The Norwegian Sequencing Centre (NSC) - a national core facility for high throughput sequencing
- Prosjektnummer
- 2013090
- Ansvarlig person
- Dag Undlien
- Institusjon
- Oslo universitetssykehus HF
- Prosjektkategori
- Regional teknologisk kjernefasilitet
- Helsekategori
- Forskningsaktivitet
The Norwegian Sequencing Centre, NSC, er en nasjonal kjernefasilitet for sekvensering som har stadig økende aktivitet. Utstyret til sekvensering er i det vesentligste finansiert av Norges Forskningsråds infrastrukturprogram, mens driften finansieres av bevilgning fra Helse Sør-øst samt fra OUS og UiO. I tillegg kommer brukerbetaling som er med på å finansiere stillinger til drift. I 2014 har vi hatt 248 prosjekter fordelt på 166 ulike brukere fra hele landet. Totalt har cirka 6500 prøver blitt sekvensert. Vi har i løpet av året anskaffet tre nye sekvensatorer og flere av våre eksisterende sekvensatorer har blitt oppgradert. Til sammen har dette ført til ytterligere økning av vår sekvenseringskapasitet. Vi har også i inneværende år gått til anskaffelse av et laboratoriedatasystem (LIMS) fra Genologics (finansiert av Norges Forskningsråd) som implementeres i disse dager. Dette vil øke kvaliteten på våre analyser og gjøre det lettere å følge prøvenes gang gjennom laboratoriet, samt gi oss en langt bedre oversikt over vår aktivitet. Vi forventer fortsatt økende bruk av DNA sekvensering i forskningsprosjekter og undersøkelsene forventes å bli stadig mer omfattende. I 2014 har vi inngått et forpliktende samarbeid med kjernefasiliteten for sekvensering ved Radiumhospitalet (Genomics Core Facility) og vi sendte i 2014 en felles søknad om støtte som kjernefasilitet for sekvensering fra Helse Sør-øst som vi nettopp har fått innvilget. Dette var i tråd med en rapport med anbefalinger om organisering av sekvenseringsaktivitet i Helse Sør-øst utarbeidet av en internasjonal ekspertgruppe oppnevnt av Samarbeidsorganet OUS-HSØ. Vi har også i 2014 innledet et samarbeid med sekvenseringsmiljøer ved Universitetet i Bergen og NTNU som resulterte i en felles søknad til NFRs infrastrukturprogram om en stormaskin (i virkeligheten en pakke bestående av 10 maskiner) spesialdesignet for human helgenomsekvensering. Skulle denne søknaden bli innvilget vil vi forvente en ytterligere økning i vår aktivitet og med det også behov for flere personalressurser til å drifte kjernefasiliteten.
The Norwegian Sequencing Centre (NSC) - a national core facility for high throughput sequencing
The Norwegian Sequencing Centre (NSC) er en kjernefasilitet for high throughput DNA sekvensering (HTS) som yter service for forskere fra hele landet. I tillegg til støtten fra HSØ mottar NSC bevilgning fra Norges Forskningsråds program for storskala infrastruktur av nasjonal karakter. NSC har svært stor og økende aktivitet.
The Norwegian Sequencing Centre er en nasjonal kjernefasilitet for high throughput DNA sekvensering (HTS) hvor utstyret i hovedsak er finansiert av Norges Forskningsråds Infrastrukturprogram for kjernefasiliteter av nasjonal karakter. Vi har mottatt støtte til drift fra HSØ i totalt 5 år og har også mottatt støtte for 2014. I 2013 har vi fått bevilget totalt NOk 41 mill fra Norges Forskningsråd hovedsaklig til utstyrsinvesteringer for de neste 4 år. Norges Forskningsråds støtte er ikke til drift av kjernefasiliteten så her er vi avhengig av annen støtte slik som denne fra HSØ.
Aktiviteten ved NSC fortsetter å stige. I 2013 har vi hatt over 190 prosjekter med nærmere 3300 prøver som har blitt sekvensert i kjernefasiliteten. Cirka 10% av prosjektene er fra forskningsgrupper i egne avdelinger. Totalt er cirka 25% av prosjektene utgående fra OUS og cirka 15% fra UiO, mens 60% av prosjektene kommer fra andre institusjoner spredt over hele landet og noen få fra utlandet. Vi forventer at aktiviteten kommer til å fortsette å stige de nærmeste årene. En utfordring for oss er å sikre tilstrekkelig finansiering til å gi en god nok service til et så stort antall av brukere med et bredt spekter av ulike sekvenseringsapplikasjoner.
HTS teknologien er en helt sentral teknologi for innføring av en mer persontilpasset medisinsk behandling i det norske helsevesenet og har en sentral plass i den HOD-initierte utredningen om dette temaet som pågår for tiden. I tråd med dette forventer vi økende bruk av HTS teknologien i kliniske forskningsprosjekter
High quality draft genome sequence of Streptomyces sp. strain AW19M42 isolated from a sea squirt in Northern Norway.
Stand Genomic Sci 2014 Jun 15;9(3):676-86. Epub 2014 mar 1
PMID: 25197453
Arctic root-associated fungal community composition reflects environmental filtering.
Mol Ecol 2014 Feb;23(3):649-59.
PMID: 24320873
Use of ancient sedimentary DNA as a novel conservation tool for high-altitude tropical biodiversity.
Conserv Biol 2014 Apr;28(2):446-55. Epub 2013 des 26
PMID: 24372820
Low host specificity of root-associated fungi at an Arctic site.
Mol Ecol 2014 Feb;23(4):975-85.
PMID: 24382270
Dissemination of Cephalosporin Resistance Genes between Escherichia coli Strains from Farm Animals and Humans by Specific Plasmid Lineages.
PLoS Genet 2014 Dec;10(12):e1004776. Epub 2014 des 18
PMID: 25522320
Massive expansion of Ubiquitination-related gene families within the Chlamydiae.
Mol Biol Evol 2014 Nov;31(11):2890-904. Epub 2014 jul 28
PMID: 25069652
Evolution of extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis from a susceptible ancestor in a single patient.
Genome Biol 2014;15(11):490. Epub 2014 nov 7
PMID: 25418686
Calcisponges have a ParaHox gene and dynamic expression of dispersed NK homeobox genes.
Nature 2014 Oct 30;514(7524):620-3.
PMID: 25355364
Microbial community structure and dynamics during co-digestion of whey permeate and cow manure in continuous stirred tank reactor systems.
Bioresour Technol 2014 Nov;171():350-9. Epub 2014 aug 30
PMID: 25222739
Comparative genomics of flatworms (platyhelminthes) reveals shared genomic features of ecto- and endoparastic neodermata.
Genome Biol Evol 2014 May;6(5):1105-17.
PMID: 24732282
Comparative genomics to delineate pathogenic potential in non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) from patients with and without haemolytic uremic syndrome (HUS) in Norway.
PLoS One 2014;9(10):e111788. Epub 2014 okt 31
PMID: 25360710
Genome Sequences of Corynebacterium pseudotuberculosis Strains 48252 (Human, Pneumonia), CS_10 (Lab Strain), Ft_2193/67 (Goat, Pus), and CCUG 27541.
Genome Announc 2014;2(5). Epub 2014 sep 4
PMID: 25189581
Linking geology and microbiology: inactive pockmarks affect sediment microbial community structure.
PLoS One 2014;9(1):e85990. Epub 2014 jan 24
PMID: 24475066
Sensitivity to the two-peptide bacteriocin lactococcin G is dependent on UppP, an enzyme involved in cell-wall synthesis.
Mol Microbiol 2014 Jun;92(6):1177-87. Epub 2014 mai 23
PMID: 24779486
Detection of a low-grade enteroviral infection in the islets of langerhans of living patients newly diagnosed with type 1 diabetes.
Diabetes 2015 May;64(5):1682-7. Epub 2014 nov 24
PMID: 25422108
Developmental gene expression provides clues to relationships between sponge and eumetazoan body plans.
Nat Commun 2014;5():3905. Epub 2014 mai 20
PMID: 24844197
Subsarcolemmal lipid droplet responses to a combined endurance and strength exercise intervention.
Physiol Rep 2014 Nov 1;2(11). Epub 2014 nov 20
PMID: 25413318
Estimating the information value of polymorphic sites using pooled sequences.
BMC Genomics 2014 Oct 17;15(Suppl 6):S20. Epub 2014 okt 17
PMID: 25571927
MEAF6/PHF1 is a recurrent gene fusion in endometrial stromal sarcoma.
Cancer Lett 2014 May 28;347(1):75-8. Epub 2014 feb 11
PMID: 24530230
Low frequency of ESRRA-C11orf20 fusion gene in ovarian carcinomas.
PLoS Biol 2014 Feb;12(2):e1001784. Epub 2014 feb 4
PMID: 24504521
A dominant STIM1 mutation causes Stormorken syndrome.
Hum Mutat 2014 May;35(5):556-64. Epub 2014 apr 9
PMID: 24619930
Novel CSF1-S100A10 fusion gene and CSF1 transcript identified by RNA sequencing in tenosynovial giant cell tumors.
Int J Oncol 2014 May;44(5):1425-32. Epub 2014 mar 5
PMID: 24604026
Genome interplay in the grain transcriptome of hexaploid bread wheat.
Science 2014 Jul 18;345(6194):1250091.
PMID: 25035498
Effective variant detection by targeted deep sequencing of DNA pools: an example from Parkinson's disease.
Ann Hum Genet 2014 May;78(3):243-52. Epub 2014 mar 24
PMID: 24660942
Seeking the source of Pseudomonas aeruginosa infections in a recently opened hospital: an observational study using whole-genome sequencing.
BMJ Open 2014;4(11):e006278. Epub 2014 nov 4
PMID: 25371418
Identification of copy number variants from exome sequence data.
BMC Genomics 2014;15():661. Epub 2014 aug 7
PMID: 25102989
Genome Sequence of Porphyromonas gingivalis Strain HG66 (DSM 28984).
Genome Announc 2014;2(5). Epub 2014 sep 25
PMID: 25291768
A metagenomic study of the microbial communities in four parallel biogas reactors.
Biotechnol Biofuels 2014;7(1):146. Epub 2014 okt 14
PMID: 25328537
Endogenous RNAs modulate microRNA sorting to exosomes and transfer to acceptor cells.
Cell Rep 2014 Sep 11;8(5):1432-46. Epub 2014 aug 21
PMID: 25159140
Palindromic sequence artifacts generated during next generation sequencing library preparation from historic and ancient DNA.
PLoS One 2014;9(3):e89676. Epub 2014 mar 7
PMID: 24608104
RNA-sequencing analysis of HepG2 cells treated with atorvastatin.
PLoS One 2014;9(8):e105836. Epub 2014 aug 25
PMID: 25153832
King penguin demography since the last glaciation inferred from genome-wide data.
Proc Biol Sci 2014 Jul 22;281(1787). Epub 2014 jun 11
PMID: 24920481
Metatranscriptomic analysis of arctic peat soil microbiota.
Appl Environ Microbiol 2014 Sep;80(18):5761-72. Epub 2014 jul 11
PMID: 25015892
Placental miR-1301 is dysregulated in early-onset preeclampsia and inversely correlated with maternal circulating leptin.
Placenta 2014 Sep;35(9):709-17. Epub 2014 jul 15
PMID: 25064070
Fifty thousand years of Arctic vegetation and megafaunal diet.
Nature 2014 Feb 6;506(7486):47-51.
PMID: 24499916
Use of high throughput sequencing and light microscopy show contrasting results in a study of phytoplankton occurrence in a freshwater environment.
PLoS One 2014;9(8):e106510. Epub 2014 aug 29
PMID: 25171164
Early divergence, broad distribution, and high diversity of animal chitin synthases.
Genome Biol Evol 2014 Feb;6(2):316-25.
PMID: 24443419
Diversity patterns of uncultured Haptophytes unravelled by pyrosequencing in Naples Bay.
Mol Ecol 2013 Jan;22(1):87-101. Epub 2012 nov 19
PMID: 23163508
De novo semi-alignment of 16S rRNA gene sequences for deep phylogenetic characterization of next generation sequencing data.
Microbes Environ 2013;28(2):211-6. Epub 2013 apr 20
PMID: 23603801
454 pyrosequencing to describe microbial eukaryotic community composition, diversity and relative abundance: a test for marine haptophytes.
PLoS One 2013;8(9):e74371. Epub 2013 sep 12
PMID: 24069303
Surprising prokaryotic and eukaryotic diversity, community structure and biogeography of ethiopian soda lakes.
PLoS One 2013;8(8):e72577. Epub 2013 aug 30
PMID: 24023625
Next generation sequencing reveals the expression of a unique miRNA profile in response to a gram-positive bacterial infection.
PLoS One 2013;8(3):e57543. Epub 2013 mar 5
PMID: 23472090
Unraveling the evolution of the Atlantic cod's (Gadus morhua L.) alternative immune strategy.
PLoS One 2013;8(9):e74004. Epub 2013 sep 3
PMID: 24019946
Ultra-deep pyrosequencing of partial surface protein genes from infectious Salmon Anaemia virus (ISAV) suggest novel mechanisms involved in transition to virulence.
PLoS One 2013;8(11):e81571. Epub 2013 nov 26
PMID: 24303056
Evolution and distribution of saxitoxin biosynthesis in dinoflagellates.
Mar Drugs 2013;11(8):2814-28. Epub 2013 aug 8
PMID: 23966031
Fusion of ZMYND8 and RELA genes in acute erythroid leukemia.
PLoS One 2013;8(5):e63663. Epub 2013 mai 7
PMID: 23667654
Next generation sequencing shows high variation of the intestinal microbial species composition in Atlantic cod caught at a single location.
BMC Microbiol 2013;13():248. Epub 2013 nov 9
PMID: 24206635
Complete Genome Sequence of the Thermophilic and Facultatively Chemolithoautotrophic Sulfate Reducer Archaeoglobus sulfaticallidus Strain PM70-1T.
Genome Announc 2013;1(4). Epub 2013 jul 5
PMID: 23833130
Different bacterial communities in ectomycorrhizae and surrounding soil.
Sci Rep 2013;3():3471. Epub 2013 des 11
PMID: 24326907
Evolutionary acquisition and loss of saxitoxin biosynthesis in dinoflagellates: the second "core" gene, sxtG.
Appl Environ Microbiol 2013 Apr;79(7):2128-36. Epub 2013 jan 18
PMID: 23335767
RNA sequencing identifies fusion of the EWSR1 and YY1 genes in mesothelioma with t(14;22)(q32;q12).
Genes Chromosomes Cancer 2013 Aug;52(8):733-40. Epub 2013 apr 30
PMID: 23630070
Substantial loss of conserved and gain of novel ,icroRNA families in flatworms.
Mol Biol Evol 2013 Dec;30(12):2619-28. Epub 2013 sep 11
PMID: 24025793
A Zn-dependent metallopeptidase is responsible for sensitivity to LsbB, a class II leaderless bacteriocin of Lactococcus lactis subsp. lactis BGMN1-5.
J Bacteriol 2013 Dec;195(24):5614-21. Epub 2013 okt 11
PMID: 24123824
The chloroplast genome of the diatom Seminavis robusta: New features introduced through multiple mechanisms of horizontal gene transfer.
Mar Genomics 2013 Dec 21. Epub 2013 des 21
PMID: 24365712
Estimation of metagenome size and structure in an experimental soil microbiota from low coverage next-generation sequence data.
J Appl Microbiol 2013 Jan;114(1):141-51. Epub 2012 nov 1
PMID: 23039191
Draft genome sequences of five strains in the genus thauera.
Genome Announc 2013 Jan;1(1). Epub 2013 jan 31
PMID: 23405361
Gene flow, recombination, and selection in cyanobacteria: population structure of geographically related Planktothrix freshwater strains.
Appl Environ Microbiol 2013 Jan;79(2):508-15. Epub 2012 nov 2
PMID: 23124237
Fusion of the ZC3H7B and BCOR genes in endometrial stromal sarcomas carrying an X;22-translocation.
Genes Chromosomes Cancer 2013 Jul;52(7):610-8. Epub 2013 apr 12
PMID: 23580382
Intestinal bacteria modify lymphoma incidence and latency by affecting systemic inflammatory state, oxidative stress, and leukocyte genotoxicity.
Cancer Res 2013 Jul 15;73(14):4222-32.
PMID: 23860718
Employing 454 amplicon pyrosequencing to reveal intragenomic divergence in the internal transcribed spacer rDNA region in fungi.
Ecol Evol 2013 Jun;3(6):1751-64. Epub 2013 mai 8
PMID: 23789083
ITS1 versus ITS2 as DNA metabarcodes for fungi.
Mol Ecol Resour 2013 Mar;13(2):218-24. Epub 2013 jan 25
PMID: 23350562
Transcription profiling during the cell cycle shows that a subset of Polycomb-targeted genes is upregulated during DNA replication.
Nucleic Acids Res 2013 Mar 1;41(5):2846-56. Epub 2013 jan 15
PMID: 23325852
From green to red: horizontal gene transfer of the phycoerythrin gene cluster between Planktothrix strains.
Appl Environ Microbiol 2013 Nov;79(21):6803-12. Epub 2013 aug 30
PMID: 23995927
Substantial compositional turnover of fungal communities in an alpine ridge-to-snowbed gradient.
Mol Ecol 2013 Oct;22(19):5040-52. Epub 2013 aug 21
PMID: 23962113
Profiling microRNA expression in bovine alveolar macrophages using RNA-seq.
Vet Immunol Immunopathol 2013 Oct 1;155(4):238-44. Epub 2013 aug 24
PMID: 24021155
Different chromatin interfaces of the Drosophila dosage compensation complex revealed by high-shear ChIP-seq.
Genome Res 2013 Mar;23(3):473-85. Epub 2012 des 11
PMID: 23233545
Pathogens in Urine from Female Patient with Overactive Bladder Syndrome Detected by Culture-independent HTS
The Open Microbiology Journal. doi: 10.2174/1874285801408010148
Metagenomics in CO2 Monitoring
Energy Procedia 37, 2013
Livets bok som App
Aftenposten 2013
- Dag Erik Undlien Prosjektleder UIO, OUS
- Robert Lyle Prosjektdeltaker OUS, UIO
- Gregor Duncan Gilfillan Prosjektdeltaker UIO, OUS
- Arvind Sundaram Prosjektdeltaker UIN, UIO
- Magnus Leithaug Prosjektdeltaker UIO
- Kristine Fjelland Prosjektdeltaker
- Ragnhild Aaløkken Prosjektdeltaker UIO
eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT
Alle henvendelser rettes til eRapport