eRapport

The Norwegian Sequencing Centre (NSC) - a national core facility for high throughput sequencing

Prosjekt
Prosjektnummer
2013090
Ansvarlig person
Dag Undlien
Institusjon
Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori
Regional teknologisk kjernefasilitet
Helsekategori
Forskningsaktivitet
Rapporter
2014
The Norwegian Sequencing Centre, NSC, er en nasjonal kjernefasilitet for sekvensering som har stadig økende aktivitet. Utstyret til sekvensering er i det vesentligste finansiert av Norges Forskningsråds infrastrukturprogram, mens driften finansieres av bevilgning fra Helse Sør-øst samt fra OUS og UiO. I tillegg kommer brukerbetaling som er med på å finansiere stillinger til drift. I 2014 har vi hatt 248 prosjekter fordelt på 166 ulike brukere fra hele landet. Totalt har cirka 6500 prøver blitt sekvensert. Vi har i løpet av året anskaffet tre nye sekvensatorer og flere av våre eksisterende sekvensatorer har blitt oppgradert. Til sammen har dette ført til ytterligere økning av vår sekvenseringskapasitet. Vi har også i inneværende år gått til anskaffelse av et laboratoriedatasystem (LIMS) fra Genologics (finansiert av Norges Forskningsråd) som implementeres i disse dager. Dette vil øke kvaliteten på våre analyser og gjøre det lettere å følge prøvenes gang gjennom laboratoriet, samt gi oss en langt bedre oversikt over vår aktivitet. Vi forventer fortsatt økende bruk av DNA sekvensering i forskningsprosjekter og undersøkelsene forventes å bli stadig mer omfattende. I 2014 har vi inngått et forpliktende samarbeid med kjernefasiliteten for sekvensering ved Radiumhospitalet (Genomics Core Facility) og vi sendte i 2014 en felles søknad om støtte som kjernefasilitet for sekvensering fra Helse Sør-øst som vi nettopp har fått innvilget. Dette var i tråd med en rapport med anbefalinger om organisering av sekvenseringsaktivitet i Helse Sør-øst utarbeidet av en internasjonal ekspertgruppe oppnevnt av Samarbeidsorganet OUS-HSØ. Vi har også i 2014 innledet et samarbeid med sekvenseringsmiljøer ved Universitetet i Bergen og NTNU som resulterte i en felles søknad til NFRs infrastrukturprogram om en stormaskin (i virkeligheten en pakke bestående av 10 maskiner) spesialdesignet for human helgenomsekvensering. Skulle denne søknaden bli innvilget vil vi forvente en ytterligere økning i vår aktivitet og med det også behov for flere personalressurser til å drifte kjernefasiliteten.
2013
The Norwegian Sequencing Centre (NSC) er en kjernefasilitet for high throughput DNA sekvensering (HTS) som yter service for forskere fra hele landet. I tillegg til støtten fra HSØ mottar NSC bevilgning fra Norges Forskningsråds program for storskala infrastruktur av nasjonal karakter. NSC har svært stor og økende aktivitet.The Norwegian Sequencing Centre er en nasjonal kjernefasilitet for high throughput DNA sekvensering (HTS) hvor utstyret i hovedsak er finansiert av Norges Forskningsråds Infrastrukturprogram for kjernefasiliteter av nasjonal karakter. Vi har mottatt støtte til drift fra HSØ i totalt 5 år og har også mottatt støtte for 2014. I 2013 har vi fått bevilget totalt NOk 41 mill fra Norges Forskningsråd hovedsaklig til utstyrsinvesteringer for de neste 4 år. Norges Forskningsråds støtte er ikke til drift av kjernefasiliteten så her er vi avhengig av annen støtte slik som denne fra HSØ. Aktiviteten ved NSC fortsetter å stige. I 2013 har vi hatt over 190 prosjekter med nærmere 3300 prøver som har blitt sekvensert i kjernefasiliteten. Cirka 10% av prosjektene er fra forskningsgrupper i egne avdelinger. Totalt er cirka 25% av prosjektene utgående fra OUS og cirka 15% fra UiO, mens 60% av prosjektene kommer fra andre institusjoner spredt over hele landet og noen få fra utlandet. Vi forventer at aktiviteten kommer til å fortsette å stige de nærmeste årene. En utfordring for oss er å sikre tilstrekkelig finansiering til å gi en god nok service til et så stort antall av brukere med et bredt spekter av ulike sekvenseringsapplikasjoner. HTS teknologien er en helt sentral teknologi for innføring av en mer persontilpasset medisinsk behandling i det norske helsevesenet og har en sentral plass i den HOD-initierte utredningen om dette temaet som pågår for tiden. I tråd med dette forventer vi økende bruk av HTS teknologien i kliniske forskningsprosjekter
Vitenskapelige artikler
Bjerga Gro Elin Kjæreng, Hjerde Erik, De Santi Concetta, Williamson Adele Kim, Smalås Arne Oskar, Willassen Nils Peder, Altermark Bjørn

High quality draft genome sequence of Streptomyces sp. strain AW19M42 isolated from a sea squirt in Northern Norway.

Stand Genomic Sci 2014 Jun 15;9(3):676-86. Epub 2014 mar 1

PMID: 25197453

Blaalid Rakel, Davey Marie L, Kauserud Håvard, Carlsen Tor, Halvorsen Rune, Høiland Klaus, Eidesen Pernille B

Arctic root-associated fungal community composition reflects environmental filtering.

Mol Ecol 2014 Feb;23(3):649-59.

PMID: 24320873

Boessenkool Sanne, McGlynn Gayle, Epp Laura S, Taylor David, Pimentel Manuel, Gizaw Abel, Nemomissa Sileshi, Brochmann Christian, Popp Magnus

Use of ancient sedimentary DNA as a novel conservation tool for high-altitude tropical biodiversity.

Conserv Biol 2014 Apr;28(2):446-55. Epub 2013 des 26

PMID: 24372820

Botnen Synnøve, Vik Unni, Carlsen Tor, Eidesen Pernille B, Davey Marie L, Kauserud Håvard

Low host specificity of root-associated fungi at an Arctic site.

Mol Ecol 2014 Feb;23(4):975-85.

PMID: 24382270

de Been Mark, Lanza Val F, de Toro María, Scharringa Jelle, Dohmen Wietske, Du Yu, Hu Juan, Lei Ying, Li Ning, Tooming-Klunderud Ave, Heederik Dick J J, Fluit Ad C, Bonten Marc J M, Willems Rob J L, de la Cruz Fernando, van Schaik Willem

Dissemination of Cephalosporin Resistance Genes between Escherichia coli Strains from Farm Animals and Humans by Specific Plasmid Lineages.

PLoS Genet 2014 Dec;10(12):e1004776. Epub 2014 des 18

PMID: 25522320

Domman Daryl, Collingro Astrid, Lagkouvardos Ilias, Gehre Lena, Weinmaier Thomas, Rattei Thomas, Subtil Agathe, Horn Matthias

Massive expansion of Ubiquitination-related gene families within the Chlamydiae.

Mol Biol Evol 2014 Nov;31(11):2890-904. Epub 2014 jul 28

PMID: 25069652

Eldholm Vegard, Norheim Gunnstein, von der Lippe Bent, Kinander Wibeke, Dahle Ulf R, Caugant Dominique A, Mannsåker Turid, Mengshoel Anne Torunn, Dyrhol-Riise Anne Ma, Balloux Francois

Evolution of extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis from a susceptible ancestor in a single patient.

Genome Biol 2014;15(11):490. Epub 2014 nov 7

PMID: 25418686

Fortunato Sofia A V, Adamski Marcin, Ramos Olivia Mendivil, Leininger Sven, Liu Jing, Ferrier David E K, Adamska Maja

Calcisponges have a ParaHox gene and dynamic expression of dispersed NK homeobox genes.

Nature 2014 Oct 30;514(7524):620-3.

PMID: 25355364

Hagen Live Heldal, Vivekanand Vivekanand, Linjordet Roar, Pope Phillip B, Eijsink Vincent G H, Horn Svein J

Microbial community structure and dynamics during co-digestion of whey permeate and cow manure in continuous stirred tank reactor systems.

Bioresour Technol 2014 Nov;171():350-9. Epub 2014 aug 30

PMID: 25222739

Hahn Christoph, Fromm Bastian, Bachmann Lutz

Comparative genomics of flatworms (platyhelminthes) reveals shared genomic features of ecto- and endoparastic neodermata.

Genome Biol Evol 2014 May;6(5):1105-17.

PMID: 24732282

Haugum Kjersti, Johansen Jostein, Gabrielsen Christina, Brandal Lin T, Bergh Kåre, Ussery David W, Drabløs Finn, Afset Jan Egil

Comparative genomics to delineate pathogenic potential in non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) from patients with and without haemolytic uremic syndrome (HUS) in Norway.

PLoS One 2014;9(10):e111788. Epub 2014 okt 31

PMID: 25360710

Håvelsrud Othilde Elise, Sørum Henning, Gaustad Peter

Genome Sequences of Corynebacterium pseudotuberculosis Strains 48252 (Human, Pneumonia), CS_10 (Lab Strain), Ft_2193/67 (Goat, Pus), and CCUG 27541.

Genome Announc 2014;2(5). Epub 2014 sep 4

PMID: 25189581

Haverkamp Thomas H A, Hammer Øyvind, Jakobsen Kjetill S

Linking geology and microbiology: inactive pockmarks affect sediment microbial community structure.

PLoS One 2014;9(1):e85990. Epub 2014 jan 24

PMID: 24475066

Kjos Morten, Oppegård Camilla, Diep Dzung B, Nes Ingolf F, Veening Jan-Willem, Nissen-Meyer Jon, Kristensen Tom

Sensitivity to the two-peptide bacteriocin lactococcin G is dependent on UppP, an enzyme involved in cell-wall synthesis.

Mol Microbiol 2014 Jun;92(6):1177-87. Epub 2014 mai 23

PMID: 24779486

Krogvold L, Edwin B, Buanes T, Frisk G, Skog O, Anagandula M, Korsgren O, Undlien D, Eike MC, Richardson SJ, Leete P, Morgan NG, Oikarinen S, Oikarinen M, Laiho JE, Hyöty H, Ludvigsson J, Hanssen KF, Dahl-Jørgensen K

Detection of a low-grade enteroviral infection in the islets of langerhans of living patients newly diagnosed with type 1 diabetes.

Diabetes 2015 May;64(5):1682-7. Epub 2014 nov 24

PMID: 25422108

Leininger Sven, Adamski Marcin, Bergum Brith, Guder Corina, Liu Jing, Laplante Mary, Bråte Jon, Hoffmann Friederike, Fortunato Sofia, Jordal Signe, Rapp Hans Tore, Adamska Maja

Developmental gene expression provides clues to relationships between sponge and eumetazoan body plans.

Nat Commun 2014;5():3905. Epub 2014 mai 20

PMID: 24844197

Li Yuchuan, Lee Sindre, Langleite Torgrim, Norheim Frode, Pourteymour Shirin, Jensen Jørgen, Stadheim Hans K, Storås Tryggve H, Davanger Svend, Gulseth Hanne L, Birkeland Kåre I, Drevon Christian A, Holen Torgeir

Subsarcolemmal lipid droplet responses to a combined endurance and strength exercise intervention.

Physiol Rep 2014 Nov 1;2(11). Epub 2014 nov 20

PMID: 25413318

Malde Ketil

Estimating the information value of polymorphic sites using pooled sequences.

BMC Genomics 2014 Oct 17;15(Suppl 6):S20. Epub 2014 okt 17

PMID: 25571927

Micci Francesca, Gorunova Ludmila, Gatius Sonia, Matias-Guiu Xavier, Davidson Ben, Heim Sverre, Panagopoulos Ioannis

MEAF6/PHF1 is a recurrent gene fusion in endometrial stromal sarcoma.

Cancer Lett 2014 May 28;347(1):75-8. Epub 2014 feb 11

PMID: 24530230

Micci Francesca, Panagopoulos Ioannis, Thorsen Jim, Davidson Ben, Tropé Claes Gøran, Heim Sverre

Low frequency of ESRRA-C11orf20 fusion gene in ovarian carcinomas.

PLoS Biol 2014 Feb;12(2):e1001784. Epub 2014 feb 4

PMID: 24504521

Misceo Doriana, Holmgren Asbjørn, Louch William E, Holme Pål A, Mizobuchi Masahiro, Morales Raul J, De Paula André Maues, Stray-Pedersen Asbjørg, Lyle Robert, Dalhus Bjørn, Christensen Geir, Stormorken Helge, Tjønnfjord Geir E, Frengen Eirik

A dominant STIM1 mutation causes Stormorken syndrome.

Hum Mutat 2014 May;35(5):556-64. Epub 2014 apr 9

PMID: 24619930

Panagopoulos Ioannis, Brandal Petter, Gorunova Ludmila, Bjerkehagen Bodil, Heim Sverre

Novel CSF1-S100A10 fusion gene and CSF1 transcript identified by RNA sequencing in tenosynovial giant cell tumors.

Int J Oncol 2014 May;44(5):1425-32. Epub 2014 mar 5

PMID: 24604026

Pfeifer Matthias, Kugler Karl G, Sandve Simen R, Zhan Bujie, Rudi Heidi, Hvidsten Torgeir R, International Wheat Genome Sequencing Consortium, Mayer Klaus F X, Olsen Odd-Arne

Genome interplay in the grain transcriptome of hexaploid bread wheat.

Science 2014 Jul 18;345(6194):1250091.

PMID: 25035498

Pihlstrøm Lasse, Rengmark Aina, Bjørnarå Kari Anne, Toft Mathias

Effective variant detection by targeted deep sequencing of DNA pools: an example from Parkinson's disease.

Ann Hum Genet 2014 May;78(3):243-52. Epub 2014 mar 24

PMID: 24660942

Quick Joshua, Cumley Nicola, Wearn Christopher M, Niebel Marc, Constantinidou Chrystala, Thomas Chris M, Pallen Mark J, Moiemen Naiem S, Bamford Amy, Oppenheim Beryl, Loman Nicholas J

Seeking the source of Pseudomonas aeruginosa infections in a recently opened hospital: an observational study using whole-genome sequencing.

BMJ Open 2014;4(11):e006278. Epub 2014 nov 4

PMID: 25371418

Samarakoon Pubudu Saneth, Sorte Hanne Sørmo, Kristiansen Bjørn Evert, Skodje Tove, Sheng Ying, Tjønnfjord Geir E, Stadheim Barbro, Stray-Pedersen Asbjørg, Rødningen Olaug Kristin, Lyle Robert

Identification of copy number variants from exome sequence data.

BMC Genomics 2014;15():661. Epub 2014 aug 7

PMID: 25102989

Siddiqui Huma, Yoder-Himes Deborah Ruth, Mizgalska Danuta, Nguyen Ky-Anh, Potempa Jan, Olsen Ingar

Genome Sequence of Porphyromonas gingivalis Strain HG66 (DSM 28984).

Genome Announc 2014;2(5). Epub 2014 sep 25

PMID: 25291768

Solli Linn, Håvelsrud Othilde Elise, Horn Svein Jarle, Rike Anne Gunn

A metagenomic study of the microbial communities in four parallel biogas reactors.

Biotechnol Biofuels 2014;7(1):146. Epub 2014 okt 14

PMID: 25328537

Squadrito Mario Leonardo, Baer Caroline, Burdet Frédéric, Maderna Claudio, Gilfillan Gregor D, Lyle Robert, Ibberson Mark, De Palma Michele

Endogenous RNAs modulate microRNA sorting to exosomes and transfer to acceptor cells.

Cell Rep 2014 Sep 11;8(5):1432-46. Epub 2014 aug 21

PMID: 25159140

Star Bastiaan, Nederbragt Alexander J, Hansen Marianne H S, Skage Morten, Gilfillan Gregor D, Bradbury Ian R, Pampoulie Christophe, Stenseth Nils Chr, Jakobsen Kjetill S, Jentoft Sissel

Palindromic sequence artifacts generated during next generation sequencing library preparation from historic and ancient DNA.

PLoS One 2014;9(3):e89676. Epub 2014 mar 7

PMID: 24608104

Stormo Camilla, Kringen Marianne K, Lyle Robert, Olstad Ole Kristoffer, Sachse Daniel, Berg Jens P, Piehler Armin P

RNA-sequencing analysis of HepG2 cells treated with atorvastatin.

PLoS One 2014;9(8):e105836. Epub 2014 aug 25

PMID: 25153832

Trucchi Emiliano, Gratton Paolo, Whittington Jason D, Cristofari Robin, Le Maho Yvon, Stenseth Nils Chr, Le Bohec Céline

King penguin demography since the last glaciation inferred from genome-wide data.

Proc Biol Sci 2014 Jul 22;281(1787). Epub 2014 jun 11

PMID: 24920481

Tveit Alexander T, Urich Tim, Svenning Mette M

Metatranscriptomic analysis of arctic peat soil microbiota.

Appl Environ Microbiol 2014 Sep;80(18):5761-72. Epub 2014 jul 11

PMID: 25015892

Weedon-Fekjær M S, Sheng Y, Sugulle M, Johnsen G M, Herse F, Redman C W, Lyle R, Dechend R, Staff A C

Placental miR-1301 is dysregulated in early-onset preeclampsia and inversely correlated with maternal circulating leptin.

Placenta 2014 Sep;35(9):709-17. Epub 2014 jul 15

PMID: 25064070

Willerslev Eske, Davison John, Moora Mari, Zobel Martin, Coissac Eric, Edwards Mary E, Lorenzen Eline D, Vestergård Mette, Gussarova Galina, Haile James, Craine Joseph, Gielly Ludovic, Boessenkool Sanne, Epp Laura S, Pearman Peter B, Cheddadi Rachid, Murray David, Bråthen Kari Anne, Yoccoz Nigel, Binney Heather, Cruaud Corinne, Wincker Patrick, Goslar Tomasz, Alsos Inger Greve, Bellemain Eva, Brysting Anne Krag, Elven Reidar, Sønstebø Jørn Henrik, Murton Julian, Sher Andrei, Rasmussen Morten, Rønn Regin, Mourier Tobias, Cooper Alan, Austin Jeremy, Möller Per, Froese Duane, Zazula Grant, Pompanon François, Rioux Delphine, Niderkorn Vincent, Tikhonov Alexei, Savvinov Grigoriy, Roberts Richard G, MacPhee Ross D E, Gilbert M Thomas P, Kjær Kurt H, Orlando Ludovic, Brochmann Christian, Taberlet Pierre

Fifty thousand years of Arctic vegetation and megafaunal diet.

Nature 2014 Feb 6;506(7486):47-51.

PMID: 24499916

Xiao Xi, Sogge Hanne, Lagesen Karin, Tooming-Klunderud Ave, Jakobsen Kjetill S, Rohrlack Thomas

Use of high throughput sequencing and light microscopy show contrasting results in a study of phytoplankton occurrence in a freshwater environment.

PLoS One 2014;9(8):e106510. Epub 2014 aug 29

PMID: 25171164

Zakrzewski Anne-C, Weigert Anne, Helm Conrad, Adamski Marcin, Adamska Maja, Bleidorn Christoph, Raible Florian, Hausen Harald

Early divergence, broad distribution, and high diversity of animal chitin synthases.

Genome Biol Evol 2014 Feb;6(2):316-25.

PMID: 24443419

Bittner Lucie, Gobet Angélique, Audic Stéphane, Romac Sarah, Egge Elianne S, Santini Sébastien, Ogata Hiroyuki, Probert Ian, Edvardsen Bente, de Vargas Colomban

Diversity patterns of uncultured Haptophytes unravelled by pyrosequencing in Naples Bay.

Mol Ecol 2013 Jan;22(1):87-101. Epub 2012 nov 19

PMID: 23163508

Avershina Ekaterina, Frisli Trine, Rudi Knut

De novo semi-alignment of 16S rRNA gene sequences for deep phylogenetic characterization of next generation sequencing data.

Microbes Environ 2013;28(2):211-6. Epub 2013 apr 20

PMID: 23603801

Egge Elianne, Bittner Lucie, Andersen Tom, Audic Stéphane, de Vargas Colomban, Edvardsen Bente

454 pyrosequencing to describe microbial eukaryotic community composition, diversity and relative abundance: a test for marine haptophytes.

PLoS One 2013;8(9):e74371. Epub 2013 sep 12

PMID: 24069303

Lanzén Anders, Simachew Addis, Gessesse Amare, Chmolowska Dominika, Jonassen Inge, Øvreås Lise

Surprising prokaryotic and eukaryotic diversity, community structure and biogeography of ethiopian soda lakes.

PLoS One 2013;8(8):e72577. Epub 2013 aug 30

PMID: 24023625

Lawless Nathan, Foroushani Amir B K, McCabe Matthew S, O'Farrelly Cliona, Lynn David J

Next generation sequencing reveals the expression of a unique miRNA profile in response to a gram-positive bacterial infection.

PLoS One 2013;8(3):e57543. Epub 2013 mar 5

PMID: 23472090

Malmstrøm Martin, Jentoft Sissel, Gregers Tone F, Jakobsen Kjetill S

Unraveling the evolution of the Atlantic cod's (Gadus morhua L.) alternative immune strategy.

PLoS One 2013;8(9):e74004. Epub 2013 sep 3

PMID: 24019946

Markussen Turhan, Sindre Hilde, Jonassen Christine Monceyron, Tengs Torstein, Kristoffersen Anja B, Ramsell Jon, Numanovic Sanela, Hjortaas Monika J, Christiansen Debes H, Dale Ole Bendik, Falk Knut

Ultra-deep pyrosequencing of partial surface protein genes from infectious Salmon Anaemia virus (ISAV) suggest novel mechanisms involved in transition to virulence.

PLoS One 2013;8(11):e81571. Epub 2013 nov 26

PMID: 24303056

Orr Russell J S, Stüken Anke, Murray Shauna A, Jakobsen Kjetill S

Evolution and distribution of saxitoxin biosynthesis in dinoflagellates.

Mar Drugs 2013;11(8):2814-28. Epub 2013 aug 8

PMID: 23966031

Panagopoulos Ioannis, Micci Francesca, Thorsen Jim, Haugom Lisbeth, Buechner Jochen, Kerndrup Gitte, Tierens Anne, Zeller Bernward, Heim Sverre

Fusion of ZMYND8 and RELA genes in acute erythroid leukemia.

PLoS One 2013;8(5):e63663. Epub 2013 mai 7

PMID: 23667654

Star Bastiaan, Haverkamp Thomas H A, Jentoft Sissel, Jakobsen Kjetill S

Next generation sequencing shows high variation of the intestinal microbial species composition in Atlantic cod caught at a single location.

BMC Microbiol 2013;13():248. Epub 2013 nov 9

PMID: 24206635

Stokke Runar, Hocking William Peter, Steinsbu Bjørn Olav, Steen Ida Helene

Complete Genome Sequence of the Thermophilic and Facultatively Chemolithoautotrophic Sulfate Reducer Archaeoglobus sulfaticallidus Strain PM70-1T.

Genome Announc 2013;1(4). Epub 2013 jul 5

PMID: 23833130

Vik Unni, Logares Ramiro, Blaalid Rakel, Halvorsen Rune, Carlsen Tor, Bakke Ingrid, Kolstø Anne-Brit, Økstad Ole Andreas, Kauserud Håvard

Different bacterial communities in ectomycorrhizae and surrounding soil.

Sci Rep 2013;3():3471. Epub 2013 des 11

PMID: 24326907

Orr Russell J S, Stüken Anke, Murray Shauna A, Jakobsen Kjetill S

Evolutionary acquisition and loss of saxitoxin biosynthesis in dinoflagellates: the second "core" gene, sxtG.

Appl Environ Microbiol 2013 Apr;79(7):2128-36. Epub 2013 jan 18

PMID: 23335767

Panagopoulos Ioannis, Thorsen Jim, Gorunova Ludmila, Micci Francesca, Haugom Lisbeth, Davidson Ben, Heim Sverre

RNA sequencing identifies fusion of the EWSR1 and YY1 genes in mesothelioma with t(14;22)(q32;q12).

Genes Chromosomes Cancer 2013 Aug;52(8):733-40. Epub 2013 apr 30

PMID: 23630070

Fromm Bastian, Worren Merete Molton, Hahn Christoph, Hovig Eivind, Bachmann Lutz

Substantial loss of conserved and gain of novel ,icroRNA families in flatworms.

Mol Biol Evol 2013 Dec;30(12):2619-28. Epub 2013 sep 11

PMID: 24025793

Uzelac Gordana, Kojic Milan, Lozo Jelena, Aleksandrzak-Piekarczyk Tamara, Gabrielsen Christina, Kristensen Tom, Nes Ingolf F, Diep Dzung B, Topisirovic Ljubisa

A Zn-dependent metallopeptidase is responsible for sensitivity to LsbB, a class II leaderless bacteriocin of Lactococcus lactis subsp. lactis BGMN1-5.

J Bacteriol 2013 Dec;195(24):5614-21. Epub 2013 okt 11

PMID: 24123824

Brembu Tore, Winge Per, Tooming-Klunderud Ave, Nederbragt Alexander J, Jakobsen Kjetill S, Bones Atle M

The chloroplast genome of the diatom Seminavis robusta: New features introduced through multiple mechanisms of horizontal gene transfer.

Mar Genomics 2013 Dec 21. Epub 2013 des 21

PMID: 24365712

Frisli T, Haverkamp T H A, Jakobsen K S, Stenseth N Chr, Rudi K

Estimation of metagenome size and structure in an experimental soil microbiota from low coverage next-generation sequence data.

J Appl Microbiol 2013 Jan;114(1):141-51. Epub 2012 nov 1

PMID: 23039191

Liu Binbin, Frostegård Asa, Shapleigh James P

Draft genome sequences of five strains in the genus thauera.

Genome Announc 2013 Jan;1(1). Epub 2013 jan 31

PMID: 23405361

Sogge Hanne, Rohrlack Thomas, Rounge Trine B, Sønstebø Jørn Henrik, Tooming-Klunderud Ave, Kristensen Tom, Jakobsen Kjetill S

Gene flow, recombination, and selection in cyanobacteria: population structure of geographically related Planktothrix freshwater strains.

Appl Environ Microbiol 2013 Jan;79(2):508-15. Epub 2012 nov 2

PMID: 23124237

Panagopoulos Ioannis, Thorsen Jim, Gorunova Ludmila, Haugom Lisbeth, Bjerkehagen Bodil, Davidson Ben, Heim Sverre, Micci Francesca

Fusion of the ZC3H7B and BCOR genes in endometrial stromal sarcomas carrying an X;22-translocation.

Genes Chromosomes Cancer 2013 Jul;52(7):610-8. Epub 2013 apr 12

PMID: 23580382

Yamamoto Mitsuko L, Maier Irene, Dang Angeline Tilly, Berry David, Liu Jared, Ruegger Paul M, Yang Jiue-In, Soto Phillip A, Presley Laura L, Reliene Ramune, Westbrook Aya M, Wei Bo, Loy Alexander, Chang Christopher, Braun Jonathan, Borneman James, Schiestl Robert H

Intestinal bacteria modify lymphoma incidence and latency by affecting systemic inflammatory state, oxidative stress, and leukocyte genotoxicity.

Cancer Res 2013 Jul 15;73(14):4222-32.

PMID: 23860718

Lindner Daniel L, Carlsen Tor, Henrik Nilsson R, Davey Marie, Schumacher Trond, Kauserud Håvard

Employing 454 amplicon pyrosequencing to reveal intragenomic divergence in the internal transcribed spacer rDNA region in fungi.

Ecol Evol 2013 Jun;3(6):1751-64. Epub 2013 mai 8

PMID: 23789083

Blaalid R, Kumar S, Nilsson R H, Abarenkov K, Kirk P M, Kauserud H

ITS1 versus ITS2 as DNA metabarcodes for fungi.

Mol Ecol Resour 2013 Mar;13(2):218-24. Epub 2013 jan 25

PMID: 23350562

Peña-Diaz Javier, Hegre Siv A, Anderssen Endre, Aas Per A, Mjelle Robin, Gilfillan Gregor D, Lyle Robert, Drabløs Finn, Krokan Hans E, Sætrom Pål

Transcription profiling during the cell cycle shows that a subset of Polycomb-targeted genes is upregulated during DNA replication.

Nucleic Acids Res 2013 Mar 1;41(5):2846-56. Epub 2013 jan 15

PMID: 23325852

Tooming-Klunderud Ave, Sogge Hanne, Rounge Trine Ballestad, Nederbragt Alexander J, Lagesen Karin, Glöckner Gernot, Hayes Paul K, Rohrlack Thomas, Jakobsen Kjetill S

From green to red: horizontal gene transfer of the phycoerythrin gene cluster between Planktothrix strains.

Appl Environ Microbiol 2013 Nov;79(21):6803-12. Epub 2013 aug 30

PMID: 23995927

Yao Fang, Vik Unni, Brysting Anne K, Carlsen Tor, Halvorsen Rune, Kauserud Håvard

Substantial compositional turnover of fungal communities in an alpine ridge-to-snowbed gradient.

Mol Ecol 2013 Oct;22(19):5040-52. Epub 2013 aug 21

PMID: 23962113

Vegh Peter, Foroushani Amir B K, Magee David A, McCabe Matthew S, Browne John A, Nalpas Nicolas C, Conlon Kevin M, Gordon Stephen V, Bradley Daniel G, MacHugh David E, Lynn David J

Profiling microRNA expression in bovine alveolar macrophages using RNA-seq.

Vet Immunol Immunopathol 2013 Oct 1;155(4):238-44. Epub 2013 aug 24

PMID: 24021155

Straub Tobias, Zabel Angelika, Gilfillan Gregor D, Feller Christian, Becker Peter B

Different chromatin interfaces of the Drosophila dosage compensation complex revealed by high-shear ChIP-seq.

Genome Res 2013 Mar;23(3):473-85. Epub 2012 des 11

PMID: 23233545

Siddiqui H, Lagensen K, Nederbragt AJ, Eri LM, Jeansson SL, Jakobsen KS.

Pathogens in Urine from Female Patient with Overactive Bladder Syndrome Detected by Culture-independent HTS

The Open Microbiology Journal. doi: 10.2174/1874285801408010148

Håvelsrud OE, Haverkamp THA, Kristensen T, Jakobsen KS, Rike AG

Metagenomics in CO2 Monitoring

Energy Procedia 37, 2013

Dag Undlien

Livets bok som App

Aftenposten 2013

Deltagere
  • Ragnhild Aaløkken Prosjektdeltaker
  • Kristine Fjelland Prosjektdeltaker
  • Magnus Leithaug Prosjektdeltaker
  • Arvind Sundaram Prosjektdeltaker
  • Gregor Duncan Gilfillan Prosjektdeltaker
  • Robert Lyle Prosjektdeltaker
  • Dag Erik Undlien Prosjektleder

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern  -  Informasjonskapsler