Klinisk genomforskning
Prosjekt
- Prosjektnummer
- 911123
- Ansvarlig person
- Gunnar Houge
- Institusjon
- Helse Bergen HF
- Prosjektkategori
- Forskningsprosjekt
- Helsekategori
- Arvestoff
- Forskningsaktivitet
Rapporter
Klinisk genomforskning er det kliniske motstykket til funksjonell genomforskning (FUGE prosjektet) og en samlebetegnelse på den forskningsaktivitet som klinisk seksjon ved Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin ved Haukeland Universitetssykehus driver. Medisinsk genetikk er et klinisk fag med laboratoriet som viktig støttefunksjon.Barn og voksne med psykomotorisk utviklingshemming med eller uten medfødte misdannelser utgjør en stor gruppe individer i vårt samfunn (ca. 2% av befolkningen). Selv om det er åpenbart at mange av disse individene har det som kalles et syndrom, får knapt halvparten en årsaksdiagnose. Dersom en ikke gjenkjenner et tidligere beskrevet syndrom, finner en sikker miljøfaktor, eller påviser en kromosomfeil ved vanlig lysmikroskopisk kromosomundersøkelse, har en per i dag liten mulighet til å finne årsaken. Vi trenger m.a.o. bedre screeningverktøy for å finne sporadiske gen- og kromosomfeil. Dette er hovedmålet med prosjektet som vi nå har gjennomført første del av.
Et annen utfordring er å forstå variasjonen i alvorlighetsgrad ved samme kromosomfeil. En trenger her kunnskap om hvordan en ubalanse i genomet (for mye eller for lite kromosommateriale) påvirker den globale genekspresjon (hvordan det totale genutrykket forandres).
Å finne årsaken til og karakterisere kjente og ukjente syndromer er en prioritert forskningsoppgave på vår avdelig, og vi er unikt plassert og utrustet til å kunne fremskaffe kunnskap av stor klinisk betydning. Rasjonelle biologiske forklaringer på hvorfor en utviklingsforstyrrelse har inntruffet, har vist seg å ha å stor betydning for familien og andre omsorgspersoner som har med pasienten å gjøre. Til slutt må det også nevnes at en årsaksdiagnose er avgjørende for nøyaktig estimering av gjentagelsesrisiko ved eventuelle nye graviditeter.
Prosjektet er støttet med en engangsbevilgning på kr. 200.000 til drift i 2004 (delvis overført til 2005) og en stipendiatstilling f.o.m. 2005. Pengene er hittil brukt til drift av et array-CGH prosjekt, utført av doktorgradstipendiat Helle Lybæk.
Vi har de siste 7 år bygget opp en betydelig kompetanse på komparativ genomisk hybridisering (CGH), en forfinet og mer følsom form for lysmikroskopisk kromosomanalyse. Hittil har vi undersøkt rundt 600 individer, og funnet kromosomfeil som tidligere ikke var oppdaget, hos drøyt 10% av disse.
I løpet av de siste par år er det kommet ny teknologi som gjør det mulig å finne kromosomfeil som er 3 ganger mindre enn det vi kan detektere med vanlig CGH. Den nye teknologien baserer seg på bruk av mikromatriser (DNA-chips), og teknikken kalles array-CGH (aCGH). Vi har nå undersøkt nær 100 prøver fra pasienter med psykomotorisk utviklingshemning ved hjelp av aCGH, og resultatene viser:
-Array-CGH metoden kan påvise nye kromosomfeil som ikke ble oppdaget ved vanig CGH, særlig feil som sitter endene på kromosomene og omkring sentromerene.
-Array-CGH gjorde oss i noen tilfeller i stand til å forstå den sannsynlige mekanismen bak en kromosomfeil.
-Array-CGH metoden gir oss nøyaktig informasjon om størrelsen til kromosomfeilen og den presise lokalisering på kromosomet. Dette har stor betydning når man ønsker å undersøke hvilke gener som befinner seg i det aktuelle området, og noen ganger kan det være interessant å studere disse genene nærmere.
Resultatene fra denne undersøkelsen er lovende og er nå i ferd med å bli skrevet sammen til en publikasjon. Vi har vist at array-CGH er et nyttig verktøy i kromosomlaboratoriet og at metoden har særlig stor betydning for diagnostikk av pasienter med psykomotorisk utviklingshemning. I det videre vil vi prioritere funksjonelle studier for å forstå sammenhengen mellom de kromosomfeil vi påviser og de problemer som pasienten har.
Klinisk genomforskning er det kliniske motstykket til funksjonell genomforskning (FUGE prosjektet) og en samlebetegnelse på den forskningsaktivitet som klinisk seksjon ved Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin ved Haukeland Universitetssykehus driver.Vi fikk i 2004 kr. 200.000,- til satsing på følgende områder:
1. Molekylær syndromutredning
2. Finne den genetiske årsak til en ny nevrologisk sykdom vha. koblingsanalyse.
3. Beskrive og kartlegge en ny genetisk sykdom (angioma serpingiosum med spiserørspapillomatose).
4. Å studere om kromosomfeil kan føre til endret kromatinstruktur og dermed psykomotorisk utviklingshemming.
Hva er pengene gått til?
Penger i 2004 er hovedsakelig blitt brukt til å legge grunnlag for molekylær syndromutredning v.h.a. mikromatrise-teknikker. Resten av pengene vil bli brukt til samme formål i 2005, hovedsakelig til innkjøp av mikromatriser.
Resultater oppnådd:
Ad 1. Vi har lykkes i å etablere metodikk for syndromutredning vha mikromatriser ved avdelingen, og er nå klar til å begynne å analysere pasientprøver (fra pasienter med medfødte utviklingsavvik og psykomotorisk utviklingshemming). Forventningene til dette er meget høye. Vi har flere hundre prøver fra godt karakteriserte pasienter på lager som venter på denne typen analyse.
Ad 2. En har lykkes å finne genområdet der genet for en ny og hittil ubeskrevet nevrologisk sykdom sitter. I det videre forsøker en å finne selve genet, men området er forholdsvis stort og inneholder mange gener, og denne type genjakt er derfor vanskelig.
Ad 3. Angioma serpingiosum-artikkelen er nesten ferdig og klar til publisering. Forventes publisert høsten-05. Dette er en ny genetisk sykdom der en har funnet årsaksgenets lokalisasjon og etablert arvemønsteret. Funnet har stor interesse for en beslektet genetisk sykdom (Goltz-Gorlin syndrom).
Ad 4. Vi har transformert (udødeliggjort) celler fra pasienten med en nyoppstått translokasjon (kromosomfeil) med såkalt neosentromerdannelse. Dette er en forutsetning for å ha nok materiale til videre studier. Progresjonen i dette prosjektet er begrenset av mangel på personalressurser.
Vitenskapelige artikler
Houge-G, Skarbøvik-AJ
Fabrys sykdom - en diagnostisk og terapeutisk utfordring
Tidsskr Nor Lægeforen 2005; 125: 1004-6
eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT
Alle henvendelser rettes til Faglig rapportering, Helse Vest