Intra-patient HPV genetic variation - a new and specific marker for cancer development

Infeksjon med humant papillomavirus (HPV) er en nødvendig faktor for utvikling av livmorhalskreft. Testing for HPV er derfor en del av screeningsprogrammet mot denne kreftformen i mange land, inkludert Norge. HPV er imidlertid et svært vanlig virus som sjelden gir sykdom og det er derfor behov for tester som kan forbedre screeningsprogrammene. Prosjektet vil benytte DNA sekvenseringsteknologi for molekylær analyse av HPV, med påfølgende fylogenetiske analyser, og vi ønsker med prosjektet å bidra med svar til to hovedhypoteser; 1. Nivå av sekvensvariasjon i HPV DNA kan brukes som markør for kreftutvikling og 2. Kreftrisiko kan stratifiseres ut fra genetiske mønstre. Prosjektet vil benytte tidligere innsamlet materiale i biobank, hvilket innbefatter prøvemateriale fra kvinner uten sykdom, med lavgradige celleforandringer og med moderate og alvorlige forstadier til kreft og kreft. Støtte til hypotesene vil være et første steg mot utnyttelse av en ny biomarkør for bruk i livmorhalsscreening over hele verden. PhD-kandidaten har så langt i prosjektet jobbet med videreutvikling og optimalisering av metodene, både for sekvensering av hele og deler av HPV-genomet, samt for bioinformatisk behandling av data. Kandidaten har gjennomført grunnleggende kurs i nødvendige statistikkprogrammer (Johns Hopkins University, Coursera) og har vært på et to ukers internasjonalt forskeropphold for optimalisering av metoden for HPV-helgenomanalyse. Kandidaten skal delta på verdens største og viktigste HPV-konferanse HPV2017 i februar/mars 2017 (www.hpv2017.org) og presentere første sentrale data fra prosjektet, med tittel "Intra-HPV type genetic variation in liquid based cytology screening samples". Disse dataene viser genetisk variasjon innenfor en HPV-genotype, både mellom prøver og innenfor samme prøve, samt fylogenetisk slektskap mellom disse. Resultatene bekrefter egnethet av metoden for ønsket formål.