Intra-patient HPV genetic variation - a new and specific marker for cancer development

HPV genetisk variasjon som markør for kreftutviklingUtvikling av metode for helgenomsekvensering av HPV er ferdigstilt. Metoden er i verdensklasse med tanke på mulighetene den gir for fremtidig forskning og kreftdiagnostikk. Data for de to første artiklene er generert og vil publiseres i løpet av første halvdel av 2018.Infeksjon med humant papillomavirus (HPV) er en nødvendig faktor for utvikling av livmorhalskreft. Testing for HPV er derfor en del av screeningsprogrammet mot denne kreftformen i mange land, inkludert Norge. HPV er imidlertid et svært vanlig virus som sjelden gir sykdom og det er derfor behov for tester som kan forbedre screeningsprogrammene. Prosjektet vil benytte DNA sekvenseringsteknologi for molekylær analyse av HPV, med påfølgende fylogenetiske analyser, og vi ønsker med prosjektet å bidra med svar til to hovedhypoteser; 1. Nivå av sekvensvariasjon i HPV DNA kan brukes som markør for kreftutvikling og 2. Kreftrisiko kan stratifiseres ut fra genetiske mønstre. I løpet av 2017 har prosjektgruppen ferdigstilt metode for helgenomsekvensering av HPV, som inkluderer protokoll og prosedyrer for arbeid på lab, samt optimalisering av bioinformatisk dataanalyse. I opprinnelig prosjektbeskrivelse er det beskrevet bruk av en metode som kun dekker en mindre del (6%) av HPV-genomet og som dermed kun delvis ville ha gitt oss svar vedrørende HPV sekvensvariasjon som angitt i hypotesene våre. På grunn av kompleksiteten i metoden for helgenomsekvensering, spesielt for den bioinformatiske delen av det, har ferdigstillelsen tatt noe mer tid enn antatt, men påvirker ikke fremdrift i prosjektet betydelig. Metoden er i verdensklasse med tanke på mulighetene den gir for fremtidig forskning og diagnostikk og er unik med tanke på å holde kostnadene nede, sammenliknet med tilsvarende metoder for samme formål. I tillegg til å si noe om sekvensvariasjon i HPV, vil metoden også kunne gi verdifull informasjon om integrasjon av viruset inn i vårt arvemateriale, samt om større delesjoner i HPV-sekvens, som begge er viktig informasjon i den totale kartleggingen av kreftrisiko. Arbeidet ble presentert på årsmøtet til NORBIS (National research school in bioinformatics, biostatistics and systems biology) i november 2017 og vil sendes til publisering i løpet av første kvartal 2018. Metodeartikkelen tar for seg de fem vanligste HPV genotypene og dokumenterer særdeles gode egenskaper for aktuelt prøvemateriale. Første analyser viser genetisk variasjon gjennom hele genomet og som er et svært godt utgangspunkt for de videre studiene som skal gjøres. PhD-kandidaten har i løpet av 2017 opparbeidet seg solid kunnskap om bioinformatisk behandling av data og som vil være en sentral del av arbeidet videre. Hun har gjennomført og bestått tre aktuelle kurs for doktorgradsprogrammet og ligger i rute med tanke på kursplan. I 2017 inngikk gruppen et viktig samarbeid med Institute for Public Health and the Environment (RIVM), Nederland. Prøver tatt på to eller flere ulike tidspunkt har blitt analysert og HPV variabiliteten i disse analyseres i disse dager av kandidaten. Resultatene vil kunne gi oss svar på hypotesen vår om at økende grad av sekvensvariasjon er forbundet med en vedvarende infeksjon og dermed med en høyere risiko for utvikling av kreft. Arbeidet vil sendes til publisering i løpet av de neste månedene. Oppstart av den siste studien i prosjektet planlegges våren 2018. Støtte til hypotesene vil være et første steg mot utnyttelse av en ny biomarkør for bruk i livmorhalsscreening over hele verden.