Metagenomisk karakterisering av bakterier og sopp i galleprøver fra pasienter med cholangitt og cholecystitt

Metagenomisk karakterisering av bakterier og sopp i galleprøver fra pasienter med cholangitt og cholecystittInnsamlet materiale ferdig sekvensert og analysert. Basert på disse dataene ble det konkludert med at prosjektet var for omfattende til å sammenfattes i en enkelt publikasjon, og at materialet skal splittes på to artikler som omhandler henholdsvis cholangitt og cholecystitt. Cholecystitt-manuskriptet er snart ferdig og forventes innsendt i februar.I prosjektet skulle vi etablere nye metoder for metagenomisk karakterisering av polymikrobielle infeksjoner basert på tre ulike gener: 16S rRNA, rpoB og ITS2. 16S rRNA og rpoB benyttes for å karakterisere bakterier, mens ITS2 er for sopp. Alle metodene er nå veletablert og bidrar til vesentlig bedre kvalitet på sekvenseringsdataene i forhold til tradisjonell 16S metagenomikk som anvender 16S rRNA alene. Våre langsiktige mål knyttet til denne søknaden var at prosjektet skulle inngå i en doktorgrad for Ruben Dyrhovden og at vi skulle anvende den nyetablerte metodologien også på andre polymikrobielle infeksjoner. Dyrhovden er nå fulltids PhD-student med stipend fra Helse-Vest. Av strategiske årsaker valgte vi å først publisere en studie på pleura-empyem (polymikrobiell infeksjon i lungehulen) der beskrivelse av de nyetablerte metodene inngikk (Dyrhovden et al.; The bacterial etiology of pleural empyema. A descriptive and comparative metagenomic study; Clin Microbiol infect, Dec 2018). Alle prøver fra pasienter med cholecystitt og cholangitt ble ferdig sekvensert og analysert i løpet av 2018. Relevante pasientdata er også gjennomgått. Basert på dette ble det besluttet å splitte materialet på to ulike publikasjoner, da det ville blitt for omfattende å beskrive begge infeksjonstypene sammen. Manuskriptet basert på metagenomisk karakterisering av pasienter med cholecystitt er under ferdigstillelse og forventes innsendt i løpet av februar 2019 (Bacteria and fungi in acute cholecystitis. A prospective metagenomic study). Hovedfunnene er at tradisjonell dyrkningsbasert diagnostikk påviste i underkant av 40 % av de tilstedeværende mikrobene, og hadde spesielt lav sensitivitet for anaerobe bakterier, streptokokker og enterokokker. Videre fant vi at enterokokker var assosiert med signifikant lenger liggetid (over 1 uke lenger enn gjennomsnittet) og at dette kan skyldes at anbefalte empiriske antibiotikaregimer ikke er optimale i forhold til enterokokker. Sammenskriving av materialet fra pasienter med cholangitt vil påbegynnes så snart cholecystitt-manuskriptet er innsendt. Også cholangittmaterialet forventes publisert i løpet av 2019.