eRapport

Regional Research Network on Antimicrobial Resistance

Prosjekt
Prosjektnummer
2017110
Ansvarlig person
Fredrik Müller
Institusjon
Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori
Regionalt forskningsnettverk
Helsekategori
Infection
Forskningsaktivitet
4. Detection and Diagnosis, 5. Treatment Developement
Rapporter
2019 - sluttrapport
Forskningsnettverket ReN-AMR er sammensatt av forskningsgrupper ved OUS, UiO, SiV, AHUS, Vestre Viken og Folkehelseinstituttet og har hatt en regional styringsgruppe med 8 medlemmer, inkludert en brukerrepresentant, samt 3 koordinatorer og 2 ingeniører. Arbeidet er inndelt i to "Work packages" (WP). WP1 fokuserer på basalforskning og nye antibiotika. Målet med WP1.1 er å utvikle nye antibiotika, forbedre eksisterende antibiotika og utforske alternative behandlingsformer. DinQ er et naturlig forekommende peptid med en ny antibakteriell mekanisme som gir forventning om mindre utvikling av antibakteriell resistens enn nåværende medisiner. DinQ har blitt videreutviklet og har medført et FORNY-stipend i samarbeid med Inven2. Videre arbeid med antibakterielle peptider ledes nå fra NTNU med støtte fra ReN-AMR. Zinc-chelatorer (ZinChel) inaktiverer betalaktamaser hos resistente gramnegative bakterier. ZinChel gjenoppretter den antimikrobielle aktiviteten av meropenem hos karbapenemase-produserende gram-negative bakterier. Dette følges opp i HORIZON2020/IMI-prosjektet ENABLE. Prosjektet er i tidlig preklinisk utviklingsfase og er støttet av NFR. JPI-AMR prosjektet "Mycobacterial Tolerance Inhibitors" (MTIs) fokuserer på en ny familie av antibiotika som gjenoppretter aktiviteten av frontlinjemedikamentet isoniazid i resistent Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Nye alternativer til antibiotika, bl.a. bakteriofagterapi og bakteriofag-mediert selektiv genomredigering ved hjelp av CRISPR/Cas-baserte verktøy, har blitt studert. Målet med WP1.2 er å forstå bakteriell evolusjon og mekanismer som fører til antimikrobiell resistens (AMR). Ny kunnskap om hvordan N. gonorrhoeae, N. meningitidis, Haemophilus influenzae, Bacteroides fragilis og Helicobacter pylori blir antibiotikaresistente via horisontal genoverføring og mutasjoner gir nytt håp om å finne nye legemiddelmål. I tillegg er tre prosjekter i gang med støtte fra NFR: AMR-PART (internasjonalt utdanningsprosjekt som fokuserer på utvikling av innovativ forebygging, diagnostikk og terapi for å bekjempe AMR), AMR-CHROM (kromosom-mediert resistens hos bakterier, sopp og parasitter) og AMR-Diag (nye diagnostiske verktøy for sekvensbasert prediksjon av antimikrobiell resistens). WP2 fokuserer på klinisk forskningstilnærming mot antimikrobiell resistens. I WP2.1 studeres deteksjon av smitteutbrudd og reduksjon av AMR med epidemiologiske studier og overvåkning. Forskere innen nettverket jobber med forbedret påvisning av resistente (ESBL) gram-negative bakterier, vankomycinresistente enterokokker (VRE), meticillin-resistente Staphylococcus aureus (MRSA), og azol-resistente Aspergillus fumigatus (internasjonalt "Resist-Azole" prosjekt). Fire studier bruker helgenomsekvensering (WGS) for å beskrive hvordan den molekylære epidemiologien i Norge utvikler seg: ESCAPE (pasienter med urinveisinfeksjoner forårsaket av ESBL-positive bakterier og lokale vannprøver), NORKAB (norsk VRE-studie), WGS-studie av S. aureus bakteriemi og en N. gonorrhoeae studie. Ressurser fra ReN-AMR har deltatt i implementering, kurs og opplæring i bioinformatikk ved AHUS, SiV og OUS. I WP2.2 studeres antibiotikas effekt på mikrobiomet der første trinn har vært å opprette en generell forskningsbiobank for å innhente mikrobiotamateriale. Det arbeides i 2020 med videreutvikling av REK-søknad innsendt i 2019. Som ledd i nettverksbygging har ReN-AMR arrangert jevnlige møter, seminarer og konferanser om antibiotikabehandling, mikrobiota og ny terapi. ReN-AMR har også prioritert formidling av AMR til helsepersonell og befolkningen for øvrig som beskrevet i "Tilleggsinformasjon". Annen finansiering: OUS (10 mNOK), NordForsk (0,5 mNOK), NFR INTPART AMR-PART (4,5 mNOK), NFR INDNOR (Norge-India; 5 mNOK), NFR nasjonal nettverksfinansiering: AMR-CHROM (1 mNOK), NFR nasjonal nettverksfinansiering: Resist-Azole (1 mNOK), UiO: Life Science (75 kNOK), EU-finansiering 2018-2022: JPI-AMR (7 mNOK) og Stiftelsen Olav Thon (10 mNOK). Utvikling av antibiotikaresistens vurderes som en av menneskehetens store utfordringer og kan true en rekke behandlingsformer innen moderne medisin slik som kreftbehandling, transplantasjoner, annen kirurgi, behandling av premature barn i tillegg til behandling av infeksjonssykdommer per se. Imidlertid fører bruk av antimikrobielle midler til utvikling av resistens og det er et stort behov for å finne alternative behandlingsformer, nye antimikrobielle midler og å få en bedre forståelse av mikrobenes evne til resistensutvikling. Dette vil kreve en betydelig forskningsinnsats, noe vi i forskningsnettverket ReN-AMR har bidratt til. Flere prosjekter i nettverket fokuserer på å utvikle nye antibiotika, forbedre eksisterende antibiotika og utforske alternativ behandling. Det arbeides med ulike forbindelser med lovende resultater. Noen eksempler av disse forbindelsene er MTIs (Mycobacterial Tolerance Inhibitors) og Zinc-chelatorene. MTIs er en ny familie av antibiotika som gjenoppretter aktiviteten til frontlinjemedikamentet isoniazid med potensiell effekt mot multiresistent Mycobacterium tuberculosis som er et betydelig problem på verdensbasis. Zinc-chelatorer (ZinChel) inaktiverer betalaktamaser, enzymer som er produsert av resistente gramnegative bakterier og som kan bryte ned mange ulike antibiotika. En av de zinc-chelatorene har vist en sterk evne til å gjenopprette effekten av meropenem mot karbapenemase-produserende gram-negative bakterier. Karbapenem-resistens har utviklet seg raskt de siste årene i mange deler av verden og forekommer blant gramnegative bakterier, hovedsakelig Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa og Acinetobacter baumannii. Andre prosjekter fokuserer på bakteriell evolusjon og mekanismer som fører til antimikrobiell resistens (AMR), noe som er viktig for å forstå spredning av resistente bakterier og som grunnlag for å finne nye mål for antimikrobielle midler. Forskere innen ReN-AMR-nettverket arbeider også med å forbedre deteksjon av utbrudd med resistente bakterier, epidemiologiske studier og systemer for overvåkning. Videre er ReN-AMR involvert i arbeid med åpne overvåkingsystemer for antibiotikaresistens: WHONET fra WHO og DHIS2 utviklet ved Institutt for Informatikk ved UiO, det siste er under utprøving i India. Økt overvåking av antibiotikabruk virker i seg selv forebyggende. ReN-AMR har det siste året startet arbeidet for å opprette en generell forskningsbiobank til bruk for nettverket. Tanken er å innhente mikrobiotamateriale (samling av alle mikroorganismer som lever på ytre og indre overflater hos mennesker) fra avføring, urin, ekspektorat, sekret fra hud og slimhinner. Samtidig planlegges det å opprette et helseregister med sentrale opplysninger om pasientene med kobling til prøvematerialet. Formålet med biobanken vil være å kunne forske på mikrobiota for å oppnå bedre forståelse av sammenhengen mellom sammensetning, påvirkning av mikrobiota og forekomst (bærerskap) og spredning av antimikrobiell resistens. Det arbeides pt med tilbakemeldinger fra REK etter innsendt søknad. Funn og initiativer fra ReN-AMR bidrar til å forbedre diagnose, behandling og overvåking av infeksjoner og har derfor innvirkning på antibiotikabruk i helsetjenesten, i både institusjon og samfunn. Siden det største antibiotikaforbruket i samfunnet skjer i primærhelsetjenesten, er det gode samarbeidet med allmennpraksis og Antibiotikasenteret for primærmedisin (ASP) viktig.

Medlemmene i Helse Sør-Øst Regional Research Network on Antimicrobial Resistance (ReN-AMR) har vært aktive i ulike fora for å formidle forskningsresultater, øke bevisstheten og kunnskapen rundt AMR, og fronte behovet for globalt samarbeid og forskningsinnsats. ReN-AMR har sammen med Turning the Tide of Antimicrobial resistance (TTA) avholdt 6 styremøter, ett strategimøte og et åpent årsmøte i 2019. For å stimulere til samarbeid og koordinert forskning ble det i 2019 avholdt en internasjonal konferanse innen tuberkulose, maskinlæring og AMR (TTA4) sammen med forskerskolen IBA, samt fem kurs i bioinformatikk på ulike nivåer. Det har vært god regional deltakelse og mange positive tilbakemeldinger på disse arrangementene. ReN-AMR har også bidratt til vitenskapelig formidling med stand på Forskningstorget i regi av UiO og ved OUS´ ti-års-jubileum. I tillegg arrangerte ReN-AMR, sammen med Norsk selskap for immunologi (NSI), «Immunologiens dag» på Litteraturhuset om antibiotika, antibiotikaresistens og immunitet. I forbindelse med WHO’s Antibiotic Awareness Week var ReN-AMR medarrangør på seminarer ved OUS med fokus på bakteriuri samt tilsvarende arrangementer ved andre sykehus i HSØ. ReN-AMR avholdt et populærvitenskapelig seminar «Bakterier og antibiotika – Hva betyr dette for deg?» på Litteraturhuset. ReN-AMR har laget profiler i 4 sosiale medier: FB-AMR, blog OUS ekspertsykehuset, twitter (@tta-amr) og instagram (tta-amr); og ny nettside (ttanetwork.net).

2018
Antibiotika er en begrenset og ikke-fornybar ressurs. ReN-AMR-nettverket forsker på nye antibiotika, alternativer til antibiotika og utvikling av ny diagnostikk, forebyggelse og behandling. Forskningsnettverket er tverrfaglig og satt sammen av eksperter med høy kompetanse innen helseforetakene i HSØ, nasjonale og internasjonale samarbeidspartnere.Det regionale nettverket ReN-AMR og det tematiske forskningsområdet ved OUS på AMR er samordnet under navnet «Turning the Tide of Antimicrobial resistance» (TTA). I det regionale nettverket inngår OUS, Sykehuset i Vestfold (SiV), Vestre Viken, Akershus Universitetssykehus, samt Universitetssykehuset i Tromsø (K-Res) og Universitetet i Oslo. Forskning innen TTA er delt i to «work packages». WP1: RESISTENSMEKANISMER OG NYE DRUG TARGETS Antibakterielt peptidet DinQ: FORNY-stipendiat i samarbeid med Inven2. Videre arbeid med antibakterielle peptider ledes nå fra NTNU med TTA-nettverket som partner. Zinchel bevarer aktiviteten til karbapenem-antibiotika ved å hemme betalaktamser. Prosjekt i preklinisk utvikling, støttes av NRC. En substans blir undersøkt av HORIZON2020/IMI prosjektet ENABLE. HANOX (ny potensiell klasse bredspektrede, bactericide antibiotika) har vist effekt mot flere resistente bakterier på WHOs liste fra 2017. Prosjekter støttes av NRC, NOVO Pre Seed i Danmark og Universitetet i Oslo. Mycobacterial Tolerance Inhibitors (antibiotika med potensiell effekt mot multiresistent M. tuberculosis) er utviklet, fungerer ved å gjenopprette aktiviteten til frontlinjemedikamentet isoniazid. Ny kunnskap om hvordan Neisseria gonorrhoeae og N. meningitidis påvirker antibiotikaresistens gjennom mutasjoner og horisontal genoverføring har blitt ervervet. Nye alternativer til antibiotika, bl.a. bakteriofagterapi og bakteriofag-mediert selektiv genomredigering ved hjelp av CRISPR/Cas-baserte verktøy, har blitt utforsket. WP2 KLINISK FORSKNING FOR Å BEKJEMPE AMR Etablering av forskningsbiobank tilknyttet nettverket pågår, plan om godkjenning i løpet av vår 2019. 3 studier bruker helgenomsekvensering (WGS) for å beskrive molekylær epidemiologi i Norge, utvikler seg i henhold til tidslinjen: norsk Vankomycinresistent enterokokk-studie (NORKAB), WGS-studie av S. aureus bakteriemi (AHUS, OUS) og N. gonorrhoeae (AHUS, OUS). TTA deltar i regioimplementering/opplæring innen bioinformatikk ved AHUS, SiV og OUS. Nettverket "Born in the Twilight of Antibiotic resistance” (med det odontologiske fakultetet (UiO), Barneklinikken (OUS) og Folkehelseinstituttet) med fokus på antibiotikabruk, mikrobiom og resistom-utvikling hos premature barn. Prosjektet "Change in composition of faecal microbiota in patients receiving long term treatment with amoxicillin" pågår. TTA ser etter flere samarbeidspartnere innen mikrobiom-AMR studier. EURO-BESH-studien adresserer barrierer og tilrettelegger for screening for MDR-organismer, men er ennå ikke finansiert. En pilotstudie er etablert i samarbeid mellom FHI og OUS. Vestre Viken sammen med AHUS fortsetter sine studier under ESCAPE1 og 2-prosjektene (Extended Spectrum-betalactamases, Carriage, environmental dissemination And Population Epidemiology) som nå er tilknyttet TTA. Studien «Forekomst og karakterisering av antibiotikaresistente og tarmpatogene mikrober hos asymptomatiske» pågår. FHI/AHUS-prosjekt:” Modelling the transmission and control of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in community and health care institutions”, stip. Francesco di Ruscio. Forskning ved SiV er organisert under den tverrfaglige paraplyen IDEAS (Infection control, Diagnostics, Epidemiology, Antimicrobial resistance, Stewardship) med fokus på bl.a. AMR hos luftveisbakterien H. influenzae og tarmbakterien Bacteroides fragilis, og betydningen av tynntarmens normalflora for infeksjonsrisiko og antibiotikaprofylakse ved operasjoner.

Nettverksaktiviteter i 2018 Det har blitt avholdt fire styremøter, ett årsmøte og en internasjonal konferanse innen genomdynamikk og AMR (GMM5/TTA3). TTA har bidratt med stand på forskningstorget i regi av Universitet i Oslo og under «World Antibiotic Awereness Week». Medlemmene i TTA har vært aktive i ulike fora for å formidle forskningsresultater og øke bevisstheten og kunnskapen rundt AMR og frontet behovet for globalt samarbeid og handling til myndighetene og andre aktører. For å stimulere til samarbeid og koordinert forskning har det blitt avholdt: - Tre kurs i bioinformatikk på ulike nivåer. Det har vært god regional deltakelse og mange positive tilbakemeldinger på disse kursene. Denne aktiviteten fortsetter i 2019. - Tre workshops for tilrettelegging av applikasjonsprosesser, QIIME (studier av mikrobiom) og “Optimization of antimicrobial therapy in the intensive care unit in the era of resistance and stewardship” -To symposier innen «Structural microbiology and host-pathogen interactions» og «Sustainable health for the future» (sammen med forskerskolen IBA) er gjennomført.

2017
Da antibiotika er en begrenset og ikke-fornybar ressurs – forsker vi i ReN-AMR-nettverket på alternativer til antibiotika og utvikler ny diagnostikk, forebyggelse og behandling. Forskningsnettverket er tverrfaglig og er satt sammen av eksperter med høy kompetanse innen helseforetakene i HSØ og nasjonale og internasjonale samarbeidspartnere.AMR er et tematisk forskningsområde ved OUS og finansierer forskningsnettverket «Turning the Tide of Antimicrobial resistance» (TTA). I det regionale HSØ-nettverket inngår OUS, Sykehuset i Vestfold, Vestre Viken, Akershus Universitetssykehus, samt Universitetssykehuset i Tromsø (K-Res) og Universitetet i Oslo med finansiering i 2017-2019. Grunnet overlappende virksomhet ble det vedtatt å samordne TTA-OUS og ReN-AMR under betegnelsen TTA. WP1: RESISTENSMEKANISMER OG NYE DRUG TARGETS Flere nye antimikrobielle kandidater er blitt testet, inkludert antibakterielle peptider (DinQ) og inaktivering av betalaktamaser med ulike Zinc-chelatorer. Nye funn av mutasjoner relatert til AMR mekanismer er publisert. Prosjektene AMR-PART, et forskningsbasert utdanningsprosjekt som fokuserer på utviklingen av innovative forebyggende og terapeutiske tiltak og diagnostikk for å bekjempe AMR, AMR-CHROM, som fokuserer på kromosom-mediert resistens og AMR-Diag prosjektet som ser på nye diagnostiske verktøy for sekvensbasert prediksjon av antimikrobiell resistens er igangsatt. WP2 KLINISK FORSKNING FOR Å BEKJEMPE AMR I et samarbeid mellom Helse-Nord, Folkehelseinstituttet (FHI) og OUS er en norsk Vankomycinresistent enterokokk (VRE)-studie gjennomført med sikte på å bruke helgenomsekvensering (WGS) for å beskrive den molekylære epidemiologi i Norge 2010-15. En WGS-studie av S. aureus bakteriemi er påbegynt. I prosjektet "Change in composition of fecal microbiota in patients receiving long term treatment with amoxicillin" er prøvetaking fullført. Nye studier om mikrobiomets påvirkning på AMR er planlagt og TTA ser etter flere samarbeidspartnere på dette feltet. EURO-BESH-studien, som adresserer barrierer og tilrettelegger for screening for MDRO, er ennå ikke finansiert. En liten pilot er etablert i samarbeid mellom FHI og OUS. Vestre Viken HF, Seksjon for mikrobiologi, har fortsatt sine studier under ESCAPE1 og 2-prosjektene (Extended Spectrum beta-lactamases – Carriage, environmental dissemination And Population Epidemiology), som nå er tilknyttet TTA. Silje B Jørgensen leverte sin doktoravhandling til bedømming i oktober. Innsamling av materiale til studien «Forekomst og karakterisering av antibiotikaresistente og tarmpatogene mikrober hos asymptomatiske» pågår. Avdeling for mikrobiologi og smittevern på Akershus universitetssykehus har publisert 9 artikler i fagfellevurderte tidsskrifter som omhandler antibiotikaresistens. 3 av forfatterne er master- og PhD-studenter med tilknytning til avdelingen. I tillegg er det flere pågående prosjekter som omhandler antibiotikaresistens. Forskning på antibiotikaresistens ved Sykehuset i Vestfold (SiV) er organisert under den tverrfaglige paraplyen IDEAS (Infection control – Diagnostics – Epidemiology - Antimicrobial resistance – Stewardship). Flere prosjekter ved Mikrobiologisk avdeling faller inn under IDEAS’ målsetning. Det er anskaffet instrument for Next Generation Sequencing med støtte fra HSØ. Avdelingen forsker bl.a. på antibiotikaresistens hos luftveisbakterien H. influenzae med henblikk på forbedret overvåking av resistente kloner, antibiotikaresistens hos tarmbakterien Bacteroides fragilis, og betydningen av tynntarmens normalflora for infeksjonsrisiko og antibiotikaprofylakse ved operasjoner. Medlemmer i TTA har vært aktiv i ulike fora for å formidle forskningsresultater og øke bevisstheten og kunnskapen rundt AMR og frontet behovet for globalt samarbeid og handling til myndighetene og andre aktører.

Nettverket har ansatt en koordinator og 1,5 ingeniør, styret er formalisert med mandat og brukerrepresentant og det har blitt avholdt fire styremøter. Det er opprettet en felles nettside ved OUS (www.ous-research.no/amr/) og en facebook side (www.facebook.com/TTAforskningsnettverk/). For å stimulere til samarbeid og koordinert forskning har det blitt avholdt arrangementer, kurs og møter: -Konferanse: TTA goes Nordic 2. Målet var å få frem ny forskning på AMR og promotere nordisk og internasjonalt samarbeid. -TTA årsmøte. Presentasjon av lederne av de ulike arbeidspakkene. -Tone Tønjum og Dag Berild presenterte AMR forskning ved Kreftforeningens seminar "Antibiotic resistance and cancer" under Oslo Innovation Week. -Samarbeidsmøte OUS: AMR and the microbiome. -ASP/TTA workshop. Forskning og innovasjonsmuligheter i antibiotikastyringsprogrammet, med mål om å bedre "antibiotic stewardship" i HSØ. -OUS forskningsseminar: "The challenges of discovering new antibiotics". -Seminar: National Consortium for Microbial Genomics, organisert som et samarbeid mellom TTA, FHI, og den nasjonale NFR-støttede forskerskolen Infection Biology and Antibiotics (IBA) for å stimulere utviklingen av helgenomsekvensering og bioinformatikk innen mikrobiologi i et One Health-perspektiv i Norge. -En ny TTA-basert IT-infrastruktur er under oppbygging.. -Koordinatoren har tatt kurs innen EU søknadsprosess for å legge til rette for innsending av EU søknad i 2018-19.

Vitenskapelige artikler
Andersen PI, Krpina K, Ianevski A, Shtaida N, Jo E, Yang J, Koit S, Tenson T, Hukkanen V, Anthonsen MW, Bjoras M, Evander M, Windisch MP, Zusinaite E, Kainov DE

Novel Antiviral Activities of Obatoclax, Emetine, Niclosamide, Brequinar, and Homoharringtonine.

Viruses 2019 Oct 18;11(10). Epub 2019 okt 18

PMID: 31635418

Arredondo-Alonso S, Rogers MRC, Braat JC, Verschuuren TD, Top J, Corander J, Willems RJL, Schürch AC

Corrigendum: mlplasmids: a user-friendly tool to predict plasmid- and chromosome-derived sequences for single species.

Microb Genom 2019 01;5(1).

PMID: 30714567

Bai X, Borrow R, Bukovski S, Caugant DA, Culic D, Delic S, Dinleyici EC, Eloshvili M, Erdosi T, Galajeva J, Krížová P, Lucidarme J, Mironov K, Nurmatov Z, Pana M, Rahimov E, Savrasova L, Skoczynska A, Smith V, Taha MK, Titov L, Vázquez J, Yeraliyeva L

Prevention and control of meningococcal disease: Updates from the Global Meningococcal Initiative in Eastern Europe.

J Infect 2019 Dec;79(6):528-541. Epub 2019 nov 1

PMID: 31682877

Berdal JE, Follin-Arbelet B, Bjørnholt JV

Experiences from multiplex PCR diagnostics of faeces in hospitalised patients: clinical significance of Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) and culture negative campylobacter.

BMC Infect Dis 2019 Jul 17;19(1):630. Epub 2019 jul 17

PMID: 31315581

Berry JL, Gurung I, Anonsen JH, Spielman I, Harper E, Hall AMJ, Goosens VJ, Raynaud C, Koomey M, Biais N, Matthews S, Pelicic V

Global biochemical and structural analysis of the type IV pilus from the Gram-positive bacterium

J Biol Chem 2019 04 26;294(17):6796-6808. Epub 2019 mar 5

PMID: 30837269

Birhanu AG, Yimer SA, Kalayou S, Riaz T, Zegeye ED, Holm-Hansen C, Norheim G, Aseffa A, Abebe M, Tønjum T

Ample glycosylation in membrane and cell envelope proteins may explain the phenotypic diversity and virulence in the Mycobacterium tuberculosis complex.

Sci Rep 2019 Feb 27;9(1):2927. Epub 2019 feb 27

PMID: 30814666

Bruun T, Nakstad B, Greve-Isdahl M, Hovde H, Leegaard TM, Flem E

Premature infants should receive early vaccination against rotavirus.

Tidsskr Nor Laegeforen 2019 06 25;139(10). Epub 2019 jun 24

PMID: 31238656

Brynildsrud OB, Eldholm V, Rakhimova A, Kristiansen PA, Caugant DA

Gauging the epidemic potential of a widely circulating non-invasive meningococcal strain in Africa.

Microb Genom 2019 Aug;5(8).

PMID: 31454306

Bösl K, Ianevski A, Than TT, Andersen PI, Kuivanen S, Teppor M, Zusinaite E, Dumpis U, Vitkauskiene A, Cox RJ, Kallio-Kokko H, Bergqvist A, Tenson T, Merits A, Oksenych V, Bjørås M, Anthonsen MW, Shum D, Kaarbø M, Vapalahti O, Windisch MP, Superti-Furga G, Snijder B, Kainov D, Kandasamy RK

Common Nodes of Virus-Host Interaction Revealed Through an Integrated Network Analysis.

Front Immunol 2019;10():2186. Epub 2019 okt 4

PMID: 31636628

Cabello FC, Godfrey HP, Ivanova L, Shah SQA, Sørum H, Tomova A

Freshwater salmon aquaculture in Chile and transferable antimicrobial resistance.

Environ Microbiol 2019 Dec 11. Epub 2019 des 11

PMID: 31828945

Colclough A, Corander J, Sheppard SK, Bayliss SC, Vos M

Patterns of cross-resistance and collateral sensitivity between clinical antibiotics and natural antimicrobials.

Evol Appl 2019 Jun;12(5):878-887. Epub 2019 jan 28

PMID: 31080502

Cole MJ, Quaye N, Jacobsson S, Day M, Fagan E, Ison C, Pitt R, Seaton S, Woodford N, Stary A, Pleininger S, Crucitti T, Hunjak B, Maikanti P, Hoffmann S, Viktorova J, Buder S, Kohl P, Tzelepi E, Siatravani E, Balla E, Hauksdóttir GS, Rose L, Stefanelli P, Carannante A, Pakarna G, Mifsud F, Cassar RZ, Linde I, Bergheim T, Steinbakk M, Mlynarczyk-Bonikowska B, Borrego MJ, Shepherd J, Pavlik P, Jeverica S, Vazquez J, Abad R, Weiss S, Spiteri G, Unemo M

Ten years of external quality assessment (EQA) of Neisseria gonorrhoeae antimicrobial susceptibility testing in Europe elucidate high reliability of data.

BMC Infect Dis 2019 Mar 25;19(1):281. Epub 2019 mar 25

PMID: 30909883

Cremers AJH, Mobegi FM, van der Gaast-de Jongh C, van Weert M, van Opzeeland FJ, Vehkala M, Knol MJ, Bootsma HJ, Välimäki N, Croucher NJ, Meis JF, Bentley S, van Hijum SAFT, Corander J, Zomer AL, Ferwerda G, de Jonge MI

The Contribution of Genetic Variation of Streptococcus pneumoniae to the Clinical Manifestation of Invasive Pneumococcal Disease.

Clin Infect Dis 2019 01 01;68(1):61-69.

PMID: 29788414

Davids BJ, Liu CM, Hanson EM, Le CHY, Ang J, Hanevik K, Fischer M, Radunovic M, Langeland N, Ferella M, Svärd SG, Ghassemian M, Miyamoto Y, Eckmann L

Identification of Conserved Candidate Vaccine Antigens in the Surface Proteome of Giardia lamblia.

Infect Immun 2019 06;87(6). Epub 2019 mai 21

PMID: 30962402

Di Ruscio F, Guzzetta G, Bjørnholt JV, Leegaard TM, Moen AEF, Merler S, Freiesleben de Blasio B

Quantifying the transmission dynamics of MRSA in the community and healthcare settings in a low-prevalence country.

Proc Natl Acad Sci U S A 2019 Jul 16;116(29):14599-14605. Epub 2019 jul 1

PMID: 31262808

Elstrøm P, Grøntvedt CA, Gabrielsen C, Stegger M, Angen Ø, Åmdal S, Enger H, Urdahl AM, Jore S, Steinbakk M, Sunde M

Livestock-Associated MRSA CC1 in Norway; Introduction to Pig Farms, Zoonotic Transmission, and Eradication.

Front Microbiol 2019;10():139. Epub 2019 feb 8

PMID: 30800102

Gladstone RA, Lo SW, Lees JA, Croucher NJ, van Tonder AJ, Corander J, Page AJ, Marttinen P, Bentley LJ, Ochoa TJ, Ho PL, du Plessis M, Cornick JE, Kwambana-Adams B, Benisty R, Nzenze SA, Madhi SA, Hawkins PA, Everett DB, Antonio M, Dagan R, Klugman KP, von Gottberg A, McGee L, Breiman RF, Bentley SD,

International genomic definition of pneumococcal lineages, to contextualise disease, antibiotic resistance and vaccine impact.

EBioMedicine 2019 May;43():338-346. Epub 2019 apr 16

PMID: 31003929

Godinho O, Calisto R, Øvreås L, Quinteira S, Lage OM

Antibiotic susceptibility of marine Planctomycetes.

Antonie Van Leeuwenhoek 2019 Aug;112(8):1273-1280. Epub 2019 mar 27

PMID: 30919144

Gouliouris T, Raven KE, Moradigaravand D, Ludden C, Coll F, Blane B, Naydenova P, Horner C, Brown NM, Corander J, Limmathurotsakul D, Parkhill J, Peacock SJ

Detection of vancomycin-resistant

Genome Res 2019 04;29(4):626-634. Epub 2019 mar 21

PMID: 30898881

Gravningen K, Sorum H, Horsberg TE

The future of therapeutic agents in aquaculture.

Rev Sci Tech 2019 Sep;38(2):641-651.

PMID: 31866670

Hadjineophytou C, Anonsen JH, Wang N, Ma KC, Viburiene R, Vik Å, Harrison OB, Maiden MCJ, Grad YH, Koomey M

Genetic determinants of genus-level glycan diversity in a bacterial protein glycosylation system.

PLoS Genet 2019 Dec;15(12):e1008532. Epub 2019 des 23

PMID: 31869330

Hartnack S, Odoch T, Kratzer G, Furrer R, Wasteson Y, L'Abée-Lund TM, Skjerve E

Additive Bayesian networks for antimicrobial resistance and potential risk factors in non-typhoidal Salmonella isolates from layer hens in Uganda.

BMC Vet Res 2019 Jun 24;15(1):212. Epub 2019 jun 24

PMID: 31234834

Hesstvedt L, Gaustad P, Müller F, Torp Andersen C, Brunborg C, Mylvaganam H, Leiva RA, Berdal JE, Egil Ranheim T, Johnsen BO, Falch BM, Grimnes G, Skogen V, Haarr E, Sandmo Lyngøy A, Wik Larssen K, Hannula R, Åsheim Hansen B, Nordøy I,

The impact of age on risk assessment, therapeutic practice and outcome in candidemia.

Infect Dis (Lond) 2019 06;51(6):425-434. Epub 2019 apr 23

PMID: 31010380

Hov JR

Editorial: proton pump inhibition - microbial complications beyond dysbiosis.

Aliment Pharmacol Ther 2019 Oct;50(8):962-963.

PMID: 31591776

Ianevski A, Andersen PI, Merits A, Bjørås M, Kainov D

Expanding the activity spectrum of antiviral agents.

Drug Discov Today 2019 05;24(5):1224-1228. Epub 2019 apr 10

PMID: 30980905

Junges R, Maienschein-Cline M, Morrison DA, Petersen FC

Complete Genome Sequence of Streptococcus pneumoniae Serotype 19F Strain EF3030.

Microbiol Resour Announc 2019 May 09;8(19). Epub 2019 mai 9

PMID: 31072896

Junges R, Sturød K, Salvadori G, Åmdal HA, Chen T, Petersen FC

Characterization of a Signaling System in Streptococcus mitis That Mediates Interspecies Communication with Streptococcus pneumoniae.

Appl Environ Microbiol 2019 01 15;85(2). Epub 2019 jan 9

PMID: 30389765

Jørgensen SF, Holm K, Macpherson ME, Storm-Larsen C, Kummen M, Fevang B, Aukrust P, Hov JR

Selective IgA deficiency in humans is associated with reduced gut microbial diversity.

J Allergy Clin Immunol 2019 May;143(5):1969-1971.e11. Epub 2019 jan 29

PMID: 30707969

Jørgensen SF, Macpherson ME, Bjørnetrø T, Holm K, Kummen M, Rashidi A, Michelsen AE, Lekva T, Halvorsen B, Trøseid M, Mollnes TE, Berge RK, Yndestad A, Ueland T, Karlsen TH, Aukrust P, Hov JR, Fevang B

Rifaximin alters gut microbiota profile, but does not affect systemic inflammation - a randomized controlled trial in common variable immunodeficiency.

Sci Rep 2019 Jan 17;9(1):167. Epub 2019 jan 17

PMID: 30655568

Jørstad MD, Dyrhol-Riise AM, Assmus J, Marijani M, Sviland L, Mustafa T

Evaluation of treatment response in extrapulmonary tuberculosis in a low-resource setting.

BMC Infect Dis 2019 May 16;19(1):426. Epub 2019 mai 16

PMID: 31096926

Kachroo P, Eraso JM, Beres SB, Olsen RJ, Zhu L, Nasser W, Bernard PE, Cantu CC, Saavedra MO, Arredondo MJ, Strope B, Do H, Kumaraswami M, Vuopio J, Gröndahl-Yli-Hannuksela K, Kristinsson KG, Gottfredsson M, Pesonen M, Pensar J, Davenport ER, Clark AG, Corander J, Caugant DA, Gaini S, Magnussen MD, Kubiak SL, Nguyen HAT, Long SW, Porter AR, DeLeo FR, Musser JM

Integrated analysis of population genomics, transcriptomics and virulence provides novel insights into Streptococcus pyogenes pathogenesis.

Nat Genet 2019 03;51(3):548-559. Epub 2019 feb 18

PMID: 30778225

Khan R, Petersen FC, Shekhar S

Commensal Bacteria: An Emerging Player in Defense Against Respiratory Pathogens.

Front Immunol 2019;10():1203. Epub 2019 mai 31

PMID: 31214175

Kildahl-Andersen G, Schnaars C, Prandina A, Radix S, Le Borgne M, Jordheim LP, Gjøen T, Andresen AMS, Lauksund S, Fröhlich C, Samuelsen Ø, Rongved P, Åstrand OAH

Synthesis and biological evaluation of zinc chelating compounds as metallo-β-lactamase inhibitors.

Medchemcomm 2019 Apr 01;10(4):528-537. Epub 2019 mar 8

PMID: 31057732

Kjos M

Transcriptional Knockdown in Pneumococci Using CRISPR Interference.

Methods Mol Biol 2019;1968():89-98.

PMID: 30929208

Kjos M

Construction of Fluorescent Pneumococci for In Vivo Imaging and Labeling of the Chromosome.

Methods Mol Biol 2019;1968():41-51.

PMID: 30929204

Klakegg Ø, Abayneh T, Fauske AK, Fülberth M, Sørum H

An outbreak of acute disease and mortality in Atlantic salmon (Salmo salar) post-smolts in Norway caused by Tenacibaculum dicentrarchi.

J Fish Dis 2019 Jun;42(6):789-807. Epub 2019 mar 20

PMID: 30893484

Klohe K, Amuasi J, Kaducu JM, Haavardsson I, Bogatyreva E, Onarheim KH, Harrison W, Kristensen F, Prazeres da Costa C, Winkler AS

The 2017 Oslo conference report on neglected tropical diseases and emerging/re-emerging infectious diseases - focus on populations underserved.

Infect Dis Poverty 2019 May 28;8(1):40. Epub 2019 mai 28

PMID: 31138293

Koomey M

O-linked protein glycosylation in bacteria: snapshots and current perspectives.

Curr Opin Struct Biol 2019 06;56():198-203. Epub 2019 mai 9

PMID: 31078896

Kristiansen MS, Stabursvik J, O'Leary EC, Pedersen M, Asprusten TT, Leegaard T, Osnes LT, Tjade T, Skovlund E, Godang K, Wyller VBB

Clinical symptoms and markers of disease mechanisms in adolescent chronic fatigue following Epstein-Barr virus infection: An exploratory cross-sectional study.

Brain Behav Immun 2019 08;80():551-563. Epub 2019 apr 27

PMID: 31039432

Krone M, Gray S, Abad R, Skoczynska A, Stefanelli P, van der Ende A, Tzanakaki G, Mölling P, João Simões M, Krížová P, Emonet S, Caugant DA, Toropainen M, Vazquez J, Wasko I, Knol MJ, Jacobsson S, Rodrigues Bettencourt C, Musilek M, Born R, Vogel U, Borrow R

Increase of invasive meningococcal serogroup W disease in Europe, 2013 to 2017.

Euro Surveill 2019 Apr;24(14).

PMID: 30968827

Kummen M, Hov JR

The gut microbial influence on cholestatic liver disease.

Liver Int 2019 Jul;39(7):1186-1196. Epub 2019 jun 17

PMID: 31125502

Lees JA, Harris SR, Tonkin-Hill G, Gladstone RA, Lo SW, Weiser JN, Corander J, Bentley SD, Croucher NJ

Fast and flexible bacterial genomic epidemiology with PopPUNK.

Genome Res 2019 02;29(2):304-316. Epub 2019 jan 24

PMID: 30679308

León-Sampedro R, Del Campo R, Rodriguez-Baños M, Lanza VF, Pozuelo MJ, Francés-Cuesta C, Tedim AP, Freitas AR, Novais C, Peixe L, Willems RJL, Corander J, González Candelas F, Baquero F, Coque TM

Phylogenomics of Enterococcus faecalis from wild birds: new insights into host-associated differences in core and accessory genomes of the species.

Environ Microbiol 2019 Aug;21(8):3046-3062. Epub 2019 jul 4

PMID: 31162871

Lindemann PC, Gammelsrud KW, Löhr IH, Akselsen PE, Lindbæk M, Sundsfjord A

Choice of antibiotics – important change in test results from the microbiologist.

Tidsskr Nor Laegeforen 2019 09 10;139(12). Epub 2019 sep 9

PMID: 31502781

Littmann J, Simonsen GS

Antimicrobial resistance is a super wicked problem.

Tidsskr Nor Laegeforen 2019 Nov 05;139(16). Epub 2019 okt 31

PMID: 31686475

Mazzawi T, Hausken T, Hov JR, Valeur J, Sangnes DA, El-Salhy M, Gilja OH, Hatlebakk JG, Lied GA

Clinical response to fecal microbiota transplantation in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome is associated with normalization of fecal microbiota composition and short-chain fatty acid levels.

Scand J Gastroenterol 2019 Jun;54(6):690-699. Epub 2019 jun 13

PMID: 31190584

McNally A, Kallonen T, Connor C, Abudahab K, Aanensen DM, Horner C, Peacock SJ, Parkhill J, Croucher NJ, Corander J

Diversification of Colonization Factors in a Multidrug-Resistant Escherichia coli Lineage Evolving under Negative Frequency-Dependent Selection.

mBio 2019 04 23;10(2). Epub 2019 apr 23

PMID: 31015329

Mekonnen D, Derbie A, Chanie A, Shumet A, Biadglegne F, Kassahun Y, Bobosha K, Mihret A, Wassie L, Munshea A, Nibret E, Yimer SA, Tønjum T, Aseffa A

Molecular epidemiology of M. tuberculosis in Ethiopia: A systematic review and meta-analysis.

Tuberculosis (Edinb) 2019 09;118():101858. Epub 2019 aug 7

PMID: 31430694

Merla C, Rodrigues C, Passet V, Corbella M, Thorpe HA, Kallonen TVS, Zong Z, Marone P, Bandi C, Sassera D, Corander J, Feil EJ, Brisse S

Description of

Front Microbiol 2019;10():2360. Epub 2019 okt 25

PMID: 31708881

Mihret W, Sletbakk Brusletto B, Øvstebø R, Siebke Troseid AM, Norheim G, Merid Y, Kassu A, Abebe W, Ayele S, Silamsaw Asres M, Yamuah L, Aseffa A, Petros B, Caugant DA, Brandtzaeg P

Molecular studies of meningococcal and pneumococcal meningitis patients in Ethiopia.

Innate Immun 2019 04;25(3):158-167.

PMID: 30894090

Mortensen R, Clemmensen HS, Woodworth JS, Therkelsen ML, Mustafa T, Tonby K, Jenum S, Agger EM, Dyrhol-Riise AM, Andersen P

Cyclooxygenase inhibitors impair CD4 T cell immunity and exacerbate

Commun Biol 2019;2():288. Epub 2019 aug 5

PMID: 31396568

Muzzi A, Brozzi A, Serino L, Bodini M, Abad R, Caugant D, Comanducci M, Lemos AP, Gorla MC, Krížová P, Mikula C, Mulhall R, Nissen M, Nohynek H, Simões MJ, Skoczynska A, Stefanelli P, Taha MK, Toropainen M, Tzanakaki G, Vadivelu-Pechai K, Watson P, Vazquez JA, Rajam G, Rappuoli R, Borrow R, Medini D

Genetic Meningococcal Antigen Typing System (gMATS): A genotyping tool that predicts 4CMenB strain coverage worldwide.

Vaccine 2019 Feb 08;37(7):991-1000. Epub 2019 jan 17

PMID: 30661831

Myrbråten IS, Wiull K, Salehian Z, Håvarstein LS, Straume D, Mathiesen G, Kjos M

CRISPR Interference for Rapid Knockdown of Essential Cell Cycle Genes in

mSphere 2019 03 20;4(2). Epub 2019 mar 20

PMID: 30894429

Nymoen Aasbrenn M, Skeie I, Berild D

Compliance to antibiotic guidelines leads to more appropriate use of antibiotics in skin and soft tissue infections in injecting drug users.

Infect Dis (Lond) 2019 08;51(8):570-577. Epub 2019 mai 30

PMID: 31144548

Olsen C, Skottvoll FS, Brandtzaeg OK, Schnaars C, Rongved P, Lundanes E, Wilson SR

Investigating Monoliths (Vinyl Azlactone-co-Ethylene Dimethacrylate) as a Support for Enzymes and Drugs, for Proteomics and Drug-Target Studies.

Front Chem 2019;7():835. Epub 2019 des 3

PMID: 31850321

Paulshus E, Kühn I, Möllby R, Colque P, O'Sullivan K, Midtvedt T, Lingaas E, Holmstad R, Sørum H

Diversity and antibiotic resistance among Escherichia coli populations in hospital and community wastewater compared to wastewater at the receiving urban treatment plant.

Water Res 2019 Sep 15;161():232-241. Epub 2019 mai 30

PMID: 31202110

Paulshus E, Thorell K, Guzman-Otazo J, Joffre E, Colque P, Kühn I, Möllby R, Sørum H, Sjöling Å

Repeated Isolation of Extended-Spectrum-β-Lactamase-Positive

Antimicrob Agents Chemother 2019 09;63(9). Epub 2019 aug 23

PMID: 31235629

Pedersen M, Asprusten TT, Godang K, Leegaard TM, Osnes LT, Skovlund E, Tjade T, Øie MG, Wyller VBB

Lifestyle factors during acute Epstein-Barr virus infection in adolescents predict physical activity six months later.

Acta Paediatr 2019 Aug;108(8):1521-1526. Epub 2019 feb 17

PMID: 30685875

Pedersen M, Asprusten TT, Godang K, Leegaard TM, Osnes LT, Skovlund E, Tjade T, Øie MG, Wyller VBB

Fatigue in Epstein-Barr virus infected adolescents and healthy controls: A prospective multifactorial association study.

J Psychosom Res 2019 Jun;121():46-59. Epub 2019 apr 10

PMID: 31003854

Peeters S, Berntsen LN, Rongved P, Bonge-Hansen T

Cyclopropanation-ring expansion of 3-chloroindoles with α-halodiazoacetates: novel synthesis of 4-quinolone-3-carboxylic acid and norfloxacin.

Beilstein J Org Chem 2019;15():2156-2160. Epub 2019 sep 13

PMID: 31579067

Periselneris J, Ercoli G, Pollard T, Chimalapati S, Camberlein E, Szylar G, Hyams C, Tomlinson G, Petersen FC, Floto RA, Noursadeghi M, Brown JS

Relative Contributions of Extracellular and Internalized Bacteria to Early Macrophage Proinflammatory Responses to Streptococcus pneumoniae.

mBio 2019 09 24;10(5). Epub 2019 sep 24

PMID: 31551336

Pärnänen KMM, Narciso-da-Rocha C, Kneis D, Berendonk TU, Cacace D, Do TT, Elpers C, Fatta-Kassinos D, Henriques I, Jaeger T, Karkman A, Martinez JL, Michael SG, Michael-Kordatou I, O'Sullivan K, Rodriguez-Mozaz S, Schwartz T, Sheng H, Sørum H, Stedtfeld RD, Tiedje JM, Giustina SVD, Walsh F, Vaz-Moreira I, Virta M, Manaia CM

Antibiotic resistance in European wastewater treatment plants mirrors the pattern of clinical antibiotic resistance prevalence.

Sci Adv 2019 03;5(3):eaau9124. Epub 2019 mar 27

PMID: 30944853

Ricomini Filho AP, Khan R, Åmdal HA, Petersen FC

Conserved Pheromone Production, Response and Degradation by

Front Microbiol 2019;10():2140. Epub 2019 sep 13

PMID: 31572344

Rid A, Littmann J, Buyx A

Evaluating the risks of public health programs: Rational antibiotic use and antimicrobial resistance.

Bioethics 2019 09;33(7):734-748.

PMID: 31423609

Roaldsnes E, Eikeland R, Berild D

Lyme borreliosis and antibiotic therapy.

Tidsskr Nor Laegeforen 2019 Apr 09;139(7). Epub 2019 apr 8

PMID: 30969057

Rusthen S, Kristoffersen AK, Young A, Galtung HK, Petrovski BÉ, Palm Ø, Enersen M, Jensen JL

Dysbiotic salivary microbiota in dry mouth and primary Sjögren's syndrome patients.

PLoS One 2019;14(6):e0218319. Epub 2019 jun 18

PMID: 31211815

Rühlemann MC, Solovjeva MEL, Zenouzi R, Liwinski T, Kummen M, Lieb W, Hov JR, Schramm C, Franke A, Bang C

Gut mycobiome of primary sclerosing cholangitis patients is characterised by an increase of

Gut 2019 Oct 25. Epub 2019 okt 25

PMID: 31653787

Saghaug CS, Klotz C, Kallio JP, Brattbakk HR, Stokowy T, Aebischer T, Kursula I, Langeland N, Hanevik K

Genetic variation in metronidazole metabolism and oxidative stress pathways in clinical

Infect Drug Resist 2019;12():1221-1235. Epub 2019 mai 10

PMID: 31190910

Sakkestad ST, Steinsland H, Skrede S, Lillebø K, Skutlaberg DH, Guttormsen AB, Zavialov A, Paavilainen S, Søyland H, Sævik M, Heien AR, Tellevik MG, Barry E, Langeland N, Sommerfelt H, Hanevik K

A new human challenge model for testing heat-stable toxin-based vaccine candidates for enterotoxigenic Escherichia coli diarrhea - dose optimization, clinical outcomes, and CD4+ T cell responses.

PLoS Negl Trop Dis 2019 10;13(10):e0007823. Epub 2019 okt 30

PMID: 31665141

Salvadori G, Junges R, Morrison DA, Petersen FC

Competence in

Front Cell Infect Microbiol 2019;9():94. Epub 2019 apr 3

PMID: 31001492

Sánchez-Busó L, Golparian D, Corander J, Grad YH, Ohnishi M, Flemming R, Parkhill J, Bentley SD, Unemo M, Harris SR

The impact of antimicrobials on gonococcal evolution.

Nat Microbiol 2019 11;4(11):1941-1950. Epub 2019 jul 29

PMID: 31358980

Schaufler K, Semmler T, Wieler LH, Trott DJ, Pitout J, Peirano G, Bonnedahl J, Dolejska M, Literak I, Fuchs S, Ahmed N, Grobbel M, Torres C, McNally A, Pickard D, Ewers C, Croucher NJ, Corander J, Guenther S

Genomic and Functional Analysis of Emerging Virulent and Multidrug-Resistant

Antimicrob Agents Chemother 2019 06;63(6). Epub 2019 mai 24

PMID: 30885899

Shekhar S, Khan R, Khan AUR, Petersen FC

Mouse IgG2a Antibodies Specific for the Commensal

J Immunol Res 2019;2019():7906724. Epub 2019 sep 10

PMID: 31583259

Shekhar S, Khan R, Schenck K, Petersen FC

Intranasal Immunization with the Commensal

Appl Environ Microbiol 2019 03 15;85(6). Epub 2019 mar 6

PMID: 30683742

Shekhar S, Petersen FC, Yang X

Editorial: Understanding and Exploiting Host-Commensal Interactions to Combat Pathogens.

Front Immunol 2019;10():2645. Epub 2019 nov 12

PMID: 31781125

Shi W, Cui P, Niu H, Zhang S, Tønjum T, Zhu B, Zhang Y

Introducing RpsA Point Mutations Δ438A and D123A into the Chromosome of Mycobacterium tuberculosis Confirms Their Role in Causing Resistance to Pyrazinamide.

Antimicrob Agents Chemother 2019 06;63(6). Epub 2019 mai 24

PMID: 30858213

Smet A, Yahara K, Rossi M, Tay A, Backert S, Ensser A, Fox JG, Flahou B, Ducatelle R, Haesebrouck F, Corander J

Correction: Macroevolution of gastric Helicobacter species unveils interspecies admixture and time of divergence.

ISME J 2019 Jul;13(7):1890.

PMID: 30820036

Stiksrud B, Aass HCD, Lorvik KB, Ueland T, Trøseid M, Dyrhol-Riise AM

Activated dendritic cells and monocytes in HIV immunological nonresponders: HIV-induced interferon-inducible protein-10 correlates with low future CD4+ recovery.

AIDS 2019 06 01;33(7):1117-1129.

PMID: 30789356

Storm-Larsen C, Myhr KM, Farbu E, Midgard R, Nyquist K, Broch L, Berg-Hansen P, Buness A, Holm K, Ueland T, Fallang LE, Burum-Auensen E, Hov JR, Holmøy T

Gut microbiota composition during a 12-week intervention with delayed-release dimethyl fumarate in multiple sclerosis - a pilot trial.

Mult Scler J Exp Transl Clin 2019 Oct-Dec;5(4):2055217319888767. Epub 2019 nov 15

PMID: 31798939

Storm-Larsen C, Stiksrud B, Eriksen C, Nowak P, Holm K, Thalme A, Dyrhol-Riise AM, Brix S, Hov JR, Trøseid M

Microbial translocation revisited: targeting the endotoxic potential of gut microbes in HIV-infected individuals.

AIDS 2019 03 15;33(4):645-653.

PMID: 30531315

Sturød K, Dhariwal A, Dahle UR, Vestrheim DF, Petersen FC

Impact of narrow spectrum Penicillin V on the oral and fecal resistome in a young child treated for otitis media.

J Glob Antimicrob Resist 2019 Aug 12. Epub 2019 aug 12

PMID: 31415828

Sæbø Pettersen K, Sundaram AYM, Skjerdal T, Wasteson Y, Kijewski A, Lindbäck T, Aspholm M

Exposure to Broad-Spectrum Visible Light Causes Major Transcriptomic Changes in

Appl Environ Microbiol 2019 Nov 15;85(22). Epub 2019 okt 30

PMID: 31492665

Taylor A, Littmann J, Holzscheiter A, Voss M, Wieler L, Eckmanns T

Sustainable development levers are key in global response to antimicrobial resistance.

Lancet 2019 12 07;394(10214):2050-2051. Epub 2019 okt 31

PMID: 31677723

Thaulow CM, Berild D, Blix HS, Brigtsen AK, Myklebust TÅ, Eriksen BH

Can We Optimize Antibiotic Use in Norwegian Neonates? A Prospective Comparison Between a University Hospital and a District Hospital.

Front Pediatr 2019;7():440. Epub 2019 okt 24

PMID: 31709209

Thaulow CM, Berild D, Eriksen BH, Myklebust TÅ, Blix HS

Potential for More Rational Use of Antibiotics in Hospitalized Children in a Country With Low Resistance: Data From eight Point Prevalence Surveys.

Pediatr Infect Dis J 2019 04;38(4):384-389.

PMID: 30882728

Thaulow CM, Blix HS, Eriksen BH, Ask I, Myklebust TÅ, Berild D

Using a period incidence survey to compare antibiotic use in children between a university hospital and a district hospital in a country with low antimicrobial resistance: a prospective observational study.

BMJ Open 2019 05 27;9(5):e027836. Epub 2019 mai 27

PMID: 31138583

Tonby K, Mortensen R, Ruhwald M, Dyrhol-Riise AM, Jenum S

KLRG1-Expressing CD4 T Cells Are Reduced in Tuberculosis Patients Compared to Healthy Mycobacterium tuberculosis-Infected Subjects, but Increase With Treatment.

J Infect Dis 2019 Jun 05;220(1):174-176.

PMID: 30888024

Topaz N, Caugant DA, Taha MK, Brynildsrud OB, Debech N, Hong E, Deghmane AE, Ouédraogo R, Ousmane S, Gamougame K, Njanpop-Lafourcade BM, Diarra S, Fox LM, Wang X

Phylogenetic relationships and regional spread of meningococcal strains in the meningitis belt, 2011-2016.

EBioMedicine 2019 Mar;41():488-496. Epub 2019 mar 4

PMID: 30846392

van Raaphorst R, Kjos M, Veening JW

BactMAP: An R package for integrating, analyzing and visualizing bacterial microscopy data.

Mol Microbiol 2019 Nov 06. Epub 2019 nov 6

PMID: 31693257

Vorkapic D, Mitterer F, Pressler K, Leitner DR, Anonsen JH, Liesinger L, Mauerhofer LM, Kuehnast T, Toeglhofer M, Schulze A, Zingl FG, Feldman MF, Reidl J, Birner-Gruenberger R, Koomey M, Schild S

A Broad Spectrum Protein Glycosylation System Influences Type II Protein Secretion and Associated Phenotypes in

Front Microbiol 2019;10():2780. Epub 2019 des 3

PMID: 31849912

Wailan AM, Coll F, Heinz E, Tonkin-Hill G, Corander J, Feasey NA, Thomson NR

rPinecone: Define sub-lineages of a clonal expansion via a phylogenetic tree.

Microb Genom 2019 04;5(4). Epub 2019 mar 28

PMID: 30920366

Weinert LA, Chaudhuri RR, Wang J, Peters SE, Corander J, Jombart T, Baig A, Howell KJ, Vehkala M, Välimäki N, Harris D, Chieu TTB, Van Vinh Chau N, Campbell J, Schultsz C, Parkhill J, Bentley SD, Langford PR, Rycroft AN, Wren BW, Farrar J, Baker S, Hoa NT, Holden MTG, Tucker AW, Maskell DJ,

Publisher Correction: Genomic signatures of human and animal disease in the zoonotic pathogen Streptococcus suis.

Nat Commun 2019 Nov 22;10(1):5326. Epub 2019 nov 22

PMID: 31757940

Winther AR, Kjos M, Stamsås GA, Håvarstein LS, Straume D

Prevention of EloR/KhpA heterodimerization by introduction of site-specific amino acid substitutions renders the essential elongasome protein PBP2b redundant in Streptococcus pneumoniae.

Sci Rep 2019 Mar 06;9(1):3681. Epub 2019 mar 6

PMID: 30842445

Xue Y, Jonassen I, Øvreås L, Tas N

Bacterial and Archaeal Metagenome-Assembled Genome Sequences from Svalbard Permafrost.

Microbiol Resour Announc 2019 Jul 03;8(27). Epub 2019 jul 3

PMID: 31270193

Zangenberg M, Johansen ØH, Abdissa A, Eshetu B, Kurtzhals JAL, Friis H, Sommerfelt H, Langeland N, Hanevik K

Prolonged and persistent diarrhoea is not restricted to children with acute malnutrition: an observational study in Ethiopia.

Trop Med Int Health 2019 Sep;24(9):1088-1097. Epub 2019 aug 16

PMID: 31325406

Zöllner R, Cronenberg T, Kouzel N, Welker A, Koomey M, Maier B

Type IV Pilin Post-Translational Modifications Modulate Material Properties of Bacterial Colonies.

Biophys J 2019 03 05;116(5):938-947. Epub 2019 jan 29

PMID: 30739725

Ahmadi A, Till K, Hafting Y, Schüttpelz M, Bjørås M, Glette K, Tørresen J, Rowe AD, Dalhus B

Additive manufacturing of laminar flow cells for single-molecule experiments.

Sci Rep 2019 Nov 14;9(1):16784. Epub 2019 nov 14

PMID: 31727950

Brennecke P, Rasina D, Aubi O, Herzog K, Landskron J, Cautain B, Vicente F, Quintana J, Mestres J, Stechmann B, Ellinger B, Brea J, Kolanowski JL, Pilarski R, Orzaez M, Pineda-Lucena A, Laraia L, Nami F, Zielenkiewicz P, Paruch K, Hansen E, von Kries JP, Neuenschwander M, Specker E, Bartunek P, Simova S, Lesnikowski Z, Krauss S, Lehtiö L, Bilitewski U, Brönstrup M, Taskén K, Jirgensons A, Lickert H, Clausen MH, Andersen JH, Vicent MJ, Genilloud O, Martinez A, Nazaré M, Fecke W, Gribbon P

EU-OPENSCREEN: A Novel Collaborative Approach to Facilitate Chemical Biology.

SLAS Discov 2019 03;24(3):398-413. Epub 2019 jan 7

PMID: 30616481

Hoel IM, Jørstad MD, Marijani M, Ruhwald M, Mustafa T, Dyrhol-Riise AM

IP-10 dried blood spots assay monitoring treatment efficacy in extrapulmonary tuberculosis in a low-resource setting.

Sci Rep 2019 Mar 07;9(1):3871. Epub 2019 mar 7

PMID: 30846768

Liwinski T, Zenouzi R, John C, Ehlken H, Rühlemann MC, Bang C, Groth S, Lieb W, Kantowski M, Andersen N, Schachschal G, Karlsen TH, Hov JR, Rösch T, Lohse AW, Heeren J, Franke A, Schramm C

Alterations of the bile microbiome in primary sclerosing cholangitis.

Gut 2019 Jun 26. Epub 2019 jun 26

PMID: 31243055

Pensar J, Puranen S, Arnold B, MacAlasdair N, Kuronen J, Tonkin-Hill G, Pesonen M, Xu Y, Sipola A, Sánchez-Busó L, Lees JA, Chewapreecha C, Bentley SD, Harris SR, Parkhill J, Croucher NJ, Corander J

Genome-wide epistasis and co-selection study using mutual information.

Nucleic Acids Res 2019 10 10;47(18):e112.

PMID: 31361894

Siljan WW, Holter JC, Michelsen AE, Nymo SH, Lauritzen T, Oppen K, Husebye E, Ueland T, Mollnes TE, Aukrust P, Heggelund L

Inflammatory biomarkers are associated with aetiology and predict outcomes in community-acquired pneumonia: results of a 5-year follow-up cohort study.

ERJ Open Res 2019 Feb;5(1). Epub 2019 mar 11

PMID: 30863773

Beovic B, Pulcini C, Dumartin C, Béraud G, Nerat B, Maurel C, Doušak M, Cižman M,

Legal framework of antimicrobial stewardship in hospitals (LEASH): a European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID) cross-sectional international survey.

Int J Antimicrob Agents 2018 Nov;52(5):616-621. Epub 2018 jul 29

PMID: 30064000

Abudahab K, Prada JM, Yang Z, Bentley SD, Croucher NJ, Corander J, Aanensen DM

PANINI: Pangenome Neighbour Identification for Bacterial Populations.

Microb Genom 2018 Nov 22. Epub 2018 nov 22

PMID: 30465642

Alexeeva M, Guragain P, Tesfahun AN, Tomkuviene M, Arshad A, Gerasimaite R, Rukšenaite A, Urbanaviciute G, Bjørås M, Laerdahl JK, Klungland A, Klimašauskas S, Bjelland S

Excision of the doubly methylated base

Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 2018 Jun 05;373(1748).

PMID: 29685966

Acevedo R, Bai X, Borrow R, Caugant DA, Carlos J, Ceyhan M, Christensen H, Climent Y, De Wals P, Dinleyici EC, Echaniz-Aviles G, Hakawi A, Kamiya H, Karachaliou A, Lucidarme J, Meiring S, Mironov K, Sáfadi MAP, Shao Z, Smith V, Steffen R, Stenmark B, Taha MK, Trotter C, Vázquez JA, Zhu B

The Global Meningococcal Initiative meeting on prevention of meningococcal disease worldwide: epidemiology, surveillance, hypervirulent strains, antibiotic resistance and high-risk populations.

Expert Rev Vaccines 2018 Dec 10. Epub 2018 des 10

PMID: 30526162

Arnbjerg CJ, Vestad B, Hov JR, Pedersen KK, Jespersen S, Johannesen HH, Holm K, Halvorsen B, Fallentin E, Hansen AE, Lange T, Kjær A, Trøseid M, Fischer BM, Nielsen SD

Effect of Lactobacillus rhamnosus GG Supplementation on Intestinal Inflammation Assessed by PET/MRI Scans and Gut Microbiota Composition in HIV-Infected Individuals.

J Acquir Immune Defic Syndr 2018 Aug 01;78(4):450-457.

PMID: 29874201

Arnold BJ, Gutmann MU, Grad YH, Sheppard SK, Corander J, Lipsitch M, Hanage WP

Weak Epistasis May Drive Adaptation in Recombining Bacteria.

Genetics 2018 03;208(3):1247-1260. Epub 2018 jan 12

PMID: 29330348

Arredondo-Alonso S, Rogers MRC, Braat JC, Verschuuren TD, Top J, Corander J, Willems RJL, Schürch AC

mlplasmids: a user-friendly tool to predict plasmid- and chromosome-derived sequences for single species.

Microb Genom 2018 Nov;4(11). Epub 2018 nov 1

PMID: 30383524

Barlinn R, Dudman SG, Trogstad L, Gibory M, Muller F, Magnus P, Rollag H

Maternal and congenital cytomegalovirus infections in a population-based pregnancy cohort study.

APMIS 2018 Dec;126(12):899-906. Epub 2018 okt 30

PMID: 30378168

Berild AG, Erichsen D, Berild D

Treatment of community-acquired pneumonia.

Tidsskr Nor Laegeforen 2018 11 27;138(19). Epub 2018 nov 26

PMID: 30497244

Bollestad M, Grude N, Solhaug S, Raffelsberger N, Handal N, Nilsen HS, Romstad MR, Emmert A, Tveten Y, Søraas A, Jenum PA, Jenum S, Møller-Stray J, Weme ET, Lindbaek M, Simonsen GS,

Clinical and bacteriological efficacy of pivmecillinam treatment for uncomplicated urinary tract infections caused by ESBL-producing Escherichia coli: a prospective, multicentre, observational cohort study.

J Antimicrob Chemother 2018 Sep 01;73(9):2503-2509.

PMID: 29982514

Bratcher HB, Brehony C, Heuberger S, Pieridou-Bagatzouni D, Krížová P, Hoffmann S, Toropainen M, Taha MK, Claus H, Tzanakaki G, Erdôsi T, Galajeva J, van der Ende A, Skoczynska A, Pana M, Vaculíková A, Paragi M, Maiden MC, Caugant DA

Establishment of the European meningococcal strain collection genome library (EMSC-GL) for the 2011 to 2012 epidemiological year.

Euro Surveill 2018 May;23(20).

PMID: 29790460

Brynildsrud OB, Eldholm V, Bohlin J, Uadiale K, Obaro S, Caugant DA

Acquisition of virulence genes by a carrier strain gave rise to the ongoing epidemics of meningococcal disease in West Africa.

Proc Natl Acad Sci U S A 2018 05 22;115(21):5510-5515. Epub 2018 mai 7

PMID: 29735685

Børud B, Bårnes GK, Brynildsrud OB, Fritzsønn E, Caugant DA

Genotypic and Phenotypic Characterization of the

J Bacteriol 2018 Aug 15;200(16). Epub 2018 jul 25

PMID: 29555702

Bårnes GK, Gudina EK, Berhane M, Abdissa A, Tesfaw G, Abebe G, Feruglio SL, Caugant DA, Jørgensen HJ

New molecular tools for meningitis diagnostics in Ethiopia - a necessary step towards improving antimicrobial prescription.

BMC Infect Dis 2018 Dec 20;18(1):684. Epub 2018 des 20

PMID: 30572843

Caugant DA

Metagenomics for investigation of an unusual meningococcal outbreak.

Lancet Infect Dis 2018 Dec;18(12):1295-1296. Epub 2018 okt 15

PMID: 30337261

Clifford K, Desai D, Prazeres da Costa C, Meyer H, Klohe K, Winkler AS, Rahman T, Islam T, Zaman MH

Antimicrobial resistance in livestock and poor quality veterinary medicines.

Bull World Health Organ 2018 Sep 01;96(9):662-664. Epub 2018 jul 16

PMID: 30262949

Cowley LA, Petersen FC, Junges R, Jimson D Jimenez M, Morrison DA, Hanage WP

Evolution via recombination: Cell-to-cell contact facilitates larger recombination events in Streptococcus pneumoniae.

PLoS Genet 2018 06;14(6):e1007410. Epub 2018 jun 13

PMID: 29897968

Dahl C, Stigum H, Valeur J, Iszatt N, Lenters V, Peddada S, Bjørnholt JV, Midtvedt T, Mandal S, Eggesbø M

Preterm infants have distinct microbiomes not explained by mode of delivery, breastfeeding duration or antibiotic exposure.

Int J Epidemiol 2018 10 01;47(5):1658-1669.

PMID: 29688458

Eliassen KE, Reiso H, Berild D, Lindbæk M

Comparison of phenoxymethylpenicillin, amoxicillin, and doxycycline for erythema migrans in general practice. A randomized controlled trial with a 1-year follow-up.

Clin Microbiol Infect 2018 Dec;24(12):1290-1296. Epub 2018 mar 2

PMID: 29505880

Espenhain L, Jørgensen SB, Leegaard TM, Lelek MM, Hänsgen SH, Nakstad B, Sunde M, Steinbakk M

Travel to Asia is a strong predictor for carriage of cephalosporin resistant

Antimicrob Resist Infect Control 2018;7():146. Epub 2018 nov 29

PMID: 30534366

Gouliouris T, Raven KE, Ludden C, Blane B, Corander J, Horner CS, Hernandez-Garcia J, Wood P, Hadjirin NF, Radakovic M, Holmes MA, de Goffau M, Brown NM, Parkhill J, Peacock SJ

Genomic Surveillance of Enterococcus faecium Reveals Limited Sharing of Strains and Resistance Genes between Livestock and Humans in the United Kingdom.

MBio 2018 11 06;9(6). Epub 2018 nov 6

PMID: 30401778

Habs M, Binder K, Krauss S, Müller K, Ernst B, Valentini L, Koller M

A Balanced Risk-Benefit Analysis to Determine Human Risks Associated with Pyrrolizidine Alkaloids (PA)-The Case of Herbal Medicinal Products Containing St. John's Wort Extracts (SJW).

Nutrients 2018 Jun 22;10(7). Epub 2018 jun 22

PMID: 29932143

Hjøllo T, Bratland E, Steinsland H, Radunovic M, Langeland N, Hanevik K

Longitudinal cohort study of serum antibody responses towards Giardia lamblia variant-specific surface proteins in a non-endemic area.

Exp Parasitol 2018 Aug;191():66-72. Epub 2018 jun 15

PMID: 29908864

Hoel H, Hove-Skovsgaard M, Hov JR, Gaardbo JC, Holm K, Kummen M, Rudi K, Nwosu F, Valeur J, Gelpi M, Seljeflot I, Ueland PM, Gerstoft J, Ullum H, Aukrust P, Nielsen SD, Trøseid M

Impact of HIV and Type 2 diabetes on Gut Microbiota Diversity, Tryptophan Catabolism and Endothelial Dysfunction.

Sci Rep 2018 Apr 30;8(1):6725. Epub 2018 apr 30

PMID: 29712976

Haanshuus CG, Chandy S, Manoharan A, Vivek R, Mathai D, Xena D, Singh A, Langeland N, Blomberg B, Vasanthan G, Sitaram U, Appasamy J, Nesaraj J, Henry A, Patil S, Alvarez-Uria G, Armstrong L, Mørch K

Correction: A High Malaria Prevalence Identified by PCR among Patients with Acute Undifferentiated Fever in India.

PLoS One 2018;13(2):e0193574. Epub 2018 feb 23

PMID: 29474478

Ianevski A, Zusinaite E, Kuivanen S, Strand M, Lysvand H, Teppor M, Kakkola L, Paavilainen H, Laajala M, Kallio-Kokko H, Valkonen M, Kantele A, Telling K, Lutsar I, Letjuka P, Metelitsa N, Oksenych V, Bjørås M, Nordbø SA, Dumpis U, Vitkauskiene A, Öhrmalm C, Bondeson K, Bergqvist A, Aittokallio T, Cox RJ, Evander M, Hukkanen V, Marjomaki V, Julkunen I, Vapalahti O, Tenson T, Merits A, Kainov D

Novel activities of safe-in-human broad-spectrum antiviral agents.

Antiviral Res 2018 Jun;154():174-182. Epub 2018 apr 23

PMID: 29698664

Junges R, Salvadori G, Chen T, Morrison DA, Petersen FC

Hidden Gems in the Transcriptome Maps of Competent Streptococci.

Front Mol Biosci 2018;5():116. Epub 2019 jan 4

PMID: 30662898

Jørgensen SB, Handal N, Fjeldsæter KL, Kleppe LK, Myrbakk T, Oma DH, Tveten Y, Walberg M, Ørnevik G

MRSA prevalence among healthcare personnel in contact tracings in hospitals.

Tidsskr Nor Laegeforen 2018 03 20;138(6). Epub 2018 mar 19

PMID: 29557144

Jørgensen SF, Fevang B, Aukrust P

Autoimmunity and Inflammation in CVID: a Possible Crosstalk between Immune Activation, Gut Microbiota, and Epigenetic Modifications.

J Clin Immunol 2019 01;39(1):30-36. Epub 2018 nov 21

PMID: 30465180

Jørstad MD, Marijani M, Dyrhol-Riise AM, Sviland L, Mustafa T

MPT64 antigen detection test improves routine diagnosis of extrapulmonary tuberculosis in a low-resource setting: A study from the tertiary care hospital in Zanzibar.

PLoS One 2018;13(5):e0196723. Epub 2018 mai 9

PMID: 29742144

Knudsen PK, Brandtzaeg P, Høiby EA, Bohlin J, Samuelsen Ø, Steinbakk M, Abrahamsen TG, Müller F, Gammelsrud KW

Correction: Impact of extensive antibiotic treatment on faecal carriage of antibiotic-resistant enterobacteria in children in a low resistance prevalence setting.

PLoS One 2018;13(2):e0193439. Epub 2018 feb 21

PMID: 29466441

Knudsen PK, Gammelsrud KW, Alfsnes K, Steinbakk M, Abrahamsen TG, Müller F, Bohlin J

Transfer of a bla

Sci Rep 2018 01 10;8(1):280. Epub 2018 jan 10

PMID: 29321570

Kummen M, Mayerhofer CCK, Vestad B, Broch K, Awoyemi A, Storm-Larsen C, Ueland T, Yndestad A, Hov JR, Trøseid M

Gut Microbiota Signature in Heart Failure Defined From Profiling of 2 Independent Cohorts.

J Am Coll Cardiol 2018 Mar 13;71(10):1184-1186.

PMID: 29519360

Kvaslerud AB, Hussain AI, Auensen A, Ueland T, Michelsen AE, Pettersen KI, Aukrust P, Mørkrid L, Gullestad L, Broch K

Prevalence and prognostic implication of iron deficiency and anaemia in patients with severe aortic stenosis.

Open Heart 2018;5(2):e000901. Epub 2018 des 16

PMID: 30613413

Lees JA, Galardini M, Bentley SD, Weiser JN, Corander J

pyseer: a comprehensive tool for microbial pangenome-wide association studies.

Bioinformatics 2018 Dec 15;34(24):4310-4312.

PMID: 30535304

Lin XB, Wang T, Stothard P, Corander J, Wang J, Baines JF, Knowles SCL, Baltrunaite L, Tasseva G, Schmaltz R, Tollenaar S, Cody LA, Grenier T, Wu W, Ramer-Tait AE, Walter J

The evolution of ecological facilitation within mixed-species biofilms in the mouse gastrointestinal tract.

ISME J 2018 Nov;12(11):2770-2784. Epub 2018 jul 16

PMID: 30013162

Littmann J, Buyx A

[Rational use of antibiotics as an ethical challenge].

Bundesgesundheitsblatt Gesundheitsforschung Gesundheitsschutz 2018 May;61(5):589-594.

PMID: 29536111

Littmann J, Rid A, Buyx A

Tackling anti-microbial resistance: ethical framework for rational antibiotic use.

Eur J Public Health 2018 04 01;28(2):359-363.

PMID: 29036540

Ludolph AC, Schuster J, Dorst J, Dupuis L, Dreyhaupt J, Weishaupt JH, Kassubek J, Weiland U, Petri S, Meyer T, Grosskreutz J, Schrank B, Boentert M, Emmer A, Hermann A, Zeller D, Prudlo J, Winkler AS, Grehl T, Heneka MT, Wollebæk Johannesen S, Göricke B,

Safety and efficacy of rasagiline as an add-on therapy to riluzole in patients with amyotrophic lateral sclerosis: a randomised, double-blind, parallel-group, placebo-controlled, phase 2 trial.

Lancet Neurol 2018 Aug;17(8):681-688. Epub 2018 jun 19

PMID: 29934198

Lycus P, Soriano-Laguna MJ, Kjos M, Richardson DJ, Gates AJ, Milligan DA, Frostegård Å, Bergaust L, Bakken LR

A bet-hedging strategy for denitrifying bacteria curtails their release of N

Proc Natl Acad Sci U S A 2018 11 13;115(46):11820-11825. Epub 2018 nov 1

PMID: 30385636

Mayerhofer CCK, Awoyemi AO, Moscavitch SD, Lappegård KT, Hov JR, Aukrust P, Hovland A, Lorenzo A, Halvorsen S, Seljeflot I, Gullestad L, Trøseid M, Broch K

Design of the GutHeart-targeting gut microbiota to treat heart failure-trial: a Phase II, randomized clinical trial.

ESC Heart Fail 2018 10;5(5):977-984. Epub 2018 aug 7

PMID: 30088346

Mazzawi T, Lied GA, Sangnes DA, El-Salhy M, Hov JR, Gilja OH, Hatlebakk JG, Hausken T

The kinetics of gut microbial community composition in patients with irritable bowel syndrome following fecal microbiota transplantation.

PLoS One 2018;13(11):e0194904. Epub 2018 nov 14

PMID: 30427836

McNeil LK, Donald RGK, Gribenko A, French R, Lambert N, Harris SL, Jones TR, Li S, Zlotnick G, Vogel U, Claus H, Abad R, Vazquez JA, Borrow R, Findlow J, Taha MK, Deghmane AE, Caugant DA, Kriz P, Musilek M, Wang X, Vuong J, Mayer LW, Pride MW, Jansen KU, Anderson AS

Predicting the Susceptibility of Meningococcal Serogroup B Isolates to Bactericidal Antibodies Elicited by Bivalent rLP2086, a Novel Prophylactic Vaccine.

MBio 2018 03 13;9(2). Epub 2018 mar 13

PMID: 29535195

Méric G, Mageiros L, Pensar J, Laabei M, Yahara K, Pascoe B, Kittiwan N, Tadee P, Post V, Lamble S, Bowden R, Bray JE, Morgenstern M, Jolley KA, Maiden MCJ, Feil EJ, Didelot X, Miragaia M, de Lencastre H, Moriarty TF, Rohde H, Massey R, Mack D, Corander J, Sheppard SK

Disease-associated genotypes of the commensal skin bacterium Staphylococcus epidermidis.

Nat Commun 2018 11 28;9(1):5034. Epub 2018 nov 28

PMID: 30487573

Méric G, McNally A, Pessia A, Mourkas E, Pascoe B, Mageiros L, Vehkala M, Corander J, Sheppard SK

Convergent Amino Acid Signatures in Polyphyletic Campylobacter jejuni Subpopulations Suggest Human Niche Tropism.

Genome Biol Evol 2018 03 01;10(3):763-774.

PMID: 29452359

Miller EL, Kjos M, Abrudan MI, Roberts IS, Veening JW, Rozen DE

Eavesdropping and crosstalk between secreted quorum sensing peptide signals that regulate bacteriocin production in Streptococcus pneumoniae.

ISME J 2018 Oct;12(10):2363-2375. Epub 2018 jun 13

PMID: 29899510

Missailidis C, Neogi U, Stenvinkel P, Trøseid M, Nowak P, Bergman P

The microbial metabolite trimethylamine-N-oxide in association with inflammation and microbial dysregulation in three HIV cohorts at various disease stages.

AIDS 2018 Jul 31;32(12):1589-1598.

PMID: 29620717

Mwega E, Colquhoun DJ, Tuntufye H, Mdegela R, Mutoloki S, Evensen Ø, Wasteson Y

Isolation and Characterization of Flavobacteriaceae from Farmed and Wild Nile Tilapia in Tanzania.

J Aquat Anim Health 2018 Oct 06. Epub 2018 okt 6

PMID: 30291645

Mäklin T, Corander J, Honkela A

Identifying Bacterial Strains from Sequencing Data.

Methods Mol Biol 2018;1807():1-7.

PMID: 30030799

Nordøy I, Hesstvedt L, Torp Andersen C, Mylvaganam H, Kols NI, Falch BM, Tofteland S, Müller F, Denning DW

An Estimate of the Burden of Fungal Disease in Norway.

J Fungi (Basel) 2018 Feb 21;4(1). Epub 2018 feb 21

PMID: 29466284

Nordøy I, Lutro O, Longva JÅ, Bekken GK, Simonsen HE

Outdated guidelines on antibiotic use.

Tidsskr Nor Laegeforen 2018 11 13;138(18). Epub 2018 nov 13

PMID: 30421740

Nouri H, Monnier AF, Fossum-Raunehaug S, Maciag-Dorszynska M, Cabin-Flaman A, Képès F, Wegrzyn G, Szalewska-Palasz A, Norris V, Skarstad K, Janniere L

Multiple links connect central carbon metabolism to DNA replication initiation and elongation in Bacillus subtilis.

DNA Res 2018 Dec 01;25(6):641-653.

PMID: 30256918

Nørstebø SF, Lotherington L, Landsverk M, Bjelland AM, Sørum H

Aliivibrio salmonicida requires O-antigen for virulence in Atlantic salmon (Salmo salar L.).

Microb Pathog 2018 Nov;124():322-331. Epub 2018 aug 27

PMID: 30165113

Odoch T, Sekse C, L'Abee-Lund TM, Høgberg Hansen HC, Kankya C, Wasteson Y

Diversity and Antimicrobial Resistance Genotypes in Non-Typhoidal Salmonella Isolates from Poultry Farms in Uganda.

Int J Environ Res Public Health 2018 02 13;15(2). Epub 2018 feb 13

PMID: 29438292

Olsen AO

Human papillomavirus and immunosuppressive drugs in dermatology - a 'neoplastic' combination?

J Eur Acad Dermatol Venereol 2018 Feb;32(2):192.

PMID: 29465832

Olson A, Bannert N, Sönnerborg A, de Mendoza C, Price M, Zangerle R, Chaix ML, Prins M, Kran AB, Gill J, Paraskevis D, Porter K,

Temporal trends of transmitted HIV drug resistance in a multinational seroconversion cohort.

AIDS 2018 Jan 14;32(2):161-169.

PMID: 29112061

Onarman Umu ÖC, Fauske AK, Åkesson CP, Pérez de Nanclares M, Sørby R, Press CM, Øverland M, Sørum H

Gut microbiota profiling in Norwegian weaner pigs reveals potentially beneficial effects of a high-fiber rapeseed diet.

PLoS One 2018;13(12):e0209439. Epub 2018 des 20

PMID: 30571797

Otterdal K, Berg A, Michelsen AE, Patel S, Tellevik MG, Haanshuus CG, Fevang B, Aukrust P, Langeland N, Ueland T

Soluble markers of neutrophil, T-cell and monocyte activation are associated with disease severity and parasitemia in falciparum malaria.

BMC Infect Dis 2018 Dec 18;18(1):670. Epub 2018 des 18

PMID: 30563486

Pessia A, Corander J

Kpax3: Bayesian bi-clustering of large sequence datasets.

Bioinformatics 2018 06 15;34(12):2132-2133.

PMID: 29425273

Prandina A, Herfindal L, Radix S, Rongved P, Døskeland SO, Le Borgne M, Perret F

Enhancement of iodinin solubility by encapsulation into cyclodextrin nanoparticles.

J Enzyme Inhib Med Chem 2018 Dec;33(1):370-375.

PMID: 29336193

Puranen S, Pesonen M, Pensar J, Xu YY, Lees JA, Bentley SD, Croucher NJ, Corander J

SuperDCA for genome-wide epistasis analysis.

Microb Genom 2018 May 29. Epub 2018 mai 29

PMID: 29813016

Quist-Paulsen E, Aukrust P, Kran AB, Dunlop O, Ormaasen V, Stiksrud B, Midttun Ø, Ueland T, Ueland PM, Mollnes TE, Dyrhol-Riise AM

High neopterin and IP-10 levels in cerebrospinal fluid are associated with neurotoxic tryptophan metabolites in acute central nervous system infections.

J Neuroinflammation 2018 Nov 23;15(1):327. Epub 2018 nov 23

PMID: 30470234

Reglinski M, Ercoli G, Plumptre C, Kay E, Petersen FC, Paton JC, Wren BW, Brown JS

A recombinant conjugated pneumococcal vaccine that protects against murine infections with a similar efficacy to Prevnar-13.

NPJ Vaccines 2018;3():53. Epub 2018 okt 31

PMID: 30393571

Richardson EJ, Bacigalupe R, Harrison EM, Weinert LA, Lycett S, Vrieling M, Robb K, Hoskisson PA, Holden MTG, Feil EJ, Paterson GK, Tong SYC, Shittu A, van Wamel W, Aanensen DM, Parkhill J, Peacock SJ, Corander J, Holmes M, Fitzgerald JR

Gene exchange drives the ecological success of a multi-host bacterial pathogen.

Nat Ecol Evol 2018 Sep;2(9):1468-1478. Epub 2018 jul 23

PMID: 30038246

Salvadori G, Junges R, Åmdal HA, Chen T, Morrison DA, Petersen FC

High-resolution profiles of the Streptococcus mitis CSP signaling pathway reveal core and strain-specific regulated genes.

BMC Genomics 2018 Jun 13;19(1):453. Epub 2018 jun 13

PMID: 29898666

Schein YL, Madebo T, Andersen HE, Arnesen TM, Dyrhol-Riise AM, Tveiten H, White RA, Winje BA

Treatment completion for latent tuberculosis infection in Norway: a prospective cohort study.

BMC Infect Dis 2018 Nov 19;18(1):587. Epub 2018 nov 19

PMID: 30453946

Schnaars C, Kildahl-Andersen G, Prandina A, Popal R, Radix S, Le Borgne M, Gjøen T, Andresen AMS, Heikal A, Økstad OA, Fröhlich C, Samuelsen Ø, Lauksund S, Jordheim LP, Rongved P, Åstrand OAH

Synthesis and Preclinical Evaluation of TPA-Based Zinc Chelators as Metallo-β-lactamase Inhibitors.

ACS Infect Dis 2018 Sep 14;4(9):1407-1422. Epub 2018 aug 2

PMID: 30022668

Senthakumaran T, Brandal LT, Lindstedt BA, Jørgensen SB, Charnock C, Tunsjø HS

Implications of stx loss for clinical diagnostics of Shiga toxin-producing Escherichia coli.

Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2018 Dec;37(12):2361-2370. Epub 2018 sep 28

PMID: 30267169

Shekhar S, Khan R, Ferreira DM, Mitsi E, German E, Rørvik GH, Berild D, Schenck K, Kwon K, Petersen F

Antibodies Reactive to Commensal

Front Immunol 2018;9():747. Epub 2018 apr 16

PMID: 29713324

Siljan WW, Holter JC, Nymo SH, Husebye E, Ueland T, Skattum L, Bosnes V, Garred P, Frøland SS, Mollnes TE, Aukrust P, Heggelund L

Low Levels of Immunoglobulins and Mannose-Binding Lectin Are Not Associated With Etiology, Severity, or Outcome in Community-Acquired Pneumonia.

Open Forum Infect Dis 2018 Feb;5(2):ofy002. Epub 2018 jan 5

PMID: 29410975

Sipola A, Marttinen P, Corander J

Bacmeta: simulator for genomic evolution in bacterial metapopulations.

Bioinformatics 2018 Jul 01;34(13):2308-2310.

PMID: 29474733

Smet A, Yahara K, Rossi M, Tay A, Backert S, Armin E, Fox JG, Flahou B, Ducatelle R, Haesebrouck F, Corander J

Macroevolution of gastric Helicobacter species unveils interspecies admixture and time of divergence.

ISME J 2018 Oct;12(10):2518-2531. Epub 2018 jun 25

PMID: 29942073

Stamsås GA, Myrbråten IS, Straume D, Salehian Z, Veening JW, Håvarstein LS, Kjos M

CozEa and CozEb play overlapping and essential roles in controlling cell division in Staphylococcus aureus.

Mol Microbiol 2018 09;109(5):615-632. Epub 2018 sep 26

PMID: 29884993

Glikman D, Dagan R, Barkai G, Averbuch D, Guri A, Givon-Lavi N, Ben-Shimol S,

Dynamics of Severe and Non-severe Invasive Pneumococcal Disease in Young Children in Israel Following PCV7/PCV13 Introduction.

Pediatr Infect Dis J 2018 Oct;37(10):1048-1053.

PMID: 29750768

Tonkin-Hill G, Lees JA, Bentley SD, Frost SDW, Corander J

RhierBAPS: An R implementation of the population clustering algorithm hierBAPS.

Wellcome Open Res 2018;3():93. Epub 2018 jul 30

PMID: 30345380

Top J, Sinnige JC, Brouwer EC, Werner G, Corander J, Severin JA, Jansen R, Bathoorn E, Bonten MJM, Rossen JWA, Willems RJL

Identification of a Novel Genomic Island Associated with

Antimicrob Agents Chemother 2018 03;62(3). Epub 2018 feb 23

PMID: 29311068

Trevisan C, Sotiraki S, Laranjo-González M, Dermauw V, Wang Z, Kärssin A, Cvetkovikj A, Winkler AS, Abraham A, Bobic B, Lassen B, Cretu CM, Vasile C, Arvanitis D, Deksne G, Boro I, Kucsera I, Karamon J, Stefanovska J, Koudela B, Pavlova MJ, Varady M, Pavlak M, Šarkunas M, Kaminski M, Djurkovic-Djakovic O, Jokelainen P, Jan DS, Schmidt V, Dakic Z, Gabriël S, Dorny P, Devleesschauwer B

Epidemiology of taeniosis/cysticercosis in Europe, a systematic review: eastern Europe.

Parasit Vectors 2018 Oct 30;11(1):569. Epub 2018 okt 30

PMID: 30376899

Trøseid M, Nordøy I, Fevang B, Aukrust P

Tidsskr Nor Laegeforen 2018 12 11;138(20). Epub 2018 nov 30

PMID: 30539614

Tunsjø HS, Kalyanasundaram S, Charnock C, Leegaard TM, Moen AEF

Challenges in the identification of methicillin-resistant Staphylococcus argenteus by routine diagnostics.

APMIS 2018 Jun;126(6):533-537.

PMID: 29924450

Villmones HC, Haug ES, Ulvestad E, Grude N, Stenstad T, Halland A, Kommedal Ø

Species Level Description of the Human Ileal Bacterial Microbiota.

Sci Rep 2018 Mar 16;8(1):4736. Epub 2018 mar 16

PMID: 29549283

Vinkeles Melchers NVS, Mollenkopf S, Colebunders R, Edlinger M, Coffeng LE, Irani J, Zola T, Siewe JN, de Vlas SJ, Winkler AS, Stolk WA

Burden of onchocerciasis-associated epilepsy: first estimates and research priorities.

Infect Dis Poverty 2018 Sep 19;7(1):101. Epub 2018 sep 19

PMID: 30253788

Våge S, Bratbak G, Egge J, Heldal M, Larsen A, Norland S, Lund Paulsen M, Pree B, Sandaa RA, Skjoldal EF, Tsagaraki TM, Øvreås L, Thingstad TF

Simple models combining competition, defence and resource availability have broad implications in pelagic microbial food webs.

Ecol Lett 2018 Sep;21(9):1440-1452. Epub 2018 jul 17

PMID: 30014593

Wamala SP, Mugimba KK, Dubey S, Takele A, Munang'andu HM, Evensen Ø, Mutoloki S, Byarugaba DK, Sørum H

Multilocus sequence analysis revealed a high genotypic diversity of Aeromonas hydrophila infecting fish in Uganda.

J Fish Dis 2018 Oct;41(10):1589-1600. Epub 2018 aug 3

PMID: 30074242

Wiedmer D, Cui C, Weber F, Petersen FC, Tiainen H

Antibacterial Surface Coating for Bone Scaffolds Based on the Dark Catalytic Effect of Titanium Dioxide.

ACS Appl Mater Interfaces 2018 Oct 24;10(42):35784-35793. Epub 2018 okt 9

PMID: 30273480

Winje BA, White R, Syre H, Skutlaberg DH, Oftung F, Mengshoel AT, Blix HS, Brantsæter AB, Holter EK, Handal N, Simonsen GS, Afset JE, Bakken Kran AM

Stratification by interferon-γ release assay level predicts risk of incident TB.

Thorax 2018 Apr 05. Epub 2018 apr 5

PMID: 29622693

Winkler AS, Klohe K, Schmidt V, Haavardsson I, Abraham A, Prodjinotho UF, Ngowi B, Sikasunge C, Noormahomed E, Amuasi J, Kaducu J, Ngowi H, Abele-Ridder B, Harrison WE, Prazeres da Costa C

Neglected tropical diseases - the present and the future.

Tidsskr Nor Laegeforen 2018 02 06;138(3). Epub 2018 jan 2

PMID: 29411594

Xu Y, Puranen S, Corander J, Kabashima Y

Inverse finite-size scaling for high-dimensional significance analysis.

Phys Rev E 2018 Jun;97(6-1):062112.

PMID: 30011500

Zandi H, Kristoffersen AK, Ørstavik D, Rôças IN, Siqueira JF, Enersen M

Microbial Analysis of Endodontic Infections in Root-filled Teeth with Apical Periodontitis before and after Irrigation Using Pyrosequencing.

J Endod 2018 Mar;44(3):372-378. Epub 2018 jan 4

PMID: 29306533

Zusinaite E, Ianevski A, Niukkanen D, Poranen MM, Bjørås M, Afset JE, Tenson T, Velagapudi V, Merits A, Kainov DE

A Systems Approach to Study Immuno- and Neuro-Modulatory Properties of Antiviral Agents.

Viruses 2018 08 12;10(8). Epub 2018 aug 12

PMID: 30103549

Thaulow CM, Berild D, Eriksen BH, Myklebust TÅ, Blix HS

Potential for More Rational Use of Antibiotics in Hospitalized Children in a Country with Low Resistance - Data From Eight Point Prevalence Surveys.

Pediatr Infect Dis J 2018 May 10. Epub 2018 mai 10

PMID: 29750767

Aamot HV, Eskonsipo PKJ, Jørgensen SB, Blomfeldt A

Staphylococcus aureus colonization during military service: a prospective cohort study.

Clin Microbiol Infect 2018 Jul;24(7):744-748. Epub 2017 okt 23

PMID: 29074158

Eskesen AN, Belle MA, Blomfeldt A

Predictors of one-year all-cause mortality and infection-related mortality in patients with Staphylococcus aureus bacteraemia.

Infect Dis (Lond) 2018 Oct;50(10):743-748. Epub 2018 mai 10

PMID: 29745277

Desler C, Lillenes MS, Tønjum T, Rasmussen LJ

The Role of Mitochondrial Dysfunction in the Progression of Alzheimer's Disease.

Curr Med Chem 2018;25(40):5578-5587.

PMID: 28618998

Alfsnes K, Frye SA, Eriksson J, Eldholm V, Brynildsrud OB, Bohlin J, Harrison OB, Hood DW, Maiden MCJ, Tønjum T, Ambur OH

A genomic view of experimental intraspecies and interspecies transformation of a rifampicin-resistance allele into Neisseria meningitidis.

Microb Genom 2018 Nov;4(11). Epub 2018 sep 25

PMID: 30251949

Castañeda-García A, Prieto AI, Rodríguez-Beltrán J, Alonso N, Cantillon D, Costas C, Pérez-Lago L, Zegeye ED, Herranz M, Plocinski P, Tonjum T, García de Viedma D, Paget M, Waddell SJ, Rojas AM, Doherty AJ, Blázquez J

A non-canonical mismatch repair pathway in prokaryotes.

Nat Commun 2017 Jan 27;8():14246. Epub 2017 jan 27

PMID: 28128207

Beyene GT, Kalayou S, Riaz T, Tonjum T

Comparative proteomic analysis of Neisseria meningitidis wildtype and dprA null mutant strains links DNA processing to pilus biogenesis.

BMC Microbiol 2017 04 21;17(1):96. Epub 2017 apr 21

PMID: 28431522

Hovland E, Beyene GT, Frye SA, Homberset H, Balasingham SV, Gómez-Muñoz M, Derrick JP, Tønjum T, Ambur OH

DprA from Neisseria meningitidis: properties and role in natural competence for transformation.

Microbiology 2017 Jul;163(7):1016-1029. Epub 2017 jul 21

PMID: 28696187

Flåtten I, Helgesen E, Pedersen IB, Waldminghaus T, Rothe C, Taipale R, Johnsen L, Skarstad K

Phenotypes of dnaXE145A Mutant Cells Indicate that the Escherichia coli Clamp Loader Has a Role in the Restart of Stalled Replication Forks.

J Bacteriol 2017 Dec 15;199(24). Epub 2017 nov 14

PMID: 28947673

Pedersen IB, Helgesen E, Flåtten I, Fossum-Raunehaug S, Skarstad K

SeqA structures behind Escherichia coli replication forks affect replication elongation and restart mechanisms.

Nucleic Acids Res 2017 Jun 20;45(11):6471-6485.

PMID: 28407100

Birhanu AG, Yimer SA, Holm-Hansen C, Norheim G, Aseffa A, Abebe M, Tønjum T

Nε- and O-Acetylation in Mycobacterium tuberculosis Lineage 7 and Lineage 4 Strains: Proteins Involved in Bioenergetics, Virulence, and Antimicrobial Resistance Are Acetylated.

J Proteome Res 2017 Nov 03;16(11):4045-4059. Epub 2017 okt 4

PMID: 28920697

Di Ruscio F, Bjørnholt JV, Larssen KW, Leegaard TM, Moen AE, De Blasio BF

Epidemiology and spa-type diversity of meticillin-resistant Staphylococcus aureus in community and healthcare settings in Norway.

J Hosp Infect 2018 Nov;100(3):316-321. Epub 2017 des 28

PMID: 29288777

Samuelsen Ø, Overballe-Petersen S, Bjørnholt JV, Brisse S, Doumith M, Woodford N, Hopkins KL, Aasnæs B, Haldorsen B, Sundsfjord A,

Molecular and epidemiological characterization of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Norway, 2007 to 2014.

PLoS One 2017;12(11):e0187832. Epub 2017 nov 15

PMID: 29141051

Eliassen KE, Berild D, Reiso H, Grude N, Christophersen KS, Finckenhagen C, Lindbæk M

Incidence and antibiotic treatment of erythema migrans in Norway 2005-2009.

Ticks Tick Borne Dis 2017 01;8(1):1-8. Epub 2016 jun 30

PMID: 27475874

Floeystad HK, Holm A, Sandvik L, Vestrheim DF, Brandsaeter B, Berild D

Increased long-term mortality after survival of invasive pneumococcal disease: a population-based study.

Infect Dis (Lond) 2017 May;49(5):365-372. Epub 2017 jan 17

PMID: 28095723

Knudsen PK, Brandtzaeg P, Høiby EA, Bohlin J, Samuelsen Ø, Steinbakk M, Abrahamsen TG, Müller F, Gammelsrud KW

Impact of extensive antibiotic treatment on faecal carriage of antibiotic-resistant enterobacteria in children in a low resistance prevalence setting.

PLoS One 2017;12(11):e0187618. Epub 2017 nov 7

PMID: 29112974

Bothamley GH, Lange C,

Infection control, genetic assessment of drug resistance and drug susceptibility testing in the current management of multidrug/extensively-resistant tuberculosis (M/XDR-TB) in Europe: A tuberculosis network European Trialsgroup (TBNET) study.

Respir Med 2017 Nov;132():68-75. Epub 2017 sep 23

PMID: 29229108

Jørgensen SB, Søraas AV, Arnesen LS, Leegaard TM, Sundsfjord A, Jenum PA

A comparison of extended spectrum β-lactamase producing Escherichia coli from clinical, recreational water and wastewater samples associated in time and location.

PLoS One 2017;12(10):e0186576. Epub 2017 okt 17

PMID: 29040337

Jørgensen SB, Søraas A, Arnesen LS, Leegaard T, Sundsfjord A, Jenum PA

First environmental sample containing plasmid-mediated colistin-resistant ESBL-producing Escherichia coli detected in Norway.

APMIS 2017 Sep;125(9):822-825. Epub 2017 jun 22

PMID: 28640456

Jørgensen SB, Søraas A, Sundsfjord A, Liestøl K, Leegaard TM, Jenum PA

Fecal carriage of extended spectrum β-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae after urinary tract infection - A three year prospective cohort study.

PLoS One 2017;12(3):e0173510. Epub 2017 mar 7

PMID: 28267783

Berg ES, Wester AL, Ahrenfeldt J, Mo SS, Slettemeås JS, Steinbakk M, Samuelsen Ø, Grude N, Simonsen GS, Løhr IH, Jørgensen SB, Tofteland S, Lund O, Dahle UR, Sunde M

Norwegian patients and retail chicken meat share cephalosporin-resistant Escherichia coli and IncK/blaCMY-2 resistance plasmids.

Clin Microbiol Infect 2017 Jun;23(6):407.e9-407.e15. Epub 2017 jan 7

PMID: 28082191

Blomfeldt A, Larssen KW, Moghen A, Gabrielsen C, Elstrøm P, Aamot HV, Jørgensen SB

Emerging multidrug-resistant Bengal Bay clone ST772-MRSA-V in Norway: molecular epidemiology 2004-2014.

Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2017 Oct;36(10):1911-1921. Epub 2017 mai 29

PMID: 28555401

Fladberg ØA, Jørgensen SB, Aamot HV

Genotypic characterization of gentamicin and cephalosporin resistant Escherichia coli isolates from blood cultures in a Norwegian university hospital 2011-2015.

Antimicrob Resist Infect Control 2017;6():121. Epub 2017 nov 29

PMID: 29214016

Skaare D

Tidsskr Nor Laegeforen 2017 Mar;137(6):471. Epub 2017 mar 21

PMID: 28332810

Månsson V, Skaare D, Riesbeck K, Resman F

The spread and clinical impact of ST14CC-PBP3 type IIb/A, a clonal group of non-typeable Haemophilus influenzae with chromosomally mediated β-lactam resistance-a prospective observational study.

Clin Microbiol Infect 2017 Mar;23(3):209.e1-209.e7. Epub 2016 nov 13

PMID: 27852000

Prandina A, Radix S, Le Borgne M, Jordheim LP, Bousfiha Z, Frohlich C, Leiros HKS, Samuelsen O, Frovold E, Rongved P, Astrand OAH

Synthesis and biological evaluation of new dipicolylamine zinc chelators as metallo-beta-lactamase inhibitors

Tetrahedron, 2019; 75(11):1525-1540

Jorgensen SB

Microbiology in your pocket

Tidsskr. Nor. Laegeforen., 138 (14), 1366 (2018)

Kumar BN, Siem H, Haavardsson I, Winkler AS (2018)

Migrant health is global health

Tidsskr. Nor. Laegeforen., 138 (1), 66-67

Jørgensen SB, Handal N, Fjeldsæter KL, Kleppe LK, Myrbakk T, Oma DH, Tveten Y, Walberg M, Ørnwvik G.

MRSA-forekomst blant helsepersonell med smitteoppsporing i sykehus

Tidsskr Nor Laegeforen (2018)

Di Ruscio F, Bjørnholt JV, Leegaard TM, Moen AEF, Freiesleben de Blasio B

Drivers behind the increasing number of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus infections in Norway 2006-2015

PloS one 2017; 12(6): e0179771

Johnsen BO, Handal N, Meisal R, Bjørnholt JV, Gaustad P, Leegaard TM

Resistance to clindamycin in Bacteroides species; do we have methods to detect inducible resistance?

Anaerobe 2017; 2017; 47: 226-32

Doktorgrader
Alemayehu Godana Birhanu

Unveiling phenotypic differences among the genetically conserved Mycobacterium tuberculosis complex

Disputert:
juni 2019
Hovedveileder:
Tone Tønjum / Markos Abebe
Tahira Riaz

Proteomic approaches to study CD4+ T cells and meningococci: New insight into life science and infection biology.

Disputert:
juni 2019
Hovedveileder:
Tone Tønjum / Ingrid Olsen
Liv Hesstvedt

Aspects of candidemia in Norway and in the Nordic countries.

Disputert:
februar 2019
Hovedveileder:
Ingvild Nordøy / Peter Gaustad / Fredrik Müller
Per Kristian Knudsen

Extensive antibiotic treatment and faecal carriage of resistant enterobacteria in children - Prevalence and mechanisms

Disputert:
september 2018
Hovedveileder:
Fredrik Müller
Silje Bakken Jørgensen

Extended-spectrum β-lactamases – aspects on human carriage and distribution in aquatic environments

Disputert:
november 2018
Hovedveileder:
Pål Jenum
Knut Eirik Eliassen

Erythema migrans in Norwegian general practice - incidence, treatment and follow-up".

Disputert:
desember 2017
Hovedveileder:
Professor Morten Lindbæk
Deltagere
  • Silje Bakken Jørgensen Prosjektdeltaker
  • Annette Onken Prosjektdeltaker
  • Tore Taksdal Stubhaug Prosjektdeltaker
  • Arne Michael Taxt Prosjektdeltaker
  • Jukka Corander Prosjektdeltaker
  • Jasper Littman Prosjektdeltaker
  • Fredrik Müller Prosjektleder
  • Ørjan Samuelsen Prosjektdeltaker
  • Nils Grude Prosjektdeltaker
  • Dagfinn Skaare Prosjektdeltaker
  • Pål Arne Jenum Prosjektdeltaker
  • Truls Michael Leegaard Prosjektdeltaker
  • Kjetil Tasken Prosjektdeltaker
  • Morten Enersen Prosjektdeltaker
  • Pål Rongved Prosjektdeltaker
  • Ingvild Nordøy Prosjektdeltaker
  • Per Kristian Knudsen Prosjektdeltaker
  • Dag Berild Prosjektdeltaker
  • Cecilie Torp-Andersen Prosjektdeltaker
  • Karianne Wiger Gammelsrud Prosjektdeltaker
  • Kirsten Jane Skarstad Prosjektdeltaker
  • Magnar Bjørås Prosjektdeltaker
  • Jørgen Vildershøj Bjørnholt Prosjektdeltaker
  • Tone Tønjum Prosjektdeltaker

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern  -  Informasjonskapsler