eRapport

Luftveismikrobiomet ved lungesykdom

Prosjekt
Prosjektnummer
911983
Ansvarlig person
Tomas Mikal Eagan
Institusjon
Helse Bergen HF
Prosjektkategori
Åpen prosjektstøtte
Helsekategori
Respiratory
Forskningsaktivitet
2. Aetiology, 4. Detection and Diagnosis
Rapporter
2017
Studien kartlegger luftveismikrobiomet ved forskjellige typer av interstitiell lungesykdom (ILS). Datainnsamlingen startet i desember 2014, og ble avsluttet desember 2016.Studien kartlegger luftveismikrobiomet ved forskjellige typer av interstitiell lungesykdom (ILS), og benytter deltagere fra studien MikroKOLS (The Bergen COPD Microbiome Study) som kontroll materiale. Hovedforskningsspørsmålet er om luftveismikrobiota er endret ved de forskjellige typer interstitiell lungesykdom, sammenlignet med hos pasienter med KOLS; og friske kontroller. Vi undersøker inflammasjonsmarkører i plasma (MIF, IL-8, IL-10, IL-12, IL-13, IL-17A, IL-22, IL-33), BAL væske, ved proteomikk, og spesifikke antimikrobielle peptider (AMP). Vi benytter samme metode for bronksokopisk prøvetaking av mikrobiota i de 2 studiene, . Vi har sekvensert 16S RNA med MiSeq (V3-4 primere) og brukt QIIME for bioinformatikk pipeline. Før hver bronkoskopi tas det prøver av munnmikrobiota, og under tas det prøver fra venstre overlapp (3x sterile børster), høyre underlapp (3 x sterile børster) og bronkioalveolær lavage høyre midtlapp (sterilt innerkateter med 3 x 50 mL sterilt fysiologisk saltvann). ITS genet vil bli sekvensert for å kartlege mykobiomet, vha biotek firmaet Sequentia. Tilsammen er 35 pasienter med kjent sarkoidose i stabil fase bronkoskopert, og 35 pasienter under utredning for ILS; da med antatt ideopatisk lungefibrose (IPF), kryptogen organiserende pneumoni (COP), hypersensitivitetspneumonitt (HP) eller non-spesifikk interstitiell pneumoni (NSIP). Fra studien MikroKOLS har vi 103 friske kontroller. Sekvenseringen ble ferdig sommeren 2017, prøver for mykobiomsekvensering er sendt til Sequentia januar 2018, og analysene av antimikrobielle peptider antatt ferdig 31/1-18. De første resultatene håpes presentert på den europeiske lungelege kongressen (ERS) i september 2018.

Bruker medvirkning hadde nok vært relevant i vår studie, og ville blitt brukt dersom vi hadde designet studien påny. Vi startet i realiteten å designe studien i 2011 - dette er del 2 av en bronkoskopistudie på mikrobiota i luftveiene og deres betydning ved lungesykdom. For del 2 som startet i 2014 brukte vi samme metode som for del 1 av hensyn til behov for metodelikhet. Før 2015 var det relativt lite snakk om brukermedvirkning, og selv om vi mer uformelt har hatt tett kontakt med pasienter og studiedeltagere over mange års langsiktige studier spesielt på KOLS, har vi ikke før laget permanente strukturer som faste grupper av pasienter kunne møte i for eksempel. Med tanke på fremtidige studier er vi i prosessen med å samle noen av de tidligere studiedeltagerne for råd med tanke på problemstillinger og gjennomføring av fremtidige studier.

2016
Studien kartlegger luftveismikrobiomet ved forskjellige typer av interstitiell lungesykdom (ILS), og datainnsamlingen startet i desember 2014, og ble avsluttet desember 2016.Studien kartlegger luftveismikrobiomet ved forskjellige typer av interstitiell lungesykdom (ILS), og benytter deltagere fra studien MikroKOLS (The Bergen COPD Microbiome Study) som kontroll materiale. Hovedforskningsspørsmålet er om luftveismikrobiota er endret ved de forskjellige typer interstitiell lungesykdom, sammenlignet med hos pasienter med KOLS; og friske kontroller. Vi vil også undersøke markører i BAL væske, ved proteomikk, og spesifikke antimikrobielle peptider (AMP). Vi benytter samme metode for bronksokopisk prøvetaking av mikrobiota i de 2 studiene, og samme sekvenseringsmetode (MiSeq, med V3-4 primere) og samme bioinformatikk pipeline (Mothur & QIIME). Før hver bronkoskopi tas det prøver av munnmikrobiota, og under tas det prøver fra venstre overlapp (3x sterile børster), høyre underlapp (3 x sterile børster) og bronkioalveolær lavage høyre midtlapp (sterilt innerkatater med 3 x 50 mL sterilt fysiologisk saltvann). Tilsammen er 35 pasienter med kjent sarkoidose i stabil fase bronkoskopert, og 35 pasienter under utredning for ILS; da med antatt ideopatisk lungefibrose (IPF), kryptogen organiserende pneumoni (COP), hypersensitivitetspneumonitt (HP) eller non-spesifikk interstitiell pneumoni (NSIP). Vi har avventet laboratorieanalyser til alle bronkoskopier er gjennomført, for å få lik laboratoriemetodikk på alle prøvene. DNA ekstraksjonen av prøvene ble startet i januar 2017. Sekvenseringen av de 350 (5 per deltager) prøvene planlegges å være ferdig tidlig høsten 2017.
2015
Studien kartlegger luftveismikrobiomet ved forskjellige typer av interstitiell lungesykdom (ILS), og datainnsamlingen kom godt i gang i 2015, og vil pågå i resten av 2016.Studien kartlegger luftveismikrobiomet ved forskjellige typer av interstitiell lungesykdom (ILS), og benytter deltagere fra studien MikroKOLS (The Bergen COPD Microbiome Study) som kontroll materiale. Hovedforskningsspørsmålet er om luftveismikrobiota er endret ved de forskjellige typer ILS , sammenlignet med hos pasienter med KOLS; og friske kontroller. Vi vil også undersøke markører i BAL væske, ved proteomikk, og spesifikke antimikrobielle peptider (AMP). Vi benytter samme metode for bronksokopisk prøvetaking av mikrobiota i de 2 studiene, og samme sekvenseringsmetode (MiSeq, med V3-4 primere) og samme bioinformatikk pipeline (Mothur & QIIME). Før hver bronkoskopi tas det prøver av munnmikrobiota, og under tas det prøver fra venstre overlapp (3x sterile børster), høyre underlapp (3 x sterile børster) og bronkioalveolær lavage høyre midtlapp (sterilt innerkatater med 3 x 50 mL sterilt fysiologisk saltvann). Så langt er 22 pasienter med kjent sarkoidose i stabil fase bronkoskopert, og 23 pasienter under utredning for ILS; da med antatt ideopatisk lungefibrose (IPF), kryptogen organiserende pneumoni (COP), hypersensitivitetspneumonitt (HP) eller non-spesifikk interstitiell pneumoni (NSIP). Vi planlegger å inkludere ytterligere 15 pasienter med kjent sarkoidose og 20 pasienter under utredning for ILS i løpet av 2016. Vi avventer laboratorieanalyser til alle bronkoskopier er gjennomført, for å få lik laboratoriemetodikk på alle prøvene. Vi håper å starte sekvenseringen siste halvdel av 2016.
Deltagere
  • Sverre Lehmann Prosjektdeltaker
  • Harald G Wiker Prosjektdeltaker
  • Rune Grønseth Postdoktor
  • Kristel Svalland Knudsen Ph.d.-kandidat
  • Tomas Mikal Eagan Prosjektleder
  • Eli Nordeide Prosjektdeltaker

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til Faglig rapportering, Helse Vest

Personvern  -  Informasjonskapsler