiseres og helsevesenets resurser kan brukes på de individene som faktisk trenger å gå regelmessig til koloskopi.
I de senere år har det kommet ny sekvenseringsteknologi som gjør et mulig å analysere hele det humane genom på bare få dager. Denne teknologien kan også brukes til å analysere paneler av gener for en spesifikk sykdom. Dermed kan f.eks. alle gener som er relatert til tarmkreft analyseres i mange pasienter på relativt kort tid. For bare noen få år siden var ikke dette mulig og man analyserte isteden enkeltgener som ble valgt ut på bakgrunn av pasientens symptomer. Dette utenlandsstipendet ble brukt til et 3 måneders forskningsopphold ved Hunter Medical Research Institute, New South Wales, Australia. I løpet av oppholdet ble prøver fra 192 australske pasienter med familiær tarmkreft analysert for 124 gener relatert til tarmkreft for å finne genetiske årsaker til predisposisjon i disse pasientene. Resultatene fra disse analysene skal kobles sammen med tilsvarende analyser gjort på prøver fra 96 norske tarmkreftpasienter. Genene er valgt ut på bakgrunn av at de er rapportert å være assosiert med utvikling av tarmkreft. Noen av disse genene er nylig assosiert med tarmkreft og man vet fortsatt ikke sikkert om det er tilfelle. Andre gener i panelet er velkjente risikogener. Vi er nå ferdig med analyse av resultatene og har funnet genetisk årsak til økt kreftrisiko for flere av pasientene. I tillegg er det en del funn som vil kreve ytterligere forskning før man kan si noe om mutasjonene har betydning for økt risiko eller ikke. Vi jobber nå med å skrive artikkel som vil publiseres i løpet av vår/sommer 2016.
Tarmkreft er en av de vanligste krefttyper i Norge, og langtkommet sykdom gir høy dødelighet. Derfor er det viktig å identifisere personer som tilhører familier med en arvelig disposisjon. Identifikasjon av predisponerende genetiske faktorer gjør at mutasjonsbærere kan inngå i kontrollopplegg, og dermed kan tarmkreft unngås eller oppdages tidlig.Hovedhensikten med dette prosjektet er å utvikle diagnostiske verktøy for å identifisere individer med økt risiko for tarmkreft. Omtrent 30 % av alle tarmkrefttilfeller er trolig forårsaket av arvelige faktorer. Likevel er den genetiske årsaken til predisposisjon kjent i bare 5 % av disse tilfellene og fortsatt ukjent i resterende 25 %. I en familie med høy opphopning av tarmkreft, men hvor man ikke kjenner genetisk årsak, er det umulig å skille individer med økt genetisk risiko for å utvikle kreft fra de som ikke har økt risiko. Dermed må alle familiemedlemmer gå i kontrollopplegg og blir jevnlig tilbudt koloskopi for å oppdage og fjerne forstadier til kreft. Dette er både resurskrevende for helsevesenet og ubehagelig for pasientene. Hvis man derimot kan finne mutasjonen som gir sykdom kan individene med økt genetisk risiko indentifiseres og helsevesenets resurser kan brukes på de individene som faktisk trenger å gå regelmessig til koloskopi.
I de senere år har det kommet ny sekvenseringsteknologi som gjør et mulig å analysere hele det humane genom på bare få dager. Denne teknologien kan også brukes til å analysere paneler av gener for en spesifikk sykdom. Dermed kan f.eks. alle gener som er relatert til tarmkreft analyseres i mange pasienter på relativt kort tid. For bare noen få år siden var ikke dette mulig og man analyserte isteden enkeltgener som ble valgt ut på bakgrunn av pasientens symptomer. Dette utenlandsstipendet ble brukt til et 3 måneders forskningsopphold ved Hunter Medical Research Institute, New South Wales, Australia. I løpet av oppholdet ble prøver fra 192 australske pasienter med familiær tarmkreft analysert for 124 gener relatert til tarmkreft for å finne genetiske årsaker til predisposisjon i disse pasientene. Resultatene fra disse analysene skal kobles sammen med tilsvarende analyser gjort på prøver fra 96 norske tarmkreftpasienter. Genene er valgt ut på bakgrunn av at de er rapportert å være assosiert med utvikling av tarmkreft. De fleste av disse genene er nylig assosiert med tarmkreft og man vet fortsatt ikke sikkert om det er tilfelle. Forhåpentligvis vil dette prosjektet oppklare om mutasjoner i noen av disse genene virkelig predisponerer for tarmkreft. Pasientprøvene er fra ubeslektede individer som tidligere har vært testet for de vanligste arvelige tarmkreftsyndromene, uten at det er funnet noen feil i genene involvert i disse syndromene. Sekvenseringsanalysene er utført, og de bioinformatiske analysene pågår nå. Resultatene så langt viser at noen familier vil få en forklaring på deres økte risiko for tarmkreft.
Deltagere
- Wenche Sjursen Hovedveileder
eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT
Alle henvendelser rettes til Helse Midt-Norge RHF - Samarbeidsorganet og FFU