Regional Core Facility for Structural Biology and Bioinformatics
- Prosjektnummer
- 2015095
- Ansvarlig person
- Bjørn Dalhus
- Institusjon
- Oslo universitetssykehus HF
- Prosjektkategori
- Regional teknologisk kjernefasilitet
- Helsekategori
- Forskningsaktivitet
Plattformen betjener i hovedsak forskningsgrupper ved alle helseforetak tilknyttet Helse-Sør-Øst samt andre forskningsinstitusjoner i regionen (for eksempel UiO, NMBU, Veterinærinstituttet, høyskoler) som har behov for støtte innen strukturbiologi og strukturrelatert bioinformatikk. Vi har også bidratt til et par prosjekter på nasjonalt plan da vi p.t. er eneste laboratorium i Norge med MST teknologi som tilbyr tilgang for brukere. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, service og tilgang til krystallisering, interaksjonsstudier, 3D-modellering og strukturanalyser, samt strukturrelatert bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data. Vi er/har vært involvert i over 250 ulike prosjekter fra over 70 forskningsgupper siden plattformen startet opp. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og på nasjonalt plan. Vi har også et par samarbeid med grupper i utlandet. Plattformen har støttet arbeid med en rekke proteiner involvert i blant annet Wnt/beta-catenin signallering og celledeling i kreft, interaksjon mellom heparin, Eph reseptorer og Ephriner, DNA reparasjon/rekombinasjon i den humane patologe bakterien Neisseria meningitidis, protein fosfatase og natrium-kalsium transport, metabolske defektsykdommer, nevrodegenerative sykdommer, sjeldne genetiske sykdommer, DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering, humane kinaser, glykosyleringsdefekter, kreatindefekter, ribonukleotidsyntese og elektrontransport, kalsium homeostase relatert til hjertesvikt, cøliaki, immunrespons, albumin-FcRn interaksjoner og resyklering av albumin, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og kjerneimport. I 2016 har vi oppgradert vår instrumentpark med ny Nandrop for måling av protein og DNA, samt nytt kromatografiutstyr for proteinrensing. Som partner i en større nasjonal infrastruktursøknad til NFR om videre oppgradering (innvilget 2015) har vi også gjennomført anbudskonkurranse for innkjøp av flere nye instrumenter til vår fasilitet. Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby instrumentering. Vi har screenet proteiner for krystallisering for flere forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata for mange proteinkrystaller ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. Vi har løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. Både ITC og MST har blitt brukt til å studere protein-protein og protein-ligandinteraksjoner for flere bruker. Av arbeider som er publisert i 2016 som plattformen har bidratt til kan vi nevne studie av effekten til det klinisk godkjente legemiddelet axitinib på Wnt/beta-catenin signallering, publisert i PNAS (Qu et al, PNAS, 2016). Vi har bidratt til en studie av den molekylære effekten av mutasjoner i UCHL1 genet funnet i pasienter ved OUS (Rydning et al, Hum Mol Genet, 2016) og tilsvarende for mutasjoner i genet CARMIL2/RLTPR (Sorte et al, Mol Genet Genomic Med, 2016). Vi har budratt til strukturstudier av flere enzymer involvert i karbohydrat/kitinase degradering (Forsberg et al, J Biol Chem, 2016) & (Mekasha et al, FEBS Lett. 2016). Vi har støttet opp om et studie av hvordan antistoffbinding modulerer TRIM21 immunrespons og det kan ha betydning for design av antivirale IgG legemidler (Foss et al, J Immunol, 2016). Vi har også bidratt til en analyse av interaksjonen mellom protein fosfatase 1 og natrium-kalsium exchanger 1 (antiporter membranprotein), som er involvert i regulering av kalsiumnivået i celler, noe som har betydning for korrekt hjertefunksjon (Hafver et al, J Biol Chem, 2016). Platformen har også budratt til publikasjoner med karaterisering av RecG helikase fra Neisseria meningitidis (Beyene et al, PLoS One, 2016), proteininteraksjoner involvert i ribonukleotidsyntese og elektrontransport (Lofstad, Biochemsitry, 2016), samt et par studier omkring RNA modifiseringer og Endonuclease V (Nawas et al, Sci Rep, 2016) & (Nawas et al, J Biol Chem, 2016).
Plattformen betjener forskningsgrupper ved alle helseforetak tilknyttet Helse-Sør-Øst samt andre forskningsinstitusjoner i regionen (for eksempel UiO, NMBU, Veterinærinstituttet, høyskoler) som har behov for støtte innen strukturbiologi og strukturrelatert bioinformatikk. Støtten omfatter eksperimentell strukturbestemmelse av proteiner/DNA komplekser, service og tilgang til krystallisering, interaksjonsstudier, 3D-modellering og strukturanalyser, samt strukturrelatert bioinformatikkanalyser for tolking av kliniske data. Plattformen har støttet arbeid med en rekke humane proteiner involvert i blant annet cøliaki, immunrespons, hemoglobinvarianter, DNA reparasjon og kreft, RNA modifisering, metabolske defektsykdommer, nevrodegenerative sykdommer, sjeldne genetiske sykdommer, humane kinaser, glykosyleringsdefekter, kreatindefekter, elektrontransport, kalsium homeostase relatert til hjertesvikt, karbohydrat biosyntese, promelosytisk leukemi og kjerneimport. Vi har også gjennomført virtuell screening av molekyldatabaser i forbindelse med design av hemmere for enzymer involvert i kreft og MSUD. Aktiviteten ved plattformen er høy og vi er/har vært involvert i over 220 ulike prosjekter fra over 60 forskningsgupper i helseregionen siden plattformen startet opp. Hovedvekten er knyttet til OUS og Universitetet i Oslo, men vi har også samarbeid med forskningsgrupper ved andre institusjoner i regionen og i utlandet. I 2015 har vi oppgradert vår instrumentpark med et nytt MST instrument for måling av protein-proteininteraksjoner. Vi var også partner i en større nasjonal infrastruktursøknad til NFR om videre oppgradering som ble innvilget i 2015, og vi er nå i gang med innkjøp av flere nye instrumenter til vår fasilitet. Vi har også gitt opplæring av nye brukere for flere av de metoder som vi kan tilby instrumentering. Vi har screenet proteiner for mange forskningsgrupper og også bidratt til dataopptak av diffraksjonsdata for mange proteinkrystaller ved ESRF i Grenoble på vegne av brukere. Vi har løst flere ny strukturer av enzymer som ennå ikke er publisert. Både ITC, MST og SPR har blitt brukt til å studere protein-protein og protein-ligandinteraksjoner for flere bruker. Vi har også gjennomført et TFA fragmentscreen for en industripartner. Av arbeider som er publisert i 2015 har plattformen bidratt til studie av PP1-NCX1 komplekset, som er involvert i regulering av kalsiumnivået i celler, noe som er viktig for korrekt hjertefunksjon (Lubelwana et al, J Biol Chem, 2015). Videre har vi bidratt i studier som viser hvordan mutasjon i enzymet PGM3 kan gi svekkelser i immunforsvaret (Lundin et al, Clin Immunol, 2015), hvordan mutasjoner i genene SLC20A2 og CHRNB2 kan være relatert til forekomst av epilepsi (Fjaer et al, Eur J Med Genet, 2015), og hvordan enzymer deltar i nedbryting av polysakkarider (Naas et al, Sci Rep, 2015). Plattformen har også bidratt til arbeider med strukturstudier av antigengjenkjenning av TG2-spesifikke antistoffer i cøliaki (Chen et al, J Biol Chem, 2015), interaksjon mellom membranproteinet PilG og DNA, og mellom PilG og PilQ fra meningokokkbakterier (Frye et al, PLoS One, 2015), og flere strukturstudier av mutasjoner i BCKDHA genet funnet i pasienter med MSUD (en medfødt defekt i aminosyremetabolismen) (Jaradat et al, Meta Gene, 2015), og studie av binding mellom peptidet secretoneurin og CaMKII kinasen og calmodulin (Ottesen et al, J Am Coll Cardiol, 2015). Vi har også vært med i et lengre samarbeid om studier av TRIM21 og komplekser mellom FcRn reseptor og serum albumin (Foss et al, Immunol Rev, 2015 & Bern et al, J Control Release, 2015).
Protein Phosphatase 1c Associated with the Cardiac Sodium Calcium Exchanger 1 Regulates Its Activity by Dephosphorylating Serine 68-phosphorylated Phospholemman.
J Biol Chem 2016 Feb 26;291(9):4561-79. Epub 2015 des 14
PMID: 26668322
Structural and functional characterization of a small chitin-active lytic polysaccharide monooxygenase domain of a multi-modular chitinase from Jonesia denitrificans.
FEBS Lett 2016 Jan;590(1):34-42. Epub 2015 des 28
PMID: 26763108
Structural and Functional Analysis of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase Important for Efficient Utilization of Chitin in Cellvibrio japonicus.
J Biol Chem 2016 Apr 01;291(14):7300-12. Epub 2016 feb 8
PMID: 26858252
TRIM21 Immune Signaling Is More Sensitive to Antibody Affinity Than Its Neutralization Activity.
J Immunol 2016 Apr 15;196(8):3452-9. Epub 2016 mar 9
PMID: 26962230
Crystal structure and MD simulation of mouse EndoV reveal wedge motif plasticity in this inosine-specific endonuclease.
Sci Rep 2016 Apr 25;6():24979. Epub 2016 apr 25
PMID: 27108838
Axitinib blocks Wnt/ß-catenin signaling and directs asymmetric cell division in cancer.
Proc Natl Acad Sci U S A 2016 Aug 16;113(33):9339-44. Epub 2016 aug 1
PMID: 27482107
Activation of the Class Ib Ribonucleotide Reductase by a Flavodoxin Reductase in Bacillus cereus.
Biochemistry 2016 Sep 13;55(36):4998-5001. Epub 2016 aug 30
PMID: 27559930
A potential founder variant in CARMIL2/RLTPR in three Norwegian families with warts, molluscum contagiosum, and T-cell dysfunction.
Mol Genet Genomic Med 2016 Nov;4(6):604-616. Epub 2016 sep 17
PMID: 27896283
Regulation of Human Endonuclease V Activity and Relocalization to Cytoplasmic Stress Granules.
J Biol Chem 2016 Oct 07;291(41):21786-21801. Epub 2016 aug 29
PMID: 27573237
Characterization of the Neisseria meningitidis Helicase RecG.
PLoS One 2016;11(10):e0164588. Epub 2016 okt 13
PMID: 27736945
Novel UCHL1 mutations reveal new insights into ubiquitin processing.
Hum Mol Genet 2016 Dec 22. Epub 2016 des 22
PMID: 28007905
Protein Phosphatase 1c Associated with the Cardiac Sodium Calcium Exchanger 1 Regulates Its Activity by Dephosphorylating Serine 68-phosphorylated Phospholemman.
J Biol Chem 2016 Feb 26;291(9):4561-79. Epub 2015 des 14
PMID: 26668322
Susceptibility to infections, without concomitant hyper-IgE, reported in 1976, is caused by hypomorphic mutation in the phosphoglucomutase 3 (PGM3) gene.
Clin Immunol 2015 Dec;161(2):366-72. Epub 2015 okt 19
PMID: 26482871
TRIM21: a cytosolic Fc receptor with broad antibody isotype specificity.
Immunol Rev 2015 Nov;268(1):328-39.
PMID: 26497531
Generalized epilepsy in a family with basal ganglia calcifications and mutations in SLC20A2 and CHRNB2.
Eur J Med Genet 2015 Nov;58(11):624-8. Epub 2015 okt 19
PMID: 26475232
The Inner Membrane Protein PilG Interacts with DNA and the Secretin PilQ in Transformation.
PLoS One 2015;10(8):e0134954. Epub 2015 aug 6
PMID: 26248334
Structural Basis for Antigen Recognition by Transglutaminase 2-specific Autoantibodies in Celiac Disease.
J Biol Chem 2015 Aug 28;290(35):21365-75. Epub 2015 jul 9
PMID: 26160175
The role of albumin receptors in regulation of albumin homeostasis: Implications for drug delivery.
J Control Release 2015 Aug 10;211():144-62. Epub 2015 jun 6
PMID: 26055641
Structural Features of a Bacteroidetes-Affiliated Cellulase Linked with a Polysaccharide Utilization Locus.
Sci Rep 2015;5():11666. Epub 2015 jul 2
PMID: 26133573
Secretoneurin is a novel prognostic cardiovascular biomarker associated with cardiomyocyte calcium handling.
J Am Coll Cardiol 2015 Feb 3;65(4):339-51.
PMID: 25634832
Molecular analysis of maple syrup urine disease in Jordanian families
Meta Gene, 2015, doi:10.1016/j.mgene.2015.10.002
Design, synthesis and biological evaluation of 8-oxoguanine derivatives as DNA glycosylases inhibitors and ...
- Disputert:
- september 2016
- Hovedveileder:
- Lise-Lotte Gundersen
Molecular and Cellular Insights into Mammalian Endonuclease V
- Disputert:
- november 2016
- Hovedveileder:
- Ingrun Alseth
Intracellular Fc receptors: Role in transcytosis and protection against human adenovirus 5 infection
- Disputert:
- september 2016
- Hovedveileder:
- Inger Sandlie
Molecular Regulatory Mechanisms of the Sodium-Calcium Exchanger 1 in heart
- Disputert:
- juni 2015
- Hovedveileder:
- Cathrine R. Carlson
Cholera toxin - carbohydrate interaction as the basis for cholera blood-group dependence
- Disputert:
- juni 2015
- Hovedveileder:
- Ute Krengel
Molecular and pathophysiological functions of promyelocytic leukemia protein
- Disputert:
- mars 2015
- Hovedveileder:
- Stig Ove Bøe
- Bjørn Dalhus Prosjektleder UIO, OUS
- Paul Hoff Backe Prosjektdeltaker OUS, UIO
- Lene Svendsen Kittelsen Prosjektdeltaker UIO
- Pernille Blicher Prosjektdeltaker UIO
- Magnar Bjørås Prosjektdeltaker UIO, OUS, NTNU
- Rune Forstrøm Johansen Prosjektdeltaker OUS, UIO
- Jon Kristen Lærdahl Prosjektdeltaker OUS, UIO
eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT
Alle henvendelser rettes til eRapport