Genomisk og serologisk storskalaanalyse i mikrobiologi

Genomisk og serologisk storskalaanalyse i mikrobiologiProsjektets formål er å etablere og anvende metoder for studier av utvalgte mikrobers evne til å forårsake sykdom, typingsmetoder for kartlegging av infeksjonsutbrudd, og nye rasjonelle metoder for mikrobiologisk diagnostikk. Viktige mål er også å utvikle storskalametoder for analyse av immunstatus i forbindelse med befolkningsundersøkelser.Storskalaanalyse innen serologi Når et individ blir infisert av et smittestoff vil kroppens immunforsvar starte produksjon av immunstoffer (antistoffer). Disse antistoffene er så spesifikke at de kan benyttes for å finne ut hvilke smittestoff som gjorde at pasienten ble syk. Å undersøke immunstatus til et individ er en omstendelig og kostbar prosess der man analyserer ett serum og ett smittestoff om gangen. Målet for dette prosjektet er å benytte mikroarray (mikromatrise) teknologi der man kan analysere flere tusen sera på en gang. Dette vil være et nyttig verktøy for kartlegging av immunstatus i en befolkning f. eks. i sammenheng med vaksinasjonsstrategi, og i medisinsk årsaksforskning. Innledende forsøk har vist at mikroarray teknologien er egnet til slikt formål og vi arbeider i øyeblikket med å optimalisere sensitiviteten til metodene ved hjelp av et modellsystem der vi benytter humant albumin og kanin antiserum mot humant albumin. Legionella pneumophila - jakten på gensekvenser assosiert med infeksjonsutbrudd Legionella pneumophila er med jevne mellomrom årsak til infeksjonsutbrudd. Bakterien er meget utbredt i miljøet, men når det oppstår et utbrudd finner man at pasientene som rammes er smittet med nøyaktig samme bakteriestamme (genotype). Vi ønsker å søke etter gensekvenser som er karakteristisk for stammer som er årsak til infeksjonsutbrudd. Ved hjelp av subtraksjonsgenomikk mellom en infeksjonsstamme og en stamme ikke assosiert med infeksjon har vi identifisert og isolert en rekke gensekvenser som bare er tilstede i infeksjonsstammen. Disse er nå klonet og vil testes ut mot andre infeksjons- og miljøstammer. Virulensfaktorer i E.coli Enterohemorrhagisk E.coli (EHEC) kan være årsak til alvorlige infeksjoner, kfr oppslag om alvorlig infeksjon og dødsfall hos små barn i pressen siste par år. En annen undertype som kan gi diarre benevnes enteropatogen E.coli (EPEC). Tidligere arbeid fra vår gruppe har kunnet påvise enkelte gener hos EPEC som er assosiert med langvarig diarre. Vi arbeider nå med teknikker for samtidig påvisning av ulike gener i E.coli som er dokumentert eller antatt å være av sykdomsfremkallende og evt også av prognsotisk betydning. Rutinediagnostikk pr i dag diskriminerer ikke godt mellom potensielt alvorlige og mindre alvorlige typer av diarre-fremkallende E.coli, og evt funn av slike faktorer vil kunne være viktige fra et folkehelsesynspunkt for vurdering av hvilke ressurser og tiltak som skal settes inn. Luftveisprosjektet I løpet av de siste 5 årene er det blitt oppdaget flere nye humane luftveisvirus, deriblant metapneumovirus, bocavirus og flere nye coronavirusvarianter. Vi har i samarbeid med Barne- og ungdomsklinikken høsten 2006 startet en prospektiv studie med innsamling av luftveisprøver (nasofarynksaspirat) og blodprøver fra barn med luftveisinfeksjon samt en kontrollgruppe. Sanntids-PCR anvendes for å diagnostisere en ”luftveispakke” med 17 nye og en rekke kjente agens. De kliniske data registreres fortløpende og lagres i egen database. Alle prøvene lagres i egen biobank. Målet er å inkludere 4000 syke og 500 friske barn over en 5-årsperiode. Dette vil gi oss unike muligheter til å gjennomføre en rekke deskriptive studier av kliniske, epidemiologiske og mikrobiologiske forhold samt en langsiktig forskningssatsning som kan danne grunnlag for å utvikle nye metoder og generere økt medisinsk/biologisk kunnskap omkring luftveisinfeksjoner hos barn. I 2008 ble det undersøkt prøver fra 707 personer. Typing / karakterisering av Gruppe B streptokokker (GBS) GBS kan forårsake alvorlige infeksjonersykdommer (f.eks blodforgiftning og hjernehinnebetennelse), spesielt hos nyfødte. Invasive GBS-isolater (fra Norge, Sverige, Zimbabwe og Australia) blir karakterisert med fenotypiske og genotypiske teknikker ved Avd for medisinsk mikrobiologi, St Olavs Hospital, som er nasjonalt referanselaboratorium for GBS. Spesielt for oppklaring av evt utbrudd av GBS-sykdom er det behov for raske og presise metoder som raskt vil kunne påvise likheter blant isolater som tegn på pågående smittespredning. Vi har nå identifisert flere velegnete kandidatgener for slik karakterisering, og det arbeides nå med implementering av en metode for rask og definitiv genotypisk karakterisering av multiple isolater.