eRapport

Regional Core Facility for Structural Biology and Bioinformatics

Prosjekt
Prosjektnummer
2012085
Ansvarlig person
Bjørn Dalhus
Institusjon
Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori
Regional teknologisk kjernefasilitet
Helsekategori
Forskningsaktivitet
Rapporter
2014
Plattformen betjener forskningsgrupper ved alle foretak tilknyttet Helse-Sør-Øst med behov for støtte innen strukturbiologi og strukturrelatert bioinformatikk. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, service og tilgang til krystallisering, interaksjonsstudier, 3D-modellering og strukturanalyser, samt bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data for potensielle terapeutiske targets. Plattformen har arbeidet med struktur- og bioinformatikkanalyser av en rekke humane proteiner involvert i blant annet immunrespons, DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering og metabolisme, humane kinaser, epigenetikk, nevrologisk utvikling, kalsium homeostase relatert til hjertesvikt, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og regulering av oksidativt stress. Vi har også gjennomført virtuell screening av molekyldatabaser i forbindelse med design av enzymhemmere, samt gjennomført flere store statistiske analyser av kliniske data som ennå ikke er publisert. Aktiviteten ved plattformen er høy og vi er/har vært involvert i over 140 ulike prosjekter fra rundt 50 forskningsgupper i helseregionen. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og i utlandet. Plattformen har fått oppgradert sin krystalliseringskapasitet ved investering i en ny krystalliseringsrobot. Vi har screenet proteiner for mange forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata for mange krystaller ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. Vi har løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. Vi har studert protein-protein og protein-ligandinteraksjoner for flere bruker, både med ITC, MST og SPR. Vi har også hatt noen oppdrag fra industripartner. Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby instrumentering. Plattformen har bidratt til studie av mutasjoner i enzymet PGM3 som gir glykosyleringsdefekter med påfølgende alvorlig immunsvikt og skjelettdysplasi ( Stray-Pedersen et al, Am J Hum Genet, 2014). Plattformen har bidratt med ulike bioinformatikk- og strukturanalyser av CTLA-4, involvert i Crohns sykdom (Zeissig et al, Gut, 2014), LDL reseptor involvert i hyperkolesterolemi (Strøm et al, FEBS Open Bio, 2014), og RecG helikase fra mycobacterium tuberculosis (Zegeye et al, Microbiology, 2014), et mulig target for nyutvikling av antibakterielle legemidler. Videre har plattformen vært involvert i prosjekter som omhandler studier av calpain/NCX1 komplekset, som er involvert i hjertesvikt (Wanichawan et al, J Biol Chem, 2014); studier av kompleks mellom FcRn reseptor og serum albumin (Sand et al, J Biol Chem, Des. 2014 & Sand et al, J Biol Chem, Jun 2014 & Andersen et al, J Biol Chem, May 2014); og analyse av mutasjoner STIM1 involvert i Strormorken syndrom (Misceo et al, Hum Mutat, 2014).
2013
Plattformen betjener forskningsgrupper ved alle foretak tilknyttet Helse-Sør-Øst med behov for støtte innen strukturbiologi/bioinformatikk. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, 3D-modellering og strukturanalyser, samt bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data for potensielle terapeutiske targets.Plattformen har arbeidet med struktur- og bioinformatikkanalyser av en rekke humane proteiner involvert i blant annet immunrespons, DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering og metabolisme, antibakterielle peptider og SOS respons, cAMP-avhengige kinaser, DNA rekombinasjon, defekter i vitamin B12 metabolisme, humane kinaser, DNA transkripsjon, epigenetikk, nevrologisk utvikling, kalsium homeostase relatert til hjertesvikt, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og hemoglobinopati. Vi har også gjennomført virtuell screening av molekyldatabaser i forbindelse med design av enzymhemmere, samt gjennomført flere store statistiske analyser av kliniske data som ennå ikke er publisert. Aktiviteten ved plattfprmen er høy og vi er/har vært involvert i over 120 ulike prosjekter fra rundt 50 forskningsgupper i helseregionen. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og i utlandet. Plattformen har utvidet sin infrastruktur til også å omfatte MASL og DLS for proteinkarakterisering, samt ITC og MST for interaksjonsstudier. Vi har publisert flere protein-DNA komplekser, inkludert DNA glykosylase, DNA helikase og DNA endonuklease som viser hvordan enzymene kan gjenkjenne DNA-skader (Backe et al, J Struct Biol, 2013; Rosnes et al, Structure, 2013; Dalhus et al, Structure, 2013) Vi har også avdekket aktivitet for human EndoV (Vik et al, Nature Comm, 2013) og human Neil3 (Krokeide et al, DNA repair, 2013) Plattformen har bidratt til studie av proteinkompleks mellom human DKC1 og SMUG1 involvert i RNA metabolisme (Jobert et al, Mol Cell, 2013), og også arbeidet videre med design av mutanter av human albumin for å forlenge serum halveringstid for albumin generelt og legemidler som binder til albumin spesielt. Plattformen har bidratt med bioinformatikkanalyse av det antibakterielle SOS respons-peptidet DinQ (Weel-Sneve et al, PLoS Genet, 2013), og assistert i en studie av naturlige mutasjoner i Mycobacterium tuberculosis RecG (Zegeye et al, Micobiology, 2014), et mulig target for nyutvikling av antibakterielle legemidler. Vi har også jobbet med evolusjonsstudie av cAMP-avhengige protein kinase PKA (Søberg et al, PLoS One, 2013), transkripsjonsrespons i E. coli (Booth et al, Sci Rep, 2013), og genotype-fenotype analyse av polymorfisme i human Ogg1 (Simonelli et al, Free Radic Biol Med, 2013).
2012
Plattformen betjener forskningsgrupper ved alle foretak tilknyttet Helse-SØ med behov for støtte innen strukturbiologi/bioinformatikk. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, 3D-modellering og strukturanalyser, samt bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data for potensielle terapeutiske targets.Plattformen har arbeidet med struktur- og bioinformatikkanalyser av en rekke humane proteiner involvert i immunrespons, DNA reparasjon og kreft, primær sclerosing cholangitis, arvelig tyrosinemia, koleserolmetabolisme, Huntington, protein engineering og strukturanalyser av FcRn-albumunkompleks relevant for forlenget resyklering av serum albumin og legemidler som binder til albumin, humane kinaser, DNA helikaser og transkripsjon. Plattformen har videre gjennomført kompetanseutvikling og etablering av infrastruktur og eksperimentelt arbeid for virtuel screening av molekyldatabaser i forbindelse med design av enzymhemmere. Vi har strukturbestemt flere protein-DNA komplekser, inkludert DNA glykosylase, DNA helikase og DNA endonuklease. Disse modellene har gitt verdifull innsikt i hvordan enzymene kan gjenkjenne DNA-skader og korrigere for slike feil. Defekter i DNA reparasjon kan føre til ustabilitet i kromosomene og utvikling av kreft. Modellene viser hvilke deler av proteinene som er essensielle for korrekt funksjon. Disse modellene vil bli publisert i løpet av 2013. Vi har også studert den katalytiske mekanismen for human Neil1 (Vik et al, DNA repair, 2012 & Møllersen et al, Hum Mol Genet, 2012) og Neil3 (Zandstra et at, in prep), samt AP endonuklease (Korvald et al, DNA repair, 2012). Platformen har bidratt til strukturanalyse og etablering av en dockingmodell for komplekset mellom human serum albumin og FcRn reseptor (Andersen et al, Nature Comm, 2012). Denne modellen er grunnlaget for videre studier som har som mål å designe mutanter av albumin for å forlenge serum halveringstid for albumin generelt og legemidler som binder til albumin speiselt. Platformen har vært med å utvikle albuminmutanter med økt stabilitet. Mutantene er patentert. Videre har plattformen bidratt til avdekking av funksjonen til cytomegalovirus UL114 og UL44, som interagerer med kromatinremodelleringsfaktoren SMARCB1 (Ranneberg-Nilsen et al, PLoS One, 2012). Plattformen har bidratt med bioinformatikkanalyser av proteiner involvert i nedbryting av et reseptorprotein for kolesteroltransportmolekyler (Tveten et al. Hum. Mol. Genet. 2012). Lavt nivå av denne reseptoren fører til høyt nivå av kolesterol og økt risiko for blodpropp og hjerteinfarkt. Kjente genetiske varianter i de konserverte områdene av enzymet som bryter ned reseptoren korrelerer med endring i enzymets aktivitet og stabilitet. Enzymet er et potensielt terapeutisk target for legemidler mot forhøyet kolesterolnivå. Vi har også deltatt i studie av human protein kinase A (PKA), som er relevant for utvikling av pevensjonsmidler (Hereng et al, J Struct Biol, 2012 & Søberg et al, PLoS One, 2012). Plattformen har vært involvert i to genetiske analyser av riskfaktorer for primær scleroserende cholangititt (PSC), som er en kronisk leverbetennelse (Folseraas et al, J Hepatol, 2012 & Ellinghaus et al, Hepatology, 2012). Nedbryting av kitin ved hjelp av kitinaser er en interessant prosess både fra et biologisk og et miljømessig perspektiv. Vi har arbeidet med strukturoppklaring av en kitinase (Payne et al, J Biol Chem, 2012)
Vitenskapelige artikler
Sand Kine Marita Knudsen, Bern Malin, Nilsen Jeannette, Dalhus Bjørn, Gunnarsen Kristin Støen, Cameron Jason, Grevys Algirdas, Bunting Karen, Sandlie Inger, Andersen Jan Terje

Interaction with Both Domain I and III of Albumin Is Required for Optimal pH-dependent Binding to the Neonatal Fc Receptor (FcRn).

J Biol Chem 2014 Dec 12;289(50):34583-94. Epub 2014 okt 24

PMID: 25344603

Wanichawan Pimthanya, Hafver Tandekile Lubelwana, Hodne Kjetil, Aronsen Jan Magnus, Lunde Ida Gjervold, Dalhus Bjørn, Lunde Marianne, Kvaløy Heidi, Louch William Edward, Tønnessen Theis, Sjaastad Ivar, Sejersted Ole Mathias, Carlson Cathrine Rein

Molecular basis of calpain cleavage and inactivation of the sodium-calcium exchanger 1 in heart failure.

J Biol Chem 2014 Dec 5;289(49):33984-98. Epub 2014 okt 21

PMID: 25336645

Sand Kine Marita Knudsen, Dalhus Bjørn, Christianson Gregory J, Bern Malin, Foss Stian, Cameron Jason, Sleep Darrell, Bjørås Magnar, Roopenian Derry C, Sandlie Inger, Andersen Jan Terje

Dissection of the neonatal Fc receptor (FcRn)-albumin interface using mutagenesis and anti-FcRn albumin-blocking antibodies.

J Biol Chem 2014 Jun 13;289(24):17228-39. Epub 2014 apr 24

PMID: 24764301

Andersen Jan Terje, Dalhus Bjørn, Viuff Dorthe, Ravn Birgitte Thue, Gunnarsen Kristin Støen, Plumridge Andrew, Bunting Karen, Antunes Filipa, Williamson Rebecca, Athwal Steven, Allan Elizabeth, Evans Leslie, Bjørås Magnar, Kjærulff Søren, Sleep Darrell, Sandlie Inger, Cameron Jason

Extending serum half-life of albumin by engineering neonatal Fc receptor (FcRn) binding.

J Biol Chem 2014 May 9;289(19):13492-502. Epub 2014 mar 20

PMID: 24652290

Misceo Doriana, Holmgren Asbjørn, Louch William E, Holme Pål A, Mizobuchi Masahiro, Morales Raul J, De Paula André Maues, Stray-Pedersen Asbjørg, Lyle Robert, Dalhus Bjørn, Christensen Geir, Stormorken Helge, Tjønnfjord Geir E, Frengen Eirik

A dominant STIM1 mutation causes Stormorken syndrome.

Hum Mutat 2014 May;35(5):556-64. Epub 2014 apr 9

PMID: 24619930

Yang Mingyi, Luna Luisa, Sørbø Jan Gunnar, Alseth Ingrun, Johansen Rune F, Backe Paul H, Danbolt Niels C, Eide Lars, Bjørås Magnar

Human OXR1 maintains mitochondrial DNA integrity and counteracts hydrogen peroxide-induced oxidative stress by regulating antioxidant pathways involving p21.

Free Radic Biol Med 2014 Dec;77():41-8. Epub 2014 sep 16

PMID: 25236744

Stray-Pedersen Asbjørg, Backe Paul H, Sorte Hanne S, Mørkrid Lars, Chokshi Niti Y, Erichsen Hans Christian, Gambin Tomasz, Elgstøen Katja B P, Bjørås Magnar, Wlodarski Marcin W, Krüger Marcus, Jhangiani Shalini N, Muzny Donna M, Patel Ankita, Raymond Kimiyo M, Sasa Ghadir S, Krance Robert A, Martinez Caridad A, Abraham Shirley M, Speckmann Carsten, Ehl Stephan, Hall Patricia, Forbes Lisa R, Merckoll Else, Westvik Jostein, Nishimura Gen, Rustad Cecilie F, Abrahamsen Tore G, Rønnestad Arild, Osnes Liv T, Egeland Torstein, Rødningen Olaug K, Beck Christine R, Baylor-Johns Hopkins Center for Mendelian Genomics, Boerwinkle Eric A, Gibbs Richard A, Lupski James R, Orange Jordan S, Lausch Ekkehart, Hanson I Celine

PGM3 mutations cause a congenital disorder of glycosylation with severe immunodeficiency and skeletal dysplasia.

Am J Hum Genet 2014 Jul 3;95(1):96-107. Epub 2014 jun 12

PMID: 24931394

Strøm Thea Bismo, Tveten Kristian, Laerdahl Jon K, Leren Trond P

Mutation G805R in the transmembrane domain of the LDL receptor gene causes familial hypercholesterolemia by inducing ectodomain cleavage of the LDL receptor in the endoplasmic reticulum.

FEBS Open Bio 2014;4():321-7. Epub 2014 mar 19

PMID: 24918045

Zegeye Ephrem Debebe, Balasingham Seetha V, Laerdahl Jon K, Homberset Håvard, Kristiansen Per E, Tønjum Tone

Effects of conserved residues and naturally occurring mutations on Mycobacterium tuberculosis RecG helicase activity.

Microbiology 2014 Jan;160(Pt 1):217-27. Epub 2013 okt 29

PMID: 24169816

Palibrk Vuk, Lång Emma, Lång Anna, Schink Kay Oliver, Rowe Alexander D, Bøe Stig Ove

Promyelocytic leukemia bodies tether to early endosomes during mitosis.

Cell Cycle 2014;13(11):1749-55. Epub 2014 mar 26

PMID: 24675887

Bøyum A, Forstrøm R J, Sefland I, Sand K L, Benestad H B

Intricacies of redoxome function demonstrated with a simple in vitro chemiluminescence method, with special reference to vitamin B12 as antioxidant.

Scand J Immunol 2014 Dec;80(6):390-7.

PMID: 25345916

Skråmo Silje, Hersleth Hans Petter, Hammerstad Marta, Andersson K Kristoffer, Røhr Åsmund K

Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a ferredoxin/flavodoxin-NADP(H) oxidoreductase (Bc0385) from Bacillus cereus.

Acta Crystallogr F Struct Biol Commun 2014 Jun;70(Pt 6):777-80. Epub 2014 mai 10

PMID: 24915092

Hammerstad Marta, Hersleth Hans-Petter, Tomter Ane B, Røhr Asmund K, Andersson K Kristoffer

Crystal structure of Bacillus cereus class Ib ribonucleotide reductase di-iron NrdF in complex with NrdI.

ACS Chem Biol 2014 Feb 21;9(2):526-37. Epub 2013 des 11

PMID: 24295378

Rosnes Ida, Rowe Alexander D, Vik Erik S, Forstrøm Rune Johansen, Alseth Ingrun, Bjørås Magnar, Dalhus Bjørn

Structural basis of DNA loop recognition by endonuclease V.

Structure 2013 Feb 5;21(2):257-65. Epub 2013 jan 11

PMID: 23313664

Booth James A, Thomassen Gard O S, Rowe Alexander D, Weel-Sneve Ragnhild, Lagesen Karin, Kristiansen Knut I, Bjørås Magnar, Rognes Torbjørn, Lindvall Jessica M

Tiling array study of MNNG treated Escherichia coli reveals a widespread transcriptional response.

Sci Rep 2013;3():3053. Epub 2013 okt 25

PMID: 24157950

Søberg Kristoffer, Jahnsen Tore, Rognes Torbjørn, Skålhegg Bjørn S, Laerdahl Jon K

Evolutionary paths of the cAMP-dependent protein kinase (PKA) catalytic subunits.

PLoS One 2013;8(4):e60935. Epub 2013 apr 12

PMID: 23593352

Backe Paul H, Simm Roger, Laerdahl Jon K, Dalhus Bjørn, Fagerlund Annette, Okstad Ole A, Rognes Torbjørn, Alseth Ingrun, Kolstø Anne-Brit, Bjørås Magnar

A new family of proteins related to the HEAT-like repeat DNA glycosylases with affinity for branched DNA structures.

J Struct Biol 2013 Jul;183(1):66-75. Epub 2013 apr 25

PMID: 23623903

Krokeide Silje Z, Laerdahl Jon K, Salah Medya, Luna Luisa, Cederkvist F Henning, Fleming Aaron M, Burrows Cynthia J, Dalhus Bjørn, Bjørås Magnar

Human NEIL3 is mainly a monofunctional DNA glycosylase removing spiroimindiohydantoin and guanidinohydantoin.

DNA Repair (Amst) 2013 Dec;12(12):1159-64. Epub 2013 jun 5

PMID: 23755964

Backe Paul Hoff, Ytre-Arne Mari, Røhr Asmund Kjendseth, Brodtkorb Else, Fowler Brian, Rootwelt Helge, Bjørås Magnar, Mørkrid Lars

Novel Deletion Mutation Identified in a Patient with Late-Onset Combined Methylmalonic Acidemia and Homocystinuria, cblC Type.

JIMD Rep 2013;11():79-85. Epub 2013 apr 12

PMID: 23580368

Simonelli Valeria, Camerini Serena, Mazzei Filomena, Van Loon Barbara, Allione Alessandra, D'Errico Mariarosaria, Barone Flavia, Minoprio Anna, Ricceri Fulvio, Guarrera Simonetta, Russo Alessia, Dalhus Bjørn, Crescenzi Marco, Hübscher Ulrich, Bjørås Magnar, Matullo Giuseppe, Dogliotti Eugenia

Genotype-phenotype analysis of S326C OGG1 polymorphism: a risk factor for oxidative pathologies.

Free Radic Biol Med 2013 Oct;63():401-9. Epub 2013 mai 28

PMID: 23726996

Dalhus Bjørn, Nilsen Line, Korvald Hanne, Huffman Joy, Forstrøm Rune Johansen, McMurray Cynthia T, Alseth Ingrun, Tainer John A, Bjørås Magnar

Sculpting of DNA at abasic sites by DNA glycosylase homolog mag2.

Structure 2013 Jan 8;21(1):154-66. Epub 2012 des 13

PMID: 23245849

Jobert Laure, Skjeldam Hanne K, Dalhus Bjørn, Galashevskaya Anastasia, Vågbø Cathrine Broberg, Bjørås Magnar, Nilsen Hilde

The human base excision repair enzyme SMUG1 directly interacts with DKC1 and contributes to RNA quality control.

Mol Cell 2013 Jan 24;49(2):339-45. Epub 2012 des 13

PMID: 23246433

Weel-Sneve Ragnhild, Kristiansen Knut Ivan, Odsbu Ingvild, Dalhus Bjørn, Booth James, Rognes Torbjørn, Skarstad Kirsten, Bjørås Magnar

Single transmembrane peptide DinQ modulates membrane-dependent activities.

PLoS Genet 2013;9(2):e1003260. Epub 2013 feb 7

PMID: 23408903

Vik Erik Sebastian, Nawaz Meh Sameen, Strøm Andersen Pernille, Fladeby Cathrine, Bjørås Magnar, Dalhus Bjørn, Alseth Ingrun

Endonuclease V cleaves at inosines in RNA.

Nat Commun 2013;4():2271.

PMID: 23912683

Payne Christina M, Baban Jamil, Horn Svein J, Backe Paul H, Arvai Andrew S, Dalhus Bjørn, Bjørås Magnar, Eijsink Vincent G H, Sørlie Morten, Beckham Gregg T, Vaaje-Kolstad Gustav

Hallmarks of processivity in glycoside hydrolases from crystallographic and computational studies of the Serratia marcescens chitinases.

J Biol Chem 2012 Oct;287(43):36322-30. Epub 2012 sep 5

PMID: 22952223

Bliksrud Yngve T, Brodtkorb Else, Backe Paul H, Woldseth Berit, Rootwelt Helge

Hereditary tyrosinaemia type I in Norway: incidence and three novel small deletions in the fumarylacetoacetase gene.

Scand J Clin Lab Invest 2012 Sep;72(5):369-73. Epub 2012 mai 4

PMID: 22554029

Søberg Kristoffer, Larsen Anja C V, Diskar Mandy, Backe Paul H, Bjørås Magnar, Jahnsen Tore, Laerdahl Jon K, Rognes Torbjørn, Herberg Friedrich W, Skålhegg Bjørn S

Identification and characterization of novel mutations in the human gene encoding the catalytic subunit Calpha of protein kinase A (PKA).

PLoS One 2012;7(4):e34838. Epub 2012 apr 13

PMID: 22514673

Hereng Tuva H, Backe Paul H, Kahmann Jan, Scheich Christoph, Bjørås Magnar, Skålhegg Bjørn S, Rosendal Ken R

Structure and function of the human sperm-specific isoform of protein kinase A (PKA) catalytic subunit Ca2.

J Struct Biol 2012 Jun;178(3):300-10. Epub 2012 apr 6

PMID: 22504716

Ranneberg-Nilsen Toril, Rollag Halvor, Slettebakk Ragnhild, Backe Paul Hoff, Olsen Øyvind, Luna Luisa, Bjørås Magnar

The chromatin remodeling factor SMARCB1 forms a complex with human cytomegalovirus proteins UL114 and UL44.

PLoS One 2012;7(3):e34119. Epub 2012 mar 27

PMID: 22479537

Møllersen Linda, Rowe Alexander D, Illuzzi Jennifer L, Hildrestrand Gunn A, Gerhold Katharina J, Tveterås Linda, Bjølgerud Anja, Wilson David M, Bjørås Magnar, Klungland Arne

Neil1 is a genetic modifier of somatic and germline CAG trinucleotide repeat instability in R6/1 mice.

Hum Mol Genet 2012 Nov;21(22):4939-47. Epub 2012 aug 21

PMID: 22914735

Tveten Kristian, Holla Øystein L, Cameron Jamie, Strøm Thea Bismo, Berge Knut Erik, Laerdahl Jon K, Leren Trond P

Interaction between the ligand-binding domain of the LDL receptor and the C-terminal domain of PCSK9 is required for PCSK9 to remain bound to the LDL receptor during endosomal acidification.

Hum Mol Genet 2012 Mar;21(6):1402-9. Epub 2011 des 8

PMID: 22156580

Korvald Hanne, Falnes Pål Ø, Laerdahl Jon K, Bjørås Magnar, Alseth Ingrun

The Schizosaccharomyces pombe AlkB homolog Abh1 exhibits AP lyase activity but no demethylase activity.

DNA Repair (Amst) 2012 May;11(5):453-62. Epub 2012 feb 23

PMID: 22365419

Folseraas Trine, Melum Espen, Rausch Philipp, Juran Brian D, Ellinghaus Eva, Shiryaev Alexey, Laerdahl Jon K, Ellinghaus David, Schramm Christoph, Weismüller Tobias J, Gotthardt Daniel Nils, Hov Johannes Roksund, Clausen Ole Petter, Weersma Rinse K, Janse Marcel, Boberg Kirsten Muri, Björnsson Einar, Marschall Hanns-Ulrich, Cleynen Isabelle, Rosenstiel Philip, Holm Kristian, Teufel Andreas, Rust Christian, Gieger Christian, Wichmann H-Erich, Bergquist Annika, Ryu Euijung, Ponsioen Cyriel Y, Runz Heiko, Sterneck Martina, Vermeire Severine, Beuers Ulrich, Wijmenga Cisca, Schrumpf Erik, Manns Michael P, Lazaridis Konstantinos N, Schreiber Stefan, Baines John F, Franke Andre, Karlsen Tom H

Extended analysis of a genome-wide association study in primary sclerosing cholangitis detects multiple novel risk loci.

J Hepatol 2012 Aug;57(2):366-75. Epub 2012 apr 18

PMID: 22521342

Balasingham Seetha V, Zegeye Ephrem Debebe, Homberset Håvard, Rossi Marie L, Laerdahl Jon K, Bohr Vilhelm A, Tønjum Tone

Enzymatic activities and DNA substrate specificity of Mycobacterium tuberculosis DNA helicase XPB.

PLoS One 2012;7(5):e36960. Epub 2012 mai 16

PMID: 22615856

Ellinghaus David, Folseraas Trine, Holm Kristian, Ellinghaus Eva, Melum Espen, Balschun Tobias, Laerdahl Jon K, Shiryaev Alexey, Gotthardt Daniel N, Weismüller Tobias J, Schramm Christoph, Wittig Michael, Bergquist Annika, Björnsson Einar, Marschall Hanns-Ulrich, Vatn Morten, Teufel Andreas, Rust Christian, Gieger Christian, Wichmann H-Erich, Runz Heiko, Sterneck Martina, Rupp Christian, Braun Felix, Weersma Rinse K, Wijmenga Cisca, Ponsioen Cyriel Y, Mathew Christopher G, Rutgeerts Paul, Vermeire Séverine, Schrumpf Erik, Hov Johannes R, Manns Michael P, Boberg Kirsten M, Schreiber Stefan, Franke Andre, Karlsen Tom H

Genome-wide association analysis in primary sclerosing cholangitis and ulcerative colitis identifies risk loci at GPR35 and TCF4.

Hepatology 2013 Sep;58(3):1074-83. Epub 2013 jan 17

PMID: 22821403

Fladeby Cathrine, Vik Erik Sebastian, Laerdahl Jon K, Gran Neurauter Christine, Heggelund Julie E, Thorgaard Eirik, Strøm-Andersen Pernille, Bjørås Magnar, Dalhus Bjørn, Alseth Ingrun

The human homolog of Escherichia coli endonuclease V is a nucleolar protein with affinity for branched DNA structures.

PLoS One 2012;7(11):e47466. Epub 2012 nov 5

PMID: 23139746

Zegeye Ephrem Debebe, Balasingham Seetha V, Laerdahl Jon K, Homberset Håvard, Tønjum Tone

Mycobacterium tuberculosis RecG binds and unwinds model DNA substrates with a preference for Holliday junctions.

Microbiology 2012 Aug;158(Pt 8):1982-93. Epub 2012 mai 24

PMID: 22628485

Vik Erik Sebastian, Alseth Ingrun, Forsbring Monika, Helle Ina Høydal, Morland Ingrid, Luna Luisa, Bjørås Magnar, Dalhus Bjørn

Biochemical mapping of human NEIL1 DNA glycosylase and AP lyase activities.

DNA Repair (Amst) 2012 Sep;11(9):766-73. Epub 2012 aug 1

PMID: 22858590

Andersen Jan Terje, Dalhus Bjørn, Cameron Jason, Daba Muluneh Bekele, Plumridge Andrew, Evans Leslie, Brennan Stephan O, Gunnarsen Kristin Støen, Bjørås Magnar, Sleep Darrell, Sandlie Inger

Structure-based mutagenesis reveals the albumin-binding site of the neonatal Fc receptor.

Nat Commun 2012;3():610. Epub 2012 jan 3

PMID: 22215085

Jan Terje Andersen, Bjorn Dalhus, Inger Sandlie, Jason Cameron, Andrew Plumridge, Esben Peter Friis, Karen Delahay

Albumin variants

US Patent Applicaton: #20120322739

Doktorgrader
Marta Hammerstad

Structural and Functional Studies of Proteins in the Class Ib Ribonucleotide Reductase System

Disputert:
august 2014
Hovedveileder:
K. Kristoffer Andersson
Erik Sebastian Vik

Processing of DNA and RNA substrates by endonuclease V

Disputert:
april 2014
Hovedveileder:
Ingrun Alseth
Ida Rosnes

Structure and Dynamics of Endonuclease V Interacting with DNA

Disputert:
februar 2013
Hovedveileder:
Bjørn Dalhus
Ephrem Debebe Zegeye

Biochemical Characterization of the DNA Helicases RecG, XPB and DinG in Mycobacterium tuberculosis

Disputert:
april 2013
Hovedveileder:
Tone Tønjum
Silje Zandstra Krokeide

Biochemical characterization of mammalian NEIL3 and involvement in repair of hydantoin lesions in proliferative tissue

Disputert:
februar 2013
Hovedveileder:
Magnar Bjørås
Elisabeth Henie Madslien

Phylogeny, germination and cytotoxicity of Bacillus licheniformis- Relevance to food spoilage and food safety

Disputert:
desember 2013
Hovedveileder:
Per Einar Granum
Yngve Thomas Bliksrud

Hereditary tyrosinaemia type I. Studies on the molecular genetics and DNA repair enzymes

Disputert:
november 2012
Hovedveileder:
Magnar Bjørås
Hanne K Skjeldam

The role of DNA glycosylases beyond DNA repair.

Disputert:
november 2012
Hovedveileder:
Hilde Nilsen
Toril Ranneberg-Nilsen

The impact of DNA base excision and chromatin remodeling on cytomegalovirus DNA-replication.

Disputert:
september 2012
Hovedveileder:
Magnar Bjørås
Tuva Holt Hereng

Metabolic Regulation of Human Sperm Cell Motility and Capacitation.

Disputert:
desember 2012
Hovedveileder:
Bjørn Steen Skålhegg
Kristin Støen Gunnarsen

T cell receptor expression and engineering

Disputert:
mars 2012
Hovedveileder:
Inger Sandlie
Hanne Korvald

Repair of alkylation induced DNA damage in Schizosaccharomyces pombe

Disputert:
juni 2012
Hovedveileder:
Ingrun Alseth
Line Nilsen

Repair of AP sites in Schizosaccharomyces pombe

Disputert:
juni 2012
Hovedveileder:
Ingrun Alseth
Deltagere
  • Pernille Strøm Andersen Prosjektdeltaker
  • Magnar Bjørås Prosjektdeltaker
  • Rune Forstrøm Johansen Prosjektdeltaker
  • Jon Kristen Lærdahl Prosjektdeltaker
  • Paul Hoff Backe Prosjektdeltaker
  • Alexander D. Rowe Prosjektdeltaker
  • Bjørn Dalhus Prosjektleder
  • Torbjørn Rognes Forskningsgruppeleder

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern  -  Informasjonskapsler