Regional Core Facility for Structural Biology and Bioinformatics

Prosjektnummer: 2015095
Ansvarlig person: Bjørn Dalhus
Institusjon: Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori: Regional teknologisk kjernefasilitet
Helsekategori: Cancer, Cardiovascular, Inflammatory and Immune System, Metabolic and Endocrine, Neurological
Forskningsaktivitet: 1. Underpinning

2020

2019

2018 - sluttrapport

Kjernefasiliteten betjener i hovedsak forskningsgrupper ved alle helseforetak tilknyttet HSØ samt andre forskningsinstitusjoner i regionen (f.eks. UiO, NMBU, høyskoler) som har behov for støtte innen strukturbiologi og relaterte støtteteknologier, inkludert interaksjonsstudier, modellering og strukturanalyse for tolking av kliniske data. Vi er/har vært involvert i over 250 ulike prosjekter fra rundt 100 forskningsgupper/forskere siden kjernefasiliteten startet opp. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og på nasjonalt plan. Kjernefasiliteten har støttet arbeid med en rekke proteiner involvert i blant annet antiobiotikaresistens, LDL reseptor og hyperkolesterolemi, binding av sekretoneurin til kinasen CaMKII-delta og regulering av hjertearytmi, screening av hemmere mot transaminase for behandling av metabolsk defektsykdom MSUD, Wnt/beta-catenin signallering og celledeling i kreft, interaksjon mellom heparin, Eph reseptorer og ephriner. Videre proteiner involvert i nevrodegenerative sykdommer og sjeldne genetiske sykdommer, blant annet CNKSR2, GSD-IV, HUWE1, KIF14 og SLC35A2. Vi har også støttet arbeid med proteiner involvert i DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering, glykosyleringsdefekter, cøliaki, immunrespons, ribonukleotidsyntese og elektrontransport, albumin-FcRn interaksjoner og resyklering av albumin, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og kjerneimport, hemoglobinvarianter. For flere av temaene har vi assistert doktorgradsstudenter ved andre institutter ved UiO og 17 kandidater disputerte i løpet av prosjektperioden med viktige bidrag fra kjernefasiliteten vår. Mange av disse prosjektene som vi har støttet omhandler basalforskning på mekanismer relevant for å forstå ulike sykdommer og/eller metoder for intervensjon og muligheter for design av diagnostikk eller behandling. Vi har registrert 33 publikasjoner i prosjektperioden. Flere manuskripter er fremdeles under utarbeidelse eller til revisjon på rapporteringstidspunktet, og flere av disse arbeidene inngår i avhandlinger til kommende PhD studenter ved UiO. Vi har screenet proteiner for krystallisering for flere forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. 30 strukturer av proteiner er deponert i Protein Data Bank i perioden, og vi har videre løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. I løpet av prosjektperioden har kjernefasiliteten blitt oppgradert med ny teknologi for interaksjonsstudier (MST og SPR), proteinstabilitetsstudier (nanoDSF) og pipetteringsrobot og automatisk analyse av krystalliseringsforsøk. Dette er muliggjort blant annet gjennom deltakelse i et nasjonalt strukturbiologinettverk - NorCryst - og støtte fra Det Medisinske Fakultetet ved Universitetet i Oslo. Vi kan derfor tilby en komplett pipeline for eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, fra krystallisering og automatisk overvåking av eksperimenter via dataopptak ved synkrotronanlegg til ferdigstilling og validering av 3D modell. Videre tilbyr vi service og tilgang til et variert utvalg av biofysikalske metoder som interaksjonsstudier (tre ulike teknologier [MST, SPR og ITC]) og analyse av protein- og kompleksstabilitet (tre ulike teknologier [nanoDSF, DLS, SEC-MALS]). Vil tilbyr også service og veiledning for 3D-modellering og strukturanalyser, struktur-aktivitetsanalyser, og strukturrelatert bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data. Vi har også assistert flere forskningsgrupper med identifisering av potensielle terapeutiske targets, og har flere felles kunder med NOR-Openscreen plattformen som ønsker en detaljert karakterisering av hits fra HTS screening i Oslo (Bioteknologisenteret) og i Bergen (Avdeling for biomedisin, UiB). Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby. Mange av prosjektene som vi har støttet omhandler basalforskning på mekanismer relevant for å forstå ulike sykdommer og/eller metoder for intervensjon og muligheter for design av diagnostikk eller behandling. Mange av våre brukere arbeider med å avdekke molekylære mekanismer for sykdommer og få en forståelse for de sykdomsdannende prosessene. Dette vil sette de i stand til å utvikle nye metoder for intervensjon, blant annet gjennom identifisering av forbindelser som kan utvikles til fremtidige legemidler. Flere av gruppene har fokus på innovasjon og vi har også vært med på å fremskaffe data og analyser i den forbindelse. Vi kan tilby et stort spekter av biofysikalske metoder som er nødvendig for karakterisering, utvikling og optimalisering av nye forbindelser i prosessen fram mot nye legemidler eller nye bruksområder for allerede eksisterende legemidler. Vi har også vært involvert i et prosjekt for å studere proteinstabilitet av et kostbart legemiddel for å undersøke mulighet for innsparinger ved å etablere nye rutiner for bruk av legemiddelet i klinikken. Prosjektene vi har støttet i denne perioden spenner fra store folkesykdommer som kreft, hjerte/kar, kolesterol ubalanse, infeksjonsbekjempelse og immunrespons og allergi til sjeldne genetisk sykdommer som har alvorlige følger for nevro- og kognitive funksjoner hos de som rammes. Dette siste gjelder særlig barn. Vi har modellert flere genetiske varianter som er oppdaget i klinikken og hvor vi kan komme med hypoteser for hvorfor pasienter har defekter i for eksempel stoffskifte, anemier og karbohydratsyntese. For både pasient og behandlende lege kan det bety mye å kunne få en forklaring på hvorfor en genetisk variant kan forårsake sykdom. Vi har assistert grupper som har oppdaget genetiske varianter som ikke tidligere har vært rapportert. Vi har også bidratt til et prosjekt for utvikling av nye metoder for å forbedre levetid og biodistribusjon for legemidler, noe som kan komme pasienter som er avhengige av hyppige inntak av legemidler tilgode.

2017

Regional kjernefasilitet for strukturbiologiKjernefasiliteten betjener i hovedsak forskningsgrupper ved alle helseforetak tilknyttet HSØ samt andre forskningsinstitusjoner i regionen (f.eks. UiO, NMBU, høyskoler) som har behov for støtte innen strukturbiologi og relaterte støtteteknologier, inkludert interaksjonsstudier, modellering og strukturanalyse for tolking av kliniske data.I løpet av 2017 ble kjernefasiliteten oppgradert med ny teknologi for interaksjonsstudier (SPR), proteinstabilitetsstudier (nanoDSF) og pipetteringsrobot og automatisk analyse av krystalliseringsforsøk. Dette er muliggjort gjennom deltakelse i et nasjonalt strukturbiologinettverk - NorCryst. Vi kan tilby en komplett pipeline for eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, fra krystallisering og automatisk overvåking av eksperimenter via dataopptak ved synkrotronanlegg til ferdigstilling og validering av 3D modell. Videre tilbyr vi service og tilgang til et variert utvalg av biofysikalske metoder som interaksjonsstudier (tre ulike teknologier [MST, SPR og ITC]) og analyse av protein- og kompleksstabilitet (tre ulike teknologier [nanoDSF, DLS, MALS]). Vil tilbyr også service og veiledning for 3D-modellering og strukturanalyser, struktur-aktivitetsanalyser, og strukturrelatert bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data. Vi har også assistert flere forskningsgrupper med identifisering av potensielle terapeutiske targets, og har flere felles kunder med NOR-Openscreen plattformen som ønsker en detaljert karakterisering av hits fra HTS screening i Oslo (Bioteknologisenteret) og i Bergen (Avdeling for biomedisin, UiB). Mikroskala termoforese (MST) er en veldig populær teknologi for studie av protein-protein og protein-ligand interaksjoner blant våre brukere. Takket være investering i SPR (Bioacore S200) og nanoDSF i løpet av 2017 vil vi nå være i stand til å tilby våre brukere ennå bedre fasiliteter for interaksjonsstudier. Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby. Vi er/har vært involvert i over 250 ulike prosjekter fra nær 100 forskningsgupper/forskere siden kjernefasiliteten startet opp. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og på nasjonalt plan. Kjernefasiliteten har støttet arbeid med en rekke proteiner involvert i blant annet antiobiotikaresistens, LDL reseptor og hyperkolesterolemi, binding av sekretoneurin til kinasen CaMKII-delta og regulering av av hjertearytmi, screening av hemmere mot transaminase for behanding av metabolsk defektsykdom, interaksjon mellom heparin, Eph reseptorer og ephriner. Videre proteiner involvert i nevrodegenerative sykdommer og sjeldne genetiske sykdommer, blant annet CNKSR2, GSD-IV, HUWE1, KIF14 og SLC35A2. Vi har også støttet arbeid med proteiner involvert i DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering, glykosyleringsdefekter, cøliaki, immunrespons, ribonukleotidsyntese og elektrontransport, albumin-FcRn interaksjoner og resyklering av albumin, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og kjerneimport. For flere av de sist nevnte temaene har vi assistert doktorgradsstudenter ved andre institutter ved UiO og hele 7 kandidater disputerte i løpet av 2017 med viktige bidrag fra kjernefasiliteten vår. Vi har screenet proteiner for krystallisering for flere forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. Vi har videre løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. Flere arbeider er under utarbeidelse eller til revisjon, og flere av disse arbeidene inngår i avhandlinger til kommende PhD studenter ved UiO.

2016

Plattformen betjener i hovedsak forskningsgrupper ved alle helseforetak tilknyttet Helse-Sør-Øst samt andre forskningsinstitusjoner i regionen (for eksempel UiO, NMBU, Veterinærinstituttet, høyskoler) som har behov for støtte innen strukturbiologi og strukturrelatert bioinformatikk. Vi har også bidratt til et par prosjekter på nasjonalt plan da vi p.t. er eneste laboratorium i Norge med MST teknologi som tilbyr tilgang for brukere. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, service og tilgang til krystallisering, interaksjonsstudier, 3D-modellering og strukturanalyser, samt strukturrelatert bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data. Vi er/har vært involvert i over 250 ulike prosjekter fra over 70 forskningsgupper siden plattformen startet opp. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og på nasjonalt plan. Vi har også et par samarbeid med grupper i utlandet. Plattformen har støttet arbeid med en rekke proteiner involvert i blant annet Wnt/beta-catenin signallering og celledeling i kreft, interaksjon mellom heparin, Eph reseptorer og Ephriner, DNA reparasjon/rekombinasjon i den humane patologe bakterien Neisseria meningitidis, protein fosfatase og natrium-kalsium transport, metabolske defektsykdommer, nevrodegenerative sykdommer, sjeldne genetiske sykdommer, DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering, humane kinaser, glykosyleringsdefekter, kreatindefekter, ribonukleotidsyntese og elektrontransport, kalsium homeostase relatert til hjertesvikt, cøliaki, immunrespons, albumin-FcRn interaksjoner og resyklering av albumin, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og kjerneimport. I 2016 har vi oppgradert vår instrumentpark med ny Nandrop for måling av protein og DNA, samt nytt kromatografiutstyr for proteinrensing. Som partner i en større nasjonal infrastruktursøknad til NFR om videre oppgradering (innvilget 2015) har vi også gjennomført anbudskonkurranse for innkjøp av flere nye instrumenter til vår fasilitet. Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby instrumentering. Vi har screenet proteiner for krystallisering for flere forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata for mange proteinkrystaller ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. Vi har løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. Både ITC og MST har blitt brukt til å studere protein-protein og protein-ligandinteraksjoner for flere bruker. Av arbeider som er publisert i 2016 som plattformen har bidratt til kan vi nevne studie av effekten til det klinisk godkjente legemiddelet axitinib på Wnt/beta-catenin signallering, publisert i PNAS (Qu et al, PNAS, 2016). Vi har bidratt til en studie av den molekylære effekten av mutasjoner i UCHL1 genet funnet i pasienter ved OUS (Rydning et al, Hum Mol Genet, 2016) og tilsvarende for mutasjoner i genet CARMIL2/RLTPR (Sorte et al, Mol Genet Genomic Med, 2016). Vi har budratt til strukturstudier av flere enzymer involvert i karbohydrat/kitinase degradering (Forsberg et al, J Biol Chem, 2016) & (Mekasha et al, FEBS Lett. 2016). Vi har støttet opp om et studie av hvordan antistoffbinding modulerer TRIM21 immunrespons og det kan ha betydning for design av antivirale IgG legemidler (Foss et al, J Immunol, 2016). Vi har også bidratt til en analyse av interaksjonen mellom protein fosfatase 1 og natrium-kalsium exchanger 1 (antiporter membranprotein), som er involvert i regulering av kalsiumnivået i celler, noe som har betydning for korrekt hjertefunksjon (Hafver et al, J Biol Chem, 2016). Platformen har også budratt til publikasjoner med karaterisering av RecG helikase fra Neisseria meningitidis (Beyene et al, PLoS One, 2016), proteininteraksjoner involvert i ribonukleotidsyntese og elektrontransport (Lofstad, Biochemsitry, 2016), samt et par studier omkring RNA modifiseringer og Endonuclease V (Nawas et al, Sci Rep, 2016) & (Nawas et al, J Biol Chem, 2016).

2015

Plattformen betjener forskningsgrupper ved alle helseforetak tilknyttet Helse-Sør-Øst samt andre forskningsinstitusjoner i regionen (for eksempel UiO, NMBU, Veterinærinstituttet, høyskoler) som har behov for støtte innen strukturbiologi og strukturrelatert bioinformatikk. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, service og tilgang til krystallisering, interaksjonsstudier, 3D-modellering og strukturanalyser, samt strukturrelatert bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data. Plattformen har støttet arbeid med en rekke humane proteiner involvert i blant annet cøliaki, immunrespons, hemoglobinvarianter, DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering, metabolske defektsykdommer, nevrodegenerative sykdommer, sjeldne genetiske sykdommer, humane kinaser, glykosyleringsdefekter, kreatindefekter, elektrontransport, kalsium homeostase relatert til hjertesvikt, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og kjerneimport. Vi har også gjennomført virtuell screening av molekyldatabaser i forbindelse med design av hemmere for enzymer involvert i kreft og MSUD. Aktiviteten ved plattformen er høy og vi er/har vært involvert i over 220 ulike prosjekter fra over 60 forskningsgupper i helseregionen siden plattformen startet opp. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og i utlandet. I 2015 har vi oppgradert vår instrumentpark med et nytt MST instrument for måling av protein-proteininteraksjoner. Vi var også partner i en større nasjonal infrastruktursøknad til NFR om videre oppgradering som ble innvilget i 2015, og vi er nå i gang med innkjøp av flere nye instrumenter til vår fasilitet. Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby instrumentering. Vi har screenet proteiner for mange forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata for mange proteinkrystaller ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. Vi har løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. Både ITC, MST og SPR har blitt brukt til å studere protein-protein og protein-ligandinteraksjoner for flere bruker. Vi har også gjennomført et TFA fragmentscreen for en industripartner. Av arbeider som er publisert i 2015 har plattformen bidratt til studie av PP1-NCX1 komplekset, som er involvert i regulering av kalsiumnivået i celler, noe som er viktig for korrekt hjertefunksjon (Lubelwana et al, J Biol Chem, 2015). Videre har vi bidratt i studier som viser hvordan mutasjon i enzymet PGM3 kan gi svekkelser i immunforsvaret (Lundin et al, Clin Immunol, 2015), hvordan mutasjoner i genene SLC20A2 og CHRNB2 kan være relatert til forekomst av epilepsi (Fjaer et al, Eur J Med Genet, 2015), og hvordan enzymer deltar i nedbryting av polysakkarider (Naas et al, Sci Rep, 2015). Plattformen har også bidratt til arbeider med strukturstudier av antigengjenkjenning av TG2-spesifikke antistoffer i cøliaki (Chen et al, J Biol Chem, 2015), interaksjon mellom membranproteinet PilG og DNA, og mellom PilG og PilQ fra meningokokkbakterier (Frye et al, PLoS One, 2015), og flere strukturstudier av mutasjoner i BCKDHA genet funnet i pasienter med MSUD (en medfødt defekt i aminosyremetabolismen) (Jaradat et al, Meta Gene, 2015), og studie av binding mellom peptidet secretoneurin og CaMKII kinasen og calmodulin (Ottesen et al, J Am Coll Cardiol, 2015). Vi har også vært med i et lengre samarbeid om studier av TRIM21 og komplekser mellom FcRn reseptor og serum albumin (Foss et al, Immunol Rev, 2015 & Bern et al, J Control Release, 2015).

Vitenskapelige artikler

Bern M, Nilsen J, Ferrarese M, Sand KMK, Gjølberg TT, Lode HE, Davidson RJ, Camire RM, Bækkevold ES, Foss S, Grevys A, Dalhus B, Wilson J, Høydahl LS, Christianson GJ, Roopenian DC, Schlothauer T, Michaelsen TE, Moe MC, Lombardi S, Pinotti M, Sandlie I, Branchini A, Andersen JT

An engineered human albumin enhances half-life and transmucosal delivery when fused to protein-based biologics.

Sci Transl Med 2020 10 14;12(565).

PMID: 33055243

Nedal A, Ræder SB, Dalhus B, Helgesen E, Forstrøm RJ, Lindland K, Sumabe BK, Martinsen JH, Kragelund BB, Skarstad K, Bjørås M, Otterlei M

Peptides containing the PCNA interacting motif APIM bind to the β-clamp and inhibit bacterial growth and mutagenesis.

Nucleic Acids Res 2020 06 04;48(10):5540-5554.

PMID: 32347931

Nilsen J, Trabjerg E, Grevys A, Azevedo C, Brennan SO, Stensland M, Wilson J, Sand KMK, Bern M, Dalhus B, Roopenian DC, Sandlie I, Rand KD, Andersen JT

An intact C-terminal end of albumin is required for its long half-life in humans.

Commun Biol 2020 04 20;3(1):181. Epub 2020 apr 20

PMID: 32313072

Backe PH, Laerdahl JK, Kittelsen LS, Dalhus B, Mørkrid L, Bjørås M

Structural basis for substrate and product recognition in human phosphoglucomutase-1 (PGM1) isoform 2, a member of the α-D-phosphohexomutase superfamily.

Sci Rep 2020 03 27;10(1):5656. Epub 2020 mar 27

PMID: 32221390

Abakir A, Giles TC, Cristini A, Foster JM, Dai N, Starczak M, Rubio-Roldan A, Li M, Eleftheriou M, Crutchley J, Flatt L, Young L, Gaffney DJ, Denning C, Dalhus B, Emes RD, Gackowski D, Corrêa IR, Garcia-Perez JL, Klungland A, Gromak N, Ruzov A

Nat Genet 2020 01;52(1):48-55. Epub 2019 des 16

PMID: 31844323

Hammerstad M, Gudim I, Hersleth HP

The Crystal Structures of Bacillithiol Disulfide Reductase Bdr (YpdA) Provide Structural and Functional Insight into a New Type of FAD-Containing NADPH-Dependent Oxidoreductase.

Biochemistry 2020 Dec 29;59(51):4793-4798. Epub 2020 des 16

PMID: 33326741

Heggelund JE, Heim JB, Bajc G, Hodnik V, Anderluh G, Krengel U

Specificity of

Int J Mol Sci 2019 Feb 06;20(3). Epub 2019 feb 6

PMID: 30736336

Madhuprakash J, Dalhus B, Vaaje-Kolstad G, Sakuda S, Podile AR, Eijsink VGH, Sørlie M

Structural and Thermodynamic Signatures of Ligand Binding to the Enigmatic Chitinase D of Serratia proteamaculans.

J Phys Chem B 2019 Mar 14;123(10):2270-2279. Epub 2019 mar 4

PMID: 30789732

Rydning SL, Koht J, Sheng Y, Sowa P, Hjorthaug HS, Wedding IM, Erichsen AK, Hovden IA, Backe PH, Tallaksen CME, Vigeland MD, Selmer KK

Biallelic POLR3A variants confirmed as a frequent cause of hereditary ataxia and spastic paraparesis.

Brain 2019 04 01;142(4):e12.

PMID: 30847471

Ottesen AH, Carlson CR, Eken OS, Sadredini M, Myhre PL, Shen X, Dalhus B, Laver DR, Lunde PK, Kurola J, Lunde M, Hoff JE, Godang K, Sjaastad I, Pettilä V, Stridsberg M, Lehnart SE, Edwards AG, Lunde IG, Omland T, Stokke MK, Christensen G, Røsjø H, Louch WE

Secretoneurin Is an Endogenous Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase II Inhibitor That Attenuates Ca

Circ Arrhythm Electrophysiol 2019 04;12(4):e007045.

PMID: 30943765

Andersen TCB, Kristiansen PE, Huszenicza Z, Johansson MU, Gopalakrishnan RP, Kjelstrup H, Boyken S, Sundvold-Gjerstad V, Granum S, Sørli M, Backe PH, Fulton DB, Karlsson BG, Andreotti AH, Spurkland A

The SH3 domains of the protein kinases ITK and LCK compete for adjacent sites on T cell-specific adapter protein.

J Biol Chem 2019 Oct 18;294(42):15480-15494. Epub 2019 sep 4

PMID: 31484725

Mariero LH, Torp MK, Heiestad CM, Baysa A, Li Y, Valen G, Vaage J, Stensløkken KO

Inhibiting nucleolin reduces inflammation induced by mitochondrial DNA in cardiomyocytes exposed to hypoxia and reoxygenation.

Br J Pharmacol 2019 Nov;176(22):4360-4372. Epub 2019 okt 27

PMID: 31412132

Ahmadi A, Till K, Hafting Y, Schüttpelz M, Bjørås M, Glette K, Tørresen J, Rowe AD, Dalhus B

Additive manufacturing of laminar flow cells for single-molecule experiments.

Sci Rep 2019 Nov 14;9(1):16784. Epub 2019 nov 14

PMID: 31727950

Lode HE, Gjølberg TT, Foss S, Sivertsen MS, Brustugun J, Andersson Y, Jørstad ØK, Moe MC, Andersen JT

A new method for pharmaceutical compounding and storage of anti-VEGF biologics for intravitreal use in silicone oil-free prefilled plastic syringes.

Sci Rep 2019 Dec 02;9(1):18021. Epub 2019 des 2

PMID: 31792234

Makrythanasis P, Maroofian R, Stray-Pedersen A, Musaev D, Zaki MS, Mahmoud IG, Selim L, Elbadawy A, Jhangiani SN, Coban Akdemir ZH, Gambin T, Sorte HS, Heiberg A, McEvoy-Venneri J, James KN, Stanley V, Belandres D, Guipponi M, Santoni FA, Ahangari N, Tara F, Doosti M, Iwaszkiewicz J, Zoete V, Backe PH, Hamamy H, Gleeson JG, Lupski JR, Karimiani EG, Antonarakis SE

Biallelic variants in KIF14 cause intellectual disability with microcephaly.

Eur J Hum Genet 2018 03;26(3):330-339. Epub 2018 jan 17

PMID: 29343805

Forsberg Z, Bissaro B, Gullesen J, Dalhus B, Vaaje-Kolstad G, Eijsink VGH

Structural determinants of bacterial lytic polysaccharide monooxygenase functionality.

J Biol Chem 2018 01 26;293(4):1397-1412. Epub 2017 des 8

PMID: 29222333

Bosshard M, Aprigliano R, Gattiker C, Palibrk V, Markkanen E, Backe PH, Pellegrino S, Raymond FL, Froyen G, Altmeyer M, Bjørås M, Dianov GL, Loon BV

Publisher Correction: Impaired oxidative stress response characterizes HUWE1-promoted X-linked intellectual disability.

Sci Rep 2018 Apr 12;8(1):6010. Epub 2018 apr 12

PMID: 29651030

Grimholt RM, Vestli A, Urdal P, Bechensteen AG, Fjeld B, Dalhus B, Klingenberg O

Hb Oslo [β42(CD1)Phe→Ile; HBB: c.127T>A]: A Novel Unstable Hemoglobin Variant Found in a Norwegian Patient.

Hemoglobin 2018 Mar;42(2):78-83. Epub 2018 jul 23

PMID: 30032685

Madhuprakash J, Dalhus B, Rani TS, Podile AR, Eijsink VGH, Sørlie M

Key Residues Affecting Transglycosylation Activity in Family 18 Chitinases: Insights into Donor and Acceptor Subsites.

Biochemistry 2018 Jul 24;57(29):4325-4337. Epub 2018 jul 11

PMID: 29939724

Gudim I, Hammerstad M, Lofstad M, Hersleth HP

The Characterization of Different Flavodoxin Reductase-Flavodoxin (FNR-Fld) Interactions Reveals an Efficient FNR-Fld Redox Pair and Identifies a Novel FNR Subclass.

Biochemistry 2018 Sep 18;57(37):5427-5436. Epub 2018 sep 7

PMID: 30142264

Nilsen J, Bern M, Sand KMK, Grevys A, Dalhus B, Sandlie I, Andersen JT

Human and mouse albumin bind their respective neonatal Fc receptors differently.

Sci Rep 2018 Oct 02;8(1):14648. Epub 2018 okt 2

PMID: 30279529

Ahmadi A, Rosnes I, Blicher P, Diekmann R, Schüttpelz M, Glette K, Tørresen J, Bjørås M, Dalhus B, Rowe AD

Breaking the speed limit with multimode fast scanning of DNA by Endonuclease V.

Nat Commun 2018 12 19;9(1):5381. Epub 2018 des 19

PMID: 30568191

Rydning SL, Backe PH, Sousa MML, Iqbal Z, Øye AM, Sheng Y, Yang M, Lin X, Slupphaug G, Nordenmark TH, Vigeland MD, Bjørås M, Tallaksen CM, Selmer KK

Novel UCHL1 mutations reveal new insights into ubiquitin processing.

Hum Mol Genet 2017 03 15;26(6):1031-1040.

PMID: 28007905

Lång A, Eriksson J, Schink KO, Lång E, Blicher P, Polec A, Brech A, Dalhus B, Bøe SO

Visualization of PML nuclear import complexes reveals FG-repeat nucleoporins at cargo retrieval sites.

Nucleus 2017 Jul 04;8(4):404-420. Epub 2017 apr 12

PMID: 28402725

Gunnarsen KS, Høydahl LS, Risnes LF, Dahal-Koirala S, Neumann RS, Bergseng E, Frigstad T, Frick R, du Pré MF, Dalhus B, Lundin KE, Qiao SW, Sollid LM, Sandlie I, Løset GÅ

A TCRα framework-centered codon shapes a biased T cell repertoire through direct MHC and CDR3β interactions.

JCI Insight 2017 Sep 07;2(17). Epub 2017 sep 7

PMID: 28878121

Bosshard M, Aprigliano R, Gattiker C, Palibrk V, Markkanen E, Hoff Backe P, Pellegrino S, Raymond FL, Froyen G, Altmeyer M, Bjørås M, Dianov GL, van Loon B

Impaired oxidative stress response characterizes HUWE1-promoted X-linked intellectual disability.

Sci Rep 2017 Nov 08;7(1):15050. Epub 2017 nov 8

PMID: 29118367

Snir O, Chen X, Gidoni M, du Pré MF, Zhao Y, Steinsbø Ø, Lundin KE, Yaari G, Sollid LM

Stereotyped antibody responses target posttranslationally modified gluten in celiac disease.

JCI Insight 2017 Sep 07;2(17). Epub 2017 sep 7

PMID: 28878138

Hafver TL, Hodne K, Wanichawan P, Aronsen Jm, Dalhus B, Lunde PK, Lunde M, Martinsen M, Enger UH, Fuller W, Sjaastad I, Louch WE, Sejersted OM, Carlson CR

Protein Phosphatase 1c Associated with the Cardiac Sodium Calcium Exchanger 1 Regulates Its Activity by Dephosphorylating Serine 68-phosphorylated Phospholemman.

J Biol Chem 2016 Feb 26;291(9):4561-79. Epub 2015 des 14

PMID: 26668322

Mekasha S, Forsberg Z, Dalhus B, Bacik JP, Choudhary S, Schmidt-Dannert C, Vaaje-Kolstad G, Eijsink VG

Structural and functional characterization of a small chitin-active lytic polysaccharide monooxygenase domain of a multi-modular chitinase from Jonesia denitrificans.

FEBS Lett 2016 Jan;590(1):34-42. Epub 2015 des 28

PMID: 26763108

Forsberg Z, Nelson CE, Dalhus B, Mekasha S, Loose JS, Crouch LI, Røhr ÅK, Gardner JG, Eijsink VG, Vaaje-Kolstad G

Structural and Functional Analysis of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase Important for Efficient Utilization of Chitin in Cellvibrio japonicus.

J Biol Chem 2016 Apr 01;291(14):7300-12. Epub 2016 feb 8

PMID: 26858252

Foss S, Watkinson RE, Grevys A, McAdam MB, Bern M, Høydahl LS, Dalhus B, Michaelsen TE, Sandlie I, James LC, Andersen JT

TRIM21 Immune Signaling Is More Sensitive to Antibody Affinity Than Its Neutralization Activity.

J Immunol 2016 Apr 15;196(8):3452-9. Epub 2016 mar 9

PMID: 26962230

Nawaz MS, Vik ES, Ronander ME, Solvoll AM, Blicher P, Bjørås M, Alseth I, Dalhus B

Crystal structure and MD simulation of mouse EndoV reveal wedge motif plasticity in this inosine-specific endonuclease.

Sci Rep 2016 Apr 25;6():24979. Epub 2016 apr 25

PMID: 27108838

Qu Y, Gharbi N, Yuan X, Olsen JR, Blicher P, Dalhus B, Brokstad KA, Lin B, Øyan AM, Zhang W, Kalland KH, Ke X

Axitinib blocks Wnt/ß-catenin signaling and directs asymmetric cell division in cancer.

Proc Natl Acad Sci U S A 2016 Aug 16;113(33):9339-44. Epub 2016 aug 1

PMID: 27482107

Lofstad M, Gudim I, Hammerstad M, Røhr ÅK, Hersleth HP

Activation of the Class Ib Ribonucleotide Reductase by a Flavodoxin Reductase in Bacillus cereus.

Biochemistry 2016 Sep 13;55(36):4998-5001. Epub 2016 aug 30

PMID: 27559930

Sorte HS, Osnes LT, Fevang B, Aukrust P, Erichsen HC, Backe PH, Abrahamsen TG, Kittang OB, Øverland T, Jhangiani SN, Muzny DM, Vigeland MD, Samarakoon P, Gambin T, Akdemir ZH, Gibbs RA, Rødningen OK, Lyle R, Lupski JR, Stray-Pedersen A

A potential founder variant in CARMIL2/RLTPR in three Norwegian families with warts, molluscum contagiosum, and T-cell dysfunction.

Mol Genet Genomic Med 2016 Nov;4(6):604-616. Epub 2016 sep 17

PMID: 27896283

Nawaz MS, Vik ES, Berges N, Fladeby C, Bjørås M, Dalhus B, Alseth I

Regulation of Human Endonuclease V Activity and Relocalization to Cytoplasmic Stress Granules.

J Biol Chem 2016 Oct 07;291(41):21786-21801. Epub 2016 aug 29

PMID: 27573237

Beyene GT, Balasingham SV, Frye SA, Namouchi A, Homberset H, Kalayou S, Riaz T, Tønjum T

Characterization of the Neisseria meningitidis Helicase RecG.

PLoS One 2016;11(10):e0164588. Epub 2016 okt 13

PMID: 27736945

Lundin KE, Hamasy A, Backe PH, Moens LN, Falk-Sörqvist E, Elgstøen KB, Mørkrid L, Bjørås M, Granert C, Norlin AC, Nilsson M, Christensson B, Stenmark S, Smith CI

Susceptibility to infections, without concomitant hyper-IgE, reported in 1976, is caused by hypomorphic mutation in the phosphoglucomutase 3 (PGM3) gene.

Clin Immunol 2015 Dec;161(2):366-72. Epub 2015 okt 19

PMID: 26482871

Foss S, Watkinson R, Sandlie I, James LC, Andersen JT

TRIM21: a cytosolic Fc receptor with broad antibody isotype specificity.

Immunol Rev 2015 Nov;268(1):328-39.

PMID: 26497531

Fjaer R, Brodtkorb E, Øye AM, Sheng Y, Vigeland MD, Kvistad KA, Backe PH, Selmer KK

Generalized epilepsy in a family with basal ganglia calcifications and mutations in SLC20A2 and CHRNB2.

Eur J Med Genet 2015 Nov;58(11):624-8. Epub 2015 okt 19

PMID: 26475232

Frye SA, Lång E, Beyene GT, Balasingham SV, Homberset H, Rowe AD, Ambur OH, Tønjum T

The Inner Membrane Protein PilG Interacts with DNA and the Secretin PilQ in Transformation.

PLoS One 2015;10(8):e0134954. Epub 2015 aug 6

PMID: 26248334

Chen X, Hnida K, Graewert MA, Andersen JT, Iversen R, Tuukkanen A, Svergun D, Sollid LM

Structural Basis for Antigen Recognition by Transglutaminase 2-specific Autoantibodies in Celiac Disease.

J Biol Chem 2015 Aug 28;290(35):21365-75. Epub 2015 jul 9

PMID: 26160175

Bern M, Sand KM, Nilsen J, Sandlie I, Andersen JT

The role of albumin receptors in regulation of albumin homeostasis: Implications for drug delivery.

J Control Release 2015 Aug 10;211():144-62. Epub 2015 jun 6

PMID: 26055641

Naas AE, MacKenzie AK, Dalhus B, Eijsink VG, Pope PB

Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus.

Sci Rep 2015;5():11666. Epub 2015 jul 2

PMID: 26133573

Ottesen AH, Louch WE, Carlson CR, Landsverk OJ, Kurola J, Johansen RF, Moe MK, Aronsen Jm, Høiseth AD, Jarstadmarken H, Nygård S, Bjørås M, Sjaastad I, Pettilä V, Stridsberg M, Omland T, Christensen G, Røsjø H

Secretoneurin is a novel prognostic cardiovascular biomarker associated with cardiomyocyte calcium handling.

J Am Coll Cardiol 2015 Feb 3;65(4):339-51.

PMID: 25634832

Xua F, Chatzitakisa A, Risbakk S, Yang M, Backe PH, Grandcolase M, Bjørås M, Norby T

High performance and toxicity assessment of Ta3N5 nanotubes for photoelectrochemical water splitting

Catalysis Today, 361, 57-62

Gudim I, Lofstad M, Hammerstad M, Hersleth HP

Measurement of FNR-NrdI Interaction by Microscale Thermophoresis (MST)

Bio-protocol, 7(8), s e2223, 2017

Jaradat SA, Al-Qa'qa' K, Amayreh W, Backe PH, Al-Hawamdeh A, Karam M, Alzoubi B, Deebajah H, Rababah BA

Molecular analysis of maple syrup urine disease in Jordanian families

Meta Gene, 2015, doi:10.1016/j.mgene.2015.10.002

Doktorgrader

Kaiqi Xu

Artificial photosynthesis – Advanced nanomaterials and use of biocatalysts for novel photoelectrochemical cells

Disputert:: april 2020
Hovedveileder:: Truls Eivind Norby

Cathrin Lytomt Salvador

Estimation and measurement of glomerular filtration rate in children

Disputert:: mai 2020
Hovedveileder:: Lars Mørkrid

Siri Kristine Lynne Rydning

Novel causes and refined phenotypes of hereditary spastic paraparesis. Studies of subgroups of hereditary spinocerebell.......

Disputert:: juni 2017
Hovedveileder:: Kaja Kristine Selmer

Hedda Johannesen

Unmasking the Assassin— A structural and functional analysis of the anti-tumour antibody 14F7: providing.......

Disputert:: august 2020
Hovedveileder:: Ute Krengel

Dagim Shiferaw Tadele

Development of novel approaches for treatment of leukemia

Disputert:: august 2020
Hovedveileder:: Jorrit Enserink

Laure Isabelle Piechaczyk

Identifying new avenues for leukemia treatment using genomewide CRISPR/Cas9 and ex vivo drug sensitivity screens

Disputert:: september 2017
Hovedveileder:: Jorrit Enserink

Miaomiao Li

Novel Roles of the N6-methyladenosine Reader YTHDF2 in Genome Stability and Neuronal Development

Disputert:: september 2020
Hovedveileder:: Arne Klungland

Ole Jørgen Kaasbøll

Studies of the structure-activity relationships, signaling properties and functions of Connective Tissue Growth Factor

Disputert:: februar 2019
Hovedveileder:: Håvard Attramadal

Joel Benjamin Heim

Pulling the “sweet tooth” of bacterial toxins – An investigation using X-ray and carbohydrate interaction analysis

Disputert:: mars 2019
Hovedveileder:: Ute Krengel

Arash Ahmadi

Single-molecule investigation of DNA scanning by DNA base repair proteins

Disputert:: april 2019
Hovedveileder:: Bjørn Dalhus

Jeannette Nilsen

Of Mice and Men: Dissecting the albumin-FcRn interaction across species

Disputert:: september 2019
Hovedveileder:: Jan Terje Andersen

Zsuzsa Huszenicza

Intracellular signaling in T cells: Mapping of binding partners and structural analyses of Src homology domains

Disputert:: september 2019
Hovedveileder:: Anne Spurkland

Mari Eknes-Ytre-Arne

Discovery and characterization of small-molecule inhibitors of 8-oxoguanine DNA glycosylase 1

Disputert:: mai 2018
Hovedveileder:: Bjørn Dalhus

Ingvild Gudim

Characterisation of flavodoxins and ferredoxin/flavodoxin reductases from Bacillus cereus and their interactions

Disputert:: august 2018
Hovedveileder:: Hans-Petter Hersleth

Lene Støkken Høydahl

Novel reagents for studies of antigen presentation in celiac disease

Disputert:: februar 2018
Hovedveileder:: Inger Sandlie

Kine Marita Knudsen Sand

The FcRn-albumin interaction

Disputert:: februar 2017
Hovedveileder:: Inger Sandlie

Marie Lofstad

Activation pathways of the class Ib ribonucleotide reductase in Bacillus cereus

Disputert:: februar 2017
Hovedveileder:: Hans-Petter Hersleth

Anett Hellebø Ottesen

Functional aspects of granin proteins in cardiac disease

Disputert:: mars 2017
Hovedveileder:: Helge Røsjø

Hanne Sørmo Sorte

The genetics of primary immunodeficiencies

Disputert:: mai 2017
Hovedveileder:: Robert Lyle

Anna Ulrika Lång

Promyelocytic leukemia protein and post-mitotic nuclear import

Disputert:: juni 2017
Hovedveileder:: Stig Ove Bøe

Tandekile Lubelwana Hafver

The Sodium-Calcium Exchanger 1: Novel Regulatory Mechanisms and Interacting Partners

Disputert:: juni 2017
Hovedveileder:: Cathrine Rein Carlson

Malin C. Bern

Engineering of the albumin-FcRn interaction

Disputert:: august 2017
Hovedveileder:: Inger Sandlie

Kathrin Hnida

b. Anti-transglutaminase 2 autoantibodies in celiac disease: Structural basis for antigen recognition and functional properties

Disputert:: februar 2017
Hovedveileder:: Ludvig Magne Sollid

Tushar Ravindra Mahajan

Design, synthesis and biological evaluation of 8-oxoguanine derivatives as DNA glycosylases inhibitors and ...

Disputert:: september 2016
Hovedveileder:: Lise-Lotte Gundersen

Meh Sameen Nawaz

Molecular and Cellular Insights into Mammalian Endonuclease V

Disputert:: november 2016
Hovedveileder:: Ingrun Alseth

Stian Foss

Intracellular Fc receptors: Role in transcytosis and protection against human adenovirus 5 infection

Disputert:: september 2016
Hovedveileder:: Inger Sandlie

Pimthanya Wanichawan

Molecular Regulatory Mechanisms of the Sodium-Calcium Exchanger 1 in heart

Disputert:: juni 2015
Hovedveileder:: Cathrine R. Carlson

Julie Elisabeth Heggelund

Cholera toxin - carbohydrate interaction as the basis for cholera blood-group dependence

Disputert:: juni 2015
Hovedveileder:: Ute Krengel

Vuk Palibrk

Molecular and pathophysiological functions of promyelocytic leukemia protein

Disputert:: mars 2015
Hovedveileder:: Stig Ove Bøe

Deltagere

Rune Forstrøm Johansen Prosjektdeltaker
Pernille Blicher Prosjektdeltaker
Paul Hoff Backe Forsker (annen finansiering)
Bjørn Dalhus Prosjektleder
Magnar Bjørås Prosjektdeltaker
Lene Svendsen Kittelsen Prosjektdeltaker
Jon Kristen Lærdahl Prosjektdeltaker

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern - Informasjonskapsler