Colorectalcancer i Midt-Norge; Ny sekvenseringsteknologi

Colorectalcancer i Midt-Norge; Ny sekvenseringsteknologiTarmkreft (CRC) er en av de vanligste krefttyper i Norge, og langtkommet sykdom gir høy dødelighet. Derfor er det viktig å identifisere personer som tilhører familier med en arvelig disposisjon. Identifikasjon av predisponerende genetiske faktorer, gjør at mutasjonsbærere kan inngå i kontrollopplegg, og dermed kan CRC unngås eller oppdages tidlig.Hovedhensikten med dette prosjektet er å utvikle diagnostiske verktøy for å identifisere individer med økt risiko for CRC. Delprosjekt 1: Hypotesen er at screening av CRC pasienter med molekylære tumortester, vil gi en sikrere identifikasjon av arvelige krefttilfeller (Lynch syndrom), enn å benytte kliniske utvelgelseskriterier. For å teste denne hypotesen er det sekvensert blodprøver fra pasienter som har blitt operert for CRC, og hvor tumoranalyser er utført. Sekvenseringen av gener involvert i Lynch syndrom er gjort med ny teknologi (Roche GS 454 teknologi) i blodprøver fra 115 pasienter operert for tarmkreft, for å se om screening med molekylære tumortester identifiserer alle individer med Lynch syndrom. Etablering av metoden ble publiserte i Hansen et al, 2014. Resultatene visere at tumoranalysene identifiserte de med Lynch syndrom, i alle tilfeller bortsett fra i en pasient. Denne hadde en spesiell variant som vi har beskrevet i Grindedal et al, 2014. Et nytt manuskript er under utarbeidelse for å publisere resultatene fra alle de 115 pasientprøvene. Delprosjekt 2: Pasientgruppen med familiær tarmkreft (ca 25 % av alle med tarmkreft), ser ut til å være arvelig disponert, men genetiske årsaker er ikke funnet.”Exom-sekvensering for å identifisere høyrisiko genvarianter i en familie predisponert for colorectal cancer”, har som mål å benytte ny sekvenseringsteknologi for å finne genetisk årsak til familiens økte risiko for CRC. Denne store familien har vært fulgt opp av helsevesenet siden 1995, uten at det er funnet noen årsak til deres økte risiko. Ved hjelp av ny sekvenseringsteknologi (Illumina plattformen ved NTNU) har vi sekvensert hele den kodende delen av genomet (exomet) til 14 familiemedlemmer. Vi fant den genetiske årsaken i et gen som nylig er blitt funnet å gi økt disposisjon til CRC, og dette vil bli publisert (manuskript under revidering). Delprosjekt 3: For videre å kunne finne genetiske årsaker i pasientgruppen med familiær tarmkreft, er 124 gener blitt analysert i 290 pasientprøver med ny sekvenseringsteknologi. Genene er valgt ut på bakgrunn av at de er rapportert å være assosiert med utvikling av CRC. Pasientprøvene er fra ubeslektede individer som er testet for Lynch syndrom, uten at det er funnet noen feil i genene involvert i dette syndromet. Sekvenseringsanalysene er utført, og de bioinformatiske analysene pågår nå. Resultatene så langt viser at i hvert fall noen familier vil få en forklaring på deres økte risiko for CRC. Delprosjekt 4: har som mål å se om microRNA profil i serum kan benyttes som et diagnostisk verktøy for å identifisere individer med tarmkreft på et tidlig stadium (”Colorectal cancer i Midt-Norge; Identifisering av blod og vevs-baserte biomarkører for tidlig deteksjon, prognostikk og prediksjon av behandlingsrespons”). Vi har publisert en microRNA profil i blod fra pasientprøver som var signifikant forskjellig fra de friske kontrollene (Hofsli & Sjursen et al, 2013). For å verifisere at profilen vi fant i blod, gjenspeiler microRNA profilen i tumorvev, har vi nå sekvensert vevsprøver fra de samme pasientene med ny sekvenseringsteknologi. Disse resultatene blir nå analysert ved hjelp av bioinformatiske verktøy. Fullført mastergrad i 2014: Ragnhild Toft: ”Next-generation sequencing of the MMR-genes MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 in CRC patients; Do tumour analyses identify all Lynch syndrome patients?”, NTNU,