eRapport

ReMicS: Regional research network for clinical Microbiota Science

Prosjekt
Prosjektnummer
2019093
Ansvarlig person
Marius Trøseid
Institusjon
Oslo universitetssykehus HF
Prosjektkategori
Regionalt forskningsnettverk
Helsekategori
Oral and Gastrointestinal
Forskningsaktivitet
4. Detection and Diagnosis, 5. Treatment Developement
Rapporter
2024
ReMicS (Regionalt nettverk for klinisk mikrobiotaforskning) er et nettverk av forskningsgrupper som er opptatt av hvordan bakteriefloraen påvirker helse og sykdom, og hvordan vi kan utnytte ny kunnskap om dette til å bedre diagnostikk og behandling av en rekke sykdommer.ReMicS er et regionalt nettverk for forskning på klinisk mikrobiotamedisin ved flere sykdommer som involverer en rekke sykehus i Helse Sørøst, samt andre sentrale akademiske institusjoner. Hensikten er å opprettholde et tverrfaglig nettverk av vitenskapelig og klinisk kompetanse for å legge grunnlaget for klinisk mikrobiotamedisin, samt legge til rette for allokering av ressurser, utvikling av metoder og kompetanse på de kliniske avdelingene. Den geografiske variasjonen i tarmmikrobiota understreker viktigheten av et regionalt og nasjonalt kunnskapsgrunnlag. Arbeidet med å inkludere nye forskningsgrupper er derfor vektlagt, slik at ny kompetanse og utvidet spenn i nettverket kan videreføres. Presentasjon av ny forskning ble opprettholdt via nettverksmøter i ReMicS i 2024, og møtene ble holdt i fysisk format. Den digitale kommunikasjonen ble også fortsatt med nyhetsbrev og mail. Det ble også lagt vekt på å fungere som en kanal for arrangementer gjennomført av nettverkets medlemmer, slik at informasjon kunne nå ut til så mange som mulig. Dette var arrangementer som kurs/workshops, konferanser, disputaser, stillingsutlysninger og publikasjoner. Den Nasjonale Mikrobiotakonferansen hadde i år jubileum, og ble arrangert for 10. året på rad, og ble arrangert som et fysisk arrangement. Konferansen bød på sentrale internasjonale foredragsholdere, og programmet for øvrig ble satt sammen av innsendte abstracts fra nettverkets medlemmer. Et fokusområde for nettverket har vært å videreføre internasjonalt samarbeid for å fremheve norske interesser på den internasjonal forskningsarenaen. Etablering av et nettverk med en sentral ledelse har dermed bidratt til økt samarbeid både internasjonalt og på tvers av norske forskningsinstitusjoner. Nettverksledelsen ønsker å videreføre dette over den kommende finansieringsperioden. Nettverksaktiviteter i siste rapporteringsperiode Nettverket samles jevnlig til fysisk nettverksmøter, som legger vekt på presentasjon av ny forskning produsert av nettverkets medlemmer. I tillegg til kommunikasjon via nettsiden, sendes det også ut nyhetsbrev der medlemmer kan annonsere stillingsutlysninger, disputaser etc. Nettverket arrangerte i år mikrobiotakonferanse for 10. året på rad. I tillegg til presentasjoner fra inviterte internasjonale forskere, er konferansen en viktig arena for presentasjon av nettverkets egne medlemmer å presentere sitt arbeid. Dette gjelder både presentasjoner fra nettverkets etablerte forskere samt posterpresentasjon fra nettverkets yngre forskere. Årets konferanse var et fysisk arrangement der deltagere kunne velge mellom fysisk eller digital deltagelse. Den årlige mikrobiotakonferansen ble i år arrangert i København og i regi av danske kolleger. Nettverket er dermed utvidet til å omfatte nordiske samarbeidspartnere, noe som vil tilrettelegge for ytterligere nettverksbygging for nettverkets medlemmer. Ledelsen i ReMicS vil følge opp samarbeidet tett, og jobbe frem mot en ny konferanse i Sverige i 2025.

NEI

2023
ReMicS (Regionalt nettverk for klinisk mikrobiotaforskning) er et nettverk av forskningsgrupper som er opptatt av hvordan bakteriefloraen påvirker helse og sykdom, og hvordan vi kan utnytte ny kunnskap om dette til å bedre diagnostikk og behandling av en rekke sykdommer.ReMicS er et regionalt nettverk for forskning på klinisk mikrobiotamedisin ved flere sykdommer som involverer en rekke sykehus i Helse Sørøst, samt andre sentrale akademiske institusjoner. Hensikten er å opprettholde et tverrfaglig nettverk av vitenskapelig og klinisk kompetanse for å legge grunnlaget for klinisk mikrobiotamedisin, samt legge til rette for allokering av ressurser, utvikling av metoder og kompetanse på de kliniske avdelingene. Den geografiske variasjonen i tarmmikrobiota understreker viktigheten av et regionalt og nasjonalt kunnskapsgrunnlag. Arbeidet med å inkludere nye forskningsgrupper er derfor vektlagt, slik at ny kompetanse og utvidet spenn i nettverket kan videreføres. Presentasjon av ny forskning ble opprettholdt via nettverksmøter i ReMicS i 2023, og møtene ble holdt i fysisk format. Den digitale kommunikasjonen ble også fortsatt med nyhetsbrev og mail. Det ble også lagt vekt på å fungere som en kanal for arrangementer gjennomført av nettverkets medlemmer, slik at informasjon kunne nå ut til så mange som mulig. Dette var arrangementer som kurs/workshops, konferanser, disputaser, stillingsutlysninger og publikasjoner. Den Nasjonale Mikrobiotakonferansen hadde i år jubileum, og ble arrangert for 10. året på rad, og ble arrangert som et fysisk arrangement. Konferansen bød på sentrale internasjonale foredragsholdere, og programmet for øvrig ble satt sammen av innsendte abstracts fra nettverkets medlemmer. Et fokusområde for nettverket har vært å videreføre internasjonalt samarbeid for å fremheve norske interesser på den internasjonal forskningsarenaen. Etablering av et nettverk med en sentral ledelse har dermed bidratt til økt samarbeid både internasjonalt og på tvers av norske forskningsinstitusjoner. Nettverksledelsen ønsker å videreføre dette over den kommende finansieringsperioden. Nettverksaktiviteter i siste rapporteringsperiode Nettverket samles jevnlig til fysisk nettverksmøter, som legger vekt på presentasjon av ny forskning produsert av nettverkets medlemmer. I tillegg til kommunikasjon via nettsiden, sendes det også ut nyhetsbrev der medlemmer kan annonsere stillingsutlysninger, disputaser etc. Nettverket arrangerte i år mikrobiotakonferanse for 10. året på rad. I tillegg til presentasjoner fra inviterte internasjonale forskere, er konferansen en viktig arena for presentasjon av nettverkets egne medlemmer å presentere sitt arbeid. Dette gjelder både presentasjoner fra nettverkets etablerte forskere samt posterpresentasjon fra nettverkets yngre forskere. Årets konferanse var et fysisk arrangement der deltagere kunne velge mellom fysisk eller digital deltagelse. For å tilrettelegge for ytterligere nettverksbygging og samarbeidsmuligheter for nettverkets medlemmer, er det i år fremarbeidet et samarbeid med kolleger i Danmark og Sverige for å ekspandere mikrobiotakonferansen til et nordisk event. Ledelsen i ReMicS vil jobbe tett med samarbeidspartnere for å kunne arrangere en nordisk konferanse i 2024.

NEI

2022
ReMicS (Regionalt nettverk for klinisk mikrobiotaforskning) er et nettverk av forskningsgrupper som er opptatt av hvordan bakteriefloraen påvirker helse og sykdom, og hvordan vi kan utnytte ny kunnskap om dette til å bedre diagnostikk og behandling av en rekke sykdommer.ReMicS er et regionalt nettverk for forskning på klinisk mikrobiotamedisin ved flere sykdommer som involverer en rekke sykehus i Helse Sørøst, samt andre sentrale akademiske institusjoner. Hensikten er å opprettholde et tverrfaglig nettverk av vitenskapelig og klinisk kompetanse for å legge grunnlaget for klinisk mikrobiotamedisin, samt legge til rette for allokering av ressurser, utvikling av metoder og kompetanse på de kliniske avdelingene. Den geografiske variasjonen i tarmmikrobiota understreker viktigheten av et regionalt og nasjonalt kunnskapsgrunnlag. Arbeidet med å inkludere nye forskningsgrupper er derfor vektlagt, slik at ny kompetanse og utvidet spenn i nettverket kan videreføres. ReMicS har opprettholdt jevnlige nettverksmøter gjennom 2022 der nettverkets medlemmer eller inviterte gjester har lagt frem ny forskning. Møter i 2022 ble gjennomført fysisk. Digital kommunikasjon i form av nyhetsbrev er videreført. I tillegg til å informere om kommende og tidligere nettverksmøter, har nyhetsbrevet fungert som en kanal for å formidle nyheter som kurs/workshops, konferanser, disputaser, stillingsutlysninger og publikasjoner. ReMicS er også representert med brukergrupper for nettverkets medlemmer på LinkedIn og Twitter. Kommunikasjon ut til medlemmer er linket til nettverkets hjemmesider som oppdateres jevnlig. Det jobbes kontinuerlig med løsninger for å gjøre nettsiden så brukervennlig og aktuell som mulig. Den 9. Nasjonale Mikrobiotakonferansen ble arrangert som et fysisk arrangement. Konferansen bød på sentrale internasjonale foredragsholdere, og programmet for øvrig ble satt sammen av innsendte abstracts fra nettverkets medlemmer. Et fokusområde for nettverket har vært å videreføre internasjonalt samarbeid for å fremheve norske interesser på den internasjonal forskningsarenaen. Etablering av et nettverk med en sentral ledelse har dermed bidratt til økt samarbeid både internasjonalt og på tvers av norske forskningsinstitusjoner. Nettverksledelsen ønsker å videreføre dette over den kommende finansieringsperioden.

Nettverket samles jevnlig til fysisk nettverksmøter, som legger vekt på presentasjon av ny forskning produsert av nettverkets medlemmer. Digitale møter blir tatt opp og publisert på nettverkets hjemmeside. I tillegg til kommunikasjon via nettsiden, sendes det også ut nyhetsbrev der medlemmer kan annonsere stillingsutlysninger, disputaser etc. Nettverket arrangerer en årlig mikrobiotakonferanse, tradisjonelt med presentasjoner fra inviterte internasjonale forskere, presentasjoner fra nettverkets etablerte forskere samt posterpresentasjon fra nettverkets yngre forskere. Årets konferanse var et fysisk arrangement der deltagere kunne velge mellom fysisk eller digital deltagelse. Årets planlagte to-dagers konferanse-retreat måtte dessverre utsettes grunnet Covid-19. Hovedfokus for retreaten var introduksjon og nettverksbygging mellom medlemmer, og det ble besluttet å utsette retreaten til et fysisk møte er mulig å gjennomføre. Retreat for 2023 er under planlegging.

2021
ReMicS (Regionalt nettverk for klinisk mikrobiotaforskning) er et nettverk av forskningsgrupper som er opptatt av hvordan bakteriefloraen påvirker helse og sykdom, og hvordan vi kan utnytte ny kunnskap om dette til å bedre diagnostikk og behandling av en rekke sykdommer.ReMicS er et regionalt nettverk for forskning på klinisk mikrobiotamedisin ved flere sykdommer som involverer en rekke sykehus i Helse Sørøst, samt andre sentrale akademiske institusjoner. Hensikten er å opprettholde et tverrfaglig nettverk av vitenskapelig og klinisk kompetanse for å legge grunnlaget for klinisk mikrobiotamedisin, samt legge til rette for allokering av ressurser, utvikling av metoder og kompetanse på de kliniske avdelingene. Den geografiske variasjonen i tarmmikrobiota understreker viktigheten av et regionalt og nasjonalt kunnskapsgrunnlag. Nettverket jobber derfor kontinuerlig med å inkludere nye forskningsgrupper som kommer inn i feltet i løpet av finansieringsperioden. Etablering av et nettverk med en sentral ledelse har også lagt til rette for internasjonalt samarbeid for å sette Norge på kartet i den internasjonale forskningsareaen. ReMicS har opprettholdt jevnlige nettverksmøter gjennom 2021 der nettverkets medlemmer eller inviterte gjester har lagt frem ny forskning. Samtlige møter ble gjennomført digitalt, og det ble gjort opptak av møtene for å kunne publisere presentasjonene på ReMicS’ hjemmeside i etterkant. Fraværet av fysiske møter har også gjort at kommunikasjonen med medlemmene måtte endres, og det er dannet et nyhetsbrev for å holde kontakten. I tillegg til å informere om kommende og tidligere nettverksmøter, gir nyhetsbrevet nettverkets medlemmer en kanal for å formidle nyheter som kurs/workshops, konferanser, disputaser, stillingsutlysninger og publikasjoner. ReMicS er også representert med brukergrupper for nettverkets medlemmer på LinkedIn og Twitter. Kommunikasjon ut til medlemmer er linket til nettverkets hjemmesider som oppdateres jevnlig og det jobbes kontinuerlig med løsninger for å gjøre nettsiden så brukervennlig og aktuell som mulig. Den 8. Nasjonale Mikrobiotakonferansen ble arrangert som et hybrid arrangement, der man hadde deltagere både fysisk tilstede i salen samt at konferansen i sin helhet ble streamet ut til medlemmer som foretrakk digital deltagelse. Konferansen ble filmet, og filmklippene ble publisert på nettverkets hjemmesider. Konferansen hadde to inviterte internasjonale foredragsholdere, og programmet for øvrig ble satt sammen av innsendte abstracts fra nettverkets medlemmer. Videre gjenspeiles også nettverkets relevans i et økende antall vitenskapelige artikler med mikrobiotafokus; nærmere 40 publikasjoner hvorav flere i journaler med høy impact factor. Det er også gått ut fire mikrobiota-relaterte doktorgrader fra nettverket det siste året.

Nettverket samles jevnlig til digitale nettverksmøter, som legger vekt på presentasjon av ny forskning produsert av nettverkets medlemmer. Digitale møter blir tatt opp og publisert på nettverkets hjemmeside. Da det jobbes også mot å arrangere fysiske møter så snart dette blir aktuelt, ser man for seg etablering av en hybridløsning også for nettverksmøtene slik at flest mulig vil få mulighet til å delta. I tillegg til kommunikasjon via nettsiden, sendes det også ut nyhetsbrev der medlemmer kan annonsere stillingsutlysninger, disputaser etc. Nettverket arrangerer en årlig mikrobiotakonferanse, tradisjonelt med presentasjoner fra inviterte internasjonale forskere, presentasjoner fra nettverkets etablerte forskere samt posterpresentasjon fra nettverkets yngre forskere. Årets konferanse var et hybrid arrangement der deltagere kunne velge mellom fysisk eller digital deltagelse. Videre gjenspeiles også nettverkets relevans i et økende antall vitenskapelige artikler med mikrobiotafokus; nærmere 40 publikasjoner hvorav flere i journaler med høy impact factor. Det er også gått ut fire mikrobiota-relaterte doktorgrader fra nettverket det siste året.

2020
ReMicS (Regionalt nettverk for klinisk mikrobiotaforskning) er et nettverk av forskningsgrupper som er opptatt av hvordan bakteriefloraen påvirker helse og sykdom, og hvordan vi kan utnytte ny kunnskap om dette til å bedre diagnostikk og behandling av en rekke sykdommer.ReMicS er et regionalt nettverk for forskning på klinisk mikrobiotamedisin ved flere sykdommer som involverer en rekke sykehus i Helse Sørøst, samt andre sentrale akademiske institusjoner. Hensikten er å opprettholde et tverrfaglig nettverk av vitenskapelig og klinisk kompetanse for å legge grunnlaget for klinisk mikrobiotamedisin, samt legge til rette for allokering av ressurser, utvikling av metoder og kompetanse på de kliniske avdelingene. Den geografiske variasjonen i tarmmikrobiota understreker viktigheten av et regionalt og nasjonalt kunnskapsgrunnlag. Nettverket har derfor som mål å inkludere nye forskningsgrupper som kommer inn i feltet i løpet av finansieringsperioden. Etablering av et nettverk med en sentral ledelse har også lagt til rette for internasjonalt samarbeid for å sette Norge på kartet i den internasjonale forskningsareaen. ReMicS har opprettholdt månedlige nettverksmøter gjennom 2020 der nettverkets medlemmer eller inviterte gjester har lagt frem ny forskning. De første nettverksmøtene ble gjennomført fysisk, men ble etter hvert flyttet til Zoom. Det er gjort opptak av alle digitale møter for å kunne publisere presentasjonene på ReMicS’ hjemmeside i etterkant. Fraværet av fysiske møter har også gjort at kommunikasjonen med medlemmene måtte endres, og det er dannet et nyhetsbrev for å holde kontakten. I tillegg til å informere om kommende og tidligere nettverksmøter, gir nyhetsbrevet nettverkets medlemmer en kanal for å formidle nyheter som kurs/workshops, konferanser, disputaser, stillingsutlysninger og publikasjoner. ReMicS er også representert med brukergrupper for nettverkets medlemmer på LinkedIn og Facebook, og det jobbes med en bedre løsning for Twitter. All kommunikasjon ut til medlemmer er linket til nettverkets hjemmesider som oppdateres jevnlig. Hjemmesiden er videreutviklet i løpet av året, og det jobbes kontinuerlig med løsninger for å gjøre nettsiden så brukervennlig og aktuell som mulig. Den 7. Nasjonale Mikrobiotakonferansen ble arrangert som et heldigitalt arrangement. Programmet ble satt sammen av innsendte abstracts fra nettverkets medlemmer samt foredrag fra inviterte internasjonale forskere. Konferansen hadde et rekordhøyt antall deltagere med nærmere 160 påmeldte, og fikk svært gode tilbakemeldinger i spørreundersøkelsen sendt ut i etterkant.

Nettverket samles månedlig til digitale nettverksmøter. Møtene legger vekt på presentasjon av ny forskning produsert av nettverkets medlemmer. Digitale møter blir tatt opp og publisert på nettverkets hjemmeside. Det sendes også ut et månedlig nyhetsbrev der medlemmer kan annonsere stillingsutlysninger, disputaser etc. Nettverket arrangerer en årlig mikrobiotakonferanse, tradisjonelt med presentasjoner fra inviterte internasjonale forskere, presentasjoner fra nettverkets etablerte forskere samt posterpresentasjon fra nettverkets yngre forskere. Årets konferanse var et heldigitalt arrangement med rekordhøyt antall deltagere og gode tilbakemeldinger. Årets planlagte to-dagers konferanse-retreat måtte dessverre utsettes grunnet Covid-19. Hovedfokus for retreaten var introduksjon og nettverksbygging mellom medlemmer, og det ble besluttet å utsette retreaten til et fysisk møte er mulig å gjennomføre. Retreat for 2021 er under planlegging.

2019
ReMicS (Regionalt nettverk for klinisk mikrobiotaforskning) er et nettverk av forskningsgrupper som er opptatt av hvordan bakteriefloraen påvirker helse og sykdom, og hvordan vi kan utnytte ny kunnskap om dette til å bedre diagnostikk og behandling av mange sykdommer.ReMicS er et regionalt nettverk for forskning på klinisk mikrobiotamedisin ved flere sykdommer som involverer en rekke sykehus i Helse Sørøst, samt andre sentrale akademiske institusjoner. Hensikten er å etablere et tverrfaglig nettverk av vitenskapelig og klinisk dyktighet for å legge grunnlaget for klinisk mikrobiotamedisin, dvs. medisinsk praksis basert på stratifisering eller modifisering av den menneskelige kroppens mikrobielle sammensetning eller funksjon. ReMicS-nettverket tillater allokering av ressurser til utvikling av metoder og kunnskaper, kombinert med omfattende oversettelse og formidling til de involverte kliniske partnere. I tillegg til å gi ny kunnskap om mikrobiota ved forskjellige sykdommer, vil dette også bygge kompetanse på de kliniske avdelingene. Den geografiske variasjonen i tarmmikrobiota understreker viktigheten av et regionalt og nasjonalt kunnskapsgrunnlag. Dette vil bli fremhevet ved å holde en åpen dør for nye forskningsgrupper som kommer inn i feltet i løpet av finansieringsperioden. Dannelse av et nettverk med en sentral ledelse, vil også legge til rette for internasjonalt samarbeid, og setter Norge på kartet i den internasjonale forskningsareaen. ReMicS ble samlet til et kickoff-møte i august 2019, der nettverket i fellesskap satte opp prioriterte satsningsområder for å stake ut kursen for nettverkets mål og muligheter. I tillegg til utnevnelse av brukerrepresentanter, ble også ReMicS Styringsgruppe dannet, som i ettertid har hatt jevnlig kontakt. I første fase av nettverksperioden ble det fokusert på å danne en oversikt over nettverkets samlede kapasiteter. Som resultat av diskusjoner ved nytt nettverksmøte i oktober 2019, ble nettverkets ressurser delt inn i fjorten kategorier. Hver enkelt gruppe fikk deretter mulighet til å liste sin ekspertise innen kategoriene for å kunne eksponeres på nettsiden. Et viktig aspekt ved en slik oversikt var også å få innblikk i hvilke mangler nettverket har, og eventuell rekruttering av slik ekspertise. Den 6. nasjonale mikrobiotakonferansen ble arrangert med flere internasjonale foredragsholdere, med hovedfokus på fekal mikrobiotatransplantasjon. Det ble også avholdt flere spotlight-presentasjoner, for å kunne sette yngre forskere i fokus. Styringsgruppen er i gang med planlegging og rekruttering til konferanse for 2020. En stor del av nettverkets oppgave vil være å holde medlemmer oppdatert på nye utviklinger innen faget. Styringsgruppen er derfor i gang med planlegging av workshops der man kan oppdateres på nye utviklinger, eller lære nye metoder eller teknikker. Videre ønsker styringsgruppen at alle gruppene skal få mulighet til å presentere sitt arbeid for nettverket i løpet av det kommende året, gjennom nettverksmøter og et årsseminar. som vil holdes i mai 2020. I tillegg til at gruppene selv får presentert sitt arbeid, er målet med seminaret å kunne gi en, som også vil fungere som en tenketank, der presentasjon av upubliserte data og prosjekter på planleggingsstadiet kan få nye innspill fra nettverkets øvrige medlemmer. For at forskningen som utføres av ReMicS-medlemmer skal kunne formidles nasjonalt og internasjonalt, er det lagt ned mye arbeid i en funksjonell og brukervennlig nettside. Nettsiden er skrevet på engelsk for å invitere til internasjonale samarbeidsmuligheter, og publiseres medio februar 2020. ReMicS formidles også på Twitter, og det er lagt opp til blogging gjennom nettsiden.

ReMicS ble samlet til et kickoff-møte i august 2019, der nettverket i fellesskap prioriterte satsningsområder og utnevnte styringsgruppen samt brukerrepresentanter. Nytt nettverksmøte ble holdt i oktober 2019, der diskusjonene dannet grunnlaget for oversikt over nettverkets samlede ressurser. ReMicS styringsgruppe har og hatt sine første møter, i tillegg til jevnlige diskusjoner via mail. Workshop med fokus på machine-learning og AI er også under planlegging for vår 2020. Den 6. Nasjonale Mirkobiotakonferansen ble arrangert med flere internasjonale foredragsholdere, og konferanse for 2020 er under planlegging. Nettverket skal også samles for et seminar i mai 2020, der hovedfokuset vil være presentasjoner fra gruppeledere samt en poster-session for å slippe til yngre forskere. Også her er internasjonale forskere invitert og bekreftet. Nettverksadministrator har nylig deltatt på Miami Winter Symposium for å knytte potensielle internasjonale samarbeidspartnere til nettverket. Nettsiden microbiota.no er under utarbeidelse, og vil publiseres medio februar 2020. Det er lagt ned mye arbeid i nettsiden slik at vi kan nå våre mål om å skape et kontaktpunkt mellom medlemmer for å legge til rette for samarbeid og erfaringsutveksling. I tillegg til å legge vekt på av viktige publikasjoner, funding opportunities og oppdateringer innen faget, vil nettsiden fronte ReMicS som en sentral del av det regionale og nasjonale mikrobiotamiljøet såvel som på den internasjonale forskningsarenaen.

Vitenskapelige artikler
Raju SC, Molinaro A, Awoyemi A, Jørgensen SF, Braadland PR, Nendl A, Seljeflot I, Ueland PM, McCann A, Aukrust P, Vestad B, Mayerhofer C, Broch K, Gullestad L, Lappegård KT, Halvorsen B, Kristiansen K, Hov JR, Trøseid M

Microbial-derived imidazole propionate links the heart failure-associated microbiome alterations to disease severity.

Genome Med 2024 Feb 08;16(1):27. Epub 2024 feb 8

PMID: 38331891

Schneider KM, Kummen M, Trivedi PJ, Hov JR

Role of microbiome in autoimmune liver diseases.

Hepatology 2024 Oct 01;80(4):965. Epub 2023 jun 27

PMID: 37369002

Hov JR

Sclerosing cholangitis and inflammatory bowel disease: a paradoxical relationship?

Gut 2024 Dec 10;74(1):1. Epub 2024 des 10

PMID: 39025493

Trøseid M, Molinaro A, Gelpi M, Vestad B, Kofoed KF, Fuchs A, Køber L, Holm K, Benfield T, Ueland PM, Hov JR, Nielsen SD, Knudsen AD

Gut Microbiota Alterations and Circulating Imidazole Propionate Levels Are Associated With Obstructive Coronary Artery Disease in People With HIV.

J Infect Dis 2024 Mar 14;229(3):898.

PMID: 38195204

Ullern A, Holm K, Røssevold AH, Andresen NK, Bang C, Lingjærde OC, Naume B, Hov JR, Kyte JA

Gut microbiota diversity is prognostic and associated with benefit from chemo-immunotherapy in metastatic triple-negative breast cancer.

Mol Oncol 2024 Nov 15. Epub 2024 nov 15

PMID: 39545921

Braadland PR, Farnes I, Kure EH, Yaqub S, McCann A, Ueland PM, Labori KJ, Hov JR

Indole 3-acetate and response to therapy in borderline resectable or locally advanced pancreatic cancer.

Front Oncol 2024;14():1488749. Epub 2024 des 20

PMID: 39759130

Trøseid M, Nielsen SD, Vujkovic-Cvijin I

Gut microbiome and cardiometabolic comorbidities in people living with HIV.

Microbiome 2024 Jun 14;12(1):106. Epub 2024 jun 14

PMID: 38877521

Jørgensen SF, Macpherson ME, Bjørnetrø T, Holm K, Kummen M, Rashidi A, Michelsen AE, Lekva T, Halvorsen B, Trøseid M, Mollnes TE, Berge RK, Yndestad A, Ueland T, Karlsen TH, Aukrust P, Hov JR, Fevang B

Retraction Note: Rifaximin alters gut microbiota profile, but does not affect systemic inflammation - a randomized controlled trial in common variable immunodeficiency.

Sci Rep 2024 Feb 14;14(1):3704. Epub 2024 feb 14

PMID: 38355714

Oldereid TS, Jiang X, Nordhus KS, Ponzetta A, Bjørnholt JV, Björkström NK, Melum E, Rasmussen H

Role of bacteria and microbial metabolites in immune modulation during early life.

Scand J Immunol 2024 Feb;99(2):e13336. Epub 2023 okt 17

PMID: 38441196

Nikitina D, Lukosevicius R, Tilinde D, Muskieta T, Hov JR, Melum E, Klovins J, Org E, Kiudelis G, Kupcinskas J, Skieceviciene J

Cell-Free Microbial DNA Analysis: Effects of Blood Plasma and Serum Quantity, Biobanking Protocols, and Isolation Kits.

Biopreserv Biobank 2024 Aug;22(4):363. Epub 2024 feb 27

PMID: 38416864

Vera-Ponce de León A, Hensen T, Hoetzinger M, Gupta S, Weston B, Johnsen SM, Rasmussen JA, Clausen CG, Pless L, Veríssimo ARA, Rudi K, Snipen L, Karlsen CR, Limborg MT, Bertilsson S, Thiele I, Hvidsten TR, Sandve SR, Pope PB, La Rosa SL

Genomic and functional characterization of the Atlantic salmon gut microbiome in relation to nutrition and health.

Nat Microbiol 2024 Nov;9(11):3059. Epub 2024 okt 14

PMID: 39402236

Delogu F, Kunath BJ, Queirós PM, Halder R, Lebrun LA, Pope PB, May P, Widder S, Muller EEL, Wilmes P

Forecasting the dynamics of a complex microbial community using integrated meta-omics.

Nat Ecol Evol 2024 Jan;8(1):32. Epub 2023 nov 13

PMID: 37957315

Gupta S, Vera-Ponce de León A, Kodama M, Hoetzinger M, Clausen CG, Pless L, Verissimo ARA, Stengel B, Calabuig V, Kvingedal R, Skugor S, Westereng B, Harvey TN, Nordborg A, Bertilsson S, Limborg MT, Mørkøre T, Sandve SR, Pope PB, Hvidsten TR, La Rosa SL

The need for high-resolution gut microbiome characterization to design efficient strategies for sustainable aquaculture production.

Commun Biol 2024 Oct 25;7(1):1391. Epub 2024 okt 25

PMID: 39455736

Mahoney-Kurpe SC, Palevich N, Gagic D, Biggs PJ, Reid PM, Altshuler I, Pope PB, Attwood GT, Moon CD

Transcriptomic and proteomic changes associated with cobalamin-dependent propionate production by the rumen bacterium

mSystems 2024 Nov 19;9(11):e0086424. Epub 2024 okt 29

PMID: 39470249

Yan M, Andersen TO, Pope PB, Yu Z

Probing the eukaryotic microbes of ruminants with a deep-learning classifier and comprehensive protein databases.

Genome Res 2024 Dec 27. Epub 2024 des 27

PMID: 39730187

Holten KA, Bernklev T, Opheim R, Olsen BC, Detlie TE, Strande V, Ricanek P, Boyar R, Bengtson MB, Aabrekk TB, Asak Ø, Frigstad SO, Kristensen VA, Hagen M, Henriksen M, Huppertz-Hauss G, Høivik ML, Jelsness-Jørgensen LP

Fatigue in patients with inflammatory bowel disease in remission one year after diagnosis (the IBSEN III study).

J Crohns Colitis 2024 Nov 11. Epub 2024 nov 11

PMID: 39527064

Istvan P, Birkeland E, Avershina E, Kværner AS, Bemanian V, Pardini B, Tarallo S, de Vos WM, Rognes T, Berstad P, Rounge TB

Exploring the gut DNA virome in fecal immunochemical test stool samples reveals associations with lifestyle in a large population-based study.

Nat Commun 2024 Feb 29;15(1):1791. Epub 2024 feb 29

PMID: 38424056

Bucher-Johannessen C, Senthakumaran T, Avershina E, Birkeland E, Hoff G, Bemanian V, Tunsjø H, Rounge TB

Species-level verification of

mSystems 2024 Oct 22;9(10):e0073424. Epub 2024 sep 17

PMID: 39287376

Senthakumaran T, Tannæs TM, Moen AEF, Brackmann SA, Jahanlu D, Rounge TB, Bemanian V, Tunsjø HS

Detection of colorectal-cancer-associated bacterial taxa in fecal samples using next-generation sequencing and 19 newly established qPCR assays.

Mol Oncol 2024 Jul 06. Epub 2024 jul 6

PMID: 38970464

Herfindal AM, Nilsen M, Aspholm TE, Schultz GIG, Valeur J, Rudi K, Thoresen M, Lundin KEA, Henriksen C, Bøhn SK

Effects of fructan and gluten on gut microbiota in individuals with self-reported non-celiac gluten/wheat sensitivity-a randomised controlled crossover trial.

BMC Med 2024 Sep 04;22(1):358. Epub 2024 sep 4

PMID: 39227818

Teige ES, Hillestad EMR, Steinsvik EK, Brønstad I, Lundervold A, Lundervold AJ, Valeur J, Hausken T, Berentsen B, Lied GA

Fecal bacteria and short-chain fatty acids in irritable bowel syndrome: Relations to subtype.

Neurogastroenterol Motil 2024 Sep;36(9):e14854. Epub 2024 jun 30

PMID: 38946176

Dale HF, Hagen M, Bekkelund M, Deb C, Valeur J

Disaccharidase deficiencies and gastrointestinal symptoms in patients referred to gastroscopic examination: a single center study from Norway.

Scand J Gastroenterol 2024 Oct;59(10):1166. Epub 2024 sep 4

PMID: 39230142

Holm IM, Lorentzen SCS, Carlsen MH, Valeur J, Mellin-Olsen T, Dale HF

Evaluation of dietary quality in patients with functional gastrointestinal symptoms: a Norwegian single centre study.

Food Nutr Res 2024;68(). Epub 2024 des 23

PMID: 39781271

Dale HF, Hagen M, Malmstrøm GH, Fiennes JT, Høivik ML, Kristensen VA, Valeur J

Assessing hard and loose "endpoints": comparison of patient and expert Bristol Stool Scale scoring of 2280 fecal samples.

F1000Res 2024;13():833. Epub 2024 des 19

PMID: 39872194

Nilsen M, Nygaard UC, Brodin P, Carlsen KCL, Fredheim C, Haugen G, Hedlin G, Jonassen CM, Jonsmoen ULA, Lakshmikanth T, Nordlund B, Olin A, Rehbinder EM, Skjerven HO, Snipen L, Staff AC, Söderhäll C, Vettukattil R, Rudi K

Gut bacteria at 6 months of age are associated with immune cell status in 1-year-old children.

Scand J Immunol 2024 Apr;99(4):e13346. Epub 2023 des 7

PMID: 39007947

Ramirez LYA, Angell IL, Nilsen T, Rudi K

Delayed Shift in Microbiota Composition in a Marine Microcosm Pollution Experiment.

Curr Microbiol 2024 Sep 18;81(11):365. Epub 2024 sep 18

PMID: 39292287

Sanders AE, Arnesen H, Shepherd FK, Putri DS, Fiege JK, Pierson MJ, Roach SN, Carlsen H, Masopust D, Boysen P, Langlois RA

Comparison of mouse models of microbial experience reveals differences in microbial diversity and response to vaccination.

mSphere 2024 Feb 28;9(2):e0065423. Epub 2024 jan 29

PMID: 38286428

Wiull K, Hagen LH, Roncevic J, Westereng B, Boysen P, Eijsink VGH, Mathiesen G

Antigen surface display in two novel whole genome sequenced food grade strains, Lactiplantibacillus pentosus KW1 and KW2.

Microb Cell Fact 2024 Jan 11;23(1):19. Epub 2024 jan 11

PMID: 38212746

Yang M, Kaarbø M, Myhre V, Reims HM, Karlsen TH, Wang J, Rognes T, Halvorsen B, Fevang B, Lundin KEA, Aukrust P, Bjørås M, Jørgensen SF

Altered Genome-Wide DNA Methylation in the Duodenum of Common Variable Immunodeficiency Patients.

J Clin Immunol 2024 May 23;44(6):133. Epub 2024 mai 23

PMID: 38780872

Juul FE, Cross AJ, Schoen RE, Senore C, Pinsky PF, Miller EA, Segnan N, Wooldrage K, Wieszczy-Szczepanik P, Armaroli P, Garborg KK, Adami HO, Hoff G, Kalager M, Bretthauer M, Holme Ø, Løberg M

Effectiveness of Colonoscopy Screening vs Sigmoidoscopy Screening in Colorectal Cancer.

JAMA Netw Open 2024 Feb 05;7(2):e240007. Epub 2024 feb 5

PMID: 38421651

Oliver AJ, Huang N, Bartolome-Casado R, Li R, Koplev S, Nilsen HR, Moy M, Cakir B, Polanski K, Gudiño V, Melón-Ardanaz E, Sumanaweera D, Dimitrov D, Milchsack LM, FitzPatrick MEB, Provine NM, Boccacino JM, Dann E, Predeus AV, To K, Prete M, Chapman JA, Masi AC, Stephenson E, Engelbert J, Lobentanzer S, Perera S, Richardson L, Kapuge R, Wilbrey-Clark A, Semprich CI, Ellams S, Tudor C, Joseph P, Garrido-Trigo A, Corraliza AM, Oliver TRW, Hook CE, James KR, Mahbubani KT, Saeb-Parsy K, Zilbauer M, Saez-Rodriguez J, Høivik ML, Bækkevold ES, Stewart CJ, Berrington JE, Meyer KB, Klenerman P, Salas A, Haniffa M, Jahnsen FL, Elmentaite R, Teichmann SA

Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases.

Nature 2024 Nov;635(8039):699. Epub 2024 nov 20

PMID: 39567783

Hov JR, Karlsen TH

The microbiota and the gut-liver axis in primary sclerosing cholangitis.

Nat Rev Gastroenterol Hepatol 2023 Mar;20(3):135. Epub 2022 nov 9

PMID: 36352157

Burisch J, Zhao M, Odes S, De Cruz P, Vermeire S, Bernstein CN, Kaplan GG, Duricova D, Greenberg D, Melberg HO, Watanabe M, Ahn Hs, Targownik L, Pittet VEH, Annese V, Park KT, Katsanos KH, Høivik ML, Krznaric Z, Chaparro M, Loftus EV, Lakatos PL, Gisbert JP, Bemelman W, Moum B, Gearry RB, Kappelman MD, Hart A, Pierik MJ, Andrews JM, Ng SC, D'Inca R, Munkholm P

The cost of inflammatory bowel disease in high-income settings: a Lancet Gastroenterology & Hepatology Commission.

Lancet Gastroenterol Hepatol 2023 May;8(5):458. Epub 2023 mar 2

PMID: 36871566

Awoniyi M, Wang J, Ngo B, Meadows V, Tam J, Viswanathan A, Lai Y, Montgomery S, Farmer M, Kummen M, Thingholm L, Schramm C, Bang C, Franke A, Lu K, Zhou H, Bajaj JS, Hylemon PB, Ting J, Popov YV, Hov JR, Francis HL, Sartor RB

Protective and aggressive bacterial subsets and metabolites modify hepatobiliary inflammation and fibrosis in a murine model of PSC.

Gut 2023 Apr;72(4):671. Epub 2022 jun 15

PMID: 35705368

Trøseid M, Holter JC, Holm K, Vestad B, Sazonova T, Granerud BK, Dyrhol-Riise AM, Holten AR, Tonby K, Kildal AB, Heggelund L, Tveita A, Bøe S, Müller KE, Jenum S, Hov JR, Ueland T,

Gut microbiota composition during hospitalization is associated with 60-day mortality after severe COVID-19.

Crit Care 2023 Feb 23;27(1):69. Epub 2023 feb 23

PMID: 36814280

Strahm N, Didriksen H, Fretheim H, Molberg Ø, Midtvedt Ø, Farstad IN, Midtvedt T, Lundin KEA, Aabakken L, Blyszczuk P, Distler O, Kania G, Hoffmann-Vold AM

Effects of faecal microbiota transplantation on the small intestinal mucosa in systemic sclerosis.

Rheumatology (Oxford) 2023 Aug 01;62(8):2918.

PMID: 36688692

Herfindal AM, van Megen F, Gilde MKO, Valeur J, Rudi K, Skodje GI, Lundin KEA, Henriksen C, Bøhn SK

Effects of a low FODMAP diet on gut microbiota in individuals with treated coeliac disease having persistent gastrointestinal symptoms - a randomised controlled trial.

Br J Nutr 2023 Dec 28;130(12):2061. Epub 2023 jun 5

PMID: 37272479

Rapin A, Rehbinder EM, Macowan M, Pattaroni C, Lødrup Carlsen KC, Harris NL, Jonassen CM, Landrø L, Lossius AH, Nordlund B, Rudi K, Skjerven HO, Cathrine Staff A, Söderhäll C, Ubags N, Vettukattil R, Marsland BJ

The skin microbiome in the first year of life and its association with atopic dermatitis.

Allergy 2023 Jul;78(7):1949. Epub 2023 feb 24

PMID: 36779606

Dale HF, Lorentzen SCS, Mellin-Olsen T, Valeur J

Diet-microbiota interaction in irritable bowel syndrome: looking beyond the low-FODMAP approach.

Scand J Gastroenterol 2023 Jul-Dec;58(12):1366. Epub 2023 jun 29

PMID: 37384386

Moreno E, Trøseid M, Vujkovic-Cvijin I, Marchetti G, Martín-Pedraza L, Serrano-Villar S

Editorial: Targeting the microbiota to attenuate chronic inflammation.

Front Immunol 2023;14():1202222. Epub 2023 apr 18

PMID: 37153550

Senthakumaran T, Moen AEF, Tannæs TM, Endres A, Brackmann SA, Rounge TB, Bemanian V, Tunsjø HS

Microbial dynamics with CRC progression: a study of the mucosal microbiota at multiple sites in cancers, adenomatous polyps, and healthy controls.

Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2023 Mar;42(3):305. Epub 2023 jan 27

PMID: 36703031

Awoyemi A, Hov JR, Trøseid M

Phenylacetylglutamine From the Gut Microbiota: A Future Therapeutic Target in Heart Failure?

Circ Heart Fail 2023 Jan;16(1):e010222. Epub 2022 des 16

PMID: 36524473

Rumbavicius I, Rounge TB, Rognes T

HoCoRT: host contamination removal tool.

BMC Bioinformatics 2023 Oct 02;24(1):371. Epub 2023 okt 2

PMID: 37784008

Birkeland E, Gharagozlian S, Valeur J, Aas AM

Short-chain fatty acids as a link between diet and cardiometabolic risk: a narrative review.

Lipids Health Dis 2023 Mar 14;22(1):40. Epub 2023 mar 14

PMID: 36915164

Diaz-Lundahl S, Nørstebø SF, Klem TB, Gilfillan GD, Dalland M, Gillund P, Krogenæs A

The microbiota of uterine biopsies, cytobrush and vaginal swabs at artificial insemination in Norwegian red cows.

Theriogenology 2023 Oct 01;209():115. Epub 2023 jun 17

PMID: 37390751

Hole MJ, Jørgensen KK, Holm K, Braadland PR, Meyer-Myklestad MH, Medhus AW, Reikvam DH, Götz A, Grzyb K, Boberg KM, Karlsen TH, Kummen M, Hov JR

A shared mucosal gut microbiota signature in primary sclerosing cholangitis before and after liver transplantation.

Hepatology 2023 Mar 01;77(3):715. Epub 2023 feb 17

PMID: 36056902

Jorgensen SF, Macpherson ME, Skarpengland T, Berge RK, Fevang B, Halvorsen B, Aukrust P

Disturbed lipid profile in common variable immunodeficiency - a pathogenic loop of inflammation and metabolic disturbances.

Front Immunol 2023;14():1199727. Epub 2023 jul 20

PMID: 37545531

Gravdal K, Kirste KH, Grzelak K, Kirubakaran GT, Leissner P, Saliou A, Casèn C

Exploring the gut microbiota in patients with pre-diabetes and treatment naïve diabetes type 2 - a pilot study.

BMC Endocr Disord 2023 Aug 21;23(1):179. Epub 2023 aug 21

PMID: 37605183

Ecklu-Mensah G, Choo-Kang C, Gjerstad Maseng M, Donato S, Bovet P, Bedu-Addo K, Plange-Rhule J, Forrester TE, Lambert EV, Rae D, Luke A, Layden BT, O'Keefe S, Gilbert JA, Dugas LR

Gut microbiota and fecal short chain fatty acids differ with adiposity and country of origin: The METS-Microbiome Study.

bioRxiv 2023 Mar 22. Epub 2023 mar 22

PMID: 36993742

Stø K, Skagen KR, Valeur J, Yang K, Bjerkeli V, Aukrust P, Skjelland M, Halvorsen B

Increased plasma levels of non-sugar sweeteners in patients with symptomatic carotid atherosclerosis.

Scand Cardiovasc J 2023 Dec;57(1):2205068.

PMID: 37102258

Oldereid TS, Jiang X, Øgaard J, Schrumpf E, Bjørnholt JV, Rasmussen H, Melum E

Microbial exposure during early life regulates development of bile duct inflammation.

Scand J Gastroenterol 2024 Jan-Jun;59(2):192. Epub 2024 jan 30

PMID: 37997753

Kaarbø M, Yang M, Hov JR, Holm K, de Sousa MML, Macpherson ME, Reims HM, Kran AB, Halvorsen B, Karlsen TH, Aukrust P, Lundin KEA, Fevang B, Bjørås M, Jørgensen SF

Duodenal inflammation in common variable immunodeficiency has altered transcriptional response to viruses.

J Allergy Clin Immunol 2023 Mar;151(3):767. Epub 2022 okt 8

PMID: 36220400

Vänni P, Tejesvi MV, Paalanne N, Aagaard K, Ackermann G, Camargo CA, Eggesbø M, Hasegawa K, Hoen AG, Karagas MR, Kolho K-L, Laursen MF, Ludvigsson J, Madan J, Ownby D, Stanton C, Stokholm J, Tapiainen T

Machine-learning analysis of cross-study samples according to the gut microbiome in 12 infant cohorts.

mSystems 2023 Dec 21;8(6):e0036423. Epub 2023 okt 24

PMID: 37874156

Hiseni P, Snipen L, Wilson RC, Furu K, Hegge FT, Rudi K

Prediction of high fecal propionate-to-butyrate ratios using 16S rRNA-based detection of bacterial groups with liquid array diagnostics.

Biotechniques 2023 Jan;74(1):9. Epub 2023 jan 5

PMID: 36601888

Nendl A, Raju SC, Broch K, Mayerhofer CCK, Holm K, Halvorsen B, Lappegård KT, Moscavitch S, Hov JR, Seljeflot I, Trøseid M, Awoyemi A

Intestinal fatty acid binding protein is associated with cardiac function and gut dysbiosis in chronic heart failure.

Front Cardiovasc Med 2023;10():1160030. Epub 2023 jun 2

PMID: 37332580

Macpherson ME, Skarpengland T, Hov JR, Ranheim T, Vestad B, Dahl TB, Fraz MSA, Michelsen AE, Holven KB, Fevang B, Berge RK, Aukrust P, Halvorsen B, Jørgensen SF

Increased Plasma Levels of Triglyceride-Enriched Lipoproteins Associate with Systemic Inflammation, Lipopolysaccharides, and Gut Dysbiosis in Common Variable Immunodeficiency.

J Clin Immunol 2023 Aug;43(6):1229. Epub 2023 mar 30

PMID: 36995502

Jensen SB, Sheikh MA, Akkouh IA, Szabo A, O'Connell KS, Lekva T, Engh JA, Agartz I, Elvsåshagen T, Ormerod MBEG, Weibell MA, Johnsen E, Kroken RA, Melle I, Drange OK, Nærland T, Vaaler AE, Westlye LT, Aukrust P, Djurovic S, Eiel Steen N, Andreassen OA, Ueland T

Elevated Systemic Levels of Markers Reflecting Intestinal Barrier Dysfunction and Inflammasome Activation Are Correlated in Severe Mental Illness.

Schizophr Bull 2023 May 03;49(3):635.

PMID: 36462169

Skjevling LK, Hanssen HM, Valle PC, Goll R, Juul FE, Arlov Ø, Johnsen PH

Colonic distribution of FMT by different enema procedures compared to colonoscopy - proof of concept study using contrast fluid.

BMC Gastroenterol 2023 Oct 23;23(1):363. Epub 2023 okt 23

PMID: 37872499

Ferrillo A, Kobel CM, Vera-Ponce de León A, La Rosa SL, Kunath BJ, Pope PB, Hagen LH

Long-Read Metagenomics and CAZyme Discovery.

Methods Mol Biol 2023;2657():253.

PMID: 37149537

Zuffa S, Schmid R, Bauermeister A, Gomes PWP, Caraballo-Rodriguez AM, Abiead YE, Aron AT, Gentry EC, Zemlin J, Meehan MJ, Avalon NE, Cichewicz RH, Buzun E, Terrazas MC, Hsu CY, Oles R, Ayala AV, Zhao J, Chu H, Kuijpers MCM, Jackrel SL, Tugizimana F, Nephali LP, Dubery IA, Madala NE, Moreira EA, Costa-Lotufo LV, Lopes NP, Rezende-Teixeira P, Jimenez PC, Rimal B, Patterson AD, Traxler MF, de Cassia Pessotti R, Alvarado-Villalobos D, Tamayo-Castillo G, Chaverri P, Escudero-Leyva E, Quiros-Guerrero LM, Bory AJ, Joubert J, Rutz A, Wolfender JL, Allard PM, Sichert A, Pontrelli S, Pullman BS, Bandeira N, Gerwick WH, Gindro K, Massana-Codina J, Wagner BC, Forchhammer K, Petras D, Aiosa N, Garg N, Liebeke M, Bourceau P, Kang KB, Gadhavi H, de Carvalho LPS, Dos Santos MS, Pérez-Lorente AI, Molina-Santiago C, Romero D, Franke R, Brönstrup M, de León AVP, Pope PB, Rosa SL, Barbera G, Roager HM, Laursen MF, Hammerle F, Siewert B, Peintner U, Licona-Cassani C, Rodriguez-Orduña L, Rampler E, Hildebrand F, Koellensperger G, Schoeny H, Hohenwallner K, Panzenboeck L, Gregor R, O'Neill EC, Roxborough ET, Odoi J, Bale NJ, Ding S, Sinninghe Damsté JS, Guan XL, Cui JJ, Ju KS, Silva DB, Silva FMR, da Silva GF, Koolen HHF, Grundmann C, Clement JA, Mohimani H, Broders K, McPhail KL, Ober-Singleton SE, Rath CM, McDonald D, Knight R, Wang M, Dorrestein PC

A Taxonomically-informed Mass Spectrometry Search Tool for Microbial Metabolomics Data.

Res Sq 2023 Aug 03. Epub 2023 aug 3

PMID: 37577622

Ormaasen I, Rudi K, Diep DB, Snipen L

Metagenome-mining indicates an association between bacteriocin presence and strain diversity in the infant gut.

BMC Genomics 2023 May 31;24(1):295. Epub 2023 mai 31

PMID: 37259063

Villard D, Nesbø Goa IA, Leena Angell I, Eikaas S, Saltnes T, Johansen W, Rudi K

Spatiotemporal succession of phosphorous accumulating biofilms during the first year of establishment.

Water Sci Technol 2023 Jul;88(2):381.

PMID: 37522440

Hoel ST, Wiik J, Carlsen KCL, Endre KMA, Gudmundsdóttir HK, Haugen G, Hoyer A, Jonassen CM, LeBlanc M, Nordlund B, Rudi K, Skjerven HO, Staff AC, Hedlin G, Söderhäll C, Vettukattil R, Aaneland H, Rehbinder EM

Birth mode is associated with development of atopic dermatitis in infancy and early childhood.

J Allergy Clin Immunol Glob 2023 Aug;2(3):100104. Epub 2023 mar 29

PMID: 37779526

Mikaeloff F, Gelpi M, Benfeitas R, Knudsen AD, Vestad B, Høgh J, Hov JR, Benfield T, Murray D, Giske CG, Mardinoglu A, Trøseid M, Nielsen SD, Neogi U

Network-based multi-omics integration reveals metabolic at-risk profile within treated HIV-infection.

Elife 2023 Feb 16;12(). Epub 2023 feb 16

PMID: 36794912

Serrano-Villar S, Tincati C, Raju SC, Sáenz JS, Moreno E, Bargiela R, Cabello-Ubeda A, Sendagorta E, Kurz A, Perez Molina JA, de Benito A, Hov JR, Fernandez-Lopez L, Muriel A, Del Campo R, Moreno S, Trøseid M, Seifert J, Ferrer M

Microbiome-derived cobalamin and succinyl-CoA as biomarkers for improved screening of anal cancer.

Nat Med 2023 Jul;29(7):1738. Epub 2023 jul 18

PMID: 37464040

Braadland PR, Bergquist A, Kummen M, Bossen L, Engesæter LK, Reims HM, Björk I, Grzyb K, Abildgaard A, Småstuen MC, Folseraas T, Trøseid M, Ulvik A, Ueland PM, Melum E, Line PD, Høivik ML, Grønbæk H, Karlsen TH, Vesterhus M, Hov JR

Clinical and biochemical impact of vitamin B6 deficiency in primary sclerosing cholangitis before and after liver transplantation.

J Hepatol 2023 Oct;79(4):955. Epub 2023 jun 14

PMID: 37328069

Hov JR

Editorial: dietary interventions to understand and treat primary sclerosing cholangitis-is gluten-free diet a starting point?

Aliment Pharmacol Ther 2023 Jan;57(2):265.

PMID: 36565005

Hole MJ, Jørgensen KK, Holm K, Braadland PR, Meyer-Myklestad MH, Medhus AW, Reikvam DH, Götz A, Grzyb K, Boberg KM, Karlsen TH, Kummen M, Hov JR

Reply: The mucosal gut signature in primary sclerosing cholangitis before and after liver transplantation. Is the dysbiosis index really predictive for the recurrence of PSC?

Hepatology 2023 Jun 01;77(6):E188. Epub 2023 feb 24

PMID: 36815351

Olbjørn C, Småstuen MC, Moen AEF

Targeted Analysis of the Gut Microbiome for Diagnosis, Prognosis and Treatment Individualization in Pediatric Inflammatory Bowel Disease.

Microorganisms 2022 Jun 22;10(7). Epub 2022 jun 22

PMID: 35888992

Vatn SS, Lindstrøm JC, Moen AEF, Brackmann S, Tannæs TM, Olbjørn C, Bergemalm D, Keita ÅV, Gomollon F, Detlie TE, Lüders T, Kalla R, Adams A, Satsangi J, Jahnsen J, Vatn MH, Halfvarson J, Ricanek P, Nilsen H,

Mucosal Gene Transcript Signatures in Treatment Naïve Inflammatory Bowel Disease: A Comparative Analysis of Disease to Symptomatic and Healthy Controls in the European IBD-Character Cohort.

Clin Exp Gastroenterol 2022;15():5. Epub 2022 feb 11

PMID: 35185343

Jørgensen SF, Buechner J, Myhre AE, Galteland E, Spetalen S, Kulseth MA, Sorte HS, Holla ØL, Lundman E, Alme C, Heier I, Flægstad T, Fløisand Y, Benneche A, Fevang B, Aukrust P, Stray-Pedersen A, Gedde-Dahl T, Nordøy I

A Nationwide Study of GATA2 Deficiency in Norway-the Majority of Patients Have Undergone Allo-HSCT.

J Clin Immunol 2022 Feb;42(2):404. Epub 2021 des 10

PMID: 34893945

Skarpengland T, Macpherson ME, Hov JR, Kong XY, Bohov P, Halvorsen B, Fevang B, Berge RK, Aukrust P, Jørgensen SF

Altered Plasma Fatty Acids Associate with Gut Microbial Composition in Common Variable Immunodeficiency.

J Clin Immunol 2022 Jan;42(1):146. Epub 2021 okt 20

PMID: 34669143

Andersen IM, Jørgensen SF

Gut inflammation in CVID: causes and consequences.

Expert Rev Clin Immunol 2022 Jan;18(1):31. Epub 2022 jan 3

PMID: 34978241

Aarsund M, Nyman TA, Stensland ME, Wu Y, Inngjerdingen M

Isolation of a cytolytic subpopulation of extracellular vesicles derived from NK cells containing NKG7 and cytolytic proteins.

Front Immunol 2022;13():977353. Epub 2022 sep 15

PMID: 36189227

Høyer H, Busk ØL, Esbensen QY, Røsby O, Hilmarsen HT, Russell MB, Nyman TA, Braathen GJ, Nilsen HL

Clinical characteristics and proteome modifications in two Charcot-Marie-Tooth families with the AARS1 Arg326Trp mutation.

BMC Neurol 2022 Aug 15;22(1):299. Epub 2022 aug 15

PMID: 35971119

Mengeste AM, Nikolic N, Dalmao Fernandez A, Feng YZ, Nyman TA, Kersten S, Haugen F, Kase ET, Aas V, Rustan AC, Thoresen GH

Insight Into the Metabolic Adaptations of Electrically Pulse-Stimulated Human Myotubes Using Global Analysis of the Transcriptome and Proteome.

Front Physiol 2022;13():928195. Epub 2022 jul 6

PMID: 35874526

Hautala K, Pursiainen J, Näreaho A, Nyman T, Varmanen P, Sukura A, Nielsen MK, Savijoki K

Label-free quantitative proteomics and immunoblotting identifies immunoreactive and other excretory-secretory (E/S) proteins of

Front Immunol 2022;13():1045468. Epub 2022 nov 16

PMID: 36466892

Salvati A, Melone V, Sellitto A, Rizzo F, Tarallo R, Nyman TA, Giurato G, Nassa G, Weisz A

Combinatorial targeting of a chromatin complex comprising Dot1L, menin and the tyrosine kinase BAZ1B reveals a new therapeutic vulnerability of endocrine therapy-resistant breast cancer.

Breast Cancer Res 2022 Jul 18;24(1):52. Epub 2022 jul 18

PMID: 35850772

Gregersen I, Ueland T, Holter JC, Olsen MB, Michelsen AE, Murphy SL, Tveita AA, Henriksen KN, Hoel H, Nordberg LB, Holten AR, Edvardsen T, Yang K, Heggelund L, Trøseid M, Müller F, Kildal AB, Dyrhol-Riise AM, Barratt-Due A, Dahl TB, Aukrust P, Halvorsen B,

CXCL16 associates with adverse outcome and cardiac involvement in hospitalized patients with Covid-19.

J Infect 2022 Dec;85(6):702. Epub 2022 okt 8

PMID: 36216188

Karlsen TR, Olsen MB, Kong XY, Yang K, Quiles-Jiménez A, Kroustallaki P, Holm S, Lines GT, Aukrust P, Skarpengland T, Bjørås M, Dahl TB, Nilsen H, Gregersen I, Halvorsen B

NEIL3-deficient bone marrow displays decreased hematopoietic capacity and reduced telomere length.

Biochem Biophys Rep 2022 Mar;29():101211. Epub 2022 jan 18

PMID: 35079641

Olsen MB, Gregersen I, Sandanger Ø, Yang K, Sokolova M, Halvorsen BE, Gullestad L, Broch K, Aukrust P, Louwe MC

Targeting the Inflammasome in Cardiovascular Disease.

JACC Basic Transl Sci 2022 Jan;7(1):84. Epub 2021 nov 3

PMID: 35128212

Olsen MB, Huse C, de Sousa MML, Murphy SL, Sarno A, Obermann TS, Yang K, Holter JC, Jørgensen MJ, Christensen EE, Wang W, Ji P, Heggelund L, Hoel H, Dyrhol-Riise AM, Gregersen I, Aukrust P, Bjørås M, Halvorsen B, Dahl TB

DNA Repair Mechanisms are Activated in Circulating Lymphocytes of Hospitalized Covid-19 Patients.

J Inflamm Res 2022;15():6629. Epub 2022 des 7

PMID: 36514358

Quiles-Jiménez A, Dahl TB, Bjørås M, Alseth I, Halvorsen B, Gregersen I

Epitranscriptome in Ischemic Cardiovascular Disease: Potential Target for Therapies.

Stroke 2022 Jun;53(6):2114. Epub 2022 mar 4

PMID: 35240858

Meyer-Myklestad MH, Medhus AW, Stiksrud B, Lorvik KB, Seljeflot I, Hansen SH, Holm K, Hov JR, Kvale D, Dyrhol-Riise AM, Kummen M, Trøseid M, Reikvam DH

Probiotics to HIV-Infected Immunological Nonresponders: Altered Mucosal Immunity and Microbial Diversity Restricted to Ileum.

J Acquir Immune Defic Syndr 2022 Jan 01;89(1):77.

PMID: 34878437

Thomas AM, Chaban V, Pischke SE, Orrem HL, Bosnes V, Sunde K, Seljeflot I, Lundqvist C, Nakstad ER, Andersen GØ, Schjalm C, Mollnes TE, Barratt-Due A

Complement ratios C3bc/C3 and sC5b-9/C5 do not increase the sensitivity of detecting acute complement activation systemically.

Mol Immunol 2022 Jan;141():273. Epub 2021 des 11

PMID: 34906905

Nordeng J, Schandiz H, Solheim S, Åkra S, Hoffman P, Roald B, Bendz B, Arnesen H, Helseth R, Seljeflot I

TIMP-1 expression in coronary thrombi associate with myocardial injury in ST-elevation myocardial infarction patients.

Coron Artery Dis 2022 Sep 01;33(6):446. Epub 2022 jan 31

PMID: 35102064

Kyte KH, Stensrud T, Berg TJ, Seljeflot I, Hisdal J

Vascular Function in Norwegian Female Elite Runners: A Cross-Sectional, Controlled Study.

Sports (Basel) 2022 Mar 02;10(3). Epub 2022 mar 2

PMID: 35324646

Åkra S, Seljeflot I, Braathen B, Bratseth V, Hansen CH, Arnesen H, Tønnessen T, Solheim S

The NLRP3 inflammasome activation in subcutaneous, epicardial and pericardial adipose tissue in patients with coronary heart disease undergoing coronary by-pass surgery.

Atheroscler Plus 2022 Apr;48():47. Epub 2022 mar 24

PMID: 36644557

Hansen CH, Cwikiel J, Bratseth V, Arnesen H, Flaa A, Seljeflot I

Effect of Revascularization on Exercise-Induced Changes in Cardiac and Prothrombotic Biomarkers in Patients with Coronary Artery Disease.

Clin Appl Thromb Hemost 2022 Jan-Dec;28():10760296221094029.

PMID: 35437054

Nordeng J, Solheim S, Åkra S, Schandiz H, Hoffmann P, Roald B, Bendz B, Arnesen H, Helseth R, Seljeflot I

Gene expression of fibrinolytic markers in coronary thrombi.

Thromb J 2022 Apr 29;20(1):23. Epub 2022 apr 29

PMID: 35488283

Kluge KE, Seljeflot I, Arnesen H, Jensen T, Halvorsen S, Helseth R

Coagulation factors XI and XII as possible targets for anticoagulant therapy.

Thromb Res 2022 Jun;214():53. Epub 2022 apr 25

PMID: 35490644

Huse C, Anstensrud AK, Michelsen AE, Ueland T, Broch K, Woxholt S, Yang K, Sharma K, Tøllefsen IM, Bendz B, Amundsen BH, Damås JK, Berg ES, Bjørkelund E, Quiles-Jiménez A, Bjerkeli V, Bendz C, Kleveland O, Stensaeth KH, Opdahl A, Kløw NE, Andersen GØ, Wiseth R, Halvorsen B, Gullestad L, Seljeflot I, Aukrust P, Osnes L, Dahl TB

Interleukin-6 inhibition in ST-elevation myocardial infarction: Immune cell profile in the randomised ASSAIL-MI trial.

EBioMedicine 2022 Jun;80():104013. Epub 2022 apr 30

PMID: 35504178

Aune SK, Bonnevie-Svendsen M, Nyborg C, Trøseid M, Seljeflot I, Hisdal J, Helseth R

Gut Leakage and Cardiac Biomarkers after Prolonged Strenuous Exercise.

Med Sci Sports Exerc 2022 Sep 01;54(9):1476. Epub 2022 apr 25

PMID: 35482788

Cwikiel J, Fagerland MW, Wachtell K, Arnesen H, Seljeflot I, Flaa A

Exercise-induced change in circulating NT-proBNP could not distinguish between patients with and without coronary artery disease: the CADENCE study.

Scand Cardiovasc J 2022 Dec;56(1):107.

PMID: 35593516

Opstad TB, Alexander J, Aaseth JO, Larsson A, Seljeflot I, Alehagen U

Selenium and Coenzyme Q

Nutrients 2022 Aug 15;14(16). Epub 2022 aug 15

PMID: 36014852

Yan X, Si H, Zhu Y, Li S, Han Y, Liu H, Du R, Pope PB, Qiu Q, Li Z

Integrated multi-omics of the gastrointestinal microbiome and ruminant host reveals metabolic adaptation underlying early life development.

Microbiome 2022 Dec 12;10(1):222. Epub 2022 des 12

PMID: 36503572

La Rosa SL, Ostrowski MP, Vera-Ponce de León A, McKee LS, Larsbrink J, Eijsink VG, Lowe EC, Martens EC, Pope PB

Glycan processing in gut microbiomes.

Curr Opin Microbiol 2022 Jun;67():102143. Epub 2022 mar 23

PMID: 35338908

Ostrowski MP, La Rosa SL, Kunath BJ, Robertson A, Pereira G, Hagen LH, Varghese NJ, Qiu L, Yao T, Flint G, Li J, McDonald SP, Buttner D, Pudlo NA, Schnizlein MK, Young VB, Brumer H, Schmidt TM, Terrapon N, Lombard V, Henrissat B, Hamaker B, Eloe-Fadrosh EA, Tripathi A, Pope PB, Martens EC

Mechanistic insights into consumption of the food additive xanthan gum by the human gut microbiota.

Nat Microbiol 2022 Apr;7(4):556. Epub 2022 apr 1

PMID: 35365790

Perlman D, Martínez-Álvaro M, Moraïs S, Altshuler I, Hagen LH, Jami E, Roehe R, Pope PB, Mizrahi I

Concepts and Consequences of a Core Gut Microbiota for Animal Growth and Development.

Annu Rev Anim Biosci 2022 Feb 15;10():177. Epub 2021 des 23

PMID: 34941382

Jonassen KR, Hagen LH, Vick SHW, Arntzen MØ, Eijsink VGH, Frostegård Å, Lycus P, Molstad L, Pope PB, Bakken LR

Nitrous oxide respiring bacteria in biogas digestates for reduced agricultural emissions.

ISME J 2022 Feb;16(2):580. Epub 2021 sep 6

PMID: 34489539

Meyer-Myklestad MH, Medhus AW, Lorvik KB, Seljeflot I, Hansen SH, Holm K, Stiksrud B, Trøseid M, Hov JR, Kvale D, Dyrhol-Riise AM, Kummen M, Reikvam DH

Human Immunodeficiency Virus-Infected Immunological Nonresponders Have Colon-Restricted Gut Mucosal Immune Dysfunction.

J Infect Dis 2022 Feb 15;225(4):661.

PMID: 33216130

Stø K, Valeur J, Ueland T, Malmstrøm GH, Bjerkeli V, Trøseid M, Hov JR, Holm K, Vestad B, Halvorsen B, Skjelland M, Skagen KR

Fecal level of butyric acid, a microbiome-derived metabolite, is increased in patients with severe carotid atherosclerosis.

Sci Rep 2022 Dec 26;12(1):22378. Epub 2022 des 26

PMID: 36572703

Rossini R, Kumar V, Mathelier A, Rognes T, Paulsen J

MoDLE: high-performance stochastic modeling of DNA loop extrusion interactions.

Genome Biol 2022 Nov 30;23(1):247. Epub 2022 nov 30

PMID: 36451166

Rognes T, Scheffer L, Greiff V, Sandve GK

CompAIRR: ultra-fast comparison of adaptive immune receptor repertoires by exact and approximate sequence matching.

Bioinformatics 2022 Sep 02;38(17):4230.

PMID: 35852318

Storm-Larsen C, Hande LN, Kummen M, Thunhaug H, Vestad B, Hansen SH, Hovland A, Trøseid M, Lappegård KT, Hov JR

Reduced gut microbial diversity in familial hypercholesterolemia with no effect of omega-3 polyunsaturated fatty acids intervention - a pilot trial.

Scand J Clin Lab Invest 2022 Sep;82(5):363. Epub 2022 aug 1

PMID: 35913798

Hassel B, Niehusmann P, Halvorsen B, Dahlberg D

Pro-inflammatory cytokines in cystic glioblastoma: A quantitative study with a comparison with bacterial brain abscesses. With an MRI investigation of displacement and destruction of the brain tissue surrounding a glioblastoma.

Front Oncol 2022;12():846674. Epub 2022 jul 29

PMID: 35965529

Gelpi M, Vestad B, Raju SC, Hansen SH, Høgh J, Midttun Ø, Ueland PM, Ueland T, Benfield T, Kofoed KF, Hov JR, Trøseid M, Nielsen SD

Association of the Kynurenine Pathway of Tryptophan Metabolism With Human Immunodeficiency Virus-Related Gut Microbiota Alterations and Visceral Adipose Tissue Accumulation.

J Infect Dis 2022 Jun 01;225(11):1948.

PMID: 35089326

Valestrand L, Zheng F, Hansen SH, Øgaard J, Hov JR, Björkström NK, Karlsen TH, Jiang X, Melum E

Bile from Patients with Primary Sclerosing Cholangitis Contains Mucosal-Associated Invariant T-Cell Antigens.

Am J Pathol 2022 Apr;192(4):629. Epub 2022 jan 19

PMID: 35063408

Muhoozi GKM, Li K, Atukunda P, Skaare AB, Willumsen T, Enersen M, Westerberg AC, Morris A, Vieira AR, Iversen PO, Methé BA

Child saliva microbiota and caries: a randomized controlled maternal education trial in rural Uganda.

Sci Rep 2022 May 12;12(1):7857. Epub 2022 mai 12

PMID: 35552492

Vestad B, Ueland T, Lerum TV, Dahl TB, Holm K, Barratt-Due A, Kåsine T, Dyrhol-Riise AM, Stiksrud B, Tonby K, Hoel H, Olsen IC, Henriksen KN, Tveita A, Manotheepan R, Haugli M, Eiken R, Berg Å, Halvorsen B, Lekva T, Ranheim T, Michelsen AE, Kildal AB, Johannessen A, Thoresen L, Skudal H, Kittang BR, Olsen RB, Ystrøm CM, Skei NV, Hannula R, Aballi S, Kvåle R, Skjønsberg OH, Aukrust P, Hov JR, Trøseid M,

Respiratory dysfunction three months after severe COVID-19 is associated with gut microbiota alterations.

J Intern Med 2022 Jun;291(6):801. Epub 2022 mar 17

PMID: 35212063

Mahé F, Czech L, Stamatakis A, Quince C, de Vargas C, Dunthorn M, Rognes T

Swarm v3: towards tera-scale amplicon clustering.

Bioinformatics 2021 Jul 09. Epub 2021 jul 9

PMID: 34244702

Kværner AS, Birkeland E, Bucher-Johannessen C, Vinberg E, Nordby JI, Kangas H, Bemanian V, Ellonen P, Botteri E, Natvig E, Rognes T, Hovig E, Lyle R, Ambur OH, de Vos WM, Bultman S, Hjartåker A, Landberg R, Song M, Blix HS, Ursin G, Randel KR, de Lange T, Hoff G, Holme Ø, Berstad P, Rounge TB

The CRCbiome study: a large prospective cohort study examining the role of lifestyle and the gut microbiome in colorectal cancer screening participants.

BMC Cancer 2021 Aug 18;21(1):930. Epub 2021 aug 18

PMID: 34407780

Kummen M, Thingholm LB, Rühlemann MC, Holm K, Hansen SH, Moitinho-Silva L, Liwinski T, Zenouzi R, Storm-Larsen C, Midttun Ø, McCann A, Ueland PM, Høivik ML, Vesterhus M, Trøseid M, Laudes M, Lieb W, Karlsen TH, Bang C, Schramm C, Franke A, Hov JR

Altered Gut Microbial Metabolism of Essential Nutrients in Primary Sclerosing Cholangitis.

Gastroenterology 2021 04;160(5):1784-1798.e0. Epub 2020 des 31

PMID: 33387530

Schneider KM, Candels LS, Hov JR, Myllys M, Hassan R, Schneider CV, Wahlström A, Mohs A, Zühlke S, Liao L, Elfers C, Kilic K, Henricsson M, Molinaro A, Hatting M, Zaza A, Drasdo D, Frissen M, Devlin AS, Gálvez EJC, Strowig T, Karlsen TH, Hengstler JG, Marschall HU, Ghallab A, Trautwein C

Gut microbiota depletion exacerbates cholestatic liver injury via loss of FXR signalling.

Nat Metab 2021 09;3(9):1228-1241. Epub 2021 sep 22

PMID: 34552267

Bjørnetrø T, Steffensen LA, Vestad B, Brusletto BS, Olstad OK, Trøseid AM, Aass HCD, Haug KBF, Llorente A, Bøe SO, Lång A, Samiappan R, Redalen KR, Øvstebø R, Ree AH

Uptake of circulating extracellular vesicles from rectal cancer patients and differential responses by human monocyte cultures.

FEBS Open Bio 2021 03;11(3):724-740. Epub 2021 feb 8

PMID: 33512765

Karlsen TR, Kong XY, Holm S, Quiles-Jiménez A, Dahl TB, Yang K, Sagen EL, Skarpengland T, S Øgaard JD, Holm K, Vestad B, Olsen MB, Aukrust P, Bjørås M, Hov JR, Halvorsen B, Gregersen I

NEIL3-deficiency increases gut permeability and contributes to a pro-atherogenic metabolic phenotype.

Sci Rep 2021 10 05;11(1):19749. Epub 2021 okt 5

PMID: 34611194

Vestad B, Nyman TA, Hove-Skovsgaard M, Stensland M, Hoel H, Trøseid AS, Aspelin T, Aass HCD, Puhka M, Hov JR, Nielsen SD, Øvstebø R, Trøseid M

Plasma extracellular vesicles in people living with HIV and type 2 diabetes are related to microbial translocation and cardiovascular risk.

Sci Rep 2021 11 09;11(1):21936. Epub 2021 nov 9

PMID: 34754007

Stamnaes J, Stray D, Stensland M, Sarna VK, Nyman TA, Lundin KEA, Sollid LM

In Well-Treated Celiac Patients Low-Level Mucosal Inflammation Predicts Response to 14-day Gluten Challenge.

Adv Sci (Weinh) 2021 Feb;8(4):2003526. Epub 2021 jan 4

PMID: 33643806

Savijoki K, Myllymäki H, Luukinen H, Paulamäki L, Vanha-Aho LM, Svorjova A, Miettinen I, Fallarero A, Ihalainen TO, Yli-Kauhaluoma J, Nyman TA, Parikka M

Surface-Shaving Proteomics of Mycobacterium marinum Identifies Biofilm Subtype-Specific Changes Affecting Virulence, Tolerance, and Persistence.

mSystems 2021 Jun 29;6(3):e0050021. Epub 2021 jun 22

PMID: 34156290

Snipen L, Angell IL, Rognes T, Rudi K

Reduced metagenome sequencing for strain-resolution taxonomic profiles.

Microbiome 2021 03 29;9(1):79. Epub 2021 mar 29

PMID: 33781324

Villanueva L, von Meijenfeldt FAB, Westbye AB, Yadav S, Hopmans EC, Dutilh BE, Damsté JSS

Bridging the membrane lipid divide: bacteria of the FCB group superphylum have the potential to synthesize archaeal ether lipids.

ISME J 2021 01;15(1):168-182. Epub 2020 sep 14

PMID: 32929208

Rapala J, Miller B, Garcia M, Dolan M, Bockman M, Hansson M, Russell DA, Garlena RA, Cresawn SG, Westbye AB, Beatty JT, Alvey RM, Bollivar DW

Genomic diversity of bacteriophages infecting Rhodobacter capsulatus and their relatedness to its gene transfer agent RcGTA.

PLoS One 2021;16(11):e0255262. Epub 2021 nov 18

PMID: 34793465

El-Salhy M, Casen C, Valeur J, Hausken T, Hatlebakk JG

Responses to faecal microbiota transplantation in female and male patients with irritable bowel syndrome.

World J Gastroenterol 2021 May 14;27(18):2219-2237.

PMID: 34025075

El-Salhy M, Valeur J, Hausken T, Gunnar Hatlebakk J

Changes in fecal short-chain fatty acids following fecal microbiota transplantation in patients with irritable bowel syndrome.

Neurogastroenterol Motil 2021 02;33(2):e13983. Epub 2020 sep 17

PMID: 32945066

Skaarud KJ, Hov JR, Hansen SH, Kummen M, Valeur J, Seljeflot I, Bye A, Paulsen V, Lundin KEA, Trøseid M, Tjønnfjord GE, Iversen PO

Mortality and microbial diversity after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation: secondary analysis of a randomized nutritional intervention trial.

Sci Rep 2021 06 02;11(1):11593. Epub 2021 jun 2

PMID: 34078971

Kort R, Schlösser J, Vazquez AR, Atukunda P, Muhoozi GKM, Wacoo AP, Sybesma WFH, Westerberg AC, Iversen PO, Schoen ED

Model Selection Reveals the Butyrate-Producing Gut Bacterium

Front Microbiol 2021;12():681485. Epub 2021 jun 2

PMID: 34149673

Arnesen H, Hitch TCA, Steppeler C, Müller MHB, Knutsen LE, Gunnes G, Angell IL, Ormaasen I, Rudi K, Paulsen JE, Clavel T, Carlsen H, Boysen P

Naturalizing laboratory mice by housing in a farmyard-type habitat confers protection against colorectal carcinogenesis.

Gut Microbes 2021 Jan-Dec;13(1):1993581.

PMID: 34751603

Van Den Bossche T, Arntzen MØ, Becher D, Benndorf D, Eijsink VGH, Henry C, Jagtap PD, Jehmlich N, Juste C, Kunath BJ, Mesuere B, Muth T, Pope PB, Seifert J, Tanca A, Uzzau S, Wilmes P, Hettich RL, Armengaud J

The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes.

Microbiome 2021 Dec 20;9(1):243. Epub 2021 des 20

PMID: 34930457

Strand MA, Jin Y, Sandve SR, Pope PB, Hvidsten TR

Transkingdom network analysis provides insight into host-microbiome interactions in Atlantic salmon.

Comput Struct Biotechnol J 2021;19():1028-1034. Epub 2021 jan 29

PMID: 33613868

Xie F, Jin W, Si H, Yuan Y, Tao Y, Liu J, Wang X, Yang C, Li Q, Yan X, Lin L, Jiang Q, Zhang L, Guo C, Greening C, Heller R, Guan LL, Pope PB, Tan Z, Zhu W, Wang M, Qiu Q, Li Z, Mao S

An integrated gene catalog and over 10,000 metagenome-assembled genomes from the gastrointestinal microbiome of ruminants.

Microbiome 2021 06 12;9(1):137. Epub 2021 jun 12

PMID: 34118976

Rudi K, Zhao L

Grand Challenges in Understanding Gut Microbes.

Front Microbiol 2021;12():752829. Epub 2021 okt 5

PMID: 34675912

Wärnberg Gerdin S, Lie A, Asarnoj A, Borres MP, Lødrup Carlsen KC, Färdig M, Konradsen JR, Monceyron Jonassen C, Olsson Mägi CA, Rehbinder EM, Rudi K, Skjerven HO, Staff AC, Söderhäll C, Tedner SG, van Hage M, Vettukattil R, Nordlund B

Impaired skin barrier and allergic sensitization in early infancy.

Allergy 2021 Nov 05. Epub 2021 nov 5

PMID: 34738238

Schei K, Avershina E, Øien T, Rudi K, Follestad T, Salamati S, Ødegård RA

Correction to: Early gut mycobiota and mother-offspring transfer.

Microbiome 2021 May 21;9(1):120. Epub 2021 mai 21

PMID: 34020715

Endre KMA, Landrø L, LeBlanc M, Gjersvik P, Carlsen KL, Haugen G, Hedlin G, Jonassen CM, Nordlund B, Rudi K, Skjerven HO, Staff AC, Söderhäll C, Vettukattil R, Rehbinder EM

Eczema distribution in girls and boys during infancy: A cohort study on atopic dermatitis.

J Allergy Clin Immunol Pract 2021 09;9(9):3513-3516.e2. Epub 2021 mai 5

PMID: 33964509

Tedner SG, Söderhäll C, Konradsen JR, Bains KES, Borres MP, Carlsen KH, Carlsen KCL, Färdig M, Gerdin SW, Gudmundsdóttir HK, Haugen G, Hedlin G, Jonassen CM, Kreyberg I, Mägi CO, Nordhagen LS, Rehbinder EM, Rudi K, Skjerven HO, Staff AC, Vettukattil R, van Hage M, Nordlund B, Asarnoj A

Extract and molecular-based early infant sensitization and associated factors-A PreventADALL study.

Allergy 2021 09;76(9):2730-2739. Epub 2021 mai 4

PMID: 33751598

Hiseni P, Rudi K, Wilson RC, Hegge FT, Snipen L

HumGut: a comprehensive human gut prokaryotic genomes collection filtered by metagenome data.

Microbiome 2021 07 31;9(1):165. Epub 2021 jul 31

PMID: 34330336

Villmones HC, Halland A, Stenstad T, Ulvestad E, Weedon-Fekjær H, Kommedal Ø

The cultivable microbiota of the human distal ileum.

Clin Microbiol Infect 2021 Jun;27(6):912.e7-912.e13. Epub 2020 aug 21

PMID: 32835795

Nilsen M, Lokmic A, Angell IL, Lødrup Carlsen KC, Carlsen KH, Haugen G, Hedlin G, Jonassen CM, Marsland BJ, Nordlund B, Rehbinder EM, Saunders CM, Skjerven HO, Snipen L, Staff AC, Söderhäll C, Vettukattil R, Rudi K

Fecal Microbiota Nutrient Utilization Potential Suggests Mucins as Drivers for Initial Gut Colonization of Mother-Child-Shared Bacteria.

Appl Environ Microbiol 2021 02 26;87(6). Epub 2021 feb 26

PMID: 33452029

Jensen BAH, Holm JB, Larsen IS, von Burg N, Derer S, Sonne SB, Pærregaard SI, Damgaard MV, Indrelid SA, Rivollier A, Agrinier AL, Sulek K, Arnoldussen YJ, Fjære E, Marette A, Angell IL, Rudi K, Treebak JT, Madsen L, Åkesson CP, Agace W, Sina C, Kleiveland CR, Kristiansen K, Lea TE

Lysates of Methylococcus capsulatus Bath induce a lean-like microbiota, intestinal FoxP3

Nat Commun 2021 02 17;12(1):1093. Epub 2021 feb 17

PMID: 33597537

Farup PG, Maseng MG

Are Faecal Microbiota Analyses on Species-Level Suitable Clinical Biomarkers? A Pilot Study in Subjects with Morbid Obesity.

Microorganisms 2021 Mar 23;9(3). Epub 2021 mar 23

PMID: 33806783

Hoel H, Heggelund L, Reikvam DH, Stiksrud B, Ueland T, Michelsen AE, Otterdal K, Muller KE, Lind A, Muller F, Dudman S, Aukrust P, Dyrhol-Riise AM, Holter JC, Trøseid M

Elevated markers of gut leakage and inflammasome activation in COVID-19 patients with cardiac involvement.

J Intern Med 2021 04;289(4):523-531. Epub 2020 okt 8

PMID: 32976665

Aune SK, Cwikiel J, Flaa A, Arnesen H, Solheim S, Awoyemi A, Trøseid M, Seljeflot I, Helseth R

Gut Leakage Markers in Response to Strenuous Exercise in Patients with Suspected Coronary Artery Disease.

Cells 2021 08 25;10(9). Epub 2021 aug 25

PMID: 34571843

Valestrand L, Berntsen NL, Zheng F, Schrumpf E, Hansen SH, Karlsen TH, Blumberg RS, Hov JR, Jiang X, Melum E

Lipid antigens in bile from patients with chronic liver diseases activate natural killer T cells.

Clin Exp Immunol 2021 02;203(2):304-314. Epub 2020 nov 16

PMID: 33089489

Hoffmann-Vold AM, Fretheim HH, Sarna VK, Barua I, Carstens MN, Distler O, Khanna D, Volkmann ER, Midtvedt Ø, Didriksen H, Dhainaut A, Halse AK, Bakland G, Pesonen M, Olsen I, Molberg Ø

Safety and efficacy of faecal microbiota transplantation by Anaerobic Cultivated Human Intestinal Microbiome (ACHIM) in patients with systemic sclerosis: study protocol for the randomised controlled phase II ReSScue trial.

BMJ Open 2021 06 24;11(6):e048541. Epub 2021 jun 24

PMID: 34168032

Vasapolli R, Schulz C, Schweden M, Casèn C, Kirubakaran GT, Kirste KH, Macke L, Link A, Schütte K, Malfertheiner P

Gut microbiota profiles and the role of anti-CdtB and anti-vinculin antibodies in patients with functional gastrointestinal disorders (FGID).

Eur J Clin Invest 2021 Dec;51(12):e13666. Epub 2021 aug 24

PMID: 34390492

Awoyemi A, Mayerhofer C, Felix AS, Hov JR, Moscavitch SD, Lappegård KT, Hovland A, Halvorsen S, Halvorsen B, Gregersen I, Svardal A, Berge RK, Hansen SH, Götz A, Holm K, Aukrust P, Åkra S, Seljeflot I, Solheim S, Lorenzo A, Gullestad L, Trøseid M, Broch K

Rifaximin or Saccharomyces boulardii in heart failure with reduced ejection fraction: Results from the randomized GutHeart trial.

EBioMedicine 2021 Aug;70():103511. Epub 2021 jul 28

PMID: 34329947

Heinicke F, Zhong X, Zucknick M, Breidenbach J, Sundaram AYM, T Flåm S, Leithaug M, Dalland M, Rayner S, Lie BA, Gilfillan GD

An extension to: Systematic assessment of commercially available low-input miRNA library preparation kits.

RNA Biol 2020 09;17(9):1284-1292. Epub 2020 mai 21

PMID: 32436772

Heinicke F, Zhong X, Zucknick M, Breidenbach J, Sundaram AYM, T Flåm S, Leithaug M, Dalland M, Farmer A, Henderson JM, Hussong MA, Moll P, Nguyen L, McNulty A, Shaffer JM, Shore S, Yip HK, Vitkovska J, Rayner S, Lie BA, Gilfillan GD

Systematic assessment of commercially available low-input miRNA library preparation kits.

RNA Biol 2020 01;17(1):75-86. Epub 2019 sep 27

PMID: 31559901

Fosslie M, Manaf A, Lerdrup M, Hansen K, Gilfillan GD, Dahl JA

Going low to reach high: Small-scale ChIP-seq maps new terrain.

Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med 2020 01;12(1):e1465. Epub 2019 sep 3

PMID: 31478357

Birkeland E, Gharagozlian S, Birkeland KI, Valeur J, Måge I, Rud I, Aas AM

Prebiotic effect of inulin-type fructans on faecal microbiota and short-chain fatty acids in type 2 diabetes: a randomised controlled trial.

Eur J Nutr 2020 Oct;59(7):3325-3338. Epub 2020 mai 21

PMID: 32440730

Rajar P, Saugstad OD, Berild D, Dutta A, Greisen G, Lausten-Thomsen U, Mande SS, Nangia S, Petersen FC, Dahle UR, Haaland K

Antibiotic Stewardship in Premature Infants: A Systematic Review.

Neonatology 2020 Dec 03. Epub 2020 des 3

PMID: 33271554

Benahmed AG, Gasmi A, Dosa A, Chirumbolo S, Mujawdiya PK, Aaseth J, Dadar M, Bjørklund G

Association between the gut and oral microbiome with obesity.

Anaerobe 2020 Aug 14. Epub 2020 aug 14

PMID: 32805390

Wacoo AP, Atukunda P, Muhoozi G, Braster M, Wagner M, Broek TJVD, Sybesma W, Westerberg AC, Iversen PO, Kort R

Aflatoxins: Occurrence, Exposure, and Binding to

Microorganisms 2020 Feb 29;8(3). Epub 2020 feb 29

PMID: 32121365

Iversen PO, Atukunda P, Kort R, Ueland PM, Westerberg AC, Muhoozi GKM

No associations between microbiota signalling substances and cognitive, language and motor development among three-year-old rural Ugandan children.

Acta Paediatr 2020 11;109(11):2339-2341. Epub 2020 mai 20

PMID: 32347570

Reikvam DH, Meyer-Myklestad MH, Trøseid M, Stiksrud B

Probiotics to manage inflammation in HIV infection.

Curr Opin Infect Dis 2020 02;33(1):34-43.

PMID: 31789692

Vatn S, Carstens A, Kristoffersen AB, Bergemalm D, Casén C, Moen AEF, Tannaes TM, Lindstrøm J, Detlie TE, Olbjørn C, Lindquist CM, Söderholm JD, Gomollón F, Kalla R, Satsangi J, Vatn MH, Jahnsen J, Halfvarson J, Ricanek P,

Faecal microbiota signatures of IBD and their relation to diagnosis, disease phenotype, inflammation, treatment escalation and anti-TNF response in a European Multicentre Study (IBD-Character).

Scand J Gastroenterol 2020 Oct;55(10):1146-1156. Epub 2020 aug 11

PMID: 32780604

Nowak JK, Lindstrøm JC, Kalla R, Ricanek P, Halfvarson J, Satsangi J

Age, Inflammation, and Disease Location Are Critical Determinants of Intestinal Expression of SARS-CoV-2 Receptor

Gastroenterology 2020 Sep;159(3):1151-1154.e2. Epub 2020 mai 12

PMID: 32413354

Baig S, Rhod Larsen A, Martins Simões P, Laurent F, Johannesen TB, Lilje B, Tristan A, Schaumburg F, Egyir B, Cirkovic I, Nimmo GR, Spiliopoulou I, Blanc DS, Mernelius S, Moen AEF, David MZ, Andersen PS, Stegger M

Evolution and Population Dynamics of Clonal Complex 152 Community-Associated Methicillin-Resistant

mSphere 2020 07 01;5(4). Epub 2020 jul 1

PMID: 32611695

Kalla R, Adams AT, Ventham NT, Kennedy NA, White R, Clarke C, Ivens A, Bergemalm D, Vatn S, Lopez-Jimena B, Ricanek P, Vatn MH, Söderholm J, Gomollón F, Nowak JK, Jahnsen J, Halfvarson J, McTaggart S, Ho GT, Buck A, Satsangi J,

Whole blood profiling of T-cell derived miRNA allows the development of prognostic models in inflammatory bowel disease.

J Crohns Colitis 2020 Jun 29. Epub 2020 jun 29

PMID: 32598439

Farup PG, Valeur J

Changes in Faecal Short-Chain Fatty Acids after Weight-Loss Interventions in Subjects with Morbid Obesity.

Nutrients 2020 Mar 18;12(3). Epub 2020 mar 18

PMID: 32197409

Kummen M, Solberg OG, Storm-Larsen C, Holm K, Ragnarsson A, Trøseid M, Vestad B, Skårdal R, Yndestad A, Ueland T, Svardal A, Berge RK, Seljeflot I, Gullestad L, Karlsen TH, Aaberge L, Aukrust P, Hov JR

Rosuvastatin alters the genetic composition of the human gut microbiome.

Sci Rep 2020 03 25;10(1):5397. Epub 2020 mar 25

PMID: 32214138

Mayerhofer CCK, Kummen M, Holm K, Broch K, Awoyemi A, Vestad B, Storm-Larsen C, Seljeflot I, Ueland T, Bohov P, Berge RK, Svardal A, Gullestad L, Yndestad A, Aukrust P, Hov JR, Trøseid M

Low fibre intake is associated with gut microbiota alterations in chronic heart failure.

ESC Heart Fail 2020 04;7(2):456-466. Epub 2020 jan 24

PMID: 31978943

Lunde NN, Gregersen I, Ueland T, Shetelig C, Holm S, Kong XY, Michelsen AE, Otterdal K, Yndestad A, Broch K, Gullestad L, Nyman TA, Bendz B, Eritsland J, Hoffmann P, Skagen K, Gonçalves I, Nilsson J, Grenegård M, Poreba M, Drag M, Seljeflot I, Sporsheim B, Espevik T, Skjelland M, Johansen HT, Solberg R, Aukrust P, Björkbacka H, Andersen GØ, Halvorsen B

Legumain is upregulated in acute cardiovascular events and associated with improved outcome - potentially related to anti-inflammatory effects on macrophages.

Atherosclerosis 2020 03;296():74-82. Epub 2019 des 14

PMID: 31870625

Savijoki K, Miettinen I, Nyman TA, Kortesoja M, Hanski L, Varmanen P, Fallarero A

Growth Mode and Physiological State of Cells Prior to Biofilm Formation Affect Immune Evasion and Persistence of

Microorganisms 2020 Jan 12;8(1). Epub 2020 jan 12

PMID: 31940921

Matikainen S, Nyman TA, Cypryk W

Function and Regulation of Noncanonical Caspase-4/5/11 Inflammasome.

J Immunol 2020 Jun 15;204(12):3063-3069.

PMID: 32513874

Krapf SA, Lund J, Lundkvist M, Dale MG, Nyman TA, Thoresen GH, Kase ET

Pancreatic cancer cells show lower oleic acid oxidation and their conditioned medium inhibits oleic acid oxidation in human myotubes.

Pancreatology 2020 Jun;20(4):676-682. Epub 2020 apr 22

PMID: 32360002

Matikainen S, Nyman TA, Cypryk W

Inflammasomes: Exosomal miRNAs loaded for action.

J Cell Biol 2020 Oct 05;219(10).

PMID: 32970793

Louwe MC, Olsen MB, Kaasbøll OJ, Yang K, Fosshaug LE, Alfsnes K, Øgaard JDS, Rashidi A, Skulberg VM, Yang M, de Miranda Fonseca D, Sharma A, Aronsen Jm, Schrumpf E, Ahmed MS, Dahl CP, Nyman TA, Ueland T, Melum E, Halvorsen BE, Bjørås M, Attramadal H, Sjaastad I, Aukrust P, Yndestad A

Absence of NLRP3 Inflammasome in Hematopoietic Cells Reduces Adverse Remodeling After Experimental Myocardial Infarction.

JACC Basic Transl Sci 2020 Dec;5(12):1210-1224. Epub 2020 des 9

PMID: 33426377

Raju SC, Viljakainen H, Figueiredo RAO, Neuvonen PJ, Eriksson JG, Weiderpass E, Rounge TB

Antimicrobial drug use in the first decade of life influences saliva microbiota diversity and composition.

Microbiome 2020 08 21;8(1):121. Epub 2020 aug 21

PMID: 32825849

Viljakainen J, Raju SC, Viljakainen H, Figueiredo RAO, Roos E, Weiderpass E, Rounge TB

Meal Regularity Plays a Role in Shaping the Saliva Microbiota.

Front Microbiol 2020;11():757. Epub 2020 apr 24

PMID: 32390990

Fretheim H, Chung BK, Didriksen H, Bækkevold ES, Midtvedt Ø, Brunborg C, Holm K, Valeur J, Tennøe AH, Garen T, Midtvedt T, Trøseid M, Zarè H, Lund MB, Hov JR, Lundin KEA, Molberg Ø, Hoffmann-Vold AM

Fecal microbiota transplantation in systemic sclerosis: A double-blind, placebo-controlled randomized pilot trial.

PLoS One 2020;15(5):e0232739. Epub 2020 mai 21

PMID: 32437393

Berentsen B, Nagaraja BH, Teige EP, Lied GA, Lundervold AJ, Lundervold K, Steinsvik EK, Hillestad ER, Valeur J, Brønstad I, Gilja OH, Osnes B, Hatlebakk JG, Haász J, Labus J, Gupta A, Mayer EA, Benitez-Páez A, Sanz Y, Lundervold A, Hausken T

Study protocol of the Bergen brain-gut-microbiota-axis study: A prospective case-report characterization and dietary intervention study to evaluate the effects of microbiota alterations on cognition and anatomical and functional brain connectivity in patients with irritable bowel syndrome.

Medicine (Baltimore) 2020 Sep 11;99(37):e21950.

PMID: 32925728

Michalak L, Gaby JC, Lagos L, La Rosa SL, Hvidsten TR, Tétard-Jones C, Willats WGT, Terrapon N, Lombard V, Henrissat B, Dröge J, Arntzen MØ, Hagen LH, Øverland M, Pope PB, Westereng B

Microbiota-directed fibre activates both targeted and secondary metabolic shifts in the distal gut.

Nat Commun 2020 11 13;11(1):5773. Epub 2020 nov 13

PMID: 33188211

Lagos L, Leanti La Rosa S, Ø Arntzen M, Ånestad R, Terrapon N, Gaby JC, Westereng B

Isolation and Characterization of Extracellular Vesicles Secreted In Vitro by Porcine Microbiota.

Microorganisms 2020 Jun 30;8(7). Epub 2020 jun 30

PMID: 32630095

Reinseth IS, Ovchinnikov KV, Tønnesen HH, Carlsen H, Diep DB

The Increasing Issue of Vancomycin-Resistant Enterococci and the Bacteriocin Solution.

Probiotics Antimicrob Proteins 2020 09;12(3):1203-1217.

PMID: 31758332

Ludvigsen J, Andersen Å, Hjeljord L, Rudi K

The Honeybee Gut Mycobiota Cluster by Season Versus the Microbiota Which Cluster by Gut Segment.

Vet Sci 2020 Dec 31;8(1). Epub 2020 des 31

PMID: 33396493

Schei K, Simpson MR, Avershina E, Rudi K, Øien T, Júlíusson PB, Underhill D, Salamati S, Ødegård RA

Early Gut Fungal and Bacterial Microbiota and Childhood Growth.

Front Pediatr 2020;8():572538. Epub 2020 nov 9

PMID: 33240830

Dvergedal H, Sandve SR, Angell IL, Klemetsdal G, Rudi K

Association of gut microbiota with metabolism in juvenile Atlantic salmon.

Microbiome 2020 11 16;8(1):160. Epub 2020 nov 16

PMID: 33198805

Angell IL, Nilsen M, Carlsen KCL, Carlsen KH, Hedlin G, Jonassen CM, Marsland B, Nordlund B, Rehbinder EM, Saunders C, Skjerven HO, Staff AC, Söderhäll C, Vettukattil R, Rudi K

De novo species identification using 16S rRNA gene nanopore sequencing.

PeerJ 2020;8():e10029. Epub 2020 okt 21

PMID: 33150059

Nilsen M, Madelen Saunders C, Leena Angell I, Arntzen MØ, Lødrup Carlsen KC, Carlsen KH, Haugen G, Hagen LH, Carlsen MH, Hedlin G, Jonassen CM, Nordlund B, Rehbinder EM, Skjerven HO, Snipen L, Staff AC, Vettukattil R, Rudi K

Butyrate Levels in the Transition from an Infant- to an Adult-Like Gut Microbiota Correlate with Bacterial Networks Associated with

Genes (Basel) 2020 Oct 22;11(11). Epub 2020 okt 22

PMID: 33105702

Angell IL, Rudi K

A game theory model for gut bacterial nutrient utilization strategies during human infancy.

Proc Biol Sci 2020 07 29;287(1931):20200824. Epub 2020 jul 15

PMID: 32673553

Avershina E, Larsen MG, Aspholm M, Lindback T, Storrø O, Øien T, Johnsen R, Rudi K

Culture dependent and independent analyses suggest a low level of sharing of endospore-forming species between mothers and their children.

Sci Rep 2020 02 04;10(1):1832. Epub 2020 feb 4

PMID: 32020012

Tysnes KR, Angell IL, Fjellanger I, Larsen SD, Søfteland SR, Robertson LJ, Skancke E, Rudi K

Pre- and Post-Race Intestinal Microbiota in Long-Distance Sled Dogs and Associations with Performance.

Animals (Basel) 2020 Jan 25;10(2). Epub 2020 jan 25

PMID: 31991779

Delogu F, Kunath BJ, Evans PN, Arntzen MØ, Hvidsten TR, Pope PB

Integration of absolute multi-omics reveals dynamic protein-to-RNA ratios and metabolic interplay within mixed-domain microbiomes.

Nat Commun 2020 09 18;11(1):4708. Epub 2020 sep 18

PMID: 32948758

Shaffer M, Borton MA, McGivern BB, Zayed AA, La Rosa SL, Solden LM, Liu P, Narrowe AB, Rodríguez-Ramos J, Bolduc B, Gazitúa MC, Daly RA, Smith GJ, Vik DR, Pope PB, Sullivan MB, Roux S, Wrighton KC

DRAM for distilling microbial metabolism to automate the curation of microbiome function.

Nucleic Acids Res 2020 09 18;48(16):8883-8900.

PMID: 32766782

Arnesen H, Knutsen LE, Hognestad BW, Johansen GM, Bemark M, Pabst O, Storset AK, Boysen P

A Model System for Feralizing Laboratory Mice in Large Farmyard-Like Pens.

Front Microbiol 2020;11():615661. Epub 2021 jan 11

PMID: 33505381

Bjørkhaug ST, Neupane SP, Bramness JG, Aanes H, Skar V, Medhus AW, Valeur J

Plasma cytokine levels in patients with chronic alcohol overconsumption: Relations to gut microbiota markers and clinical correlates.

Alcohol 2020 06;85():35-40. Epub 2019 okt 11

PMID: 31610228

Sokolova M, Yang K, Hansen SH, Louwe MC, Kummen M, Hov JER, Sjaastad I, Berge RK, Halvorsen B, Aukrust P, Yndestad A, Ranheim T

NLRP3 inflammasome deficiency attenuates metabolic disturbances involving alterations in the gut microbial profile in mice exposed to high fat diet.

Sci Rep 2020 12 03;10(1):21006. Epub 2020 des 3

PMID: 33273482

Macpherson ME, Hov JR, Ueland T, Dahl TB, Kummen M, Otterdal K, Holm K, Berge RK, Mollnes TE, Trøseid M, Halvorsen B, Aukrust P, Fevang B, Jørgensen SF

Gut Microbiota-Dependent Trimethylamine N-Oxide Associates With Inflammation in Common Variable Immunodeficiency.

Front Immunol 2020;11():574500. Epub 2020 sep 16

PMID: 33042155

Jørgensen SF, Fevang B, Aukrust P

Commentary: Gut Antibody Deficiency in a Mouse Model of CVID Results in Spontaneous Development of a Gluten-Sensitive Enteropathy.

Front Immunol 2020;11():1921. Epub 2020 aug 27

PMID: 32983117

Gelpi M, Vestad B, Hansen SH, Holm K, Drivsholm N, Goetz A, Kirkby NS, Lindegaard B, Lebech AM, Hoel H, Michelsen AE, Ueland T, Gerstoft J, Lundgren J, Hov JR, Nielsen SD, Trøseid M

Impact of Human Immunodeficiency Virus-Related Gut Microbiota Alterations on Metabolic Comorbid Conditions.

Clin Infect Dis 2020 Nov 05;71(8):e359-e367.

PMID: 31894240

Farup PG, Lydersen S, Valeur J

Are Nonnutritive Sweeteners Obesogenic? Associations between Diet, Faecal Microbiota, and Short-Chain Fatty Acids in Morbidly Obese Subjects.

J Obes 2019;2019():4608315. Epub 2019 okt 1

PMID: 31662903

Furi L, Crawford LA, Rangel-Pineros G, Manso AS, De Ste Croix M, Haigh RD, Kwun MJ, Engelsen Fjelland K, Gilfillan GD, Bentley SD, Croucher NJ, Clokie MR, Oggioni MR

Methylation Warfare: Interaction of Pneumococcal Bacteriophages with Their Host.

J Bacteriol 2019 Oct 01;201(19). Epub 2019 sep 6

PMID: 31285240

Cernilogar FM, Hasenöder S, Wang Z, Scheibner K, Burtscher I, Sterr M, Smialowski P, Groh S, Evenroed IM, Gilfillan GD, Lickert H, Schotta G

Pre-marked chromatin and transcription factor co-binding shape the pioneering activity of Foxa2.

Nucleic Acids Res 2019 09 26;47(17):9069-9086.

PMID: 31350899

Bjørkhaug ST, Aanes H, Neupane SP, Bramness JG, Malvik S, Henriksen C, Skar V, Medhus AW, Valeur J

Characterization of gut microbiota composition and functions in patients with chronic alcohol overconsumption.

Gut Microbes 2019;10(6):663-675. Epub 2019 mar 20

PMID: 30894059

Dale HF, Jensen C, Hausken T, Valeur J, Hoff DAL, Lied GA

Effects of a Cod Protein Hydrolysate Supplement on Symptoms, Gut Integrity Markers and Fecal Fermentation in Patients with Irritable Bowel Syndrome.

Nutrients 2019 Jul 17;11(7). Epub 2019 jul 17

PMID: 31319590

Kristensen VA, Valeur J, Brackmann S, Jahnsen J, Brunborg C, Tveito K

Attention deficit and hyperactivity disorder symptoms respond to gluten-free diet in patients with coeliac disease.

Scand J Gastroenterol 2019 May;54(5):571-576. Epub 2019 mai 3

PMID: 31050907

Mazzawi T, Hausken T, Hov JR, Valeur J, Sangnes DA, El-Salhy M, Gilja OH, Hatlebakk JG, Lied GA

Clinical response to fecal microbiota transplantation in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome is associated with normalization of fecal microbiota composition and short-chain fatty acid levels.

Scand J Gastroenterol 2019 Jun;54(6):690-699. Epub 2019 jun 13

PMID: 31190584

Minniti G, Rød Sandve S, Padra JT, Heldal Hagen L, Lindén S, Pope PB, Ø Arntzen M, Vaaje-Kolstad G

The Farmed Atlantic Salmon (

Genes (Basel) 2019 07 07;10(7). Epub 2019 jul 7

PMID: 31284681

Kunath BJ, Minniti G, Skaugen M, Hagen LH, Vaaje-Kolstad G, Eijsink VGH, Pope PB, Arntzen MØ

Metaproteomics: Sample Preparation and Methodological Considerations.

Adv Exp Med Biol 2019;1073():187-215.

PMID: 31236844

Salgado-Flores A, Tveit AT, Wright AD, Pope PB, Sundset MA

Characterization of the cecum microbiome from wild and captive rock ptarmigans indigenous to Arctic Norway.

PLoS One 2019;14(3):e0213503. Epub 2019 mar 11

PMID: 30856229

La Rosa SL, Leth ML, Michalak L, Hansen ME, Pudlo NA, Glowacki R, Pereira G, Workman CT, Arntzen MØ, Pope PB, Martens EC, Hachem MA, Westereng B

The human gut Firmicute Roseburia intestinalis is a primary degrader of dietary β-mannans.

Nat Commun 2019 02 22;10(1):905. Epub 2019 feb 22

PMID: 30796211

La Rosa SL, Kachrimanidou V, Buffetto F, Pope PB, Pudlo NA, Martens EC, Rastall RA, Gibson GR, Westereng B

Wood-Derived Dietary Fibers Promote Beneficial Human Gut Microbiota.

mSphere 2019 01 23;4(1). Epub 2019 jan 23

PMID: 30674645

Kunath BJ, Delogu F, Naas AE, Arntzen MØ, Eijsink VGH, Henrissat B, Hvidsten TR, Pope PB

From proteins to polysaccharides: lifestyle and genetic evolution of Coprothermobacter proteolyticus.

ISME J 2019 03;13(3):603-617. Epub 2018 okt 12

PMID: 30315317

Liu N, Li H, Chevrette MG, Zhang L, Cao L, Zhou H, Zhou X, Zhou Z, Pope PB, Currie CR, Huang Y, Wang Q

Functional metagenomics reveals abundant polysaccharide-degrading gene clusters and cellobiose utilization pathways within gut microbiota of a wood-feeding higher termite.

ISME J 2019 01;13(1):104-117. Epub 2018 aug 16

PMID: 30116044

Jørgensen SF, Macpherson ME, Bjørnetrø T, Holm K, Kummen M, Rashidi A, Michelsen AE, Lekva T, Halvorsen B, Trøseid M, Mollnes TE, Berge RK, Yndestad A, Ueland T, Karlsen TH, Aukrust P, Hov JR, Fevang B

Rifaximin alters gut microbiota profile, but does not affect systemic inflammation - a randomized controlled trial in common variable immunodeficiency.

Sci Rep 2019 Jan 17;9(1):167. Epub 2019 jan 17

PMID: 30655568

Awoyemi A, Trøseid M, Arnesen H, Solheim S, Seljeflot I

Effects of dietary intervention and n-3 PUFA supplementation on markers of gut-related inflammation and their association with cardiovascular events in a high-risk population.

Atherosclerosis 2019 Jul;286():53-59. Epub 2019 mai 4

PMID: 31100620

Dhillon AK, Kummen M, Trøseid M, Åkra S, Liaskou E, Moum B, Vesterhus M, Karlsen TH, Seljeflot I, Hov JR

Circulating markers of gut barrier function associated with disease severity in primary sclerosing cholangitis.

Liver Int 2019 02;39(2):371-381. Epub 2018 okt 24

PMID: 30269440

Raju SC, Lagström S, Ellonen P, de Vos WM, Eriksson JG, Weiderpass E, Rounge TB

Gender-Specific Associations Between Saliva Microbiota and Body Size.

Front Microbiol 2019;10():767. Epub 2019 apr 10

PMID: 31024514

Lagström S, Umu SU, Lepistö M, Ellonen P, Meisal R, Christiansen IK, Ambur OH, Rounge TB

TaME-seq: An efficient sequencing approach for characterisation of HPV genomic variability and chromosomal integration.

Sci Rep 2019 Jan 24;9(1):524. Epub 2019 jan 24

PMID: 30679491

Lagström S, van der Weele P, Rounge TB, Christiansen IK, King AJ, Ambur OH

HPV16 whole genome minority variants in persistent infections from young Dutch women.

J Clin Virol 2019 Oct;119():24-30. Epub 2019 aug 12

PMID: 31446251

Jørgensen SF, Fevang B, Aukrust P

Autoimmunity and Inflammation in CVID: a Possible Crosstalk between Immune Activation, Gut Microbiota, and Epigenetic Modifications.

J Clin Immunol 2019 01;39(1):30-36. Epub 2018 nov 21

PMID: 30465180

Jørgensen SF, Holm K, Macpherson ME, Storm-Larsen C, Kummen M, Fevang B, Aukrust P, Hov JR

Selective IgA deficiency in humans is associated with reduced gut microbial diversity.

J Allergy Clin Immunol 2019 May;143(5):1969-1971.e11. Epub 2019 jan 29

PMID: 30707969

Macpherson ME, Halvorsen B, Yndestad A, Ueland T, Mollnes TE, Berge RK, Rashidi A, Otterdal K, Gregersen I, Kong XY, Holven KB, Aukrust P, Fevang B, Jørgensen SF

Impaired HDL Function Amplifies Systemic Inflammation in Common Variable Immunodeficiency.

Sci Rep 2019 Jul 01;9(1):9427. Epub 2019 jul 1

PMID: 31263122

Storm-Larsen C, Myhr KM, Farbu E, Midgard R, Nyquist K, Broch L, Berg-Hansen P, Buness A, Holm K, Ueland T, Fallang LE, Burum-Auensen E, Hov JR, Holmøy T

Gut microbiota composition during a 12-week intervention with delayed-release dimethyl fumarate in multiple sclerosis - a pilot trial.

Mult Scler J Exp Transl Clin 2019 Oct-Dec;5(4):2055217319888767. Epub 2019 nov 15

PMID: 31798939

Rühlemann MC, Solovjeva MEL, Zenouzi R, Liwinski T, Kummen M, Lieb W, Hov JR, Schramm C, Franke A, Bang C

Gut mycobiome of primary sclerosing cholangitis patients is characterised by an increase of

Gut 2019 Oct 25. Epub 2019 okt 25

PMID: 31653787

Trøseid M, Mayerhofer CCK, Broch K, Arora S, Svardal A, Hov JR, Andreassen AK, Gude E, Karason K, Dellgren G, Berge RK, Gullestad L, Aukrust P, Ueland T

The carnitine-butyrobetaine-TMAO pathway after cardiac transplant: Impact on cardiac allograft vasculopathy and acute rejection.

J Heart Lung Transplant 2019 Oct;38(10):1097-1103. Epub 2019 jun 19

PMID: 31301965

Rühlemann M, Liwinski T, Heinsen FA, Bang C, Zenouzi R, Kummen M, Thingholm L, Tempel M, Lieb W, Karlsen T, Lohse A, Hov J, Denk G, Lammert F, Krawczyk M, Schramm C, Franke A

Consistent alterations in faecal microbiomes of patients with primary sclerosing cholangitis independent of associated colitis.

Aliment Pharmacol Ther 2019 Sep;50(5):580-589. Epub 2019 jun 28

PMID: 31250469

Kummen M, Hov JR

The gut microbial influence on cholestatic liver disease.

Liver Int 2019 Jul;39(7):1186-1196. Epub 2019 jun 17

PMID: 31125502

Storm-Larsen C, Stiksrud B, Eriksen C, Nowak P, Holm K, Thalme A, Dyrhol-Riise AM, Brix S, Hov JR, Trøseid M

Microbial translocation revisited: targeting the endotoxic potential of gut microbes in HIV-infected individuals.

AIDS 2019 03 15;33(4):645-653.

PMID: 30531315

Arnesen H, Knutsen LE, Hognestad BW, Johansen GM, Bemark M, Pabst O, Storset AK, Boysen P

A Model System for Feralizing Laboratory Mice in Large Farmyard-Like Pens

Frontiers in Microbiology, 2020

Michalak L, La Rosa SL, Leivers S, Lindstad LJ, Røhr ÅK, Aachmann FL, Westereng B

A pair of esterases from a commensal gut bacterium remove acetylations from all positions on complex β-mannans

PNAS, 2020

Doktorgrader
Cristopher Storm Ligaard

Clinical interventions of the human gut microbiota

Disputert:
august 2022
Hovedveileder:
Johannes Espolin Roksund Hov
Malin Holm Meyer-Myklestad

HIV-infected immunological nonresponders: A characterization of gut immunity and the effects of a probiotic supplement

Disputert:
mars 2022
Hovedveileder:
Dag Henrik Reikvam
Chrysoula Kielland

Small intestinal microbiota – Regulation by reactive oxygen species and influence of diet

Disputert:
mars 2022
Hovedveileder:
Harald Carlsen
Morten Nilsen

The gut microbiota from the general population during the first year of life

Disputert:
desember 2022
Hovedveileder:
Knut Rudi
Pranvera Hiseni

Development og Liquid Array Diagnostic (LAD) technology for prediction og human gut microbiota composition and functionality

Disputert:
oktober 2022
Hovedveileder:
Knut Rudi
Henriette Arnesen

Housing of laboratory mice in a natural habitat– influence on immune system, gut microbiota, and colorectal cancer development

Disputert:
mars 2022
Hovedveileder:
Harald Carlsen
Tom Rune Karlsen

Missing NEIL3: a kick in the gut and a punch to the heart

Disputert:
november 2022
Hovedveileder:
Bente Evy Halvorsen
Hedda Benedicte Hoel

Inflammasome activation, gut microbiota and comorbidities in HIV and COVID-19

Disputert:
juni 2021
Hovedveileder:
Marius Trøseid
Cristiane C. K. Mayerhofer

Targeting the Gut Microbiota in Heart Failure

Disputert:
november 2021
Hovedveileder:
Marius Trøseid
Eline Birkeland

The Fiberdia study: Effects of inulin-type fructans on gut microbiota

Disputert:
april 2021
Hovedveileder:
Anne-Marie Aas
Ayodeji Olawale Awoyemi

Microbial translocation and cardiovascular disease states

Disputert:
februar 2021
Hovedveileder:
Ingebjørg Seljeflot
Beate Vestad

Gut microbiota, extracellular vesicles and comorbidities in HIV infection; Exploring the drivers of metabolic disease risk

Disputert:
oktober 2020
Hovedveileder:
Marius Trøseid
Magnhild Eide Macpherson

Gut microbiota, lipid metabolism and systemic inflammation in common variable immunodeficiency

Disputert:
september 2020
Hovedveileder:
Børre Fevang
Steinar Traae Bjørkhaug

Alcohol-related alterations of the gut microbial flora

Disputert:
juli 2020
Hovedveileder:
Jørgen Valeur
Deltagere
  • Divya Shah Prosjektdeltaker
  • Ida Heir Hovland Prosjektdeltaker
  • Stine Sofie Strømland Prosjektdeltaker
  • Svetlana Zykova Prosjektdeltaker
  • Andreas Ullern Prosjektdeltaker
  • Signe Øien Fretland Prosjektdeltaker
  • Anne-Marie Rasmussen Prosjektdeltaker
  • Alexander Westbye Prosjektdeltaker
  • Maria Maseng Prosjektdeltaker
  • Sajan Raju Prosjektdeltaker
  • Simen Hyll Hansen Prosjektdeltaker
  • Rajesh Shigdel Prosjektdeltaker
  • Polona Rajar Prosjektdeltaker
  • Paula Istvan Prosjektdeltaker
  • Per Ole Iversen Prosjektdeltaker
  • Marco Sanduzzi Prosjektdeltaker
  • Mikal Hole Prosjektdeltaker
  • Martina Visnovska Prosjektdeltaker
  • Jonas Andre Lundekvam Prosjektdeltaker
  • Inge Lindseth Prosjektdeltaker
  • Ida Rud Prosjektdeltaker
  • Hanne Marte Gjertsen Nymoen Prosjektdeltaker
  • Helene Grannes Prosjektdeltaker
  • Einar Birkeland Prosjektdeltaker
  • Cecilie Dahl Prosjektdeltaker
  • Aasmund Norheim Prosjektdeltaker
  • Kari Grønås Brukerrepresentant
  • Astrid Sundby Brukerrepresentant
  • Jérôme Ruzzin Prosjektdeltaker
  • Åslaug Helland Prosjektdeltaker
  • Øyvind Molberg Prosjektdeltaker
  • Øyvind Holme Prosjektdeltaker
  • Vilde Drageset Haakensen Prosjektdeltaker
  • Tuula Anneli Nyman Prosjektdeltaker
  • Trine Ballestad Rounge Prosjektdeltaker
  • Trine Folseraas Prosjektdeltaker
  • Tore Midtvedt Prosjektdeltaker
  • Torbjørn Rognes Prosjektdeltaker
  • Tone Tønjum Prosjektdeltaker
  • Tone Møller Tannæs Prosjektdeltaker
  • Susanne Kristine Aune Prosjektdeltaker
  • Siv Kjølsrud Bøhn Prosjektdeltaker
  • Silje Fjellgård Jørgensen Prosjektdeltaker
  • Rune Blomhoff Prosjektdeltaker
  • Ragnhild Helseth Prosjektdeltaker
  • Pål Dag Line Prosjektdeltaker
  • Pål Trosvik Prosjektdeltaker
  • Pål Aukrust Prosjektdeltaker
  • Preben Boysen Prosjektdeltaker
  • Phillip Pope Prosjektdeltaker
  • Petr Ricanek Prosjektdeltaker
  • Paula Marianna Berstad Prosjektdeltaker
  • Murat Gainullin Prosjektdeltaker
  • Mona Elisabet Skjelland Prosjektdeltaker
  • Michael Bretthauer Prosjektdeltaker
  • Mette Kalager Prosjektdeltaker
  • Merete Åse Eggesbø Prosjektdeltaker
  • Martin Kummen Prosjektdeltaker
  • Marte Lie Høivik Prosjektdeltaker
  • Marit Mæhle Grimsrud Prosjektdeltaker
  • Malin Holm Prosjektdeltaker
  • Magnhild Eide Prosjektdeltaker
  • Liv Wenche Thorbjørnsen Prosjektdeltaker
  • Lars-Gustav Snipen Prosjektdeltaker
  • Lars Gullestad Prosjektdeltaker
  • Kristine Stø Prosjektdeltaker
  • Kristin Aneta Joan Skaarud Prosjektdeltaker
  • Kristian Holm Prosjektdeltaker
  • Knut Rudi Prosjektdeltaker
  • Knut Erik Aslaksen Lundin Prosjektdeltaker
  • Knut Hestad Prosjektdeltaker
  • Kjetil Kjeldstad Garborg Prosjektdeltaker
  • Lise Katrine Engesæter Prosjektdeltaker
  • Karsten Midtvedt Prosjektdeltaker
  • Karolina Ryeng Skagen Prosjektdeltaker
  • Jørgen Vildershøj Bjørnholt Prosjektdeltaker
  • Jørgen Valeur Prosjektdeltaker
  • Jørgen Jahnsen Prosjektdeltaker
  • Jøran Hjelmesæth Prosjektdeltaker
  • Jon Amund Kyte Prosjektdeltaker
  • Jens Kristoffer Hertel Prosjektdeltaker
  • Jennifer Twisleton Fiennes Prosjektdeltaker
  • Jan Olav Aaseth Prosjektdeltaker
  • Ingebjørg Seljeflot Prosjektdeltaker
  • Ida Robertsen Prosjektdeltaker
  • Ida Gregersen Prosjektdeltaker
  • Henrik Rasmussen Prosjektdeltaker
  • Heidi Borgeraas Prosjektdeltaker
  • Hedda Benedicte Hoel Prosjektdeltaker
  • Harald Carlsen Prosjektdeltaker
  • Gunn Helen Malmstrøm Prosjektdeltaker
  • Gregor Duncan Gilfillan Prosjektdeltaker
  • Georg Schneditz Prosjektdeltaker
  • Fredrik Müller Prosjektdeltaker
  • Frederik Emil Juul Prosjektdeltaker
  • Even Sannes Riiser Prosjektdeltaker
  • Eva Maria Rehbinder Prosjektdeltaker
  • Espen Melum Prosjektdeltaker
  • Eric De Muinck Prosjektdeltaker
  • Einar Martin Aandahl Prosjektdeltaker
  • David Russell Prosjektdeltaker
  • Dag Erik Undlien Prosjektdeltaker
  • Dag Hofsø Prosjektdeltaker
  • Dag Henrik Reikvam Prosjektdeltaker
  • Christiane Caroline Mayerhofer Prosjektdeltaker
  • Christopher Storm Larsen Prosjektdeltaker
  • Christine Henriksen Prosjektdeltaker
  • Børre Fevang Prosjektdeltaker
  • Brian Chung Prosjektdeltaker
  • Bjørn Moum Prosjektdeltaker
  • Bjørge Westereng Prosjektdeltaker
  • Bente Evy Halvorsen Prosjektdeltaker
  • Beate Vestad Prosjektdeltaker
  • Ayodeji Olawale Awoyemi Prosjektdeltaker
  • Asle Wilhelm Medhus Prosjektdeltaker
  • Anne-Marie Aas Prosjektdeltaker
  • Anne Margarita Dyrhol Riise Prosjektdeltaker
  • Anna-Maria Hoffmann-Vold Prosjektdeltaker
  • Ane Sørlie Kværner Prosjektdeltaker
  • Anders Åsberg Prosjektdeltaker
  • Aina Elisabeth Fossum Moen Prosjektdeltaker
  • Amandeep Kaur Dhillon Prosjektdeltaker
  • Alexandra Gotz Prosjektdeltaker
  • Hanne Guldsten Prosjektdeltaker
  • Johannes Espolin Roksund Hov Prosjektleder
  • Marius Trøseid Prosjektleder

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport

Personvern  -  Informasjonskapsler