Genekspresjonsprofiler i malignt og benignt brystkjertelvev - kvinner og kreftstudien
Prosjekt
- Prosjektnummer
- SFP633-07
- Ansvarlig person
- Eiliv Lund
- Institusjon
- Universitetssykehuset Nord-Norge HF
- Prosjektkategori
- Flerårig forskningsprosjekt
- Helsekategori
- Cancer and neoplasms
- Forskningsaktivitet
- 4. Detection and Diagnosis
Rapporter
Vi har samlet biopsier av normal brystvevet samt blodprøver fra 40 kvinner som er del av NOWAC studien. Dennne materiale er del av NOWAC sin biobank . Vevsprøver er analysert mtp genekspresjon og resultater kommer å publiseres som del av PhD. På den måte bli de tilgjengelig både for våres samarbeidspartnere og andre interesserte.
Result av dette prosjektet kan brukes i case- controll studier som videre kan resultere i nye diagnostiske metoder for tidlig deteksjon av bryst cancer.
Studien har som formål å se på microRNA i paraffin blokker hos brystkreft pasienter og sammenholde funnene med gen ekspresjons data for de samme kvinner samlet inn før diagnose. I tillegg gjøres det en enkel metabolom studie. Prosjektet har utviklet seg slik at vi nå vil gjøre microRNA analyser i de samme blodprøvene som gen ekspresjonen ble gjort i. Prøvematerialet hentes fra NOWAC postgenome biobank og arkivene til patologisk avdeling.Det er en sterkt økende interesse for mulighetene til å lage nye tester for diagnostisk bruk innen kreftbehandling basert på ulike biologiske markører. Dette prosjektet startet ut med å se på mulighetene knyttet opp til microRNA i formalin fikserte paraffin blokker. I løpet av den tiden prosjektet har pågått (del av 50% postdoc prosjekt) har ambisjonene vokst slik at vi ønsker å se de ulike nivåer av funksjonell genomics sammen; microRNA i tumor og blod, gen ekspresjon i blod og eventuelt noe av metabolomet. Totalt er det inkludert i vår pilotstudie av microRNA-ekspresjon i tumorvev 108 studiedeltakere. For 7 av disse mangler vi microRNA-resultater fra Exiqon (grunnet dårlig/for lite RNA i tumorvev).Vi har mRNA-analyser på alle bortsett fra 1 studiedeltaker. Dermed har vi totalt 100 studiedeltakere inkludert i pilotstudien hvor vi har analysert både microRNA i tumorvev og mRNA i blod. For disse 100 deltakerne ønsker vi å analysere microRNA i plasma. I tillegg kommer kontroller, muligens bør antallet økes. Vi har løpende kontakt med Exiqon (Danmark) som skal gjøre analysene. De ønsker et minimumsvolum på 250 ul per prøve. MicroRNA analysene i plasma vil gi oss muligheter for multi omics analyser. Det er en betydelig økning i ambisjonsnivå, men synes rimelig og mulig. Problemet er finansieringen. Vi har i løpet av januar 2017 fått tilgang på ytterligere midler slik at analysene kan gjøres i løpet av vinteren 2017. De statisiske analysene har så langt vært rettet mnot å skaffeoss en oversikt over miccroRNA profilen i de formalin fikserte paraffin blokkene. Dette arbeidet er nesten sluttført.
Prosjektet søker å finne genekspresjonsprofiler for microRNA i paraffin blokker fra normalt brystvev og brystkreft vev. Vi søker å finne frem til ulikheter med normalt vev som kan benyttes til testing. microRNA kan deretter sammenliknes med gen ekspresjon (mRNA) for de samme brystkreftpasientene tatt år før diagnosen.Del 1 av prosjektet ser på microRNA i normalt brystvev og fra brystkreftvev, hentet fra paraffinblokker. Del 2 ønsker å studere utviklingen i gen ekspresjonen over tid opp mot micro RNA profilen i tumor på diagnosetidspunktet. Det siste aspektet er et unikt prosjekt fordi veldig få kohort studier har gen ekspresjonsdata fra før diagnose.I løpet av året har vi gjennomført innsamling av 150 nye biopsier fra paraffin blokker fra de to patologiske laboratorier i Nord Norge. I et pilotprosjekt i samarbeid med den nasjonale micromatrise plattformen i Norge ved NTNU har vi prøvd å erstatte microarray med deep sequencing. Pilot prosjektet viste at det har en del metodologiske problemer, er kostbart og vil bety at tidligere analyser må behandles separat i statistiske analyser. Konklusjonen på dette metodologiske prosjektet blir sannsynligvis at vi vil fortsette med Exxicon microarray analyser. Exxicon har tidligere vært enkle og raske å samarbeid med. prosjektet vil også dra nytte av utviklingen av nye statistiske metoder for å se på endring over tid i de prediagnostiske prøvene. I et samarbeid med Norsk Regnesentral er det laget programmer for analyse av non-lineære (ikke rette) kurveforløp over tid. Dette er nybrottsarbeid og gir mulighet til flernivå analyser av genomiske data. Fortolkning av slike data er kompliserte og vil kreve god innsikt i human biologi med fokus på immunologi siden vi ser på genekspresjon i hvite blodlegemer i blodprøvene. vesentlig. Bevilgningen er driftsmidlene til postdoc Line Moi og følger fremdriften i hennes arbeid.
Det har vært gjennomført mange studier av genuttrykk i brystkreftvev, men veldig få av normal brystvev. Denne studien har som formål å sammenlikne genuttrykket i disse to typer brystvev. Hvilke forskjeller ser vi og hva kan forklare disse forskjellene. Dette kan gi oss økt innsikt i krftprosessen i brystkreft og derved bedre muligheter for diagnostikk og behandling.Normalmaterialer av brystvev er få og små. De fleste er hentet fra kvinner som har vært til operasjon for store bryster. Disse utgjør en selektert gruppe kvinner. Spørsmålet om den normale variasjon i genuttrykk i brystvev er derfor lite utforsket. En naturlig årsak i mange land er problemet med å få prøver fra en representativ gruppe kvinner fordi kvinner i mange land vil reservere seg mot denne type inngrep. Selve inngrepet er et mindre stikk som kan føles ubehagelig. Av erfaring vet vi at kvinner i Nord Norge i større grad enn mange andre steder stiller opp for denne type forskning knyttet til kvinners liv og helse. Vi fikk derfor et samarbeid med BDS i Tromsø. Kvinner som møtte til mammografi og hadde negative funn ble spurt om de ville avgi en prøve. Ca 2/3 av de spurte deltok. Ca 400 biopsier ble tatt av kvinner som møtte til mammografi screening i Tromsø, var deltakere i Kvinner og kreft, og som sa ja til å være med. Prøvene er så analysert på genekspresjon ved NTNU som har et nasjonalt laboratorium for denne type analyser. Analyse metoden kalles micro-array og gir et mål på aktiviteten til ulike gener i blodet på det tidspunkt blodprøvene tas. De første analyser basert på statistikk og bioinformatikk er snart klare. Genekspresjonen vil analyseres i forhold til de opplysningene om livsstil som kvinnene har gitt oss i flere spørreskjema på forhånd. genekspresjonen i normalt vev kan så sammenliknes med genekspresjonen i tumorvev som også er samlet inn tidligere.På denne måten søker vi en bedre forståelse av kreftprosessen i det vi får et bedre sammenlikningsgrunnlag.
Genekspresjonsanalyser av vevesprøver fra normal brystvev og tumorvev gjenomført i samarbeide med Radiumhospitalet og NTNUFormålet med studie er å studere genekspresjon i normal brystvev, sammenligne genekspresjon mellom normalbrystvev og vev fra brystkreftsvulster, og se på endringer i genekspresjon i normalbrystvev i forhold til ulike livsstilsfaktorer.
Studien har utgangspunkt i Kviner og Kreft, en nasjonal prospektiv studie som startet i 1991 og ledes av professor Eiliv Lund, ved Institutt for samfunnsmedisin (ISM), UiTø. Studie inkluderer 170 000 kvinner født mellom 1943-1957 fra hele landet. De har alle besvart ett eller flere spørreskjema og 50 000 har gitt blodprøve. I Høsten 2006 startet, i samarbeide med 10 norske sykehus innsamling av vevsprøver fra brystkreftsvulster fra kvinner som er del av studie. Innsamlingen blev ledet av overlege Jan Ole Frantzen ved BDS og blev fullført i 2010.
Ved studier av genekspresjon i vev fra kreftsvulster (cases)er det ønskelig med god kjennskap til genekspresjon i normal vev(kontroller). I sluttet av 2010 har vi begynt å samle vevs prøver fra normal brystvev fra kvinner som er del av Kvinner og kreft studie og som møter opp til mammografiscreening. Innsamlingen har sluttet i juni 2011og vi har fått i alt 340 vevs prøver fra normal bryst. Respons fra kviner som blev spurt vær fantastisk, hele 64 %. Vi vil gjerne takke alle kvinner som har bidratt til denne studie.
Det er inngått samarbeide med Radiumhospitalet i Oslo og NTNU ( Norges teknisk –naturvitenskapelige universitet ) i Trondheim .
I løpet av 2012,på Radiumhospitalet, er det etter utarbeidet protokoll, ekstrahert RNA fra vevsprøver fra normal brystvev og tumor vev. Gen ekspresjons analyser blev utført som planlagt på NTNU (mikromatrise enhet for gen analyse) i Trondheim.
Alt data er overført til ISM UiTø, der man har gjennomført en normaliserings prosess av data informasjonen. (Normalisering er en prosess som organiserer data i en database for å gjøre den bl.a. mer effektiv) En utvalgt gruppe på ISM har utarbeider statistiske metoder som skal brukes for å analysere resultater av gen ekspresjonsanalyser.
Vi forventer å få første publikasjoner i løpet av 2013.
Innsamlingen av normal brystvev ved Brystdiagnostisk senter (BDS)gjennomført med meget godt resultat.Formålet med studie er å studere genekspresjon i normal brystvev, sammenligne genekspresjon mellom normalbrystvev og vev fra brystkreftsvulster, og se på endringer i genekspresjon i normalbrystvev i forhold til ulike livsstilsfaktorer.
Studien har utgangspunkt i Kviner og Kreft, en nasjonal prospektiv studie som startet i 1991 og ledes av professor Eiliv Lund, ved Institutt for samfunnsmedisin (ISM), UiTø. Studie inkluderer 170 000 kvinner født mellom 1943-1957 fra hele landet. De har alle besvart ett eller flere spørreskjema og 50 000 har gitt blodprøve. I Høsten 2006 startet, i samarbeide med 10 norske sykehus innsamling av vevsprøver fra brystkreftsvulster fra kvinner som er del av studie. Innsamlingen blev ledet av overlege Jan Ole Frantzen ved BDS og blev fullført i 2010.
Ved studier av genekspresjon i vev fra kreftsvulster (cases)er det ønskelig med god kjennskap til genekspresjon i normal vev(kontroller). I sluttet av 2010 har vi begynt å samle vevs prøver fra normal brystvev fra kvinner som er del av Kvinner og kreft studie og som møter opp til mammografiscreening. Prøvene er tatt ultralydveiledet, med standardisert metode. Vi har brukt biopsipistol med nål nummer 14. Prøvene blev lagret på RNA later og skal analyseres på mikromatrise. ( RNA er molekyler som er en kopi av DNA og som brukes bl.a. til å lage proteiner etter DNAets oppskrift. RNA later er reagens som beskytter og hurtig stabiliserer RNA molekyler i vevsprøver).
Innsamlingen har sluttet i juni 2011og vi har fått i alt 340 vevs prøver fra normal bryst. Respons fra kviner som blev spurt vær fantastisk, hele 64 %. Vi vil gjerne takke alle kvinner som har bidratt til denne studie.
Det er inngått samarbeide med Radiumhospitalet i Oslo og NTNU ( Norges teknisk –naturvitenskapelige universitet ) i Trondheim . På Radiumhospitalet er det utarbeidet protokoll som skal brukes for RNA ekstraksjon fra biopsiene og NTNU (mikromatrise enhet for gen analyse) i Trondheim skal utføre gen analyser.
På ISM UiTø, prosjektet har utvalgt gruppe som utarbeider statistiske metoder som skal brukes for å analysere resultater av gen ekspresjonsanalyser.
Det pågår for tiden gen ekspresjons analyser i perifert blod fra de samme kvinnene som vevs prøvene et tatt ifra.
Vi forventer å få resultater fra genekspresjonsanalyser etter sommer 2012.
Innsamling av normalt brystvev ved Brystdiagnostisk senter (Kvinner og Kreftstudien) for genekspresjonsanalyse pågår for fullt.Kvinner og Kreft er en nasjonal prospektiv studie som inkluderer 170000 kvinner. Studien startet i 1991 og ledes av professor Eiliv Lund, Institutt for samfunnsmedisin, UiTø. Høsten 2006 startet, i samarbeid med 11 norske sykehus, innsamling av prøver fra brystkreftsvulster fra kvinner som er med i Kvinner og Kreft. Innsamlingen ble ledet av overlege Jan Ole Frantzen ved Brystdiagnostisk senter - UNN. Innsamlingen av tumorvev er nettopp fullført. Ved studier av genekspresjonen i kreftsvulster (cases) er det ønskelig med god kjennskap til genekspresjonen i normalt brystvev. Vi samler nå inn 400 vevsprøver fra bryst fra kvinner (kontroller) i Kvinner og Kreftkohorten og som deltar i mammografiscreeningprogrammet. Vevsprøvene, som tas ultralydveiledet med biopsipistol, lagres på RNA-later og analyseres ved mikroarrayteknikk. Dette gir en unik mulighet til å studere faktorer som påvirker risiko for brystkreft, genetisk tumorkarakteristikk og prognose. En vil studere genekspresjon i normalt brystvev, ekspresjonsprofiler i normalt brystvev sammenliknet med brystkreftvev fra kvinner som er med i Kvinner og Kreft, genekspresjon i normalt brystvev hos kvinner som er med i Kvinner og Kreft, sammenliknet med livsstilsfaktorer. Prosjektet er forventet å gi verdifull kunnskap om sammenheng mellom gener, miljø og brystkreftrisiko.
Innsamlingen av normalt brystvev har av forskjellige grunner blitt forsinket, men pågår nå for fullt. Det er nå samlet ca 255 biopsier fra friske kvinner (normalt brystvev). Innsamlingen er nå intensivert og vi regner med å være ferdige og samle inn vev i løpet av juni 2011. Vi er nå i gang med å analysere piloter. Fra juni regner vi med å være i full gang med analysearbeidet.
Deltagere
- Sanda Krum-Hansen Doktorgradsstipendiat
- Line Leonore Haugan Moi Postdoktorstipendiat
eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT
Alle henvendelser rettes til eRapport, Helse Nord