Epigenomic signatures of treatment response in rheumatoid arthritis patients

Epigenomic signatures of treatment response in rheumatoid arthritis patientsStudiene i dette prosjektet har vist epigenetiske endringer i immunceller hos revmatoid artritt pasienter som både er spesifikke for sykdommen og oppstår etter metotrexatbehandling.Forskningsarbeidet har resultert i tre vitenskapelige artikler, som skal inngå i en doktoravhandling. I den første artikkelen, beskriver vi at det er signifikant mer metyleringsendringer i CD4 memory T celler fra leddgiktpasienter enn i CD4 naive T celler. I nydiagnostiserte leddgiktspasienter med aktiv sykdom viste de flest metyleringsendringene en økt metylering i forhold til kontroller, mens de fleste metyleringsendringene hos metotrexat-behandlede pasienter i remisjon var forbundet med redusert metylering. Vi fant at så mange som en tredjedel av alle kjente genetiske sårbarhetsregioner for leddgikt overlappet med områder vi fant metyleringsforskjeller i. Sett under ett, avdekket vi leddgiktsassosierte metyleringsendringer i genomet som varierer med T cellesubpopulasjon, men også med klinisk leddgiktstatus som sykdomsaktivitet, sykdomsvarighet og metotrexat-behandling. Artikkelen er publisert i Frontiers in Immunology. I den andre artikkelen fokuserte vi på å formidle funn av hvilke metyleringsendringer som oppstår etter metotrexatbehandling hos leddgiktpasienter. Vi fant en rekke endringer i både CD4 naive og CD memory T celler som følge av metotrexatbehandling. Mange av de spesifikke metryleringsendringene var forbundet med gener i biologiske virkningsveier for metotrexat. Vi detekterte metyleringsendringersom korrelerte med behandlingsrespons, for eksempel knyttet til STAT3 genet. Samt metyleringsendringer som var forbundet med risikogener for leddgikt, og hvor dermed den epigenetiske påvirkningen av metotrekst samspiller med de genetiske risikofaktorene. Denne artikkelen ble publisert i Frontiers in Immunology i 2021. Stipendiaten fokuserer nå på sin siste artikkel. Her bruker hun data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD . Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. I tillegg har vi deltatt i internasjonale samarbeidsprosjekter som har ledet til flere publikasjoner. Stipendiaten planlegger å levere sin avhandling i løpet av 2023.

Epigenomic signatures of treatment response in rheumatoid arthritisArtikkel ble publisert i år om metyleringsendringer i CD4 T celler, naive og memory, hos revmatoid artritt pasienter som følge av metotreksat-behandling, samt identifisering av visse gener der metyleringsmønsteret ser ut til å være forbundet med respons på behandling.Stipendiat Line Sunde avsluttet sitt doktorgradsengasjement i 2018 og gjenopptok sitt kliniske arbeid på avdelingen. Parallelt har hun arbeidet med å ferdigstille artikkel om metylering og metotraksatrepons hos leddgiktspasienter. Artikkel ble publisert i 2021. Hun holder også på å skrive ferdig avhandlingen sin som etter planen vil leveres inn til vurdering i løpet av 2022. Forskningsarbeidet har resultert i tre vitenskapelige artikler, som skal inngå i Line Sunde sin doktoravhandling. I den første artikkelen, beskriver vi at det er signifikant mer metyleringsendringer i CD4 memory T celler fra leddgiktpasienter enn i CD4 naive T celler. I nydiagnostiserte leddgiktspasienter med aktiv sykdom viste de flest metyleringsendringene en økt metylering i forhold til kontroller, mens de fleste metyleringsendringene hos metotrexat-behandlede pasienter i remisjon var forbundet med redusert metylering. Vi fant at så mange som en tredjedel av alle kjente genetiske sårbarhetsregioner for leddgikt overlappet med områder vi fant metyleringsforskjeller i. Sett under ett, avdekket vi leddgiktsassosierte metyleringsendringer i genomet som varierer med T cellesubpopulasjon, men også med klinisk leddgiktstatus som sykdomsaktivitet, sykdomsvarighet og metotrexat-behandling. Artikkelen er publisert i Frontiers in Immunology. I den andre artikkelen fokuserte vi på å formidle funn av hvilke metyleringsendringer som oppstår etter metotrexatbehandling hos leddgiktpasienter. Vi fant en rekke endringer i både CD4 naive og CD memory T celler som følge av metotrexatbehandling. Mange av de spesifikke metryleringsendringene var forbundet med gener i biologiske virkningsveier for metotrexat. Vi detekterte metyleringsendringersom korrelerte med behandlingsrespons, for eksempel knyttet til STAT3 genet. Samt metyleringsendringer som var forbundet med risikogener for leddgikt, og hvor dermed den epigenetiske påvirkningen av metotrekst samspiller med de genetiske risikofaktorene. Denne artikkelen ble publisert i Frontiers in Immunology i 2021. Stipendiaten på prosjektet har jobbet tett sammen med stipendiat Kari Guderud på helse Sør-Øst prosjekt 2013045 "Delineating the network of risk factors for rheumatoid arthritis" om disse to methyleringsstudiene. Stipendiaten fokuserer nå på sin siste artikkel. Her bruker hun data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD (data fra anti-PAD antistoffer er generert og publisert som en del av doktorgraden til stipendiat Kari Guderud). Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. I tillegg har vi deltatt i internasjonale samarbeidsprosjekter som har ledet til publikasjoner.

Epigenomic signatures of treatment response in rheumatoid arthritis patientsDet siste året har vært brukt på å revidere og submittere en artikkel som omhandler metyleringsendringer i CD4 T celler, naive og memory, hos revmatoid artritt pasienter som følge av metotreksat-behandling, samt identifisering av visse gener der metyleringsmønsteret ser ut til å være forbundet med respons på behandling.Stipendiat Line Sunde avsluttet sitt doktorgradsengasjement i 2018 og gjenopptok sitt kliniske arbeid på avdelingen. Parallelt holder hun på å skrive ferdig avhandlingen sin som etter planen vil leveres inn til vurdering i løpet av 2021. Forskningsarbeidet har resultert i tre vitenskapelige artikler, som skal inngå i Line Sunde sin doktoravhandling. I den første artikkelen, beskriver vi at det er signifikant mer metyleringsendringer i CD4 memory T celler fra leddgiktpasienter enn i CD4 naive T celler. I nydiagnostiserte leddgiktspasienter med aktiv sykdom viste de flest metyleringsendringene en økt metylering i forhold til kontroller, mens de fleste metyleringsendringene hos metotrexat-behandlede pasienter i remisjon var forbundet med redusert metylering. Vi fant at så mange som en tredjedel av alle kjente genetiske sårbarhetsregioner for leddgikt overlappet med områder vi fant metyleringsforskjeller i. Sett under ett, avdekket vi leddgiktsassosierte metyleringsendringer i genomet som varierer med T cellesubpopulasjon, men også med klinisk leddgiktstatus som sykdomsaktivitet, sykdomsvarighet og metotrexat-behandling. Artikkelen er publisert i Frontiers in Immunology. I den andre artikkelen fokuserte vi på å formidle funn av hvilke metyleringsendringer som oppstår etter metotrexatbehandling hos leddgiktpasienter. Vi fant en rekke endringer i både CD4 naive og CD memory T celler som følge av metotrexatbehandling. Mange av de spesifikke metryleringsendringene var forbundet med gener i biologiske virkningsveier for metotrexat. Vi detekterte metyleringsendringersom korrelerte med behandlingsrespons, for eksempel knyttet til STAT3 genet. Samt metyleringsendringer som var forbundet med risikogener for leddgikt, og hvor dermed den epigenetiske påvirkningen av metotrekst samspiller med de genetiske risikofaktorene. Denne artikkelen er under faglig vurdering i Clinical Epigenetics. Stipendiaten på prosjektet har jobbet tett sammen med stipendiat Kari Guderud på helse Sør-Øst prosjekt 2013045 "Delineating the network of risk factors for rheumatoid arthritis" om disse to methyleringsstudiene. Stipendiaten fokuserer nå på sin siste artikkel. Her bruker hun data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD (data fra anti-PAD antistoffer er generert og publisert som en del av doktorgraden til stipendiat Kari Guderud). Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. Arbeidet med siste artikkel og avhandling har blitt forsinket under korona-året da stipendiaten har hatt full klinisk hverdag, barn som tidvis har hatt hjemmeskole og det har vært umulig med fysiske veiledningsmøter der vi har kunnet sitte sammen med dataene. Hun har dermed ikke kommet i mål i løpet av 2020, slik planen var. I tillegg har vi deltatt i internasjonale samarbeidsprosjekter som har ledet til publikasjoner.

DNA metylering karakterisk for revmatoid artirtt pasienter og deres behandlingsresponsRevmatoid artritt er en autoimmun sykdom som fører til betennelse i flere ledd. Både genetikk og miljøfaktorer påvirker sykdomsutviklingen, men alle virkningsmekanismer er ikke avklart. Epigenetiske mekanismer regulerer genekspresjon og er sensitive til eksterne miljøpåvirkninger og kan dermed være bindeledd mellom arv og miljø.Det siste året har vi analysert og skrevet to vitenskapelige artikler om våre omfattende epigenetiske studier ved leddgikt. I den første artikkelen, beskriver viat det er signifikant mer metyleringsendringer i CD4 memory T celler fra leddgiktpasienter enn i CD4 naive T celler. I nydiagnostiserte leddgiktspasienter med aktiv sykdom viste de flest metyleringsendringene en økt metylering i forhold til kontroller, mens de fleste metyleringsendringene hos metotrexat-behandlede pasienter i remisjon var forbundet med redusert metylering. Vi fant at så mange som en tredjedel av alle kjente genetiske sårbarhetsregioner for leddgikt overlappet med områder vi fant metyleringsforskjeller i. Sett under ett, avdekket vi leddgiktsassosierte metyleringsendringer i genomet som varierer med T cellesubpopulasjon, men også med klinisk leddgiktstatus som sykdomsaktivitet, sykdomsvarighet og metotrexat-behandling. Artikkelen er akseptert for publisering i Frontiers in Immunology. I den andre artikkelen fokuserte vi på å formidle funn av hvilke metyleringsendringer som oppstår etter metotrexatbehandling hos leddgiktpasienter. Vi fant en rekke endringer i både CD4 naive og CD memory T celler som følge av metotrexatbehandling. Mange av de spesifikke metryleringsendringene var forbundet med gener i biologiske virkningsveier for metotrexat. Vi detekterte metyleringsendringersom korrelerte med behandlingsrespons, for eksempel knyttet til STAT3 genet. Samt metyleringsendringer som var forbundet med risikogener for leddgikt, og hvor dermed den epigenetiske påvirkningen av metotrekst samspiller med de genetiske risikofaktorene. Denne artikkelen er ferdig skrevet og klar for submittering til vitenskapelig tidsskrift. Stipendiaten på prosjektet har jobbet tett sammen med stipendiat Kari Guderud på helse Sør-Øst prosjekt 2013045 "Delineating the network of risk factors for rheumatoid arthritis" om disse to methyleringsstudiene. Stipendiaten fokuserer nå på sin siste artikkel. Her bruker hun data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD (data fra anti-PAD antistoffer er generert og publisert som en del av doktorgraden til stipendiat Kari Guderud). Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. Denne artikkelen forventes ferdigskrevet i løpet av våren. Stipendiat Line Sunde avsluttet sitt doktorgradsengasjement i 2018 og gjenopptok sitt kliniske arbeid på avdelingen. Parallelt holder hun på p skrive ferdig avhandlingen sin som etter planen vil leveres inn til vurdering i løpet av 2020.

Metyleringsforskjeller som er karakteriske for revmatoid artirtt pasienter og som forutsier behandlingsresponsRevmatoid artritt er en autoimmun sykdom som fører til betennelse i flere ledd. Både genetikk og miljøfaktorer påvirker sykdomsutviklingen, men alle virkningsmekanismer er ikke avklart. Epigenetiske mekanismer regulerer genekspresjon og er sensitive til eksterne miljøpåvirkninger og kan dermed være bindeledd mellom arv og miljø.Det siste året har vi fokusert på å avslutte våre omfattende epigenetiske studier ved leddgikt. På slutten av 2016 hadde vi gjennomført dypsekvensering (reduced representation bisulfite sequencing) og fått metyleringsprofil på to viktige T celle populasjoner (CD4 naive og CD4 memory) fra 30 leddgiktspasienter (undersøkte på to tidspunkter) og 9 kontroller. Disse 96 metyleringsprofilene har vi brukt til å kartlegge forskjeller som 1) er assosiert med disposisjon for å utvikle revmatoid artritt og 2) metyleringsendringer forbundet med behandlingsrespons av metotrexat. To artikler er skrevet og i prosess med publisering. Resultatene fra disse studiene omtales nedenfor. I den første studien, fant vi at det er signifikant mer metyleringsendringer i CD4 memory T celler fra leddgiktpasienter enn i CD4 naive T celler. I nydiagnostiserte leddgiktspasienter med aktiv sykdom viste de flest metyleringsendringene en økt metylering hos pasienter i forhold til kontroller, mens de fleste metyleringsendringene hos metotrexat-behandlede pasienter i remisjon var forbundet med redusert metylering. Vi fant at så mange som en tredjedel av alle kjente genetiske sårbarhetsregioner overlappet med områder vi fant metyleringsforskjeller i. Sett under ett, avdekket vi leddgiktsassosierte metyleringsendringer i genomet som varierer med T cellesubpopulasjon, men også med klinisk leddgiktstatus som sykdomsaktivitet, sykdomsvarighet og metotrexat-behandling. I den andre studien fokuserte vi på metotrexatbehandling og påvirkning på metyleringsendringer hos leddgiktpasienter. Vi fant en rekke endringer i både CD4 naive og CD memory T celler som følge av metotrexatbehandling. Mange av de spesifikke metryleringsendringene var forbundet med gener i biologiske virkningsveier for metotrexat. Vi detekterte metyleringsendringersom korrelerte med behandlingsrespons, for eksempel knyttet til STAT3 genet. Samt metyleringsendringer som var forbundet med risikogener for leddgikt. Stipendiaten på prosjektet har jobbet tett sammen med stipendiat Kari Guderud på helse Sør-Øst prosjekt 2013045 "Delineating the network of risk factors for rheumatoid arthritis". Vi har også samlet inn data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD (data fra anti-PAD antistoffer er generert og publisert som en del av doktorgraden til stipendiat Kari Guderud), som vil inngå som den tredje artikkelen i avhandlingen. Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. Status for prosjektet er at all datainnsamling og laboratorieanalyser er avsluttet . Stipendiat Line Sunde har nå startet sitt kliniske arbeid på avdelingen igjen og holder nå på å skrive ferdig avhandlingen sin som etter planen vil levere den inn til vurdering rundt sommeren 2019.

Epigenetisk profilering av medikamentrespons hos pasienter med revmatoid artrittRevmatoid artritt har en sterk autoimmun komponent som fører til betennelse i flere ledd. Både genetikk og miljøfaktorer påvirker sykdomsutviklingen, men alle virkningsmekanismer er ikke avklart. Epigenetiske mekanismer regulerer genekspresjon og er sensitive til eksterne miljøpåvirkninger og kan dermed være en overlapp mellom disse to.I 2017 har det blitt arbeidet med analysering av data. Vi er ferdig med å innhente blodprøver av pasientene vi ønsker å inkludere i studien og det er separert ut 8 forskjellige immuncelletyper fra blodprøvene. Det er tatt 2-3 prøver av pasientene på forskjellige tidspunkter i behandlingsforløpet. Det er også samlet inn blodprøver og separert ut immunceller fra friske blodgivere, slik at vi har et kontrollmateriale som er matchet med pasientene på alder, kjønn og røykestatus. Rekrutteringen av pasienter har pågått i samarbeid med revmatologer på Diakonhjemmet og Martina Hanssen Hospital, og kliniske data for behandlingsrespons foreligger. Vi har mottatt metyleringsprofil (mRRBS) ved dypsekvensering av hele materialet på CD4 naive og CD4 memory celler, samt utarbeidet en pipeline for bioinformatiske analyser nedstrøms for sekvenseringen. Dataene er analysert opp mot 1) sykdomsstatus (case-control design) og 2) behandlingsrespons (longitudinell design), og to artikler er under arbeid og vil inngå i stipendiatens doktorgrad. Parallelt har vi arbeidet med en studie på miljøfaktorer i et bredere perspektiv for å kunne kartlegge miljøpåvirkning og dets rolle for utvikling av revmatoid artritt. Kunnskap om hvilke miljøfaktorer som spiller en rolle er viktig for fremtidige epigenetiske studier. Til nå er bare røyk etablert som en risikofaktor for revmatoid artritt. Vi har samlet inn data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD. Dette vil inngå som den tredje artikkelen i avhandlingen. Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. Status for prosjektet er at all datainnsamling og laboratorieanalyser er avsluttet . Sammenskriving av tre publikasjoner er pågående, og dette arbeidet vil være fokus i siste del av prosjektperioden.

Epigenomic signatures of treatment response in rheumatoid arthritis patientsHovedmålet med prosjektet er epigenetisk profilering av medikamentrespons hos pasienter med revmatoid artritt. I tillegg undersøkes miljøfaktorer og deres rolle i leddgikt.Revmatoid artritt er en tilstand med en sterk autoimmun komponent, som fører til betennelse i flere ledd. Både immunologiske og genetiske studier peker på at T og B celler spiller en sentral rolle i patogenesen. Epigenetiske mekanismer regulerer genekspresjon og er sensitive til eksterne miljøpåvirkninger. Epigenetikken kan dermed representere en overlapp mellom genetiske- og miljørisikofaktorer. Vi skal undersøke hvordan medikamentet metotreksat påvirker epigenetisk metyleringsprofil. I løpet av 2016 har vi ferdigstilt innsamling av blodprøver fra pasienter (N=35) med 2-3 ulike tidspunkter i behandlingsforløpet. Rekrutteringen har pågått i samarbeid med revmatologer på Diakonhjemmet og Martina Hanssen Hospital, og kliniske data for behandlingsrespons foreligger. Fra hver blodprøve er det separere ut immunceller (seks ulike T og B celle subtyper) til vår biobank. Det er også samlet inn blodprøver og separat immunceller fra friske blodgivere, slik at vi har et kontrollmateriale som er matchet med pasientene på alder, kjønn og røykestatus. I tillegg har vi løpet av forrige periode analysert metyleringsprofil (mRRBS) ved dypsekvensering av hele materialet på CD4 naive og CD4 memory celler, samt utarbeidet en pipeline for bioinformatiske analyser nedstrøms for sekvenseringen. Dataene analyseres opp mot 1) sykdomsstatus (case-control design) og 2) behandlingsrespons (longitudinell design), og to artikler er under arbeid og vil inngå i stipendiatens doktorgrad. Parallelt har vi arbeidet med en studie på miljøfaktorer i et bredere perspektiv for å kunne kartlegge miljøpåvirkning og dets rolle for utvikling av revmatoid artritt. Kunnskap om hvilke miljøfaktorer som spiller en rolle er viktig for fremtidige epigenetiske studier. Til nå er bare røyk etablert som en risikofaktor for revmatoid artritt. Vi har samlet inn data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Stipendiaten skriver nå en artikkel om assosiasjon mellom periodonitt og leddgikt, sett opp mot autoantistoffer - både ACPA og anti-PAD. Dette vil inngå som den tredje artikkelen i avhandlingen. Peptidylarginine deiminase (PAD) er et enzym som leder til citrullinering og det er citrullinerte peptider leddgikts pasienter utvikler autoantistoffer (ACPA) mot. Periodonitt fører til økt aktivitet av Porphyromonas gingivalis-derived enzyme (PPAD) som igjen kan føre til citrullinering. Vi har derfor sett på disse tre faktorene (periodonitt, anti-PAD og PAD polymorfismer, samt ACPA) samlet. Status for prosjektet er at all datainnsamling og laboratorieanalyser er avsluttet . Sammenskriving av tre publikasjoner er pågående, og dette arbeidet vil være fokus i siste del av prosjektperioden.

Hovedmålet med prosjektet er epigenetisk profilering av medikamentrespons hos pasienter med revmatoid artritt. Revmatoid artritt er en tilstand med en sterk autoimmun komponent, som fører til betennelse i flere ledd. Epigenetiske mekanismer regulerer genekspresjon og er sensitive til eksterne miljøpåvirkninger. Dette kan dermed være en overlapp mellom genetiske- og miljørisikofaktorer. Vi skal undersøke hvordan medikamentet metotreksat påvirker dette. Prosjektdeltakerne har fortsatt i arbeidet med å samle inn blodprøver og separere ut immunceller til vår biobank. Vi skal fortsette med å samle inn biologisk materiale til biobanken. Vi har nå en biobank på ca 30 pasienter innsamlet på minst to tidspunkter i behandlingsløpet. Fra hver pasient og hvert tidspunkt er det samlet inn og isolert seks ulike immuncelletyper. I løpet av året har vi også samlet inn blodprøver fra friske blodgivere, slik at vi har et kontrollmateriale som er matchet med pasientene på alder, kjønn og røykestatus. Vi har også arbeidet med å etablere bisulfittsekvensering (mRRBS) og en pipeline for bioinformatiske analyser nedstrøms for sekvenseringen. Vi har kjørt en pilot og starter med bioinformatisk bearbeiding av resultatene i løpet av kort tid. Vi har gjennom hele året samarbeidet tett med revmatologer på Diakonhjemmet og Martina Hanssen Hospital. Vi har nå statistisk tilstrekkelig stort pasientmaterial til å starte å undersøke metyleringsprofil i individuelle celletyper, og dette vil gjøres i første halvdel av 2016. Deretter vil dataene og analyseres opp mot 1) sykdomsstatus (case-control design) og 2) behandlingsrespons (longitudinell design). Det vil skrives to artikler fra dette arbeidet i løpet av den resterende prosjektperioden som vil inngå i stipendiatens doktorgrad. Parallelt har vi arbeidet med en studie på miljøfaktorer i et bredere perspektiv for å kunne kartlegge miljøpåvirkning og dets rolle for utvikling av revmatoid artritt. Kunnskap om hvilke miljøfaktorer som spiller en rolle er viktig for fremtidige epigenetiske studier. Til nå er bare røyk etablert som en risikofaktor for revmatoid artritt. Vi har samlet inn data om miljøfaktorer (infeksjoner, vaksinasjoner, røyk, alkohol, hormonelle påvirkninger, amming, andre autoimmune sykdommer, D-vitaminer, periodontitt, husdyrhold, osv) på 526 revmatoid artritt pasienter og 922 kontroller. Vi har startet analysene av dataene og vil sende et abstract i slutten av januar 2016 om våre foreløpige funn til det store årlige revmatolog møtet (European League Against Rheumatism) som finner sted i London i juni. Deretter vil stipendiaten arbeide med videre analyser og artikkelskriving om funnene. Vårt mål er å forstå og få en oversikt over epigenetikken ved vellykket behandling med metotreksat og identifisere epigenomiske modulasjoner indusert av metotreksat. I vår studie har vi med pasienter fra to kohorter. En av disse inkluderer pasienter med nydiagnostisert leddgikt, den andre har pasienter med leddgikt som har vært i remisjon i >12 måneder etter oppstart av behandling med metotreksat. Vi tar prøver av disse pasientene ved flere tidspunkt. Vi skal sammenligne disse gruppene med hverandre og med dette forsøke å finne biomarkører / epigenomiske forskjeller hos pasienter som responerer kontra de som ikke responderer. Vi håper med dette å forstå mer av hvorfor noen pasienter responderer på metotrexat og hvordan metylering av gener kan påvirke dette. Dette vil være nyttig for pasienter før evt oppstart med denne behandlingen. Metotreksat er et medikament med mange bivirkninger. Om vi kan kartlegge hvorfor noen pasienter har god effekt, mens andre bare opplever bivirkninger vil også dette gagne pasientgruppen.

Epigenetisk profilering av medikamentrespons hos pasienter med revmatoid artrittRevmatoid artritt er en tilstand med en sterk autoimmun komponent, som fører til betennelse i flere ledd. Epigenetiske mekanismer regulerer genekspresjon og er sensitive til eksterne miljøpåvirkninger. Dette kan dermed være en overlapp mellom genetiske- og miljørisikofaktorer. Vi skal undersøke hvordan medikamentet metotreksat påvirker dette.Revmatoid artritt (RA) er en kompleks genetisk sykdom med ca 50-60% arvelighet. Det er etablert over 100 genetiske risikovarianter, men disse forklarer bare ca 25% av den sammenlagte risikoen for å utvikle tilstanden. Det er påvist at blant annet røyking fører til høyrere risiko for å utvikle RA og trolig også andre miljøfaktorer. Epigenetiske mekanismer kan være med å forklare noen av disse sammenhengene. Det er stor variasjon av effekten av medikamentet metotreksat mellom ulike pasienter med RA. Farmakogenomiske studier har vist at den varierte responsen er assosiert med genetisk variasjon i noen spesifikke gener. Epigenetiske forandringer kan påvirke responsen til medikamenter ved å modulere ekspresjonen av viktige gener og kan dermed gi oss betydningsfulle biomarkører i denne sammenhengen. Dette vil dermed påvirke den individuelle responsen. I vår studie (EPIRA) inkluderes det pasienter fra to pågående kliniske forskningsprosjekter i samarbeid med Diakonhjemmet sykehus. Fra NOR-VEAC-studien inkluderes pasienter med nydiagnostisert RA og vi skal analysere blodprøver fra baseline før behandling og 3 måneder etter oppstart med metotreksat. Formålet med ARCTIC-REWIND-studien er å optimalisere behandlingen for pasienter med RA. Pasienter som behandles med metotreksat og som har vært i remisjon i minst ett år, blir randomisert (1:1) i to kohorter hvorav den ene får halvert metotreksatdosen, de andre fortsetter med samme dosering. Vi tar en blodprøver ved baseline, ved et evt oppbluss og når pasienten igjen er i remisjon. Hvis pasienten ikke får oppbluss, tar vi en ny blodprøve etter 8 måneder. Vi separerer ut relevante immunceller (CD4 memory og naïve, CD8 memory og naïve, regulatoriske T celler, B celler og Th17 celler). Til nå har vi inkludert 20 pasienter. Vi vil deretter benytte oss av dypsekvensering (HTS) for å analysere pasientens metyleringsprofil ved de ulike tidspunktene i metotreksatbehandlingen. Pasienten vil dermed bli sin egen kontroll og vi vil kunne sammenligne behandlingsresponsen med forandringen i metylering. Vårt mål er dermed å forstå og få en oversikt over epigenetikken ved vellykket behandling med metotreksat og identifisere epigenomiske modulasjoner indusert av metotreksat. Vi håper dermed å forstå hvorfor noen pasienter responderer på metotrexat og hvordan metylering av gener kan påvirke dette. Dette vil være nyttig for pasienter før evt oppstart med denne behandlingen.