Infrastruktur proteomikk

Prosjekt

Prosjektnummer: 46040500
Ansvarlig person: Geir Slupphaug
Institusjon: NTNU, IKM
Prosjektkategori: Nytt infrastrukturtiltak
Helsekategori: Cancer, Infection, Inflammatory and Immune System, Stroke, Generic Health Relevance
Forskningsaktivitet: 4. Detection and Diagnosis, 5. Treatment Developement

Rapporter

2015

PROMEC - Kjernefasilitet for Proteomikk og Metabolomikk ved NTNU/HMN

PROMEC skal levere høykvalitets protein- og metabolittanalyser til blant annet forskere ved NTNU og helseregion Midt. Støtte fra HMN til ingeniører og serviceavtaler har vært, og vil være, helt avgjørende for å kunne opprettholde et høykvalitets analysetilbud til forskere i regionen.

Proteinene er «arbeidshestene» og byggeklossene in levende celler og de fleste sykdommer er forbundet med feil utrykk av- eller feil funksjon av ulike proteiner. Dette gjenspeiles også av at hovedtyngden av dagens legemidler har proteiner som mål. Det humane genomet inneholder ca 23 000 proteinkodende gener, men ulike kjemiske modifikasjoner som introduseres gjør at antallet funksjonelt ulike proteiner (proteomet) hos mennesket er langt høyere, sannsynligvis langt over 1 million. Eksakt hvilke proteiner som uttrykkes er ulikt i ulike typer celler og vev, inkludert sykt vev. Analyse av anomalt uttrykte eller modifiserte proteiner kan derfor være svært nyttig som diagnose/prognoseverktøy, subklassifisering av f. eks. kreft, og gi indikasjon på nye målproteiner for terapeutisk intervensjon. I tillegg til proteinanalyser utfører vi også spesifikke metabolittanalyser, som kan gi vital informasjon om fysiologisk tilstand og vevsstatus. Proteom- og metabolittanalyser er derfor svært viktige både for å oppnå ny kunnskap om sykdomsmekanismer, samt å identifisere nye «biomarkører» som kan benyttes både i diagnose og i utvikling av nye legemidler. Storskala analyser av proteiner/metabolitter i ulike vev er arbeidsintensivt og krever spisskompetanse og svært spesialisert, tungt utstyr – hovedsakelig massespektrometrisk analyseutstyr. En har derfor funnet det hensiktsmessig å samle slikt utstyr i større enheter som ulike brukere kan benytte på like vilkår. Dette sikrer både en kritisk masse av kompetanse, optimal tilgjengelighet og utnyttelse av instrumentene samt bedre økonomi i forhold til service og vedlikehold. Her har støtten fra Samarbeidsorganet HMN/NTNU vært avgjørende for å sikre høyt kvalifisert ingeniørbemanning og drift av instrumentparken. Ved PROMEC har vi i dag 7 massespektrometre beregnet for ulike protein- og metabolittanalyser. Vi tilbyr både service-baserte analyser, samt opplæring av forskere som ønsker det og tilgang til kjøretid på våre massespektrometriinstrumenter. Vi har også et mål om til enhver tid å ha en oppdatert utstyrspark som kan levere analyseresultat av høyeste kvalitet. Et eksempel er vår etablering av avansert Orbitrap-massespektrometriinstrument (Thermo) i laboratoriet fra des. 2012 (blant annet med støtte fra HMN). Dette har gjort oss i stant til å etablere helt nye metoder innen kvantitativ proteomikk, og å tilby slike metoder til våre brukere i Midt-Norge regionen. Laboratoriet utfører nå slike kvantitative analyser innenfor blant annet beinmargskreft (myelomatose), B-cellelymfom, asbestrelatert mesoteliom (HUNT-materiale), autoimmune sykdommer, treningsfysiologi og nevrobiologi. I 2015 har vi også hatt en sterk økning av kvantitative analyser innen DNA- og RNA modifikasjoner, spesielt av epigenetiske modifikasjoner som 5-meC, 5-OHmeC og modifikasjoner av disse som er intermediater i genetisk reprogrammering, et forskningesfelt som er raskt voksende internasjonalt. Per i dag er et hovedfokus å sikre en langsiktig bemanning av topp kvalifiserte ingeniører ved laboratoriet. Vi har i dag to ingeniører som utfører DNA/RNA-analyser (en lønnet av HMN), en innen computational proteomics (lønnet HMN), 40% ingeniør innen xenobiotika-analyse (NTNU) og en innen kvantitativ proteomikk (NTNU). Sistnevnte er også daglig leder av laboratoriet. Per idag er det et sterkt behov for ytterligere en stilling innen kvantitativ proteomikk for å dekke etterspørselen.

2014

PROMEC - Kjernefasilitet for Proteomikk og Metabolomikk ved NTNU/HMN

PROMEC skal levere høykvalitets protein- og metabolittanalyser til blant annet forskere ved NTNU og StOlav. Støtte fra HMN til serviceavtaler for våre massespektrometriinstrumenter har vært, og vil være, helt avgjørende for å kunne opprettholde et høykvalitets analysetilbud til forskere i regionen.

Proteinene er både «arbeidshestene» og byggeklossene in levende celler og de fleste sykdommer er forbundet med feil utrykk av- eller feil funksjon av ulike proteiner. Dette gjenspeiles også av at hovedtyngden av dagens legemidler har bestemte proteiner som mål. Det humane genomet inneholder ca 23 000 proteinkodende gener, men ulike kjemiske modifikasjoner som introduseres gjør at antallet funksjonelt ulike proteiner (proteomet) hos mennesket er langt høyere, sannsynligvis langt over 1 million. Eksakt hvilke proteiner som uttrykkes er imidlertid ulikt i ulike typer celler og vev, inkludert sykt vev. Analyse av anomalt uttrykte eller modifiserte proteiner kan derfor være svært nyttig som diagnose/prognoseverktøy, subklassifisering av f. eks. kreft, og gi indikasjon på nye målproteiner for terapeutisk intervensjon. I tillegg til proteinanalyser utfører vi også storskala og spesifikke metabolittanalyser, som kan gi vital informasjon om fysiologisk tilstand og vevsstatus. Proteom- og metabolittanalyser er derfor svært viktige både for å oppnå ny kunnskap om sykdomsmekanismer, samt å identifisere nye «biomarkører» som kan benyttes både i diagnose og i utvikling av nye legemidler. Storskala analyser av proteiner/metabolitter i ulike vev er arbeidsintensivt, spesielt i etableringsfasen og krever svært spesialisert, tungt utstyr – hovedsakelig massespektrometrisk analyseutstyr. En har derfor funnet det hensiktsmessig å samle slikt utstyr i større enheter som ulike brukere kan benytte på like vilkår. Dette sikrer både en kritisk masse av kompetanse, optimal tilgjengelighet og utnyttelse av instrumentene samt bedre økonomi i forhold til service og vedlikehold. Her har støtten fra Samarbeidsorganet HMN/NTNU vært avgjørende for å sikre drift av instrumentparken. Ved PROMEC har vi i dag 6 massespektrometre beregnet for ulike protein- og metabolittanalyser og ett nytt (triple-quadrupol) instrument under innkjøp. Vi tilbyr både service-baserte analyser, samt opplæring av forskere som ønsker det og tilgang til kjøretid på våre massespektrometriinstrumenter. Vi har også et mål om til enhver tid å ha en oppdatert utstyrspark som kan levere analyseresultat av høyeste kvalitet. Et eksempel er vår nyetablering av avansert Orbitrap-massespektrometriinstrument (Thermo) i laboratoriet fra des. 2012 (blant annet med støtte fra HMN). Dette har gjort oss i stant til å etablere helt nye metoder innen kvantitativ proteomikk, og å tilby slike metoder til våre brukere i Midt-Norge regionen. Laboratoriet utfører nå slike kvantitative analyser innenfor blant annet beinmargskreft (myelomatose), B-cellelymfom, asbestrelatert mesoteliom (HUNT-materiale), autoimmune sykdommer, treningsfysiologi og nevrobiologi. I 2014 har vi også hatt en sterk økning av kvantitative analyser innen DNA- og RNA modifikasjoner, spesielt av epigenetiske modifikasjoner som 5-meC, 5-OHmeC og modifikasjoner av disse som er intermediater i genetisk reprogrammering. Nyanskaffelse av tripleQ-instrument i 2015 vil hovedsakelig understøtte sistnevnte analyser, innen et forskningesfelt som er raskt voksende internasjonalt. Instrumentparken krever at PROMEC til enhver tid har serviceavtaler for sine instrumenter. HMN har til nå bidratt til å finansiere slike serviceavtaler, noe som har vært avgjørende for virksomheten. Denne støtten utløper i 2015, og det vil bety svært mye for aktiviteten ved laboratoriet at den blir opprettholdt.

2013

PROMEC - Kjernefasilitet for Proteomikk og Metabolomikk ved NTNU/HMN

Laboratoriet er en videreføring av FUGE proteomikklaboratoriet ved NTNU, og ble etablert som kjernefasilitet ved NTNU/HMN fra 2012. Laboratoriet skal levere høykvalitets protein- og metabolittanalyser til blant annet forskere ved NTNU og StOlav. Støtte fra HMN til serviceavtaler og delfinansiering av ny Orbitrap-MS har vært avgjørende for aktiviteten i 2013

Proteinene er både «arbeidshestene» og byggeklossene in levende celler og som er sykdom forbundet med feil utrykk av- eller feil funksjon av bestemte proteiner. Dette gjenspeiles også av at hovedtyngden av dagens legemidler har bestemte proteiner som mål. Det humane genomet inneholder ca 23 000 proteinkodende gener, men ulike kjemiske modifikasjoner som introduseres etter at de primære proteinene er dannet, gjør at antallet funksjonelt ulike proteiner (proteomet) hos mennesket er langt høyere, sannsynligvis langt over 1 million. Eksakt hvilke proteiner som uttrykkes er imidlertid ulikt i ulike typer celler og vev, inkludert sykt vev. I tillegg til proteinanalyser kan vi også analysere en del cellulære metabolitter og legemiddelmetabolitter. Dette er mindre molekyler enn proteiner, men kan likevel gi vital informasjon om fysiologisk tilstand og vevsstatus. Proteom- og metabolittanalyser er derfor svært viktige både for å oppnå ny kunnskap om sykdomsmekanismer, samt å identifisere nye «biomarkører» som kan benyttes både i diagnose og i utvikling av nye legemidler. Storskala analyser av proteiner/metabolitter i ulike vev er arbeidsintensivt, spesielt i etableringsfasen og krever svært spesialisert, tungt utstyr – hovedsakelig massespektrometrisk analyseutstyr. En har derfor funnet det hensiktsmessig å samle slikt utstyr i større enheter som ulike brukere kan benytte på like vilkår. Dette sikrer både en kritisk masse av kompetanse, optimal tilgjengelighet og utnyttelse av instrumentene samt bedre økonomi i forhold til service og vedlikehold. Her har støtten fra Samarbeidsorganet HMN/NTNU vært avgjørende for å sikre drift av instrumentparken.Ved PROMEC – Kjernefasilitet for Proteomikk og metabolomikk ved NTNU/HMN har vi i dag 7 massespektrometre beregnet for ulike protein- og metabolittanalyser. Vi tilbyr både service-baserte analyser, samt opplæring av forskere som ønsker det og tilgang til kjøretid på våre massespektrometriinstrumenter. Vi har også et mål om til enhver tid å ha en oppdatert utstyrspark som kan levere analyseresultat av høyeste kvalitet. Et eksempel er vår nyetablering av avansert Orbitrap-massespektrometriinstrument (Thermo) i laboratoriet fra des. 2012 (blant annet med støtte fra HMN). Dette har gjort oss i stant til å etablere helt nye metoder innen kvantitativ proteomikk, og å tilby slike metoder til våre brukere i Midt-Norge regionen. Laboratoriet utfører nå slike kvantitative analyser innenfor blant annet beinmargskreft (myelomatose), B-cellelymfom, autoimmune sykdommer, treningsfysiologi og nevrobiologi.

2012

PROMEC - Kjernefasilitet for Proteomikk og Metabolomikk ved NTNU/HMN

Laboratoriet er en videreføring av FUGE proteomikklaboratoriet ved NTNU, og ble etablert som kjernefasilitet ved NTNU/HMN fra 2012. Laboratoriet skal levere høykvalitets protein- og metabolittanalyser til blant annet forskere ved NTNU og StOlav. Støtte fra HMN til serviceavtaler har vært avgjørende for drift av instrumentparken.

Proteinene er både «arbeidshestene» og byggeklossene in levende celler og som er sykdom forbundet med feil utrykk av- eller feil funksjon av bestemte proteiner. Dette gjenspeiles også av at hovedtyngden av dagens legemidler har bestemte proteiner som mål. Det humane genomet inneholder ca 23 000 proteinkodende gener, men ulike kjemiske modifikasjoner som introduseres etter at de primære proteinene er dannet, gjør at antallet funksjonelt ulike proteiner (proteomet) hos mennesket er langt høyere, sannsynligvis langt over 1 million. Eksakt hvilke proteiner som uttrykkes er imidlertid ulikt i ulike typer celler og vev, inkludert sykt vev. I tillegg til proteinanalyser kan vi også analysere ulike cellulære metabolitter og legemiddelmetabolitter. Dette er mindre molekyler enn proteiner, men kan likevel gi vital informasjon om fysiologisk tilstand og vevsstatus. Proteom- og metabolittanalyser er derfor svært viktige både for å oppnå ny kunnskap om sykdomsmekanismer, samt å identifisere nye «biomarkører» som kan benyttes både i diagnose og i utvikling av nye legemidler. Storskala analyser av proteiner/metabolitter i ulike vev er arbeidsintensivt, spesielt i etableringsfasen og krever svært spesialisert, tungt utstyr – hovedsakelig massespektrometrisk analyseutstyr. En har derfor funnet det hensiktsmessig å samle slikt utstyr i større enheter som ulike brukere kan benytte på like vilkår. Dette sikrer både en kritisk masse av kompetanse, optimal tilgjengelighet og utnyttelse av instrumentene samt bedre økonomi i forhold til service og vedlikehold. Her har støtten fra Samarbeidsorganet HMN/NTNU vært avgjørende for å sikre drift av instrumentparken.Ved PROMEC – Kjernefasilitet for Proteomikk og metabolomikk ved NTNU/HMN har vi i dag 7 massespektrometre beregnet for ulike protein- og metabolittanalyser. Vi tilbyr både service-baserte analyser, samt opplæring av forskere som ønsker det og tilgang til kjøretid på våre massespektrometriinstrumenter. Vi har også et mål om til enhver tid å ha en oppdatert utstyrspark som kan levere analyseresultat av høyeste kvalitet. Et eksempel er vår nyetablering av avansert Orbitrap-massespektrometriinstrument (Thermo) i laboratoriet fra des. 2012 (blant annet med støtte fra HMN). Dette gjør oss nå i stant til å etablere helt nye metoder innen kvantitativ proteomikk, og å tilby slike metoder til våre brukere i Midt-Norge regionen. Laboratoriet er nå i gang med å etablere slike kvantitative analyser innenfor blant annet beinmargskreft (myelomatose).

PROMEC Homepage: http://www.ntnu.edu/dmf/promec

2011

FUGE proteomikklaboratoriet ved NTNU/HMN

De fleste sykdommer er assosiert med unormal ekspresjon eller unormal funksjon av bestemte proteiner, og de aller fleste av dagens legemidler er direkte rettet mot proteiner. Proteomikkanalyser kan her identifisere og karakterisere nye sykdoms-assosierte proteiner og derved bidra til forbedret diagnose, prognose og behandling.

Infrastrukturstøtten fra HMN har bidratt til å kunne inngå serviceavtaler for analyseutstyr ved FUGE Proteomikklaboratoriet, NTNU. Laboratoriet har hatt status som en Midt-Norsk node innenfor det nasjonale proteomikkonsortiet NorProteomics under hele FUGE II-perioden, og har under denne perioden utført protein- og proteomikkanalyser for en lang rekke forskere i regionen. Hovedvekt av analysene har ligget innenfor separasjon av komplekse proteinblandinger, massespektrometrisk identifikasjon av proteiner, proteinsekvensering og identifikasjon av post-translasjonelle modifikasjoner som fosforylering og ubiquitinylering. En vesentlig del av analysene har vært rettet mot kreft-relaterte problemstillinger, men laboratoriet har også bidratt blant annet innenfor infeksjon, autoimmun sykdom og molekylære mekanismer i adaptiv immunitet. Laboratoriet har i dag blant annet 6 massespektrometriinstrument, og støtten fra HMN har vært svært viktig bidrag til å opprettholde driften av instrumentparken.

Fra 2012 får laboratoriet status som kjernefasilitet ved NTNU/HMN, (Proteomics and Metabolomics Core- PROMEC) og et av hovedmålene vil være å kunne tilby enda bedre proteomikkanalyser til medisinske forskere i helseregionen, inkludert kliniske forskere. Laboratoriet er nå utvidet til også å omfatte metabolittanalyser, og vi vil tilby både service-baserte analyser, samt opplæring av forskere som ønsker det og tilgang til kjøretid på våre massespektrometriinstrumenter. Vi har også et mål om til enhver tid å ha en oppdatert utstyrspark som kan levere analyseresultat av høyeste kvalitet.

PROMEC Homepage: http://www.ntnu.edu/dmf/promec

2010

FUGE Proteomikklaboratoriet ved NTNU

Proteomikklaboratoriet ved NTNU ble en del av det Norske FUGE Proteomikkkonsortiet fra 2008. Laboratoriet i Treondheim er lokalisert til 4. etg. Laboratoriesenteret ved Det Medisinske Fakultet.

Det er et stort behov for identifisering av nye biomarkører for å kunne gi en tidlig og presis diagnose for en rekke sykdommer, inkludert ulike kreftformer. Biomarkører vil også gi informasjon om optimalt behandlingsregime, samt prognostisk informasjon. I dag benyttes storskala (mikroarray) transkriptomanalyse og SNP-analyser i utstrakt grad til slike analyser. Disse analysene gir imidlertid bare begrenset informasjon om proteinuttrykk, og proteomanalyser vil ofte måtte utføres i tillegg for å verifisere data og dra biologisk relevant informasjon ut fra transkriptomanalyser. Proteiner utgjør i tillegg de langt fleste mål for legemiddelintervensjon, noe som også bidrar til behovet for identifikasjon av nye proteinbiomarkører.

Hoveddelen av servicevirksomheten omfatter identifikasjon av proteiner i ulike biologiske prøver, peptidsekvensering, inkludert posisjonsbestemmelse av ulike post-translasjonelle proteinmodifikasjoner (f. eks. fosforylering, acetylering, ubiquitinylering mv). Ved kapasitet kan laboratoriet også utføre kvantitative proteomanalyser.

Kjernevirksomheten for laboratoriet har siden starten i 2001 ligget innenfor molekylære mekanismer for genomstabilitet og DNA-reparasjon. Her har identifikasjon av proteinkompleks involvert direkte i "sensing", signalisering og reparasjon av DNA-skade vært viktig, og har bidratt til å oppklare flere fundamentale prosesser. En lang rekke forskere, PhD og post-doc. kandidater fra andre fagfelt har imidlertid også utført analyser ved laboratoriet som en del av sitt forskningsarbeid.

Vitenskapelige artikler

Ke S, Alemu EA, Mertens C, Gantman EC, Fak JJ, Mele A, Haripal B, Zucker-Scharff I, Moore MJ, Park CY, Vågbø CB, Kussnierczyk A, Klungland A, Darnell JE, Darnell RB

A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3' UTR regulation.

Genes Dev 2015 Oct 1;29(19):2037-53. Epub 2015 sep 24

PMID: 26404942

Rolim N, Skårdal K, Høydal M, Sousa MM, Malmo V, Kaurstad G, Ingul CB, Hansen HE, Alves MN, Thuen M, Haraldseth O, Brum PC, Slupphaug G, Loennechen JP, Stølen T, Wisløff U

Aerobic interval training reduces inducible ventricular arrhythmias in diabetic mice after myocardial infarction.

Basic Res Cardiol 2015;110(4):44. Epub 2015 jun 26

PMID: 26112154

Mjelle R, Hegre SA, Aas PA, Slupphaug G, Drabløs F, Saetrom P, Krokan HE

Cell cycle regulation of human DNA repair and chromatin remodeling genes.

DNA Repair (Amst) 2015 Jun;30():53-67. Epub 2015 mar 28

PMID: 25881042

Zub KA, Sousa MM, Sarno A, Sharma A, Demirovic A, Rao S, Young C, Aas PA, Ericsson I, Sundan A, Jensen ON, Slupphaug G

Modulation of cell metabolic pathways and oxidative stress signaling contribute to acquired melphalan resistance in multiple myeloma cells.

PLoS One 2015;10(3):e0119857. Epub 2015 mar 13

PMID: 25769101

Kataya AR, Heidari B, Hagen L, Kommedal R, Slupphaug G, Lillo C

Protein phosphatase 2A holoenzyme is targeted to peroxisomes by piggybacking and positively affects peroxisomal ß-oxidation.

Plant Physiol 2015 Feb;167(2):493-506. Epub 2014 des 8

PMID: 25489022

Pettersen HS, Galashevskaya A, Doseth B, Sousa MM, Sarno A, Visnes T, Aas PA, Liabakk NB, Slupphaug G, Sætrom P, Kavli B, Krokan HE

AID expression in B-cell lymphomas causes accumulation of genomic uracil and a distinct AID mutational signature.

DNA Repair (Amst) 2015 Jan;25():60-71. Epub 2014 nov 24

PMID: 25486549

Hagen L, Sharma A, Aas PA, Slupphaug G

Off-target responses in the HeLa proteome subsequent to transient plasmid-mediated transfection.

Biochim Biophys Acta 2015 Jan;1854(1):84-90. Epub 2014 nov 5

PMID: 25448019

Bjørge MD, Hildrestrand GA, Scheffler K, Suganthan R, Rolseth V, Kusnierczyk A, Rowe AD, Vågbø CB, Vetlesen S, Eide L, Slupphaug G, Nakabeppu Y, Bredy TW, Klungland A, Bjørås M

Synergistic Actions of Ogg1 and Mutyh DNA Glycosylases Modulate Anxiety-like Behavior in Mice.

Cell Rep 2015 Dec 29;13(12):2671-8. Epub 2015 des 17

PMID: 26711335

Baglo Y, Peng Q, Hagen L, Berg K, Høgset A, Drabløs F, Gederaas OA

Studies of the photosensitizer disulfonated meso-tetraphenyl chlorin in an orthotopic rat bladder tumor model.

Photodiagnosis Photodyn Ther 2015 Mar;12(1):58-66. Epub 2015 jan 6

PMID: 25575731

Olaisen C, Müller R, Nedal A, Otterlei M

PCNA-interacting peptides reduce Akt phosphorylation and TLR-mediated cytokine secretion suggesting a role of PCNA in cellular signaling.

Cell Signal 2015 Jul;27(7):1478-87. Epub 2015 mar 20

PMID: 25797046

Zhao Y, Hellum BH, Liang A, Nilsen OG

Inhibitory Mechanisms of Human CYPs by Three Alkaloids Isolated from Traditional Chinese Herbs.

Phytother Res 2015 Jun;29(6):825-34. Epub 2015 jan 30

PMID: 25640685

Thu OK, Spigset O, Nilsen OG, Hellum B

Effect of commercial Rhodiola rosea on CYP enzyme activity in humans.

Eur J Clin Pharmacol 2015 Nov 28. Epub 2015 nov 28

PMID: 26613955

Weaver LJ, Sousa MM, Wang G, Baidoo E, Petzold CJ, Keasling JD

A kinetic-based approach to understanding heterologous mevalonate pathway function in E. coli.

Biotechnol Bioeng 2015 Jan;112(1):111-9. Epub 2014 aug 19

PMID: 24981116

Krokan Hans E, Sætrom Pål, Aas Per Arne, Pettersen Henrik Sahlin, Kavli Bodil, Slupphaug Geir

Error-free versus mutagenic processing of genomic uracil--relevance to cancer.

DNA Repair (Amst) 2014 Jul;19():38-47. Epub 2014 apr 18

PMID: 24746924

Lysvand Hilde, Hagen Lars, Klubicka Lidija, Slupphaug Geir, Iversen Ole-Jan

Psoriasis pathogenesis - Pso p27 is generated from SCCA1 with chymase.

Biochim Biophys Acta 2014 May;1842(5):734-8. Epub 2014 feb 18

PMID: 24560885

Zdzalik Daria, Vågbø Cathrine B, Kirpekar Finn, Davydova Erna, Puscian Alicja, Maciejewska Agnieszka M, Krokan Hans E, Klungland Arne, Tudek Barbara, van den Born Erwin, Falnes Pål Ø

Protozoan ALKBH8 oxygenases display both DNA repair and tRNA modification activities.

PLoS One 2014;9(6):e98729. Epub 2014 jun 10

PMID: 24914785

Wallenius Anders, Hauser Jannek, Aas Per Arne, Sarno Antonio, Kavli Bodil, Krokan Hans E, Grundström Thomas

Expression and recruitment of uracil-DNA glycosylase are regulated by E2A during antibody diversification.

Mol Immunol 2014 Jul;60(1):23-31. Epub 2014 apr 18

PMID: 24747958

Hu Yi, Ericsson Ida, Doseth Berit, Liabakk Nina B, Krokan Hans E, Kavli Bodil

Activation-induced cytidine deaminase (AID) is localized to subnuclear domains enriched in splicing factors.

Exp Cell Res 2014 Mar 10;322(1):178-92. Epub 2014 jan 13

PMID: 24434356

Baglo Yan, Hagen Lars, Høgset Anders, Drabløs Finn, Otterlei Marit, Gederaas Odrun A

Enhanced efficacy of bleomycin in bladder cancer cells by photochemical internalization.

Biomed Res Int 2014;2014():921296. Epub 2014 jun 30

PMID: 25101299

Batth Tanveer S, Singh Pragya, Ramakrishnan Vikram R, Sousa Mirta M L, Chan Leanne Jade G, Tran Huu M, Luning Eric G, Pan Eva H Y, Vuu Khanh M, Keasling Jay D, Adams Paul D, Petzold Christopher J

A targeted proteomics toolkit for high-throughput absolute quantification of Escherichia coli proteins.

Metab Eng 2014 Sep 7;26C():48-56. Epub 2014 sep 7

PMID: 25205128

Johannessen Helene, Kodama Yosuke, Zhao Chun-Mei, Sousa Mirta M L, Slupphaug Geir, Kulseng Bård, Chen Duan

Eating behavior and glucagon-like peptide-1-producing cells in interposed ileum and pancreatic islets in rats subjected to ileal interposition associated with sleeve gastrectomy.

Obes Surg 2013 Jan;23(1):39-49.

PMID: 22949011

Vågbø Cathrine Broberg, Svaasand Eva K, Aas Per A, Krokan Hans E

Methylation damage to RNA induced in vivo in Escherichia coli is repaired by endogenous AlkB as part of the adaptive response.

DNA Repair (Amst) 2013 Mar 1;12(3):188-95. Epub 2012 des 29

PMID: 23276627

Hegre Siv A, Sætrom Pål, Aas Per A, Pettersen Henrik S, Otterlei Marit, Krokan Hans E

Multiple microRNAs may regulate the DNA repair enzyme uracil-DNA glycosylase.

DNA Repair (Amst) 2013 Jan 1;12(1):80-6. Epub 2012 des 8

PMID: 23228472

Zheng Guanqun, Dahl John Arne, Niu Yamei, Fedorcsak Peter, Huang Chun-Min, Li Charles J, Vågbø Cathrine B, Shi Yue, Wang Wen-Ling, Song Shu-Hui, Lu Zhike, Bosmans Ralph P G, Dai Qing, Hao Ya-Juan, Yang Xin, Zhao Wen-Ming, Tong Wei-Min, Wang Xiu-Jie, Bogdan Florian, Furu Kari, Fu Ye, Jia Guifang, Zhao Xu, Liu Jun, Krokan Hans E, Klungland Arne, Yang Yun-Gui, He Chuan

ALKBH5 is a mammalian RNA demethylase that impacts RNA metabolism and mouse fertility.

Mol Cell 2013 Jan 10;49(1):18-29. Epub 2012 nov 21

PMID: 23177736

Jørgensen Arve, Foster Philip P, Brubakk Alf O, Eftedal Ingrid

Effects of hyperbaric oxygen preconditioning on cardiac stress markers after simulated diving.

Physiol Rep 2013 Nov;1(6):e00169. Epub 2013 nov 24

PMID: 24400168

Hu Yi, Ericsson Ida, Torseth Kathrin, Methot Stephen P, Sundheim Ottar, Liabakk Nina B, Slupphaug Geir, Di Noia Javier M, Krokan Hans E, Kavli Bodil

A combined nuclear and nucleolar localization motif in activation-induced cytidine deaminase (AID) controls immunoglobulin class switching.

J Mol Biol 2013 Jan 23;425(2):424-43. Epub 2012 nov 23

PMID: 23183374

Sousa Mirta M L, Zub Kamila Anna, Aas Per Arne, Hanssen-Bauer Audun, Demirovic Aida, Sarno Antonio, Tian Erming, Liabakk Nina B, Slupphaug Geir

An inverse switch in DNA base excision and strand break repair contributes to melphalan resistance in multiple myeloma cells.

PLoS One 2013;8(2):e55493. Epub 2013 feb 6

PMID: 23405159

Galashevskaya Anastasia, Sarno Antonio, Vågbø Cathrine B, Aas Per A, Hagen Lars, Slupphaug Geir, Krokan Hans E

A robust, sensitive assay for genomic uracil determination by LC/MS/MS reveals lower levels than previously reported.

DNA Repair (Amst) 2013 Sep;12(9):699-706. Epub 2013 jun 3

PMID: 23742752

Johnsen Anne Berit, Rolim Natale P L, Stølen Tomas, Alves Marcia, Sousa Mirta M L, Slupphaug Geir, Britton Steven L, Koch Lauren G, Smith Godfrey L, Wisløff Ulrik, Høydal Morten A

Atrial myocyte function and Ca2+ handling is associated with inborn aerobic capacity.

PLoS One 2013;8(10):e76568. Epub 2013 okt 16

PMID: 24146891

Wollen Steen Kristian, Doseth Berit, P Westbye Marianne, Akbari Mansour, Kang Dongchon, Falkenberg Maria, Slupphaug Geir

mtSSB may sequester UNG1 at mitochondrial ssDNA and delay uracil processing until the dsDNA conformation is restored.

DNA Repair (Amst) 2012 Jan;11(1):82-91. Epub 2011 des 5

PMID: 22153281

Doseth Berit, Ekre Cecilie, Slupphaug Geir, Krokan Hans E, Kavli Bodil

Strikingly different properties of uracil-DNA glycosylases UNG2 and SMUG1 may explain divergent roles in processing of genomic uracil.

DNA Repair (Amst) 2012 Jun;11(6):587-93. Epub 2012 apr 6

PMID: 22483865

Roberts Victoria A, Pique Michael E, Hsu Simon, Li Sheng, Slupphaug Geir, Rambo Robert P, Jamison Jonathan W, Liu Tong, Lee Jun H, Tainer John A, Ten Eyck Lynn F, Woods Virgil L

Combining H/D exchange mass spectroscopy and computational docking reveals extended DNA-binding surface on uracil-DNA glycosylase.

Nucleic Acids Res 2012 Jul;40(13):6070-81. Epub 2012 apr 6

PMID: 22492624

Torseth Kathrin, Doseth Berit, Hagen Lars, Olaisen Camilla, Liabakk Nina-Beate, Græsmann Heidi, Durandy Anne, Otterlei Marit, Krokan Hans E, Kavli Bodil, Slupphaug Geir

The UNG2 Arg88Cys variant abrogates RPA-mediated recruitment of UNG2 to single-stranded DNA.

DNA Repair (Amst) 2012 Jun;11(6):559-69. Epub 2012 apr 20

PMID: 22521144

Vågbø Cathrine Broberg, Svaasand Eva K, Aas Per A, Krokan Hans E

Methylation damage to RNA induced in vivo in Escherichia coli is repaired by endogenous AlkB as part of the adaptive response.

DNA Repair (Amst) 2013 Mar 1;12(3):188-95. Epub 2012 des 29

PMID: 23276627

Meza Trine J, Moen Marivi N, Vågbø Cathrine B, Krokan Hans E, Klungland Arne, Grini Paul E, Falnes Pål Ø

The DNA dioxygenase ALKBH2 protects Arabidopsis thaliana against methylation damage.

Nucleic Acids Res 2012 Aug;40(14):6620-31. Epub 2012 apr 24

PMID: 22532610

Sousa Mirta Ml, Steen Kristian W, Hagen Lars, Slupphaug Geir

Antibody cross-linking and target elution protocols used for immunoprecipitation significantly modulate signal-to noise ratio in downstream 2D-PAGE analysis.

Proteome Sci 2011;9():45. Epub 2011 aug 4

PMID: 21816076

Hanssen-Bauer Audun, Solvang-Garten Karin, Sundheim Ottar, Peña-Diaz Javier, Andersen Sonja, Slupphaug Geir, Krokan Hans E, Wilson David M, Akbari Mansour, Otterlei Marit

XRCC1 coordinates disparate responses and multiprotein repair complexes depending on the nature and context of the DNA damage.

Environ Mol Mutagen 2011 Oct;52(8):623-35. Epub 2011 jul 22

PMID: 21786338

Pettersen Henrik Sahlin, Visnes Torkild, Vågbø Cathrine Broberg, Svaasand Eva K, Doseth Berit, Slupphaug Geir, Kavli Bodil, Krokan Hans E

UNG-initiated base excision repair is the major repair route for 5-fluorouracil in DNA, but 5-fluorouracil cytotoxicity depends mainly on RNA incorporation.

Nucleic Acids Res 2011 Oct;39(19):8430-44. Epub 2011 jul 10

PMID: 21745813

Doseth Berit, Visnes Torkild, Wallenius Anders, Ericsson Ida, Sarno Antonio, Pettersen Henrik Sahlin, Flatberg Arnar, Catterall Tara, Slupphaug Geir, Krokan Hans E, Kavli Bodil

Uracil-DNA glycosylase in base excision repair and adaptive immunity: species differences between man and mouse.

J Biol Chem 2011 May;286(19):16669-80. Epub 2011 mar 23

PMID: 21454529

Baglo Yan, Sousa Mirta M L, Slupphaug Geir, Hagen Lars, Håvåg Sissel, Helander Linda, Zub Kamila A, Krokan Hans E, Gederaas Odrun A

Photodynamic therapy with hexyl aminolevulinate induces carbonylation, posttranslational modifications and changed expression of proteins in cell survival and cell death pathways.

Photochem Photobiol Sci 2011 Jul;10(7):1137-45. Epub 2011 mar 30

PMID: 21448498

Iversen Ole-Jan, Lysvand Hilde, Hagen Lars

The autoantigen Pso p27: a post-translational modification of SCCA molecules.

Autoimmunity 2011 May;44(3):229-34. Epub 2011 jan 14

PMID: 21231892

Kristiansen E, Ramløv H, Højrup P, Pedersen S A, Hagen L, Zachariassen K E

Structural characteristics of a novel antifreeze protein from the longhorn beetle Rhagium inquisitor.

Insect Biochem Mol Biol 2011 Feb;41(2):109-17. Epub 2010 nov 13

PMID: 21078390

Robertson Adam B, Dahl John A, Vågbø Cathrine B, Tripathi Pankaj, Krokan Hans E, Klungland Arne

A novel method for the efficient and selective identification of 5-hydroxymethylcytosine in genomic DNA.

Nucleic Acids Res 2011 Apr;39(8):e55. Epub 2011 feb 7

PMID: 21300643

van den Born Erwin, Vågbø Cathrine B, Songe-Møller Lene, Leihne Vibeke, Lien Guro F, Leszczynska Grazyna, Malkiewicz Andrzej, Krokan Hans E, Kirpekar Finn, Klungland Arne, Falnes Pål Ø

ALKBH8-mediated formation of a novel diastereomeric pair of wobble nucleosides in mammalian tRNA.

Nat Commun 2011;2():172. Epub 2011 feb 1

PMID: 21285950

Monsen Vivi Talstad, Sundheim Ottar, Aas Per Arne, Westbye Marianne P, Sousa Mirta M L, Slupphaug Geir, Krokan Hans E

Divergent ß-hairpins determine double-strand versus single-strand substrate recognition of human AlkB-homologues 2 and 3.

Nucleic Acids Res 2010 Oct;38(19):6447-55. Epub 2010 jun 4

PMID: 20525795

Bergstroem Bjarte, Johnsen Ingvild B, Nguyen Thuy Thanh, Hagen Lars, Slupphaug Geir, Thommesen Liv, Anthonsen Marit W

Identification of a novel in vivo virus-targeted phosphorylation site in interferon regulatory factor-3 (IRF3).

J Biol Chem 2010 Aug;285(32):24904-14. Epub 2010 mai 28

PMID: 20511230

Akbari Mansour, Solvang-Garten Karin, Hanssen-Bauer Audun, Lieske Nora Valeska, Pettersen Henrik Sahlin, Pettersen Grete Klippenvåg, Wilson David M, Krokan Hans E, Otterlei Marit

Direct interaction between XRCC1 and UNG2 facilitates rapid repair of uracil in DNA by XRCC1 complexes.

DNA Repair (Amst) 2010 Jul;9(7):785-95. Epub 2010 mai 13

PMID: 20466601

Andersen, Martin Vejle; Doseth, Berit; Hem, Cecilie Anne Dahl; Brembu, Tore; Winge, Per; Slupphaug, Geir; Bones, Atle M

Purification and characterisation of an unusual DNA glycosylase in diatoms

3rd Erling Seeberg Symposium on DNA Repair; 2012-06-19 - 2012-06-24

Iveland, Tobias Solli; Steen, Kristian Wollen; Hagen, Lars; Slupphaug, Geir

Ubiquitin independent proteosomal degradation of Uracil DNA Glycosylase 2

3rd Erling Seeberg Symposium; 2012-06-19 - 2012-06-24

Andersen, Martin Vejle; Doseth, Berit; Hem, Cecilie Anne Dahl; Brembu, Tore; Winge, Per; Slupphaug, Geir; Bones, Atle M.

Purification and characterisation of an unusual DNA glycosylase in diatoms

22nd International Diatom Symposium; 2012-08-26 - 2012-08-31

Slupphaug, Geir

Proteomikk-kjernefasilitet ved NTNU/HMN Hva kan vi tilby av analyser?

Fredagsforedrag StOlav; 2012-05-25

Hagen, Lars

The Proteomics and metabolomics core facility

NTNU Bioinformatics Network Seminar 2012; 2012-10-18 - 2012-10-19

Hagen, Lars

The Trondheim node of NorProteomics.

7th Norwegian Proteomics society meeting; 2012-03-19 - 2012-03-20

Hultmann, Lisbeth; Phu, Tran Minh; Tobiassen, Torbjørn; Aas-Hansen, Øyvind; Jessen, Flemming; Hagen, Lars; Rustad, Turid

Håndteringsstress og lagringstemperatur påvirker kvaliteten til oppdrettstorsk

Programkonferansen HAVBRUK 2012; 2012-04-16 - 2012-04-18

Krokan, Hans Einar

Uracil in DNA – Generation and Processing.

4th Genome Dynamics in Neuroscience, Genome Instability in Aging and Brain Disease; 2012-09-19 - 2012-09-22

Baglo, Yan; Sousa, Mirta; Slupphaug, Geir; Hagen, Lars; Håvåg, Sissel; Helander, Linda; Zub, Kamila; Krokan, Hans Einar; Gederaas, Odrun Arna

Photodynamic therapy with hexyl aminolevulinate induces carbonylation, posttranslational modifications and changed expression of

EMBO Cancer Proteomics conf. 2011

Baglo, Yan; Müller, Rebekka; Otterlei, Marit; Gederaas, Odrun Arna.

Analysis of stress responses induced by hexylaminolevulinate-mediated photodynamic treatment

14th Congress of the European Society for Photobiology; 2011

Felberg, H.S., Hagen, L., Slupphaug, G., Batista, I., Nunes, M.L., Olsen, R.L., Martinez, I.

Partial characterization of gelatinolytic activities in herring (Clupea harengus) and sardine (Sardina pilchardus) possibly invo

Food Chem.2010, 119: 675-683

Baglo, Yan.

Effects of Photodynamic Therapy on Protein Expression in Rat Bladder Cancer Cells

NTNU-trykk 2010

Doktorgrader

Linda Helander

HEXYLAMINOLEVULINATE PHOTODYNAMIC TREATMENT OF CANCER CELL LINES

Disputert:: juni 2015
Hovedveileder:: Hans E. Krokan

Robin Mjelle

Multiple layers of gene regulation: the cell cycle, epigenetics and ,microRNAs

Disputert:: mars 2015
Hovedveileder:: Hans E. Krokan

Antonio Sarno

Uracil in DNA - necessary intermediate for antibody maturation and mutagenic lesion

Disputert:: juni 2015
Hovedveileder:: Hans E. Krokan

Jose Bianco Moreira

Therapeutic Targeting of Cardiac PI3K-AKT Signaling

Disputert:: oktober 2015
Hovedveileder:: Ulrik Wisløff

Kamila Ana Zub

Proteomic approaches to improve cancer therapy - Identifying factors contributing to melphalan resistance in multiple myeloma..

Disputert:: mai 2014
Hovedveileder:: Geir Slupphaug

Yan Baglo

Preclinical studies of photodynamic therapy and photochemical internalization in bladder cancer

Disputert:: juni 2014
Hovedveileder:: Finn Drabløs

Anastasia Galashevskaya

Multiple functions of base excision repair proteins: relevance to RNA quality control and B-cell lymphomagenesis

Disputert:: november 2014
Hovedveileder:: Hans Einar Krokan

Kathrin Gravvold Torseth

Induction and Processing of Uracil in the human genome: Molecular regulation of Activation-Induced Cytidine Deaminase and UNG

Disputert:: mai 2013
Hovedveileder:: Geir Slupphaug

Mirta Mittelstedt Leal de Sousa

Proteomics analysis of proteins involved in DNA base repair and cancer therapy

Disputert:: mars 2012
Hovedveileder:: Geir Slupphaug

Vivi Talstad Monsen

Mechanisms of Alkylation damage repair by human AlkB homologues

Disputert:: mai 2010
Hovedveileder:: Hans E. Krokan

Karin Margaretha Gilljam

DNA repair protein complexes, functionality and significance for repair efficiency and cell survival

Disputert:: august 2010
Hovedveileder:: Marit Otterlei

Deltagere

Geir Slupphaug Prosjektleder NTNU
Davi de Miranda Fonseca Prosjektleder NTNU
Animesh Sharma Prosjektdeltaker NTNU, UiB
Cathrine Broberg Vågbø Prosjektdeltaker NTNU
Anna Kusnierczyk Prosjektdeltaker NTNU
Bent Håvard Hellum Prosjektdeltaker NTNU
Sissel Skarra Prosjektdeltaker NTNU
Turid Nilsen Prosjektdeltaker NTNU, HIST
Geir Slupphaug Prosjektleder
Lars Hagen Prosjektleder NTNU
Sissel Håvåg Prosjektdeltaker NTNU

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til Samarbeidsorganet HMN-NTNU