The microbiome in small intestinal Crohns disease

Crohns sykdom (CD) er en kronisk betennelsessykdom som kan ramme hele fordøyelsessystemet, fra munn til endetarm. Det er ikke kjent hvorfor sykdommen oppstår, men årsaken skyldes miljøpåvirkning hos genetisk disponerte personer som fører til en uhensiktsmessig immunrespons i tarmens immunforsvar. Storparten av alle pasienter med CD vil i løpet av livet være i behov for en operasjon. I etterkant av operasjonen vil det hos storparten tilkomme nye betennelsesforandringer i tarmen, betennelsen oppstår da alltid ovenfor (i retning munnhulen) den delen av tarmen ble fjernet ved operasjon. Det er derfor ønskelig å kartlegge bakterie- og soppsammensetningen i den betente delen av tynntarmen, og ovenfor (oralt for) den betente delen av tarmen. Man vet også at avlastning av tarmsystemet ved hjelp av utlagt tarm ovenfor den betente delen av tarmen fører til lindring av betennelsen, videre kan antibiotikabehandling bidra til bedring i sykdomsaktivitet. Dette underbygger at mikrobene i avføringen kan ha betydning for opprettholdelse av sykdommen. Bakterie- og soppsammensetningen i tynntarmen hos pasienter med CD har blitt sammenlignet med friske kontrollpersoner (FK) henvist til utredning, men som viser seg å være friske og ha en frisk tarm. Det har bli tatt vevsprøver fra tynntarmen som har blitt analysert med tanke på bakterie- og soppsammensetning vha sekvensering av bakterie- og sopp DNA. Totalt 51 CD pasienter og 40 FK har blitt inkludert. Bakteriesammensetningen i tynntarmen har blitt analysert hos alle disse pasientene. Resultatene viser at CD pasienter og FK har ulikt bakteriemangfold og bakteriesammensetning. CD pasientene hadde lavere bakteriemangfold og bakteriesammensetningen viste overrepresentasjon av antatt ugunstige bakterier. Vi fant også at CD pasientene hadde signifikant mer av bakterien Tyzzerella 4 enn de friske kontrollene, denne bakterien er assosiert med økt risiko for hjerte-karsykdom. Bakteriemangfold og sammensetning i den betente tynntarmen var ikke forskjellig fra den ikke-betente slimhinnen lengre oppe i tynntarmen, hverken med hensyn på bakteriemangfold, bakteriesammensetning eller ulik representasjon av bakteriearter. Funnene tyder på at pasienter med Crohns sykdom har en ugunstig bakteriesammensetning og lavere mangfold av bakterier sammenlignet med friske, men at lokalisasjon i tynntarm eller betennelse ikke påvirker den tarmnære bakteriekomposisjonen. Soppsammensetningen i tynntarm har blitt analysert hos 44 CD pasienter og 40 FK. Resultatene viser at pasienter med CD har en endret soppflora med endret fordeling av sopparter sammenlignet med FK. Spesifikt har CD pasienter økt mengde Malassezia og redusert mengde Saccharomyces. Når vi sammenlignet soppsammensetningen innad i CD pasienter med betent slimhinne nederst i tynntarmen og ikke-betent slimhinne lengre opp i tynntarm fant vi likt soppmangfold, men ulik soppsammensetning. I betent slimhinne var Candida sake overrepresentert, mens Exophiala equina and Debaryomyces hansenii var overrepresentert i ikke-betent slimhinne lengre oppe i tynntarmen. For hele gruppen av CD pasienter hadde ikke betennelsesstatus i slimhinnen eller lokalisasjon i tynntarm betydning for soppmangfold eller sammensetning. Det foreligger for lite kunnskap til å fastslå hvilken betydning soppsammensetningen har for utvikling og opprettholdelse av sykdommen, men ulik soppsammensetning mellom betent og ikke-betent tarmslimhinne kan tyde på at soppsammensetningen er medvirkende i sykdomsmekanismen. Vi har vist at pasienter med CD har en annerledes bakterie- og soppsammensetning enn FK i tynntarmsslimhinnen. Vi har også vist at det er forskjeller i soppsammensetning mellom betent og ikke-betent slimhinne i tynntarmen til pasienter med CD. Mer forskning er nødvendig for å si hva dette har å si utvikling og opprettholdelse av CD. Vi har også vist at pasienter med CD behandlet med anti-TNF medikamenter hadde en soppsammensetning mer lik FK. Mer forskning er nødvendig for å kunne si om bakterie- og soppsammensetningen kan manipuleres medikamentelt og om dette eventuelt har effekt på sykdommen.