eRapport

Bioinformatics core facility

Prosjekt
Prosjektnummer
2011010
Ansvarlig person
Eivind Hovig
Institusjon
Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori
Regional teknologisk kjernefasilitet
Helsekategori
Forskningsaktivitet
Rapporter
2014
Kjernefasilitet for bioinformatikk Kjernefasilitet for bioinformatikk bistår med høykompetent personale for å understøtte alle forskningsgrupper med behov for bioinformatikk så langt ressursene strekker. Flere evalueringer har pekt på at dette er en sentral understøttende aktivitet for mange forskningsgrupper som arbeider med molekylærbiologiske problemstillinger. Kjernefasilitet for bioinformatikk (http://core.rr-research.no/index.php?section=3) yter et bredt spekter av bioinformatikktjenester til alle forskningsgrupper med behov for slik støtte. Dette gjøres i formater fra enkle forespørsler over telefon til mer omfattende forskningsnær støtte over lengre tidsperioder, avhengis av brukers behov. Kjernefasiliteten er organisert slik at den fungerer sammen med Oslo-noden av det den nasjonale infrastrukturen for bioinformatikk, som også er en del av den europeiske bioinformatikk-infrastrukturen, Elixir, som er finansiert via Forskningsrådet. Kjernefasiliteten besitter bred og dyp forskningsbasert kompetanse på mange sentrale områder innen bioinformatikk, og omfatter både programmerere, statistikere og biologer med beregningskompetanse. Kjernefasiliteten for bioinformatikk har etablert kompetanse innen en rekke fagområder som er nødvendig for å kunne gi adekvate og relevante tjenester. Vi har gitt, og gir, støtte til en rekke miljøer på de fleste av de større sykehusene. Vi gir støtte til web-drift til relevante forskningsmiljøer, vi understøtter det nasjonale forskningsprosjektet for kreftsekvensering (NCGC), sekvenseringsprosjekter på Ahus, vi gir støtte til genomikk-kjernefasiliteten (NGC), Kreftregisteret, EuroCan (europeisk samarbeidsprosjekt innen kreft) ,samt en rekke forskningsgrupper med ulike problemstillinger far mutasjonspåvisning til statistisk rådgivning for forsøksdesign. Vi har også bistått innovasjonssenter (SFI) "Statistics for Innovation", og for 2015 og framover sammen med SFI kalt "Big insight for big data", og fungerer dermed også i samforståelse med det medisinske statistikk-miljøet. Vi arbeider også med utvikling av generiske løsninger for å understøtte genom-basert forskning, både ved å bidra til å understøtte UiOs grenseflate mot tungregning (http://lifeportal.uio.no), og gjennom arbeid med å bidra til å sikre mer reprodusérbar forskning gjennom utviklingen av generiske løsninger der alle utregninger blir lagret i sin sammenheng. Vi benytter et selvutviklet system for statistisk genomikk til trinnvis å utvikle ny funsksjonalitet brukene kan ha behov for inn i en felles løsning, slik at alle kan benytte løsningene. Dette prosjektet er tilgjengelig via http://hyperbrowser.uio.no/. Det bidrar også til å mobilisere både lokale og nasjonale tungregneressurser. Vi setter også opp internasjonale analysesystemer lokalt i de tilfeller der det er brukerbehov. Vi fortsetter å utvikle analysestrømmer og kunnskaps-støtte for dypsekvensering av DNA, både i retning av forskning og med tanke på klinisk bruk. Vi bidrar med undervisning til kurs i sekvensering på universitetsnivå, og for lokale brukere med akutte behov for å mestre slike emner. Publikasjonslisten vil ikke være fullstendig, siden en rekke prosjekter ikke er ferdige, samt at mekanismene for registering av bruk av kjernefasiliteten i publikasjoner ikke er gode der det ikke er medforfattere fra kjernefasiliteten (fordi bidraget faglig sett ikke er tilstrekkelig viktig eller stort til å kvalifisere til medforfatterskap.
2013
Kjernefasilitet for bioinformatikk bistår med høykompetent personale for å understøtte alle forskningsgrupper med behov for bioinformatikk så langt ressursene strekker. Flere evalueringer har pekt på at dette er en sentral understøttende aktivitet for mange forskningsgrupper som arbeider med molekylærbiologiske problemstillinger.Kjernefasilitet for bioinformatikk (http://core.rr-research.no/index.php?section=3) yter et bredt spekter av bioinformatikktjenester til alle forskningsgrupper med behov for slik støtte. Dette gjøres i formater fra enkle forespørsler over telefon til mer omfattende forskningsnær støtte over lengre tidsperioder, avhengis av brukers behov. Kjernefasiliteten er organisert slik at den fungerer sammen med Oslo-noden av det den nasjonale infrastrukturen for bioinformatikk, som fra slutten av 2013 er en del av den europeiske bioinformatikk-infrastrukturen, som er finansiert via Forskningsrådet. Kjernefasiliteten besitter bred og dyp forskningsbasert kompetanse på mange sentrale områder innen bioinformatikk, og omfatter både programmerere, statistikere og biologer med beregningskompetanse. Kjernefasiliteten for bioinformatikk har etablert kompetanse innen en rekke fagområder som er nødvendig for å kunne gi adekvate og relevante tjenester. Vi har gitt, og gir, støtte til en rekke miljøer på de fleste av de større sykehusene. Vi gir støtte til web-drift til relevante forskningsmiljøer, vi understøtter det nasjonale forskningsprosjektet for kreftsekvensering (NCGC), sekvenseringsprosjekter på Ahus, vi gir støtte til genomikk-kjernefasiliteten (NGC), Kreftregisteret, EuroCan (europeisk samarbeidsprosjekt innen kreft) samt en rekke forskningsgrupper med ulike problemstillinger far mutasjonspåvisning til statistisk rådgivning for forsøksdesign. Vi bistår også innovasjonssenter (SFI) "Statistics for Innovation", og fungerer dermed også i samforståelse med det medisinske statistic-miljøet. Vi arbeider også med utvikling av generiske løsninger for å understøtte genom-basert forskning, både ved å bidra til å understøtte UiOs grenseflate mot tungregning (http://lifeportal.uio.no), og gjennom arbeid med å bidra til å sikre mer reprodusérbar forskning gjennom utviklingen av generiske løsninger der alle utregninger blir lagret i sin sammenheng. Vi benytter et selvutviklet system for statistisk genomikk til trinnvis å utvikle ny funsksjonalitet brukene h behov for inn i en felles løsning, slik at alle kan benytte løsningene. Dette prosjektet er tilgjengelig via http://hyperbrowser.uio.no/. Det bidrar også til å mobilisere både lokale og nasjonale tungregneressurser. Vi setter også opp internasjonale analysesystemer lokalt i de tilfeller der det er brukerbehov. Vi fortsetter å utvikle analysestrømmer og kunnskaps-støtte for dypsekvensering av DNA, både i retning av forskning og med tanke på klinisk bruk. Vi bidrar med undervisning til kurs i sekvensering på universitetsnivå, og for lokale brukere med akutte behov for å mestre slike emner. Publikasjonslisten vil ikke være fullstendig, siden en rekke prosjekter ikke er ferdige, samt at mekanismene for registering av bruk av kjernefasiliteten i publikasjoner ikke er gode der det ikke er medforfattere fra kjernefasiliteten (fordi bidraget faglig sett ikke er tilstrekkelig viktig eller stort til å kvalifisere til medforfatterskap. The publication listing is not exhaustive, several projects are in publication development at user sites.
2012
The Bioinformatics core facility (http://core.rr-research.no/index.php?section=3) provides a full range of bioinformatics services, in formats from simple consultancy to research collaboration, depending on user requirement.The facility is operated jointly with the Elixir bioinformatics platform and infrastructure project funded by the Research Council. Combined, this represent the Oslo node of the national and European Elixir eInfrastructure platform. Currently, the OUS personnel consists of three highly qualified programmers/bioinformaticians. The bioinformatics core facility has established competence in a large range of disciplines necessary for providing timely support. We have provided web support for several significant projects, including the Center for Cancer Biomedicine SFF, the CAST SFI, the national center for stem cell research and others, including service for all other core facilities. Recently, we are also providing bioinformatics underpinnings for the National Cancer Genomics Consortium. We participate in the SFI "Statistics for Innovation". In this context, we continue to develop a generic solution for genome information analysis, available at http://hyperbrowser.uio.no/. This is a very ambitious project that serves other projects by simplifying complex analyses. In this project, we are also involved in several development subprojects, including tools for chromatin analysis and aspects of three-dimensional DNA analyses as it appears and is mapped in the nucleus. We are also contributing to setting up international analytical frameworks for internal use and customization, and serve them to the community. We have seen significant web access and usage of the system. It mobilizes central computational resources for large-scale genomic analyses. It also align with national high-performance computing solutions. We have developed pipelines and knowledge and decision support for analysis of deep sequencing of human DNA, both as research tools, and for support on analysis of clinical material. We continue to arrange deep sequencing courses at the University level and for scientists in need of mastering this area of increasing importance.. We are participating in developing solutions for secure storage of molecular biology data containing patient identifiable material, aiming for general and flexible usability within the very high volume data generated by e.g. deep sequencing. We are collaborating with a large number of projects, ranging from EuroCan to HPV screening to disease mutation mapping. The publication listing is not exhaustive, several projects are in publication development at user sites.
2011
The core facility (http://core.rr-research.no/index.php?section=3) provides a full range of bioinformatics services, in formats from simple consultancy to research collaboration, depending on user requirement.The facility is operated jointly with the FUGE bioinformatics platform. This platform is now in the transition to become the Oslo node of the national and European Elixir eInfrastructure platform. Currently, the OUS personnel consists of three highly qualified programmers/bioinformaticians. The bioinformatics core facility has established competence in a large range of disciplines necessary for providing timely support. We have provided web support for several significant projects, including the Center for Cancer Biomedicine SFF, the CAST SFI, the national center for stem cell research and others, including service for all other core facilities. We participate in the SFI "Statistics for Innovation". In this context, we have developed a generic solution for genome information analysis, available at http://hyperbrowser.uio.no/. This is a very ambitious project that serves other projects by simplifying complex analyses. In this project, we continue to develop several subprojects for publication, including tools for chromatin analysis, including aspects of three-dimensional analyses. We are also contributing to setting up international analytical frameworks for internal use and customization, and serve them to the community. We have seen significant web access and usage of the system. It mobilizes central computational resources for large-scale genomic analyses. It also align with national high-performance computing solutions. We have developed pipelines for analysis of deep sequencing of human DNA, both as research tools, and for support on analysis of clinical material. We continue to arrange deep sequencing courses. We are participating in developing solutions for secure storage of molecular biology data containing patient identifiable material, aiming for general and flexible usability within the very high volume data generated by e.g. deep sequencing. We are collaborating with a large number of projects, ranging from cod genome sequencing to disease mutation mapping. The publication listing is not exhaustive, several projects are in publication development at user sites.
Vitenskapelige artikler
Nygård Ståle, Reitan Trond, Clancy Trevor, Nygaard Vegard, Bjørnstad Johannes, Skrbic Biljana, Tønnessen Theis, Christensen Geir, Hovig Eivind

Identifying pathogenic processes by integrating microarray data with prior knowledge.

BMC Bioinformatics 2014;15():115. Epub 2014 apr 24

PMID: 24758699

Wollen Embjørg J, Kwinta Przemko, Bik-Multanowski Miroslaw, Madetko-Talowska Anna, Sejersted Yngve, Wright Marianne S, Günther Clara-Cecilie, Nygård Ståle, Saugstad Ola Didrik, Pietrzyk Jacek J

Hypoxia-reoxygenation affects whole-genome expression in the newborn eye.

Invest Ophthalmol Vis Sci 2014 Mar;55(3):1393-401. Epub 2014 mar 10

PMID: 24458145

Wu Xueping, Sagave Julia, Rutkovskiy Arkady, Haugen Fred, Baysa Anton, Nygård Ståle, Czibik Gabor, Dahl Christen Peder, Gullestad Lars, Vaage Jarle, Valen Guro

Expression of bone morphogenetic protein 4 and its receptors in the remodeling heart.

Life Sci 2014 Mar 3;97(2):145-54. Epub 2014 jan 4

PMID: 24398041

Wollen Embjørg J, Sejersted Yngve, Wright Marianne S, Madetko-Talowska Anna, Bik-Multanowski Miroslaw, Kwinta Przemko, Günther Clara-Cecilie, Nygård Ståle, Løberg Else Marit, Ystgaard Martin B, Pietrzyk Jacek J, Saugstad Ola D

Transcriptome profiling of the newborn mouse brain after hypoxia-reoxygenation: hyperoxic reoxygenation induces inflammatory and energy failure responsive genes.

Pediatr Res 2014 Apr;75(4):517-26. Epub 2013 des 27

PMID: 24375083

Zeissig S, Petersen BS, Tomczak M, Melum E, Huc-Claustre E, Dougan SK, Laerdahl JK, Stade B, Forster M, Schreiber S, Weir D, Leichtner AM, Franke A, Blumberg RS

Early-onset Crohn's disease and autoimmunity associated with a variant in CTLA-4.

Gut 2015 Dec;64(12):1889-97. Epub 2014 nov 3

PMID: 25367873

Zegeye Ephrem Debebe, Balasingham Seetha V, Laerdahl Jon K, Homberset Håvard, Kristiansen Per E, Tønjum Tone

Effects of conserved residues and naturally occurring mutations on Mycobacterium tuberculosis RecG helicase activity.

Microbiology 2014 Jan;160(Pt 1):217-27. Epub 2013 okt 29

PMID: 24169816

Strøm Thea Bismo, Tveten Kristian, Laerdahl Jon K, Leren Trond P

Mutation G805R in the transmembrane domain of the LDL receptor gene causes familial hypercholesterolemia by inducing ectodomain cleavage of the LDL receptor in the endoplasmic reticulum.

FEBS Open Bio 2014;4():321-7. Epub 2014 mar 19

PMID: 24918045

Chilamakuri Chandra Sekhar Reddy, Lorenz Susanne, Madoui Mohammed-Amin, Vodák Daniel, Sun Jinchang, Hovig Eivind, Myklebost Ola, Meza-Zepeda Leonardo A

Performance comparison of four exome capture systems for deep sequencing.

BMC Genomics 2014;15():449. Epub 2014 jun 9

PMID: 24912484

Paulsen Jonas, Sandve Geir Kjetil, Gundersen Sveinung, Lien Tonje G, Trengereid Kai, Hovig Eivind

HiBrowse: multi-purpose statistical analysis of genome-wide chromatin 3D organization.

Bioinformatics 2014 Jun 1;30(11):1620-2. Epub 2014 feb 7

PMID: 24511080

Clancy Trevor, Hovig Eivind

Differential protein network analysis of the immune cell lineage.

Biomed Res Int 2014;2014():363408. Epub 2014 sep 21

PMID: 25309909

Søberg Kristoffer, Jahnsen Tore, Rognes Torbjørn, Skålhegg Bjørn S, Laerdahl Jon K

Evolutionary paths of the cAMP-dependent protein kinase (PKA) catalytic subunits.

PLoS One 2013;8(4):e60935. Epub 2013 apr 12

PMID: 23593352

Ellinghaus David, Folseraas Trine, Holm Kristian, Ellinghaus Eva, Melum Espen, Balschun Tobias, Laerdahl Jon K, Shiryaev Alexey, Gotthardt Daniel N, Weismüller Tobias J, Schramm Christoph, Wittig Michael, Bergquist Annika, Björnsson Einar, Marschall Hanns-Ulrich, Vatn Morten, Teufel Andreas, Rust Christian, Gieger Christian, Wichmann H-Erich, Runz Heiko, Sterneck Martina, Rupp Christian, Braun Felix, Weersma Rinse K, Wijmenga Cisca, Ponsioen Cyriel Y, Mathew Christopher G, Rutgeerts Paul, Vermeire Séverine, Schrumpf Erik, Hov Johannes R, Manns Michael P, Boberg Kirsten M, Schreiber Stefan, Franke Andre, Karlsen Tom H

Genome-wide association analysis in primary sclerosing cholangitis and ulcerative colitis identifies risk loci at GPR35 and TCF4.

Hepatology 2013 Sep;58(3):1074-83. Epub 2013 jan 17

PMID: 22821403

Schee Kristina, Lorenz Susanne, Worren Merete Molton, Günther Clara-Cecilie, Holden Marit, Hovig Eivind, Fodstad Oystein, Meza-Zepeda Leonardo A, Flatmark Kjersti

Deep Sequencing the MicroRNA Transcriptome in Colorectal Cancer.

PLoS One 2013;8(6):e66165. Epub 2013 jun 18

PMID: 23824282

Paulsen Jonas, Lien Tonje G, Sandve Geir Kjetil, Holden Lars, Borgan Ornulf, Glad Ingrid K, Hovig Eivind

Handling realistic assumptions in hypothesis testing of 3D co-localization of genomic elements.

Nucleic Acids Res 2013 May 1;41(10):5164-74. Epub 2013 apr 9

PMID: 23571755

Clancy Trevor, Rødland Einar Andreas, Nygard Ståle, Hovig Eivind

Predicting physical interactions between protein complexes.

Mol Cell Proteomics 2013 Jun;12(6):1723-34. Epub 2013 feb 25

PMID: 23438732

Mattingsdal Morten, Brown Andrew Anand, Djurovic Srdjan, Sønderby Ida Elken, Server Andres, Melle Ingrid, Agartz Ingrid, Hovig Eivind, Jensen Jimmy, Andreassen Ole A

Pathway analysis of genetic markers associated with a functional MRI faces paradigm implicates polymorphisms in calcium responsive pathways.

Neuroimage 2013 Apr 15;70():143-9. Epub 2012 des 27

PMID: 23274185

Fromm Bastian, Worren Merete Molton, Hahn Christoph, Hovig Eivind, Bachmann Lutz

Substantial loss of conserved and gain of novel ,icroRNA families in flatworms.

Mol Biol Evol 2013 Dec;30(12):2619-28. Epub 2013 sep 11

PMID: 24025793

Wollen Embjørg J, Sejersted Yngve, Wright Marianne S, Bik-Multanowski Miroslaw, Madetko-Talowska Anna, Günther Clara-Cecilie, Nygård Ståle, Kwinta Przemko, Pietrzyk Jacek J, Saugstad Ola D

Transcriptome profiling of the newborn mouse lung after hypoxia and reoxygenation: hyperoxic reoxygenation affects mTOR signaling pathway, DNA repair, and JNK-pathway regulation.

Pediatr Res 2013 Nov;74(5):536-44. Epub 2013 sep 2

PMID: 23999071

Murrell Wayne, Palmero Emily, Bianco John, Stangeland Biljana, Joel Mrinal, Paulson Linda, Thiede Bernd, Grieg Zanina, Ramsnes Ingunn, Skjellegrind Håvard K, Nygård Ståle, Brandal Petter, Sandberg Cecilie, Vik-Mo Einar, Palmero Sheryl, Langmoen Iver A

Expansion of multipotent stem cells from the adult human brain.

PLoS One 2013;8(8):e71334. Epub 2013 aug 14

PMID: 23967194

Pietrzyk Jacek J, Kwinta Przemko, Bik-Multanowski Miroslaw, Madetko-Talowska Anna, Jagla Mateusz, Tomasik Tomasz, Mitkowska Zofia, Wollen Embjørg J, Nygård Ståle, Saugstad Ola D

New insight into the pathogenesis of retinopathy of prematurity: assessment of whole-genome expression.

Pediatr Res 2013 Apr;73(4 Pt 1):476-83. Epub 2012 des 26

PMID: 23269122

Skrbic Biljana, Bjørnstad Johannes L, Marstein Henriette S, Carlson Cathrine R, Sjaastad Ivar, Nygård Ståle, Bjørnstad Sigrid, Christensen Geir, Tønnessen Theis

Differential regulation of extracellular matrix constituents in myocardial remodeling with and without heart failure following pressure overload.

Matrix Biol 2013 Mar 11;32(2):133-42. Epub 2012 des 7

PMID: 23220517

Sandve Geir K, Gundersen Sveinung, Johansen Morten, Glad Ingrid K, Gunathasan Krishanthi, Holden Lars, Holden Marit, Liestøl Knut, Nygård Ståle, Nygaard Vegard, Paulsen Jonas, Rydbeck Halfdan, Trengereid Kai, Clancy Trevor, Drabløs Finn, Ferkingstad Egil, Kalas Matús, Lien Tonje, Rye Morten B, Frigessi Arnoldo, Hovig Eivind

The Genomic HyperBrowser: an analysis web server for genome-scale data.

Nucleic Acids Res 2013 Jul;41(Web Server issue):W133-41. Epub 2013 apr 30

PMID: 23632163

Andreassen Rune, Worren Merete Molton, Høyheim Bjørn

Discovery and characterization of miRNA genes in Atlantic salmon (Salmo salar) by use of a deep sequencing approach.

BMC Genomics 2013;14():482. Epub 2013 jul 17

PMID: 23865519

Omair Ahmad, Holden Marit, Lie Benedicte Alexandra, Reikeras Olav, Brox Jens Ivar

Treatment outcome of chronic low back pain and radiographic lumbar disc degeneration are associated with inflammatory and matrix degrading gene variants: a prospective genetic association study.

BMC Musculoskelet Disord 2013;14():105. Epub 2013 mar 22

PMID: 23522322

Lillenes Meryl S, Støen Mari, Gómez-Muñoz Marta, Torp Reidun, Günther Clara-Cecilie, Nilsson Lars N G, Tønjum Tone

Transient OGG1, APE1, PARP1 and Polß expression in an Alzheimer's disease mouse model.

Mech Ageing Dev 2013 Oct;134(10):467-77. Epub 2013 okt 11

PMID: 24121118

Pietrzyk Jacek J, Kwinta Przemko, Wollen Embjorg J, Bik-Multanowski Miroslaw, Madetko-Talowska Anna, Günther Clara-Cecilie, Jagla Mateusz, Tomasik Tomasz, Saugstad Ola D

Gene expression profiling in preterm infants: new aspects of bronchopulmonary dysplasia development.

PLoS One 2013;8(10):e78585. Epub 2013 okt 23

PMID: 24194948

Nakken Sigve, Johansen Morten, Fillebeen Julien, Berge Ole Petter, Kirkerød Harald, Jenssen Tor-Kristian, Hovig Eivind

CellLineMiner: a knowledge portal for human cell lines.

Bioinformation 2012;8(22):1119-22. Epub 2012 nov 13

PMID: 23251048

Skotheim Rolf I, Meza-Zepeda Leonardo A, Hovig Eivind, Lønning Per E, Lothe Ragnhild A, Myklebost Ola

[Genome sequencing for personalized cancer treatment].

Tidsskr Nor Laegeforen 2012 Nov;132(21):2406-8.

PMID: 23160594

Kresse Stine H, Rydbeck Halfdan, Skårn Magne, Namløs Heidi M, Barragan-Polania Ana H, Cleton-Jansen Anne-Marie, Serra Massimo, Liestøl Knut, Hogendoorn Pancras C W, Hovig Eivind, Myklebost Ola, Meza-Zepeda Leonardo A

Integrative analysis reveals relationships of genetic and epigenetic alterations in osteosarcoma.

PLoS One 2012;7(11):e48262. Epub 2012 nov 7

PMID: 23144859

Thingnes Josef, Lavelle Timothy J, Hovig Eivind, Omholt Stig W

Understanding the melanocyte distribution in human epidermis: an agent-based computational model approach.

PLoS One 2012;7(7):e40377. Epub 2012 jul 9

PMID: 22792296

Liu Fang, Kuo Winston P, Jenssen Tor-Kristian, Hovig Eivind

Performance comparison of multiple microarray platforms for gene expression profiling.

Methods Mol Biol 2012;802():141-55.

PMID: 22130879

Trachtenberg Alexander J, Robert Jae-Hyung, Abdalla Azza E, Fraser Andrew, He Steven Y, Lacy Jessica N, Rivas-Morello Chiara, Truong Allison, Hardiman Gary, Ohno-Machado Lucila, Liu Fang, Hovig Eivind, Kuo Winston Patrick

A primer on the current state of microarray technologies.

Methods Mol Biol 2012;802():3-17.

PMID: 22130870

Rutkovskiy Arkady, Mariero Lars Henrik, Nygård Ståle, Stensløkken Kåre-Olav, Valen Guro, Vaage Jarle

Transient hyperosmolality modulates expression of cardiac aquaporins.

Biochem Biophys Res Commun 2012 Aug;425(1):70-5. Epub 2012 jul 20

PMID: 22820194

Lindholm Evita M, Kristian Alexandr, Nalwoga Hawa, Krüger Kristi, Nygård Ståle, Akslen Lars A, Mælandsmo Gunhild M, Engebraaten Olav

Effect of antiangiogenic therapy on tumor growth, vasculature and kinase activity in basal- and luminal-like breast cancer xenografts.

Mol Oncol 2012 Aug;6(4):418-27. Epub 2012 mar 31

PMID: 22521242

Waehre Anne, Vistnes Maria, Sjaastad Ivar, Nygård Ståle, Husberg Cathrine, Lunde Ida Gjervold, Aukrust Pål, Yndestad Arne, Vinge Leif E, Behmen Dina, Neukamm Christian, Brun Henrik, Thaulow Erik, Christensen Geir

Chemokines regulate small leucine-rich proteoglycans in the extracellular matrix of the pressure-overloaded right ventricle.

J Appl Physiol 2012 Apr;112(8):1372-82. Epub 2012 feb 16

PMID: 22345433

Sandve Geir K, Gundersen Sveinung, Rydbeck Halfdan, Glad Ingrid K, Holden Lars, Holden Marit, Liestøl Knut, Clancy Trevor, Drabløs Finn, Ferkingstad Egil, Johansen Morten, Nygaard Vegard, Tøstesen Eivind, Frigessi Arnoldo, Hovig Eivind

The differential disease regulome.

BMC Genomics 2011;12():353. Epub 2011 jul 7

PMID: 21736759

Ågesen T H, Berg M, Clancy T, Thiis-Evensen E, Cekaite L, Lind G E, Nesland J M, Bakka A, Mala T, Hauss H J, Fetveit T, Vatn M H, Hovig E, Nesbakken A, Lothe R A, Skotheim R I

CLC and IFNAR1 are differentially expressed and a global immunity score is distinct between early- and late-onset colorectal cancer.

Genes Immun 2011 Dec;12(8):653-62. Epub 2011 jun 30

PMID: 21716316

Clancy Trevor, Pedicini Marco, Castiglione Filippo, Santoni Daniele, Nygaard Vegard, Lavelle Timothy J, Benson Mikael, Hovig Eivind

Immunological network signatures of cancer progression and survival.

BMC Med Genomics 2011;4():28. Epub 2011 mar 31

PMID: 21453479

Gundersen Sveinung, Kalas Matus, Abul Osman, Frigessi Arnoldo, Hovig Eivind, Sandve Geir Kjetil

Identifying elemental genomic track types and representing them uniformly.

BMC Bioinformatics 2011 Dec;12(1):494. Epub 2011 des 30

PMID: 22208806

Halle Cathinka, Lando Malin, Svendsrud Debbie Hege, Clancy Trevor, Holden Marit, Sundfør Kolbein, Kristensen Gunnar B, Holm Ruth, Lyng Heidi

Membranous expression of ectodomain isoforms of the epidermal growth factor receptor predicts outcome after chemoradiotherapy of lymph node-negative cervical cancer.

Clin Cancer Res 2011 Aug;17(16):5501-12. Epub 2011 jul 7

PMID: 21737508

Deltagere
  • Ståle Nygård Prosjektdeltaker
  • Merete Molton Worren Prosjektdeltaker
  • Johannes Eivind Hovig Prosjektleder
  • Morten Johansen Prosjektdeltaker
  • Vegard Nygaard Prosjektdeltaker
  • Daniel Vodak Prosjektdeltaker
  • Eivind Hovig Prosjektleder

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern  -  Informasjonskapsler