South-Eastern Regional Infrastructure for Clinical Translational Research (SERIT)

Yan Liu, er den eneste fulltidsansatte som benytter 100% av sin arbeidstid til oppdragsforskning i SERIT regi. Øvrig ingeniørstab (2 lønnet av Ahus, 4.5 lønnet av UiO) tilknyttet SERIT benytter minimum 30% av sin tid til arbeid på oppdragsforskning. I perioden har det vært/er det 42 prosjekter (se tabell 1) fra 37 ulike prosjektledere ved Ahus, OUS, Sykehuset i Telemark (THT), Vestre Viken, NMBU, NTNU og UIO. SERIT har etablert en rekke molekylærbiologiske teknikker etter konkrete forespørsler: Duplex sekvensering, panelsekvensering ved Illumina teknologi, pyrosekvensering, ATAC seq, ulike anriknings- og tagmenteringsteknikker. Nanopore sekvensering og ulike assays for å måle telomer dysfunksjon er under utvikling. Digital droplet PCR (ddPCR) er anskaffet ved å selge gammelt utstyr og det er stort fokus på å utvikle metoder på denne plattformen fordi den er meget fleksibel og gir godt innblikk i heterogenitet i prøver. Vi har etablert en ny analyse for kalprotektin i feces som nå tilbys av avdeling for diagnostikk og teknologi ved Ahus. For effektivisering av metodeutvikling har vi sett det nødvendig å etablere en egen biobank (FriDoM) som er godkjent av REK og lokalt PVO. Raske genotypingsmetoder er utviklet etter behov (k-ras, FLT3): Utvikling av nye, raske genotypingsassay er drevet av i) behov for å levere genotypingsinformasjon raskt med hensyn på inklusjon av pasienter i kliniske studier eller 2) validering av nye varianter identifisert vha nestegenerasjonssekvenseringsmetoder. Dette er viktig for kvalitetskontroll mhp implementering av persontilpasset medisin i diagnostikk og i behandlingsløp. I tillegg har vi utviklet et assays for haplotying av genvarianter etter forespørsel fra Sykehuset i Telemark. Vi har etablert ulike histologiske teknikker for å kunne utnytte historisk biopsimateriale (Inkl diagnostiske biopsier): fluorescence immuohistochemistry (FISH), RNAscope, Immunohistochemistry (HC), laser mikrodisseksjon. Denne kompetansen er nå svært etterspurt og vi er nå i stand til, i prinsippet, å utnytte det rike historiske materiale som har blitt samlet i biobanker. SERIT har arbeidet systematisk for å bygge kompetanse inne presisjonsmedisin. Vi har etablert panelsekvensering vha IonS5 teknologi sammen med avdelingene for patologi og tverrfaglig laboratoriemedisin ved Ahus. I 2019 etablerte vi FISH analyse for lymfomdiagnostikk sammen med avdeling for patologi ved Ahus. Vi har bygd kompetanse ved å delta med personell og andre ressurser inn i forskningsprosjekt: SERIT personell har deltatt på kurs i panel sekvensering regi av European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Dyp sekvensering har blitt utført på DNA fra PBMC (ryggmarg) fra akutt myeloid leukemi pasienter (Prosjekt 9, Tabell 1). Vi har gjort panelsekvensering ved bruk av Illumina TruSight Myeloid Sequencing panel. For å validere resultatene fra Illumina sitt Myeloid panel ble prøvene resekvensert ved bruk av Ion Torrent sitt Oncomine Myeloid Research Assay sekvenserings panel som er godkjent for diagnostisk bruk. I samarbeid med Seksjon for genteknologi har vi også testet andre Oncomine sekvenseringspaneler for bruk i forskningsprosjekter, inkludert store genpaneler (500 gener) som er nødvending for å anslå tumor mutasjonsbyrde, et viktig kriterium for å anbefale immunterapi i utprøvende setting. Illumina data er analysert ved hjelp av Genome Cancer Sequencing Pipeline (IFI, UiO). I samarbeid med Kjernefasilitet for bioinformatikk, HSØ/UiO, er vi i ferd med å sette opp pipelines for dataanalyse av de mest vanlige nestegenerasjons sekvenseringsteknikkene. For å i vare ta personvernshensyn vil analysene bli gjort vha. tungregnefasilitetene til Tjenester for sensitive data (TSD). En sikker dataoverføringspipeline er bygd. Vi har utarbeidet kvalitetssikrede protokoller tilpasset nedstrømsanalyser og utarbeidet detaljerte standardprosedyrenr som distribueres til prosjektledere og forskningssykepleiere. Vi mener at metode og prosess arbeidet utført som del av SERIT har bidratt til at vi er klar til å tilby panel sekvensering og dermed implementere presisjonsmedisin. SERIT har bidratt til å gjennomføre 42 forskningsprosjekter fra 37 ulike prosjektledere ved Ahus, OUS, Sykehuset i Telemark (THT), Vestre Viken, NMBU, NTNU og UIO. Så langt har SERIT personell bidratt substantiellt til 42 vitenskapelige publikasjoner. Mindre bidrag (som teknisk hjelp eller veiledning i isolerte teknikker) er ikke talt men SERIT personell er nevnt i Acknowledgement seksjoner i ytterligere 13 publikasjoner. Selv om hovedoppgaven til SERIT er å bidra til forskning i helseregionen, har SERIT stab bidratt direkte til diagnostisering av pasienter: • Molekylær diagnostikk av 2 pasienter med 3q29 delesjoner (Ahus). • Bidratt med telomerlengde analyser av åtte pasienter (Ahus og OUS). • Bidratt til molekylær diagnose av fem pasienter med perifer neuropati (Sykehuset i Telemark). • Bidratt til molekylær diagnose av pasient med raskt fremskridende leukodystorfi (OUS, Ullevål). • Bistå med å sette opp FISH-plattform for lymfomdiagnostikk for pasienter med patologiavdeling (Ahus). • Drift av NEOLETEXE studien (Preoperativ behandling med letrozol/exemestane ved lokalavansert brystkreft) ledet av prof. Jürgen Geisler, Ahus. • Dietary intervension to delay progression of neurological symptoms in Ataxia Telangiectasis (Klinbeforsk): Pilotering, metodeutvikling, prøvepreparering og biobanking. • NO-PARK (PI Charalampus Tzoulis, Haukeland Universitetssykehus): Metodeutvikling, prøvepreparering og biobanking. SERIT stab bidrar til utarbeidelse av søknader for de fleste prosjektledere med aktivitet på laboratoriet. I tillegg utfører vi piloteksperimenter som inngår i søknader. SERIT stab har vært viktig for utarbeidelse av søknader fra kliniskere som ble innvilget bl.a. fra Kompetansesenterene for sjeldne diagnoser (PI: Eva Malt), Nasjonalforeningen for Folkehelsen (PI: Leiv Otto Vatne), Helse Sør-Øst (ulike PI), UiO konvergensmiljø (PI: Galina Gurasova ). SERIT stab bidro også søknad innvilget fra EU Horizon2020 (Vessela Kristensen) og Klinisk behandlingsforskning (PI: Hilde Nilsen). Andre søknader innvilget til PI affiliert med EpiGen/Ahus er ikke listet her. SERIT stab utgjør en veilederressurs for stipendiater og andre som ønsker å benytte molekylærbiologiske metoder i hele eller deler av prosjekter. I tillegg til ordinær opplæring på lab har SERIT stab fungert som veiledere for: Zairah Wairs, Oslo Metropolitan University Elnaz Sepehri (Uppsala Academical Hospital and the University of Uppsala) Francesco Di Ruscio (Ahus/FHI/UiO) Simen Vatn (Ahus) Martin Eide (UiO) Per Christian Sæther (Gentek, Ahus) Alina Tomescu-Baciu (OUS/UiO) Trond Espen Detlie (Ahus/UiO) Kristin Herstad (NMBU) Nina Caspersen (Ahus) Marion Malenge (OsloMet) Katherine Wang (UiO, forskerlinjestudent) Kristine Jacobsen (UiO/IBV) Louise Aarum (OsloMet) Line Berg Hansen (OsloMet) Katrine Mizoory (OsloMet) Arnt Roger Seljehaug (OsloMet) Abdel El-Khallabi (OsloMet) Katalin Juhasz (Ahus) Nadia Kiryushchenko (OUS) Julia Onsrud Opsahl (OUS) Dulika Sanjeewani (OUS/Frengen) Rebecca Presterud (UiO, forskerlinjestudent)