RNA expression and genetic variants in the causal estimation of endometrial cancer risk – A Mendelian Randomization study

RNA expression and genetic variants in the causal estimation of endometrial cancer risk - a mendelian randomization studyKreft i livmoren er den hyppigste gynekologiske kreftformen i den vestlige verden. Det er kjent at overvekt er den viktigste risikofaktoren. I denne studien skal vi analysere genetisk bakgrunn i serumprøver fra pasienter med livmorkreft for å forstå betydning av genetikk og RNA uttrykket i sykdomsutviklingen.Forekomsten av kreft i livmoren er økende, og er i dag den hyppigste gynekologiske kreftformen i den vestlige verden. Det er kjent at overvekt er den viktigste risikofaktorene. I denne studien analyserer vi genetisk bakgrunn i serumprøver fra pasienter med livmorkreft for å forstå betydning av genetikk og RNA uttrykket i sykdomsutviklingen. Vi har genotypet serumprøver fra 320 pasienter med livmorkreft, som har avgitt en blodprøve til Janus serumbank opptil 11 år forut for diagnosen og en like stor kontrollgruppe. Fra det samme utvalget har vi produsert RNA sekvenserings data. Vi undersøker om det er en kausal sammenheng mellom RNA og risiko for kreft i livmoren ved å kontrollere for den delen av variasjonen i RNA som skyldes genetisk variasjon (Mendelsk randomisering). Dyptgående analyse vil gi ny innsikt i prosessene som er involvert i utviklingen av livmorkreft. Prosjektet er et samarbeid mellom Kreftregisteret, OUS Kreftklinikken, Universitetet i Bergen, Norsk Sekvenseringssenter og Karolinska Institutet i Sverige samt forskere fra National Cancer Institute, USA I 2024 har fokus i prosjektet vært å identifisere assossiasjonen mellom SNP'er og pre-diagnostisk sirkulerende miRNA nivåer. Noen av de preliminære funnene i denne analysen ble presentert på Mendelian Randomization Conference i Bristol (se kulepunkt 2 under). Gitt kompleksiteten av molekylære data i MR, krever utvelgelsen av det optimale sett av SNPer gjennomføringen av en colocalization analyse for å bekrefte validiteten på SNP'ene som gode instrumenter inn i MR. Disse analysene er nå pågående for å identifsere de best passende SNP'er. I neste fase av prosjektet skal vi fokusere på å ferdigstille SNP seleksjonen og gjennomføre en two-sample MR analyse ved å integrere JanusRNA data med offentlig tilgjengelige dataset fra endometrie cancer pasienter, for å forbedre styrken og robustheten av analysene. Postdoc i prosjektet har i 2024 bidratt aktivt på følgende konferanser/møter og veiledning: • Endometrial cancer collaborating project meeting with all collaborating partners nationally and internationally (Oslo, June 3-4, 2024) – Assistance in organizing the meeting and presentation of the latest findings and updates related to the study. • Mendelian Randomization Conference (Bristol University, UK, June 19-21, 2024) – Selected speaker. • Association of the Nordic Cancer Registries (ANCR) Symposium 2024 (Bodø, August 28-31, 2024) – Abstract evaluation committee. • Nordic Conference on Future Health in Trondheim (September 10-12, 2024) – Selected abstract (poster session). • Supervision of a master’s thesis student at the University of Oslo (Informatics - Programming and System Architecture). Thesis topic: Application of machine learning techniques for colorectal cancer prediction. Upcoming publications • The results showing the associations between SNPs and small RNAs will be published as a separate work, focusing on the identification of expression quantitative trait loci (eQTL) and their impact on small RNA expression levels. • A second paper will present the findings from the MR analysis, using the identified RNA associations to assess their causal role in endometrial cancer risk. I 2024 har Postdoc i prosjektet vært med på publisering av to artikler på gyn kreft (se forskningprod) og bidratt som ressurs i et sideprosjekt om validering av miRNA som tidlig markør for lungekreft (manuskript er submittet med post doc som førsteforfatter).