RNA expression and genetic variants in the causal estimation of endometrial cancer risk – A Mendelian Randomization study

Betydning av RNA uttrykk og genetisk variasjon i utviklingen av kreft i livmoren - en mendelsk randomiseringsstudieKreft i livmoren er den hyppigste gynekologiske kreftformen i den vestlige verden. Det er kjent at overvekt er den viktigste risikofaktoren. I denne studien skal vi analysere genetisk bakgrunn i serumprøver fra pasienter med livmorkreft for å forstå betydning av genetikk og RNA uttrykket i sykdomsutviklingen.Forekomsten av kreft i livmoren er økende, og er i dag den hyppigste gynekologiske kreftformen i den vestlige verden. Det er kjent at overvekt er den viktigste risikofaktorene, og mer enn 40% av alle nye tilfeller i Nord-Europa tilskrives overvekt. Forekomsten er høyest blant eldre kvinner som ofte har andre tilleggssykdommer. I denne studien skal vi analysere genetisk bakgrunn i serumprøver fra pasienter med livmorkreft for å forstå betydning av genetikk og RNA uttrykket i sykdomsutviklingen. Vi har genotypet serumprøver fra 320 pasienter med livmorkreft, som har avgitt en blodprøve til Janus serumbank, opptil 11 år forut for diagnosen og en like stor kontrollgruppe. Fra det samme utvalget har vi produsert RNA sekvenserings data. RNA molekyler er involvert i en lang rekke cellulære prosesser, også i forbindelse med kreftutvikling. Vi vil utforske kausal sammenheng mellom RNA og risiko for kreft i livmoren ved å kontrollere for den delen av variasjonen i RNA som skyldes genetisk variasjon (Mendelsk randomisering). Dyptgående analyse vil gi ny innsikt i prosessene som er involvert i utviklingen av livmorkreft. Økt forståelse av de underliggende biologiske mekanismene vil kunne bidra til en mer målrettet forebygging av sykdommen, spesielt sett i lys av økende fedme i befolkningen. Prosjektet er et samarbeid mellom Kreftregisteret, OUS Kreftklinikken, Universitetet i Bergen, Norsk Sekvenseringssenter og Karolinska Institutet i Sverige samt forskere fra National Cancer Institute, USA I 2023 har hovedfokuset vært å ferdigstille kvalitetskontroll av de genetiske data og gjennomføring av imputeringsprosessen. Dette steget er kritisk for å øke SNP dekningsgraden og forbedre den statistiske styrken i studien. Imputeringen ble gjennomført ved å bruke et referansesett bestående av norske data kun (Norgene). Mer enn 6 millioner SNPs gikk gjennom denne kvalitetskontrollen. I analysene fokuserer vi på å studere assossiasjonen mellom disse SNP'ene og pre-diagnostisk sirkulerende RNA, som er det første steget i Mendelian randomization analyse. Preliminære resultater ble presentert på Young Symposium of the Conference on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics. Neste delmål i prosjektet er å gjennomføre andre steg i Mendelian randomization for å kunne predikere livmorkreft. Postdoc i prosjektet har i 2023 gjennomført følgende kurs og konferanser: • Course in Genetic epidemiology (May 22-26, 2023), NTNU, Department of Public Health and Nursing • Conference on Computational Intelligence methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB 2023) (September 6–8, 2023), Padova, Italy • Course in Bioinformatics methods for next generation sequencing analysis (October 2-6, 2023), NTNU, Department of Public Health and Nursing • Course in Deep Learning for Life Sciences – fundamentals and applications (November 6, 2023), Swiss Institute of Bioinformatics (online course) • Course in Introduction to Machine Learning for Survival Analysis with mlr3 (December 12, 2023), Oslo Bioinformatics Workshop Week 2023 • Course in Reproducible research with Nextflow & building pipelines with nf-core (December 14, 2023), Oslo Bioinformatics Workshop Week 2023 • Course in microRNA annotation and expression analyses (December 15, 2023), Oslo Bioinformatics Workshop Week 2023 Vi arbeider med utkast til første artikkel i prosjektet.