eRapport

Kvalitetssikring av "Genspråkuttrykkene" (mRNA-profiler) i affymetrix plattformen

Prosjekt
Prosjektnummer
2006268
Ansvarlig person
Peter Kierulf
Institusjon
Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori
Vit utstyr / metodepl.form
Helsekategori
Forskningsaktivitet
Rapporter
2014 - sluttrapport
Kjernefasiliteten for mikromatriseanalyse av mRNA-ekspresjon som ble etablert i 2004 er i dag en node ved MicroArray Core facility, organisert og lokalisert ved Enhet for Blodcelleforskning, Seksjon for forskning, Avdeling for Medisinsk Biokjemi, Oslo Universitetssykehus. Dr dr. philos. Ole Kristoffer Olstad har vært daglig leder siden 2004. M.Sc. Berit Brusletto ble ansatt som forsker i halv stilling i 2009. I 2006 ble plattformen innvilget forskningsmidler til forskningsprosjektet ; Kvalitetsikring av «Genspråkuttrykkene» (mRNA-profiler) i Affymetriks plattformen der Professor (nå emeritus) PeterKierulf var prosjektleder. Mål for prosjektet: Gjennom diverse kontrollmetoder å kvalitetssikre de mange trinn som er nødvendig for å forstå «genspråkuttrykkene» (mRNA) i celler. Results: Aktiviteten ved kjernefasiliteten har i perioden resultert i en rekke publikasjoner (45) og bidratt til flere PhD-kandidaters arbeider (15). mRNA-ekspresjon har blitt analysert i en rekke ulike celletyper som humane monocytter, cellelinjer (HepG2), benceller, ovarialt vev og stamceller fra cornea. I tillegg har det også vært utført ekspresjonsanalyser på biologisk materiale fra gris og mus. Mikromatrisene har også utviklet seg siden start av plattformen.; både når det gjelder ekspresjonsanalyser og analyser for alternativ spleicing. De største ekspresjonsarrayene inneholder i dag opp til 190 000 potensielle transkripter. MicroRNA arrayer oppdateres også jevnlig etter som det oppdages nye microRNA. Berit Brusletto har i 2014 implementert metoder til isolering mRNA og micro RNA fra formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissues. Metodene har så langt blitt evaluert ved hjelp av RT-PCR. mRNA og microRNA fra FFPE vev fra pasienter med meningokokk sykdom vil bli analysert på Affymetrix ekspresjonsarrayer i 2015. Dette er studier som inngår i PhD arbeidet til Berit Brusletto. I to av doktorgradspublikasjonene til Kristin Jensen ble det benyttet teknologien Nugen Ovation RNA amplifiserings kit; et system som er utviklet for lite og vanskelig prøvemateriale. Nugens SPIA teknologi gjør det mulig å amplifisere opp cDNA fra mengder total RNA helt ned til 500 pg . Metoden er også egnet for degradert materiale, FFPE prøver og fullblod. Kunnskapen om ekspresjons analyser på så små RNA mengder, har nå mulig-gjort at ekspresjonstudier i extracellulære vesikler (EV) fra supernatanter og plasma blir neste trinn. Ulike forskningsstudier på EV har bidratt til kunnskap om EV sin kraftfulle rolle som «væskebiopsier» med mulighet for diagnostisk og prognostisk informasjon. Pilotstudier på kvantitering av mRNA og microRNA i EV har vist lovende resultater. Kjernefasiliteten for mikromatriseanalyse har hatt et spesielt fokus på å kunne kvalitetssikre de ulike analysetrinnene i en Affymetriks analysekjede. Tilsats av interne kontroller i de ulike trinnene og tilgjengelig instrumentering som gjør at tilsatsene av kontroller kan evalueres, har ført til at stadig mindre mengder biologisk materiale kan analyseres med stor presisjon. Den beste vitenskapelige artikkel på Seksjon for forskning, Avdeling for Medisinsk Biokjemi høsten 2014 ble arbeidet: “Methylation of Bone SOST, Its mRNA, and Serum Sclerostin Levels Correlate Strongly With Fracture Risk in Postmenopausal Women”. Reppe S, Noer A, Grimholt RM, Halldórsson BV, Medina-Gomez C, Gautvik VT, Olstad OK, Berg JP, Datta H, Estrada K, Hofman A, Uitterlinden AG, Rivadeneira F, Lyle R, Collas P, Gautvik KM. J Bone Miner Res. 2015 Feb;30(2):249-56. Her er mRNA-ekspresjons data en svært vesentlig del av arbeidet Konklusjon: Den regionale finansieringen til prosjektet; Kvalitetsikring av «Genspråkuttrykkene» (mRNA-profiler) i Affymetriks plattformen har ført til økt analysekvalitet og til ny viktig kunnskap om geners ekspresjon" Kjernefasiliteten for mikromatriser ved Enhet for Blodcelleforskning i Avdeling for Medisinsk Biokjemi har lagt stor vekt på å utvikle plattformen med ny kunnskap og teknologi. Det er blitt etablert nye metoder for opparbeidelse av prøvemateriale slik at mengde total-RNA til analysene ikke lenger er en like stor begrensing. Ulike prøvematerialer viser svært tilfredstillende resultater. Metodene har styrket plattformens kompetanse. Den regionale finansieringen til prosjektet; Kvalitetsikring av «Genspråkuttrykkene» (mRNA-profiler) i Affymetriks plattformen har ført til økt analysekvalitet.
2013
Prosjektet sikter på å bedre forståelsen av hvorledes gener ”snakker”-dvs genenes språk er Dette skjer i alle celler gjennom budbringerne, mRNA (messenger RNA) og gjennom DNA ’modifiserende’ RNA molekyler miRNA. Utfordring er å etablere robuste metoder til å hente frem og analysere slike DNA og RNA –molekyler fra frosne celler og vev og fra blod prøver. I 2013 har vi også studertcExtracellulære Vesikler (EV), exosomer og mikropartikler fra celler og biologiske væskerKjernefasiliteten for Mikromatrise ble etablert i 2004 og er lokalisert ved Avd for Medisinsk Biokjemi, OUS Ullevål. Daglig leder er dr.philos. Ole Kristoffer Olstad (100%). Cand.scient Berit Brusletto er ansatt i 50% stilling ved Affymetrix plattformen og i 50% stilling ved Kjernefasiliteten for flowcytometri (Samlokalisert med Affymetrix). Kjernefasiliteten bygger på Affymetrixplattformen og tilbyr globale genekspresjonsanalyser (opp til 170 000 potensielle gener i en analyse) og andre microarray analyser som - DNA metylering , linkage analyser, assosiasjonsstudier, kopinummerstudier og resekvensering til brukere ved Oslo universitetssykehus og andre. Kjernefasiliteten kjører rutinemessig globale genekspresjonsanalyser. I tillegg tilbyr vi primære statistiske analyser av mikroarraydata og videre sekundære analyser av primæranalysene for å forstå biologien som trekkes ut av de forskjellige prosjektene. Vi tilbyr også opprensing av RNA fra de fleste typer prøvemateriale og real time PCR verifisering av data fra microarray analysene. I 2012 ble plattformen oppgradert med ny vaskestasjon, og forbedret software for system-analyser av RNA ekspresjons-funnene. I tillegg ble det kjøpt avansert kvalitetssikrings-utstyr *NanoSight* for kvantitering og fluorescense undersøkelser av ekstracellulære vesikler r, Utstyret er nu innkjørt og brukes til karakterisering og kvanitering av EV’si samarbeid med øvrige grupper i den nyetablerte (2013) nettverksgruppe (HSØ) Regional Research Network on Extracellular Vesicles. ( http://www.extracellularvesicles.no/) Med sikte på økt thru-put av RNA fra prøver er det kjøpt inn full automatisert utstyr (QIAcube) for opprensing og karakteriserings av isolert RNA Brukere er alt fra etablerte forskere til medisinerstudenter som tar 1-årig forskerutdannelse. Kjernefasiliteten er involvert i en rekke prosjekter hvorav flere er doktergradsprosjekter og daglig leder er biveileder for doktorgradsstipendiater Det legges stadig stor vekt på å utvikle plattformen med ny kunnskap og teknologi. Også i 2013 har plattformen bestrebet seg på å videreutvikle og gjøre metoder egnet for lite prøvemateriale mer robuste. (RNA fra så lite som 4 enkeltceller er tilstrekkelig for å utføre en fullverdig global genekspresjonsanalyse, tidligere 50 000 celler.) Dette gir nye perspektiver innen bla . stamcelleforskning og andre områder hvor mengde prøvemateriale er svært begrenset. Her er også samarbeidet mellom Fasiliteten for Mikromatrise (Affymetrix) og Kjernefasiliteten for Flowcytometri av stor betydning. idet Kjernefasiliteten for flowcytometri, som ligger fysisk i umiddelbar nærhet, er leverandør av sorterte lav-antall celler (som stamceller og forstadieceller (benmarg).Samarbeidet åpner for stadig nye forskningsområder. Konklusjon: Affymetrix-plattformen i FoU-seksjonen i Avd. med. biokjemi, OUS, Ullevål utforsker og sikrerer nå "GENSPRÅKUTTRYKKENE" på en svært tilfredsstillende kunnskaps utvidende måte og leverer stadig nyfront-linje kunnskap (kfr publikasjonsliste 2013)for en relativt beskjeden driftskostnad.
2012
Prosjektet sikter på å bedre forståelsen av hvorledes gener ”snakker”-dvs genenes språk er Dette skjer i alle celler gjennom budbringerne, mRNA (messenger RNA) og gjennom DNA ’modifiserende’ RNA molekyler miRNA. Utfordring er å etablere robuste metoder til å hente frem og analysere slike DNA og RNA –molekyler fra frosne celler og blod prøver. I 2012 har vi også studert RNA mikropartikler fra cellerKjernefasiliteten for Mikromatrise ble etablert i 2004 og er lokalisert ved Avd for Medisinsk Biokjemi, OUS Ullevål. Daglig leder er dr.philos. Ole Kristoffer Olstad (100%). Cand.scient Berit Brusletto er ansatt i 50% stilling ved Affymetrix plattformen og i 50% stilling ved Kjernefasiliteten for flowcytometri (Samlokalisert med Affymetrix). Kjernefasiliteten bygger på Affymetrixplattformen og tilbyr globale genekspresjonsanalyser (opp til 170 000 potensielle gener i en analyse) og andre microarray analyser som - DNA metylering , linkage analyser, assosiasjonsstudier, kopinummerstudier og resekvensering til brukere ved Oslo universitetssykehus og andre. Kjernefasiliteten kjører rutinemessig globale genekspresjonsanalyser. I tillegg tilbyr vi primære statistiske analyser av mikroarraydata og videre sekundære analyser av primæranalysene for å forstå biologien som trekkes ut av de forskjellige prosjektene. Vi tilbyr også opprensing av RNA fra de fleste typer prøvemateriale og real time PCR verifisering av data fra microarray analysene. I 2012 er plattformen oppgradert med ny vaskestasjon, og forbedret software for system-analyser av RNA ekspresjons-funnene. I tillegg er det kjøpt avansert kvalitetssikrings-utstyr *NanoSight* for kvantitering og fluorescense undersøkelser av ekstracellulære mikropartikler, Utstyret vil blir brukt i samarbeid med øvrige grupper i den nyetablerte (2013) nettverksgruppe (HSØ) Regional Research Network on Extracellular Vesicles. Brukere er alt fra etablerte forskere til medisinerstudenter som tar 1-årig forskerutdannelse. Kjernefasiliteten er involvert i en rekke prosjekter hvorav flere er doktergradsprosjekter og daglig leder er biveileder for doktorgradsstipendiater Det legges stadig stor vekt på å utvikle plattformen med ny kunnskap og teknologi. Også i 2012 har plattformen bestrebet seg på å videreutvikle og gjøre metoder egnet for lite prøvemateriale mer robuste. (RNA fra så lite som 4 enkeltceller er tilstrekkelig for å utføre en fullverdig global genekspresjonsanalyse, tidligere 50 000 celler.) Dette gir nye perspektiver innen bla . stamcelleforskning og andre områder hvor mengde prøvemateriale er svært begrenset. Her er også samarbeidet mellom Fasiliteten for Mikromatrise (Affymetrix) og Kjernefasiliteten for Flowcytometri av stor betydning. idet Kjernefasiliteten for flowcytometri er leverandør av sorterte lav-antall celler (som stamceller.Samarbeidet åpner for stadig nye forskningsområder. Konklusjon: Affymetrix-plattformen i FoU-seksjonen i Avd. med. biokjemi, OUS, Ullevål utforsker og sikrerer nå "GENSPRÅKUTTRYKKENE" på en svært tilfredsstillende kunnskaps utvidende måte og leverer stadig nyfront-linje kunnskap (kfr publikasjonsliste 2012)for en relativt beskjeden driftskostnad.
2010
Prosjektet har tatt sikte på å bedre forståelsen av hvorledes gener ”snakker”-dvs genenes språk er Dette skjer i alle celler gjennom budbringerne, mRNA (messenger RNA) og gjennom DNA ’modifiserende’ RNA molekyler miRNA . Vår utfordring har vært å utvikle og etablere robuste metoder til å hente frem og analysere slike DNA og RNA –molekyler fra celler og blod prøver som også kan være frosset, fordi de kommer fra kliniske studier. Vi har nå god kontroll på dette.Kjernefasiliteten for Mikromatrise ble etablert i 2004 og er lokalisert ved Avd for Medisinsk Biokjemi, OUS Ullevål. Daglig leder er dr.philos. Ole Kristoffer Olstad (100%). Cand.scient Berit Brusletto er ansatt i 50% stilling ved Affymetrix plattformen og i 50% stilling ved Kjernefasiliteten for flowcytometri (Samlokalisert med Affymetrix). Kjernefasiliteten bygger på Affymetrixplattformen og tilbyr globale genekspresjonsanalyser (opp til 170 000 potensielle gener i en analyse) og andre microarray analyser som - DNA metylering , linkage analyser, assosiasjonsstudier, kopinummerstudier og resekvensering til brukere ved Oslo universitetssykehus og andre. Kjernefasiliteten kjører rutinemessig globale genekspresjonsanalyser. I tillegg tilbyr vi primære statistiske analyser av mikroarraydata og videre sekundære analyser av primæranalysene for å forstå biologien som trekkes ut av de forskjellige prosjektene. Vi tilbyr også opprensing av RNA fra de fleste typer prøvemateriale og real time PCR verifisering av data fra microarray analysene. Brukere er alt fra etablerte forskere til medisinerstudenter som tar 1-årig forskerutdannelse. Kjernefasiliteten er involvert i en rekke prosjekter hvorav flere er doktergradsprosjekter og daglig leder er biveileder for 2 doktorgradsstipendiater Det legges stadig stor vekt på å utvikle plattformen med ny kunnskap og teknologi. Det er etablert nye metoder for opparbeidelse av prøvemateriale slik at mengde total-RNA til analysene ikke lengre er en begrensning. (RNA fra så lite som 4 enkeltceller er tilstrekkelig for å utføre en fullverdig global genekspresjonsanalyse, tidligere 50 000 celler.) Dette gir nye perspektiver innen bla . stamcelleforskning og andre områder hvor mengde prøvemateriale er svært begrenset. Her er også samarbeidet mellom Kjernefasiliteten for Mikromatrise (Affymetrix) og Kjernefasiliteten for Flowcytometri av stor betydning. idet Kjernefasiliteten for flowcytometri er leverandør av sorterte lav-antall celler (som stamceller) .Samarbeidet åpner for stadig nye forskningsområder. Konklusjon: Affymetrix-plattformen i FoU-seksjonen i Avd. med. biokjemi, OUS, Ullevål utforsker og sikrerer nå "GENSPRÅKUTTRYKKENE" på en svært tilfredsstillende kunnskaps utvidende måte
2009
Alle celler "snakker et genspråk" Prosjektet har studert genenes språk ved å måle genenes "budbringere", mRNA, som er avskrifter av genene i blodetProsjektet har tatt sikte på å bedre forståelsen av hvorledes gener ”snakker”-dvs genenes språk Dette skjer i alle celler gjennom budbringerene, mRNA (messenger RNA) Vår utfordring har vært å utvikle og etablere robuste metoder til å hente frem mRNA fra celler og blod prøver som også kan være frosset, fordi de kommer fra kliniske studier. Primært ønsket vi å robotisere hele prosessen ved å bruke The Biorobot MDx systemet til isolering av RNA. Roboten fungerte ikke som forventet, og vi har videreutviklet vår manuelle metode til å isolere og kvalitetssikre isolert RNA (Øvstebø R, et al Clin Chem Lab Med. 2007) Vi har med godt resultat benyttet denne på RNA stabilisert fullblod fra kvinner som bruker østrogener (The *RET*-study to be published kjørt på Human Genome U 1332.0) ) Som et ledd i å øke kunnskapen om mRNA som finnes i blodet i væskefasen, plasma har vi etablert isoleringsteknikker. Vi har vist at mRNA og de mindre RNA molekylene miRNA kan isoleres gjennom isolering av mikropartikler (MP- deler av blodets celler) (Øvstebø, R. Kvantitering av mRNA og micro RNA. Molekylærbiologisk forskningsmetode-kurs,2009., OUS,Ullevål, MicroRNA chips))Vi har videre i tråd med målsetting kvalitetsikret alt RNA ved bruk av RNA-kvalitetssikrings verktøy (Agilent, Nanodrop Bioanalyzer) Konklusjon Affymetrixplattformen i Avd. Med Biokjemi OUS,Ullevål tilbyr nå kvalitetssikrede undersøkelser av genekspresjon i blodceller fra frossede blodprøver fra kliniske studier.
2007
Mål: Gjennom diverse kontrollmetoder å kvalitetssikre de mange trinn som er nødvendig for å forstå ”genspråkuttrykkene” (mRNA) i celler.Vi har etablert kontrollmetoder som sikrer at måling av budbringer molekylene, (mRNA), bringes gjennom de mange metodetrinn med tilstrekkelig kvalitet. Resultater: Vi har i løpet av 2006 og 2007 fremstilt eget mRNA for kontroller og utprøvning av metoden. Vi har også samarbeidet med Eternal RNA Control Consortium (ERCC) i USA og tar i bruk kontroller fra dem. Vi har funnet frem til nye kontrollpunkter for å sikre produktkvaliteten under veis og kan derved oppdage eventuelle feil og stanse prosedyren før materialet appliseres på de kostbare genekspresjons arrayene. Ved dette forhindrer vi ekstra utgifter for brukere og plattformen. Slike kontroller gjøres ved hjelp av real time PCR og Bioanalyzer. I tillegg benytter vi ”spike in controls” som er syntetisk mRNA, for å få en kontroll på hele synteseprosessen. Resultater av disse kan avleses på selve arrayet, og gir oss forståelse av hvordan hele synteseprosessen har gått. I tillegg, for å bedre metoden over all kvalitet, har vi videreutviklet og standardisert robotisert rensning av RNA fra fullblod og cellekulturer. Dette RNA har god kvalitet, men utbyttet er lavt i forhold til den mengde som trengs i Affymetrix-analysene. Dette har vi overkommet ved å kjøre reverse transcripsjon 2 ganger( tillaging av cDNA fra mRNA). Ved det kan vi starte med langt lavere utgangsmateriale for analysering på arrayene. Vi har videre vist at for å få pålitelig forståelse av "genspråkene" når "det snakkes lavt", dvs hvor mRNA kons.er lav og hvor konsentrasjons-endringene er små, vil antall paralleller tildels måtte økes betydelig (cfr Øvstebø et al 2007) Metodologisk kontroll og forståelse av "Genspråksuttrykkene" ligger til grunn for flere doktorgradsarbeider som er knyttet til AFFYMETRIX-plattformen - finansiert av Helse Øst. Plattformen har nå vært reelt operativ i 3 1/2 år og nå ser vi konturene av plattformens betydning for doktorgradarbeider, således bla: Thesis PhD., cand scient Reidun Øvstebø: "Quantification of Nucleic Acids (mRNA and DNA) in Human Biological Materials: Methodological Considerations and Clinical Applications." Disputas 11 og 12 juni 2008 Thesis PhD cand med Per Kr Lund: Monocytes in Culture: Suiciders and Survivors" Innleveres i 2008 Thesis PhD., cand med. Ernst Kr Rødland: "Aspergillus and the immune system
Vitenskapelige artikler
Gopinathan U, Brusletto BS, Olstad OK, Kierulf P, Berg JP, Brandtzaeg P, Øvstebø R

IL-10 immunodepletion from meningococcal sepsis plasma induces extensive changes in gene expression and cytokine release in stimulated human monocytes.

Innate Immun 2015 May;21(4):429-49. Epub 2014 sep 18

PMID: 25233959

Stormo Camilla, Kringen Marianne K, Lyle Robert, Olstad Ole Kristoffer, Sachse Daniel, Berg Jens P, Piehler Armin P

RNA-sequencing analysis of HepG2 cells treated with atorvastatin.

PLoS One 2014;9(8):e105836. Epub 2014 aug 25

PMID: 25153832

Capulli Mattia, Olstad Ole K, Onnerfjord Patrik, Tillgren Viveka, Muraca Maurizio, Gautvik Kaare M, Heinegård Dick, Rucci Nadia, Teti Anna

The C-terminal domain of chondroadherin: a new regulator of osteoclast motility counteracting bone loss.

J Bone Miner Res 2014 Aug;29(8):1833-46.

PMID: 24616121

Vilming Elgaaen Bente, Olstad Ole Kristoffer, Haug Kari Bente Foss, Brusletto Berit, Sandvik Leiv, Staff Anne Cathrine, Gautvik Kaare M, Davidson Ben

Global miRNA expression analysis of serous and clear cell ovarian carcinomas identifies differentially expressed miRNAs including miR-200c-3p as a prognostic marker.

BMC Cancer 2014;14():80. Epub 2014 feb 11

PMID: 24512620

Veréb Zoltán, Albert Réka, Póliska Szilárd, Olstad Ole Kristoffer, Akhtar Saeed, Moe Morten C, Petrovski Goran

Comparison of upstream regulators in human ex vivo cultured cornea limbal epithelial stem cells and differentiated corneal epithelial cells.

BMC Genomics 2013;14():900. Epub 2013 des 17

PMID: 24344983

Jensen Kristin, Brusletto Berit Sletbakk, Aass Hans Christian Dalsbotten, Olstad Ole K, Kierulf Peter, Gautvik Kaare M

Transcriptional profiling of mRNAs and microRNAs in human bone marrow precursor B cells identifies subset- and age-specific variations.

PLoS One 2013;8(7):e70721. Epub 2013 jul 30

PMID: 23936243

Engelsvold David H, Utheim Tor P, Olstad Ole K, Gonzalez Pedro, Eidet Jon R, Lyberg Torstein, Trøseid Anne-Marie S, Dartt Darlene A, Raeder Sten

miRNA and mRNA expression profiling identifies members of the miR-200 family as potential regulators of epithelial-mesenchymal transition in pterygium.

Exp Eye Res 2013 Oct;115():189-98. Epub 2013 jul 19

PMID: 23872359

Lekva Tove, Berg Jens Petter, Heck Ansgar, Lyngvi Fougner Stine, Olstad Ole Kristoffer, Ringstad Geir, Bollerslev Jens, Ueland Thor

Attenuated RORC expression in the presence of EMT progression in somatotroph adenomas following treatment with somatostatin analogs is associated with poor clinical recovery.

PLoS One 2013;8(6):e66927. Epub 2013 jun 25

PMID: 23825587

Jensen Kristin, Rother Magdalena B, Brusletto Berit Sletbakk, Olstad Ole K, Dalsbotten Aass Hans Christian, van Zelm Menno C, Kierulf Peter, Gautvik Kaare M

Increased ID2 levels in adult precursor B cells as compared with children is associated with impaired Ig locus contraction and decreased bone marrow output.

J Immunol 2013 Aug 1;191(3):1210-9. Epub 2013 jul 3

PMID: 23825313

Lekva Tove, Berg Jens Petter, Lyle Robert, Heck Ansgar, Ringstad Geir, Olstad Ole Kristoffer, Michelsen Annika Elisabet, Casar-Borota Olivera, Bollerslev Jens, Ueland Thor

Epithelial splicing regulator protein 1 and alternative splicing in somatotroph adenomas.

Endocrinology 2013 Sep;154(9):3331-43. Epub 2013 jul 3

PMID: 23825128

Reppe Sjur, Sachse Daniel, Olstad Ole K, Gautvik Vigdis T, Sanderson Paul, Datta Harish K, Berg Jens P, Gautvik Kaare M

Identification of transcriptional macromolecular associations in human bone using browser based in silico analysis in a giant correlation matrix.

Bone 2013 Mar;53(1):69-78. Epub 2012 nov 27

PMID: 23195995

Dahm Anders E A, Eilertsen Anette L, Goeman Jelle, Olstad Ole Kristoffer, Ovstebø Reidun, Kierulf Peter, Mowinckel Marie-Christine, Skretting Grethe, Sandset Per Morten

A microarray study on the effect of four hormone therapy regimens on gene transcription in whole blood from healthy postmenopausal women.

Thromb Res 2012 Jul;130(1):45-51. Epub 2012 jan 2

PMID: 22217510

Shahdadfar Aboulghassem, Haug Kristiane, Pathak Meeta, Drolsum Liv, Olstad Ole Kristoffer, Johnsen Erik O, Petrovski Goran, Moe Morten C, Nicolaissen Bjørn

Ex vivo expanded autologous limbal epithelial cells on amniotic membrane using a culture medium with human serum as single supplement.

Exp Eye Res 2012 Apr;97(1):1-9. Epub 2012 feb 7

PMID: 22342952

Johnson Egil, Førland Dag Tidemann, Hetland Geir, Sætre Lisbeth, Olstad Ole Kristoffer, Lyberg Torstein

Effect of AndoSan™ on expression of adhesion molecules and production of reactive oxygen species in human monocytes and granulocytes in vivo.

Scand J Gastroenterol 2012 Sep;8-9(47):984-92. Epub 2012 mai 8

PMID: 22564240

Lekva Tove, Berg Jens Petter, Fougner Stine Lyngvi, Olstad Ole Kristoffer, Ueland Thor, Bollerslev Jens

Gene expression profiling identifies ESRP1 as a potential regulator of epithelial mesenchymal transition in somatotroph adenomas from a large cohort of patients with acromegaly.

J Clin Endocrinol Metab 2012 Aug;97(8):E1506-14. Epub 2012 mai 14

PMID: 22585092

Medina-Gomez Carolina, Kemp John P, Estrada Karol, Eriksson Joel, Liu Jeff, Reppe Sjur, Evans David M, Heppe Denise H M, Vandenput Liesbeth, Herrera Lizbeth, Ring Susan M, Kruithof Claudia J, Timpson Nicholas J, Zillikens M Carola, Olstad Ole K, Zheng Hou-Feng, Richards J Brent, St Pourcain Beate, Hofman Albert, Jaddoe Vincent W V, Smith George Davey, Lorentzon Mattias, Gautvik Kaare M, Uitterlinden André G, Brommage Robert, Ohlsson Claes, Tobias Jonathan H, Rivadeneira Fernando

Meta-analysis of genome-wide scans for total body BMD in children and adults reveals allelic heterogeneity and age-specific effects at the WNT16 locus.

PLoS Genet 2012 Jul;8(7):e1002718. Epub 2012 jul 5

PMID: 22792070

Gopinathan Unni, Ovstebø Reidun, Olstad Ole Kristoffer, Brusletto Berit, Dalsbotten Aass Hans Christian, Kierulf Peter, Brandtzaeg Petter, Berg Jens Petter

Global effect of interleukin-10 on the transcriptional profile induced by Neisseria meningitidis in human monocytes.

Infect Immun 2012 Nov;80(11):4046-54. Epub 2012 sep 10

PMID: 22966040

Bøhn Siv K, Russnes Kjell M, Sakhi Amrit K, Thoresen Magne, Holden Marit, Moskaug Jan Ø, Myhrstad Mari C, Olstad Ole K, Smeland Sigbjørn, Blomhoff Rune

Stress associated gene expression in blood cells is related to outcome in radiotherapy treated head and neck cancer patients.

BMC Cancer 2012;12():426. Epub 2012 sep 25

PMID: 23009663

Elgaaen Bente Vilming, Olstad Ole Kristoffer, Sandvik Leiv, Odegaard Elin, Sauer Torill, Staff Anne Cathrine, Gautvik Kaare M

ZNF385B and VEGFA are strongly differentially expressed in serous ovarian carcinomas and correlate with survival.

PLoS One 2012;7(9):e46317. Epub 2012 sep 28

PMID: 23029477

Albert Réka, Veréb Zoltán, Csomós Krisztián, Moe Morten C, Johnsen Erik O, Olstad Ole Kristoffer, Nicolaissen Bjørn, Rajnavölgyi Eva, Fésüs László, Berta András, Petrovski Goran

Cultivation and characterization of cornea limbal epithelial stem cells on lens capsule in animal material-free medium.

PLoS One 2012;7(10):e47187. Epub 2012 okt 9

PMID: 23056608

Stavik Benedicte, Skretting Grethe, Olstad Ole Kristoffer, Sletten Marit, Dehli Vigeland Magnus, Sandset Per Morten, Iversen Nina

TFPI alpha and beta regulate mRNAs and microRNAs involved in cancer biology and in the immune system in breast cancer cells.

PLoS One 2012;7(10):e47184. Epub 2012 okt 5

PMID: 23071754

Elgaaen Bente Vilming, Haug Kari Bente Foss, Wang Junbai, Olstad Ole Kristoffer, Fortunati Dario, Onsrud Mathias, Staff Anne Cathrine, Sauer Torill, Gautvik Kaare M

POLD2 and KSP37 (FGFBP2) correlate strongly with histology, stage and outcome in ovarian carcinomas.

PLoS One 2010;5(11):e13837. Epub 2010 nov 4

PMID: 21079801

Varanasi Satya S, Olstad Ole K, Swan Daniel C, Sanderson Paul, Gautvik Vigdis T, Reppe Sjur, Francis Roger M, Gautvik Kaare M, Datta Harish K

Skeletal site-related variation in human trabecular bone transcriptome and signaling.

PLoS One 2010;5(5):e10692. Epub 2010 mai 18

PMID: 20502692

Kalogeropoulos Michail, Varanasi Satya S, Olstad Ole K, Sanderson Paul, Gautvik Vigdis T, Reppe Sjur, Francis Roger M, Gautvik Kaare M, Birch Mark A, Datta Harish K

Zic1 transcription factor in bone: neural developmental protein regulates mechanotransduction in osteocytes.

FASEB J 2010 Aug;24(8):2893-903. Epub 2010 mar 30

PMID: 20354137

Melhus Gunhild, Brorson S H, Baekkevold E S, Andersson G, Jemtland R, Olstad O K, Reinholt F P

Gene expression and distribution of key bone turnover markers in the callus of estrogen-deficient, vitamin D-depleted rats.

Calcif Tissue Int 2010 Jul;87(1):77-89. Epub 2010 mai 22

PMID: 20495792

Jensen Kristin, Schaffer Lana, Olstad Ole K, Bechensteen Anne G, Hellebostad Marit, Tjønnfjord Geir E, Kierulf Peter, Gautvik Kaare M, Osnes Liv T N

Striking decrease in the total precursor B-cell compartment during early childhood as evidenced by flow cytometry and gene expression changes.

Pediatr Hematol Oncol 2010 Feb;27(1):31-45.

PMID: 20121553

Reppe Sjur, Refvem Hilde, Gautvik Vigdis T, Olstad Ole K, Høvring Per I, Reinholt Finn P, Holden Marit, Frigessi Arnoldo, Jemtland Rune, Gautvik Kaare M

Eight genes are highly associated with BMD variation in postmenopausal Caucasian women.

Bone 2010 Mar;46(3):604-12. Epub 2009 nov 14

PMID: 19922823

Lekva Tove, Bollerslev Jens, Kristo Cybéle, Olstad Ole Kristoffer, Ueland Thor, Jemtland Rune

The glucocorticoid-induced leucine zipper gene (GILZ) expression decreases after successful treatment of patients with endogenous Cushing's syndrome and may play a role in glucocorticoid-induced osteoporosis.

J Clin Endocrinol Metab 2010 Jan;95(1):246-55. Epub 2009 okt 29

PMID: 19875485

Lund Per Kr, Øvstebø Reidun, Møller Anne-Sophie W, Olstad Ole Kristoffer, Landsverk Kirsti S, Hellum Marit, Kierulf Peter

Using global gene expression patterns to characterize Annexin V positive and negative human monocytes in culture.

Scand J Clin Lab Invest 2009;69(2):251-64.

PMID: 18951241

Selmer Kaja K, Brandal Kristin, Olstad Ole K, Birkenes Bård, Undlien Dag E, Egeland Thore

Genome-wide linkage analysis with clustered SNP markers.

J Biomol Screen 2009 Jan;14(1):92-6.

PMID: 19171925

Reseland Janne E, Reppe Sjur, Olstad Ole K, Hjorth-Hansen Henrik, Brenne Anne T, Syversen Unni, Waage Anders, Iversen Per O

Abnormal adipokine levels and leptin-induced changes in gene expression profiles in multiple myeloma.

Eur J Haematol 2009 Nov;83(5):460-70. Epub 2009 jul 31

PMID: 19572994

Utheim Tor P, Raeder Sten, Olstad Ole K, Utheim Øygunn A, de La Paz Maria, Cheng Robert, Huynh Trang T, Messelt Edward, Roald Borghild, Lyberg Torstein

Comparison of the histology, gene expression profile, and phenotype of cultured human limbal epithelial cells from different limbal regions.

Invest Ophthalmol Vis Sci 2009 Nov;50(11):5165-72. Epub 2009 jul 2

PMID: 19578011

Reppe S, Stilgren L, Abrahamsen B, Olstad OK, Cero F, Brixen K, Nissen-Meyer LS, Gautvik KM

Abnormal muscle and hematopoietic gene expression may be important for clinical morbidity in primary hyperparathyroidism.

Am J Physiol Endocrinol Metab 2007 May;292(5):E1465-73. Epub 2007 jan 16

PMID: 17227961

Reseland JE, Reppe S, Larsen AM, Berner HS, Reinholt FP, Gautvik KM, Slaby I, Lyngstadaas SP

The effect of enamel matrix derivative on gene expression in osteoblasts.

Eur J Oral Sci 2006 May;114 Suppl 1():205-11; discussion 254-6, 381-2.

PMID: 16674687

Reppe S, Stilgren L, Olstad OK, Brixen K, Nissen-Meyer LS, Gautvik KM, Abrahamsen B

Gene expression profiles give insight into the molecular pathology of bone in primary hyperparathyroidism.

Bone 2006 Jul;39(1):189-98. Epub 2006 mar 3

PMID: 16516570

Øvstebø R, Lande K, Kierulf P, Haug KB

Quantification of relative changes in specific mRNAs from frozen whole blood - methodological considerations and clinical implications.

Clin Chem Lab Med 2007;45(2):171-6.

PMID: 17311503

Reppe, O.K. Olstad, V.T. Gautvik, S. Nygård, L.S. Nissen-Meyer, P.I. Høvring, R.Jemtland, K.M. Gautvik.

A Comparison Between Gene Expression in Skeletal Muscle and Bone of Postmenopausal Osteoporotic Females and Their Controls

29th Annual meeting of the American Society for Bone and Mineral Research Honolulu Hawaii 2007. Poster

S. Reppe, O.K.Olstad, V.T.Gautvik, S.H.Brorson, R.Jemtland, F.P.Reinholt, K.M.Gautvi

Muscle Associated Genes Are Expressed In Human Bone Biopsies And Show Age And Disease Dependent changes.

34th European Symposium on Calcified Tissues, 5-9 May 2007 Poster

D. Fortunati, Å.K. Fjeldheim, S. Reppe, M. Nielsen, F.P. Reinholt and K.M. Gautvik

Periostin in bone: a parallel study in primary osteoblasts and osteosarcoma cell lines

34th European Symposium on Calcified Tissues, 5-9 May 2007 Poster

R.Øvstebø,B.Brusletto.OK Olstad,K.B:F.Haug, P. Brandtzæg,P.Kierulf

Probing differences in gene expression in human monocytes induced by wild type Neisseria meningitidis versus a lipopolysaccaride

Poster The 6th Meningitis Res Found 2007 Conf- Meningitis and Septicemia in Children and Adults, LondonNov 2007

Øvstebø R

Biomarkører i intracellulært RNA

Innlegg Etterutdannelses kurs i Klinisk Kjemi, Trondheim, April 2006

Øvstebø, R, Lande K, Kierulf P, Haug KB

Quantifications of changes in mRNA in circulating blood leukocytes from frozen lipopolysaccaride (LPS) stimulated whole blood.

Poster. NFKK københavn juni 2006

Øvstebø R

Interference of globin mRNA i qRT-PCR and small scale Affymetrix expression analysis

Innlegg. NFKK københavn juni 2006

Øvstebø R,Brusletto B. Olstad OK, Haug KB,Brandtzæg P, Kierulf P

Functional genomics in human monocytes (Mo) stimulated with wildtype Neisseria meningitidis Nmwt) and LPS deficient Neissseria m

Poster. Intern. Endotoxin and Innate Immunity Society Congress, San Antonio Texs, USA 9-11 November 2006

Doktorgrader
Bente Vilming Elgaaen

Gene expression in ovarian carcinoma and correlation with prognostic factors and survival - A study of mRNA and miRNA..

Disputert:
mars 2014
Hovedveileder:
Kaare M Gautvik
Camilla Stormo

Studies on selected genes involved in atherosclerosis and cholesterol homeostasis.

Disputert:
april 2014
Hovedveileder:
Armin P. Piehler
Kristin Jensen

“Precursor B cell development in bone marrow from children and adults”.

Disputert:
september 2013
Hovedveileder:
Kaare M Gautvik
Tove Lekva

EpithelialMesenchymal Transition in Somatotroph Pituitary Adenomas

Disputert:
august 2013
Hovedveileder:
Jens Bollerslev
Camilla Bø Furlund

In vitro studies of the antiviral activity of milk components against enteric viruses. The antiviral activity of bovine lactofer

Disputert:
november 2012
Hovedveileder:
Gerd Vegarud
Gunhild Melhus

Molecular studies on bone with focus on fracture healing in >> experimental osteoporosis

Disputert:
mai 2010
Hovedveileder:
Finn P Reinholdt
Per Kr Lund

Monocytes in culture. With special focus on the time frames and the mechanisms of cell loss

Disputert:
juni 2009
Hovedveileder:
Peter Kierulf
Deltagere
  • Peter Kierulf Prosjektleder
  • Berit Sletbakk Brusletto Prosjektdeltaker
  • Ole Kristoffer Olstad Prosjektleder

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern  -  Informasjonskapsler