Kjernefasiliteter: Promec, GCF, MRCore, BioCore, CMIC

Kjernefasilitetene ved Fakultet for medisin og helsevitenskapKjernefasiliteter som har mottatt midler i 2020 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Modomics Experimental Core Facility (PROMEC) • Comparative Medicine Core Facility (CoMed) • NeXtmoveI 2020 ble det avgjort å forlenge finansieringen ut 2023 og at en ny vurdering skulle gjøres i 2022 (Møte i Samarbeidsorganet 2020-11-05, sak 43/20). En rapport om aktiviteten ved kjernefasilitetene ble levert til Samarbeidsorganet i 2022 og bevilgning for en ny periode ble innvilget. Midlene som tildeles av HMN har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskere og klinikere i regionen. BioCore gir støtte til bioinformatiske analyser med fokus på high throughput sequence analysis, gene regulation (miRNA, TF, epigenetics), genome stability genome variation (SNPs) og prokaryote gene/protein analysis. CMIC gir tilgang på avanserte mikroskoper, noe som er viktig for flere fagfelt. I tillegg til å være viktig for forskning, brukes også CMIC mye av klinikere til diagnostisering. GCF har gitt forskere og klinikere adgang til genomikkmetoder i verdensklasse. Disse teknologiene er så krevende og utstyrstunge at det er umulig for enkeltforskere å etablere de på egenhånd. Fasiliteten er nå samlokalisert med St. Olavs hospital. MR Core Facility gir tilgang til tungt utstyr det er vanskelig for forskningsgrupper å finansiere selv. Fasiliteten brukes mye til forskning på pasienter og innovasjon av nye MR metoder for bedre pasientbehandling. ProMec tilbyr forskere tjenester innen proteomikk og modomikk. De utarbeider f.eks. et bibliotek med de mest kjente kreftbiomarkørene. CoMed er viktig for preklinisk forskning som bruker dyremodeller. I tillegg er stordyravdelingen deres viktig til opplæring av helsepersonell. NeXtmove er viktig for å tilby forskere og kliniske miljøer utstyr og kompetanse knyttet til undersøkelse av nevrofysiologiske aspekter ved funksjon, bevegelsesevne og fysisk aktivitet og trening. Det er også et sterkt samarbeid med klinikker, spesielt mellom noden for nevrofysiologi og nevrologisk avdeling ved St. Olavs hospital. Betydning for pasient og tjeneste Kjernefasilitetene hjelper en rekke brukere (stort sett forskere) hvert år med et stort spenn av prosjekter. Mange prosjekter ville vært umulig eller veldig vanskelig å gjennomføre uten tilgangen til utstyr som kjernefasilitetene gir.

Kjernefasilitetene ved Fakultet for medisin og helsevitenskapKjernefasiliteter som har mottatt midler i 2020 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Modomics Experimental Core Facility (PROMEC) • Comparative Medicine Core Facility (CoMed) • NeXtmoveI 2020 ble det avgjort å forlenge finansieringen ut 2023 og at en ny vurdering skulle gjøres i 2022 (Møte i Samarbeidsorganet 2020-11-05, sak 43/20). I år (2022) vil det gjennomføres en større prosess med rapportering av kjernefasilitetenes aktivitet gjennom en prosess i Regionalt Infrastrukturutvalg i forbindelse med prosessen om eventuell forlening av finansieringen. Midlene som tildeles av HMN har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskere og klinikere i regionen. BioCore gir støtte til bioinformatiske analyser med fokus på high throughput sequence analysis, gene regulation (miRNA, TF, epigenetics), genome stability genome variation (SNPs) og prokaryote gene/protein analysis. CMIC gir tilgang på avanserte mikroskoper, noe som er viktig for flere fagfelt. I tillegg til å være viktig for forskning, brukes også CMIC mye av klinikere til diagnostisering. GCF har gitt forskere og klinikere adgang til genomikkmetoder i verdensklasse. Disse teknologiene er så krevende og utstyrstunge at det er umulig for enkeltforskere å etablere de på egenhånd. Fasiliteten er nå samlokalisert med St. Olavs hospital. MR Core Facility gir tilgang til tungt utstyr det er vanskelig for forskningsgrupper å finansiere selv. Fasiliteten brukes mye til forskning på pasienter og innovasjon av nye MR metoder for bedre pasientbehandling. ProMec tilbyr forskere tjenester innen proteomikk og modomikk. De utarbeider f.eks. et bibliotek med de mest kjente kreftbiomarkørene. CoMed er viktig for preklinisk forskning som bruker dyremodeller. I tillegg er stordyravdelingen deres viktig til opplæring av helsepersonell. NeXtmove er viktig for å tilby forskere og kliniske miljøer utstyr og kompetanse knyttet til undersøkelse av nevrofysiologiske aspekter ved funksjon, bevegelsesevne og fysisk aktivitet og trening. Det er også et sterkt samarbeid med klinikker, spesielt mellom noden for nevrofysiologi og nevrologisk avdeling ved St. Olavs hospital.

Kjernefasilitetene ved Fakultet for medisin og helsevitenskapKjernefasiliteter som har mottatt midler i 2020 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and metabolomics Core Facility (ProMec) • Comparative Medicine Core Facility (CoMed) • NeXtmoveI 2020 ble det avgjort å forlenge finansieringen ut 2023 (Møte i Samarbeidsorganet 2020-11-05, sak 43/20). Nedstengningen på grunn av koronaepidemien førte til en periode med lavere bruk av kjernefasilitetene enn forventet. Det har også vært jobbet med overgang fra bookingsystemet iLab til labstyringssystemet Bookitlab. Midlene som tildeles av HMN har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes. BioCore har fokusert spesifikt på områder av bioinformatikk de anser som å ha høyest relevans for helseforetakene og helseforskning: Analyser av data fra HTS knyttet opp mot tre hovedområder: 1) analyse og karakteristikk av bakteriegenom, inkludert såkalte metagenom; 2) identifikasjon, analyse og tolkning av genetisk variasjon, inkludert klinisk relevante mutasjoner; og 3) molekylære signaturer for diagnostikk og prognostikk, med spesielt fokus på mikroRNA og mRNA. CMIC gir tilgang på avanserte mikroskoper, noe som er viktig for flere fagfelt. I tillegg til å være viktig for forskning, brukes også CMIC mye av klinikere til diagnostisering. GCF har gitt forskere og klinikere adgang til genomikkmetoder i verdensklasse. Disse teknologiene er så krevende og utstyrstunge at det er umulig for enkeltforskere å etablere de på egenhånd. Fasiliteten er nå samlokalisert med St. Olavs hospital. MR Core Facility gir tilgang til tungt utstyr det er vanskelig for forskningsgrupper å finansiere selv. Fasiliteten brukes mye til forskning på pasienter og innovasjon av nye MR metoder for bedre pasientbehandling. ProMec tilbyr forskere tjenester innen proteomikk og modomikk. De utarbeider f.eks. et bibliotek med de mest kjente kreftbiomarkørene. CoMed er viktig for preklinisk forskning som bruker dyremodeller. I tillegg er stordyravdelingen deres viktig til opplæring av helsepersonell. NeXtmove er viktig for å tilby forskere og kliniske miljøer utstyr og kompetanse knyttet til undersøkelse av nevrofysiologiske aspekter ved funksjon, bevegelsesevne og fysisk aktivitet og trening. Det er også et sterkt samarbeid med klinikker, spesielt mellom noden for nevrofysiologi og nevrologisk avdeling ved St. Olavs hospital.

Kjernefasilitetene ved Fakultet for medisin og helsevitenskap.Kjernefasilitetene har avanserte instrumenter og dataverktøy og medfølgende høy kompetanse som hjelper forskere generere forskningsdata på et høyt internasjonalt nivå.Forskere tar i bruk kjernefasiliteter både i planlegging, søknad og gjennomføring av prosjekter. Siden kjernefasilitetene besitter betydelig kunnskap og erfaring om sine metoder, bidrar dette strekt til å få høy kvalitet på forskningsdata. Kjernefasiliteter som har mottatt midler i 2019 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and metabolomics Core Facility (ProMec) • Comparative Medicine Core Facility (CoMed) • NeXtmove I 2019 har kjernefasilitetene levert en rapport som fokuserte på aktivitet, faglig kvalitet, økonomi og undervisning for perioden 2012-2018, rapporten ble lagt fram for regionalt infrastrukturutvalg i Helse-Midt Norge. Stor nytteverdi I 8 år har kjernefasilitetene fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes. BioCore har fokusert spesifikt på områder av bioinformatikk de anser som å ha høyest relevans for helseforetakene og helseforskning: Analyser av data fra HTS knyttet opp mot tre hovedområder: 1) analyse og karakteristikk av bakteriegenom, inkludert såkalte metagenom; 2) identifikasjon, analyse og tolkning av genetisk variasjon, inkludert klinisk relevante mutasjoner; og 3) molekylære signaturer for diagnostikk og prognostikk, med spesielt fokus på mikroRNA og mRNA. CMIC gir tilgang på avanserte mikroskoper, noe som er viktig for flere fagfelt. I tillegg til å være viktig for forskning, brukes også CMIC mye av klinikere til diagnostisering. GCF har gitt forskere og klinikere adgang til genomikkmetoder i verdensklasse. Disse teknologiene er så krevende og utstyrstunge at det er umulig for enkeltforskere å etablere de på egenhånd. Fasiliteten er nå samlokalisert med St. Olavs hospital. MR Core Facility gir tilgang til tungt utstyr det er vanskelig for forskningsgrupper å finansiere selv. Fasiliteten brukes mye til forskning på pasienter og innovasjon av nye MR metoder for bedre pasientbehandling. ProMec tilbyr forskere tjenester innen proteomikk og modomikk. De utarbeider f.eks. et bibliotek med de mest kjente kreftbiomarkørene. CoMed er viktig for preklinisk forskning som bruker dyremodeller. I tillegg er stordyravdelingen deres viktig til opplæring av helsepersonell. NeXtmove er viktig for å tilby forskere og kliniske miljøer utstyr og kompetanse knyttet til undersøkelse av nevrofysiologiske aspekter ved funksjon, bevegelsesevne og fysisk aktivitet og trening. Det er også et sterkt samarbeid med klinikker, spesielt mellom noden for nevrofysiologi og nevrologisk avdeling ved St. Olavs hospital.

Kjernefasilitetene ved Fakultet for medisin og helsevitenskap.Kjernefasilitetene har spesialiserte instrumenter, dataverktøy og kompetanse som genererer forskningsdata på et høyt internasjonalt nivå.Den tekniske kompetansen er verdifull når forskere ønsker å ta i bruk nye avanserte teknologier, analyseverktøy og forskningsmetoder. Brukere av kjernefasilitetene blir veiledet om bruk av aktuell infrastruktur i hele prosessen fra prosjektsøknad, via prosjekt oppstart og gjennomføring frem til prosjektavslutning. Dette er meget verdifullt både for grunnforskning og klinisk forskning. Kjernefasiliteter som har mottatt midler i 2018 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Metabolomics Core Facility (ProMec) • Comparative Medicine Core Facility (CoMed) • NeXtmove Stor nytteverdi Kjernefasilitetene har i 7 år fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes. Kjernefasilitetene er i gang med å utarbeide en rapport som fokuserer på aktivitet, faglig kvalitet, økonomi og undervisning for perioden 2012 – 2018. Denne rapporten vil bli lagt frem for regionalt infrastrukturutvalg i Helse-Midt Norge.

Kjernefasiliter ved Fakultet for medisin og helsevitenskapKjernefasilitetene har avansert utstyr eller analyseverktøy som krever høy teknisk- og/eller forskningskompetanse, for å få ut forskningsdata med høy internasjonal kvalitet. Den tekniske kompetansen er verdifull når forskere ønsker å ta i bruk nye avanserte teknologier, analyseverktøy og forskningsmetoder.Via den tekniske kompetansen kan man bli veiledet fra prosjektsøknad, via prosjekt oppstart og gjennomføring frem til prosjektavslutning. Dette er meget verdifullt både for grunnforskning og klinisk forskning. Kjernefasiliteter som har mottatt midler i 2017 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Metabolomics Core Facility (ProMec) • Avdeling for komparativ medisin (AKM) • NeXtmove Flere kliniske prosjekter får tjenester utført ved kjernefasilitetene I 2015 ble det gjort en større evaluering av tildeling av midler til kjernefasiliteter i 2015, dette var en bevisstgjøring for kjernefasilitetene mot klinisk samarbeid. Blant annet er kjernefasilitetene brukt til: • NeXt Move kjernefasilitet blir brukt i studien Generasjon 100 som er en av verdens største og mest omfattende intervensjonsstudie på en eldre populasjon. • MR kjernefasiliteten er brukt til å identifisere diagnostiske og prognostiske biomarkører for prostata kreft. • BioCore vært med på et prosjekt som omhandler bruk av helgenomsekvensering av Meticillinresistente Staphyloccus aureus (MRSA) til bruk i diagnostikken. • CMIC er med i et prosjekt som skal finne ut i hvilken grad sonikering er egnet som metode for å løsne bakteriene som antas å kolonisere infiserte proteser. • Promec er involvert i en translasjonell studie hvor man ser etter biomarkører for asbest og tobakk i serumprøver fra HUNT studien. • GCF er med på en undersøkelse om påvisning og analyse av kreft-DNA i blodprøver kan forbedre metodene for klassifisering og behandling av lungekreft. • AKM brukes i flere translasjonsstudier hvor både sykehusansatte og universitetsansatte er involvert. Stor nytteverdi Kjernefasilitetene har i 6 år fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes.

Kjernefasiliteter i Midt-NorgeKjernefasilitetene har avansert utstyr og/eller analyseverktøy som krever høy teknisk- og/eller forskningskompetanse. Målet er å få ut forskningsdata med høy internasjonal kvalitet.Den tekniske kompetansen er verdifull når forskere ønsker å ta i bruk nye avanserte teknologier, analyseverktøy og forskningsmetoder. Via den tekniske kompetansen kan man bli veiledet fra prosjektsøknad, via prosjekt oppstart og gjennomføring frem til prosjektavslutning. Dette er meget verdifullt både for grunnforskning og klinisk forskning. Vi ser at spesielt i aksen mot translasjonsforskning er flere av kjernefasilitetene viktige ressurser med tanke på tilgang til avansert utstyr, kompetanse, nettverk og opplæring. Kjernefasiliteter som har mottatt midler i 2016 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Metabolomics Core Facility (ProMec) • Avdeling for komparativ medisin (AKM) • NeXtmove Stor nytteverdi Kjernefasilitetene har i 5 år fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes. Høsten og vinteren 2016 har Det medisinske fakultet/NTNU hatt dialogmøter med alle kjernefasilitetene for å få informasjon om aktuell teknologi, potensielle brukere og økonomisk status. Denne informasjonen vil bli brukt i 2017 for å sikre god drift og tilgjengelighet ved kjernefasilitetene.

Kjernefasiliteter i Midt-NorgeKjernefasilitetene har avansert utstyr eller analyseverktøy som krever høy teknisk- og/eller forskningskompetanse, for å få ut forskningsdata med høy internasjonal kvalitet.Den tekniske kompetansen er verdifull når forskere ønsker å ta i bruk nye avanserte teknologier, analyseverktøy og forskningsmetoder. Via den tekniske kompetansen kan man bli veiledet fra prosjektsøknad, via prosjekt oppstart og gjennomføring frem til prosjektavslutning. Dette er meget verdifullt både for grunnforskning og klinisk forskning. De fem kjernefasiliteter som har mottatt midler i 2015 fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Metabolomics Core Facility (ProMec) • Avdeling for komparativ medisin (AKM) • NeXtmove Flere kliniske prosjekter får tjenester utført ved kjernefasilitetene Helse Midt-Norge har gjort en større evaluering av tildeling av midler til kjernefasiliteter i 2015 og alle kjernefasilitetene har levert inn en omfattende rapport med regnskap for 3 år tilbake i tid. Disse rapportene viser hvor mye kjernefasilitetene er brukt i klinisk og basal forskning. For utfyllende oppsummering om hvilke kliniske prosjekter som bruker kjernefasilitetene henviser vi til disse rapportene. Stor nytteverdi Kjernefasilitetene har i 4 år fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes.

Kjernefasiliteter ved Det Medisinske Fakultet, NTNU.Kjernefasilitetene har i 3 år fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler.Kjernefasilitetene har avansert utstyr eller analyseverktøy som krever høy teknisk- og/eller forskningskompetanse, for å få ut forskningsdata med høy internasjonal kvalitet. Den tekniske kompetansen er verdifull når forskere ønsker å ta i bruk nye avanserte teknologier, analyseverktøy og forskningsmetoder. Via den tekniske kompetansen kan man bli veiledet fra prosjektsøknad, via prosjekt oppstart og gjennomføring frem til prosjektavslutning. Dette er meget verdifullt både for grunnforskning og klinisk forskning. De fem (av syv) kjernefasiliteter som har mottatt midler fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Metabolomics Core Facility (ProMec) Flere kliniske prosjekter får tjenester utført ved kjernefasilitetene BioCore, GCF og ProMec har forespørsler om analyser på pasientmateriale og materiale fra humane biobanker som f.eks. HUNT biobank. GCF har investert i høykapasitets-sekvenseringsutstyr. Dette utstyret er veldig aktuelt for klinisk forskning, og data fra høykapasitetssekvensering må analyseres ved hjelp av bioinformatikere fra BioCore. Analyser for globalt genuttrykk, metylering og lignende i forbindelse med kliniske prosjekter blir også gjort ved GCF. Dette inkluderer mange fagområder som f.eks. kreft, infeksjon, inflammasjon og mage-tarmsykdommer. ProMec er allerede involvert i proteinprofilering i prøver fra prostata-kreftbiopsier, psoriasislesjoner og myelomatose (benmargskreft), samt metabolittanalyser i plasma. På CMIC er det spesielt histokjemi- og elektronmikroskopi miljøene som har kobling til mange kliniske forskningsprosjekter. Ett eksempel er å se på uttrykk av immunreseptorer i tarm fra pasienter med inflammatoriske sykdommer eller intercellulæravstand som har betydning ved utredning av øsofagitt. MR Core Facility har mange viktige roller i forhold til klinisk forskning. En stor del av MR metabolomikk aktiviteten utgjøres av undersøkelser av vevsprøver fra pasienter. Resultatene fra disse undersøkelsene inngår sammen med andre pasientdata i mange kliniske studier der et viktig mål er å skaffe ny kunnskap for å kunne gi persontilpasset behandlingstilbud «personalized medicine». Stor nytteverdi Kjernefasilitetene har i 3 år fått midler fra Helse Midt-Norge (HMN). Disse midlene har vært essensielle for opprettholdelsen av den faglige kompetansen ved kjernefasilitetene. I tillegg har midlene bidratt til oppdatering av utstyr og delbetaling av serviceavtaler. Uten disse midlene ville vi ikke klart å opprettholde høy kvalitet på instrumenter, tjenester og kompetanse som tilbys ved kjernefasilitetene. Vi ser at vi også i fremtiden vil være avhengig av midler fra HMN for å kunne gi et godt tilbud til forskerne i regionen, dette vil også gjelde nye kjernefasiliteter som opprettes.

Kjernefasiliteter ved Det Medisinske Fakultet, NTNU.Kjernefasiliteter ved Det Medisinske Fakultet/NTNU er et samarbeid med Helse Midt-Norge (HMN). Hensikten med kjernefasilitetene er å gjøre verdifull infrastruktur synlig og tilgjengelig for alle forskere i regionen, men også for andre forskere i Norge. Midlene fra HMN bidrar sterkt til at vi tilgjengeliggjøre verdifull forskningsinfrastruktur.I dag støttes fem av syv kjernefasiliteter ved DMF med midler fra HMN, og støtten har vært uunnværlig for å kunne opprettholde kompetansen ved kjernefasilitetene. De fem kjernefasilitetene som har mottatt midler fra HMN er: • Bioinformatics core facility (BioCore) • Cellular and Molecular Imaging Core Facility (CMIC) • Genomics Core Facility (GCF) • MR core facility • Proteomics and Metabolomics Core Facility (ProMec) Kjernefasilitetene har avansert utstyr eller analyseverktøy som krever høy teknisk- og/eller forskningskompetanse, for å få ut forskningsdata med høy internasjonal kvalitet. Den tekniske kompetansen er verdifull når forskere ønsker å ta i bruk nye teknologier, analyseverktøy og forskningsmetoder. Via den tekniske kompetansen kan man bli veiledet fra prosjektsøknad, via prosjekt oppstart til avslutning. Dette gjøres ved at man tidlig i prosessen tar kontakt med fasiliteten man ønsker å bruke, diskuterer forsøksoppsett og behov for ressurser, slik at dette legges inn i prosjektsøknader. I selve gjennomføringsfasen kan man utføre forsøk selv, eller ved behov få hands-on hjelp til å gjennomføre analyser på prøver som forskeren selv har samlet inn. HMN-midlene har vært jevnt fordelt på de fem fasilitetene i 2013. Fasilitetene har vært gjennom et år hvor tidligere finansiering av tekniske stillinger har blitt trappet ned. Derfor har midlene vært meget viktig for å kunne opprettholde faglig kompetanse tilknyttet instrumentene og analyseverktøyene. Finansiering av tekniske stillinger vil i fremtiden være kjernefasilitetenes utfordring for å kunne beholde verdifull kompetanse tilknyttet avansert utstyr og analyseverktøy. Uten kompetansen rundt utstyret vil det være utfordrende å benytte seg av den opparbeidede infrastrukturen. Kjernefasilitetene har flere brukere som er tilknyttet Helseforetakene i regionen, men størsteparten av dem er tilknyttet St. Olavs hospital. Kjernefasilitetene har kapasitet til å betjene flere brukere, derfor har vi i november og desember vært på en rundtur på sykehusene i regionen for å informere om kjernefasilitetene og hvilken type støtte de kan forvente seg. Spesielt kan det nevnes at HUNT biobank er en viktig forskningsressurs som forskere ved helseforetakene kan benytte seg av. Analyse av prøvemateriale fra HUNT krever høykapasitetsanalyser, noe DMF sine kjernefasiliteter kan utføre. Her er analyser av DNA og RNA som kan bli gjort ved GCF viktige analyser. Besøkene på helseforetakene har vært en fin måte å komme i kontakt med forskere ute i regionen, og vi håper at dette vil gi resultater med tanke på å få flere forskere i helseregionen til å ta i bruk kjernefasilitetene.

Kjernefasiliteter ved Det Medisinske Fakultet, NTNU.I 2012 ble det opprettet kjernefasiliteter ved Det Medisinske Fakultet ved NTNU i samarbeid med Helse Midt-Norge (HMN). Hensikten er å ivareta verdifull infrastruktur, slik at forskerne får mulighet til å forske på internasjonalt nivå. Midler fra HMN har i 2012 blitt brukt til å gjøre en nødvendig oppgradering av instrumentparken ved Promec.Proteomikklaboratoriet ved NTNU har vært en nasjonal node innenfor FUGE II. Da FUGE-programmet ble terminert ved utgangen av 2011, ble det vedtatt at proteomikklaboratoriet skal videreføres som kjernefasilitet: Proteomics and Metabolimics Core Facility (Promec). En forutsetning for at laboratoriet skulle kunne fungere som kjernefasilitet er at utdatert massespektrometriutstyr ble erstattet med utstyr som tilfredsstiller dagens brukerbehov. Promecs viktigste ”arbeidshest” for proteinprofilering i komplekse biologiske prøver har siden 2003 vært et ABI ESI-QStar instrument, som nå i praksis er utdatert. Brukerne har etterspurt i økende grad analyser av ”low-abundance” proteiner, kvantitative analyser av komplekse prøver, samt post-translasjonelle proteinmodifikasjoner. For å imøtekomme dette ble det investert i et nytt MS-instrument; Orbitrap Elite (Thermo Scientific), som vil kunne serve brukere ved NTNU og Midt-Norge i mange år fremover. Orbitrap fra Thermo Scientific er en ny type hybrid-MS-instrument som i dag utgjør en arbeidshest i en rekke proteomikk/metabolomikk kjernefasiliteter internasjonalt. Instrumenteringen ble installert ved Promec i november 2012, og er allerede nå i nær kontinuerlig drift i en uttestingsperiode. Denne blir avsluttet i feb. 2013 med et 1-ukes brukerkurs arrangert av leverandør. Allerede i de to måneder som er gått siden installasjonen er det kommet en rekke nye henvendelser fra ulike forskergrupper, som ønsker å legge inn Orbitrap-analyser i sine pågående prosjekt, samt i planlagt søkte prosjekt. Anskaffelse av Orbitrap-Elite utgjør et sterkt positivt bidrag inn mot alle våre samarbeidsprosjekt. Utstyret er plassert inn og tatt i bruk av høyt kvalifisert personell. DMF sørger for en basisfinansiering, og Institutt for Kreftforskning og Molekylær Medisin finansierer en overingeniørstilling dedikert til instrumentet. Utstyret er tilgjengelig for alle brukere på like vilkår. Bruk av utstyret foregår direkte gjennom et bookingsystem (iLab) som er felles for alle kjernefasilitetene ved DMF. Det er lik brukerbetaling for alle brukere, som igjen vil sørge for drifting av utstyret. Basert på erfaringer fra andre laboratorier (inkl Odense), er Orbitrap-instrumentet svært robust, og krever relativt lite service. Instrumenteringen er dekket av garanti i to år, hvoretter vi i år 3 er dekket av infrastrukturmidler fra HMN, og videreføring av disse vil søkes for de påfølgende år når aktuelt. Det er også et mål at fremtidige servicekontrakter delvis vil kunne dekkes av brukerinnbetalinger. De fem nye kjernefasilitene ved DMF NTNU har eksistert i ca et år, dette gjelder Promec, Genomics Core Facility, Cellular and Molecular Imaging Core Facility, MR Core Facility og Bioinformatics Core Facility. Det er innført lik tilgang for alle mot en brukerbetaling som skal bidra til vedlikehold og opprettholdelse av kompetanse rundt infrastrukturen. Innføring av et felles bookingsystem gjør at det er enkelt å holde oversikt over når utstyret brukes og hvilke inntekter utstyret generer. Overgangen har vært veldig merkbar for enkelte brukere, mens for de som hadde vært bort FUGE-plattformene tidligere var det mindre merkbar overgang. Etter et år i drift ser brukerne generelt sett ut til å være fornøyde, og tilbakemeldinger tilsier at kvaliteten på vedlikehold og tjenester som ytes er bra.