Single cell transcriptome analysis of breast cancer cells in the sentinel lymph node

Målet med forskningsprosjektet var å undersøke hvordan mikromiljøet til lymfeknutene kan påvirke brystkreftcellene og om det finnes kreftceller i lymfeknutene med ulike potensiale for videre spredning og resistens. For å nå målet skulle det samles inn prøver fra brystkreftpasienter med spredning til lymfeknutene som skulle analyseres ved bruk av enkeltcellesekvensering. Prosjektet har i løpet av prosjektperioden oppnådd målsetningene som var beskrevet i prosjektbeskrivelsen, og prosjektet ble også utvidet til å inkludere flere prøver per pasient pga tilslag på ekstern finansiering. Prosjektet har etablert og fått godkjenninger for innsamling av pasientprøver fra pasienter ved Brystdiagnostisk senter, utviklet protokoller for å prosessere prøvene til enkeltcellesuspensjoner og gjennomført enkeltcellesekvensering av innsamlede prøver. Protokoller for dataanalyse av enkeltcellesekvenseringsprøver har blitt etablert, og prosjektet har også innsamlet offentlig tilgjengelig data fra tilsvarende studier og analysert disse. Videre har det blitt utviklet en EMT (epitelial til mesenkymal transisjon) score, for å kunne score brystkrefttumorer for deres fenotype. EMT scoren er nylig blitt publisert. Prosjektet har også publisert en artikkel, med påfølgende review, på hvordan et spesifikk gen, serglycin, er viktig i EMT, og kan dermed være med i reguleringen av spredningsmekanismen eller behandlingsrespons i brystkreft. Data generert fra enkeltcellesekvenseringen er ikke enda publisert, men flere preliminære funn peker på at kreftcellene endres ved overgangen fra primærtumoren til lymfeknutene, og at disse mekanismene kan ha betydningen for videre spredningspotensiale. Da finansieringen til forskningsprosjektet kun dekte et pilotforsøk, avventes publisering av disse resultatene til dataen har blitt validert i flere pasienter. I løpet av prosjektperioden har prosjektet blitt presenter internt (UiT og UNN), lokalt (TemaMamma), nasjonal (UiO, Norwegian Breast Cancer Group og Nettverk for Brystkreftforskning), og internasjonalt (Uppsala Universitet). Prosjektet har også deltatt aktivt i populærvitenskapelig kommunikasjon. Funnene som er gjort i dette forskningsprosjektet vil kunne ha konsekvenser for primærdiagnostikken for brystkreftpasienter i framtiden. Lymfeknutediagnostikken er kjent for å ha store variasjoner mellom sykehusene i Norge og dermed er det et stort behov for å forbedre metoden. Dette prosjektet legger grunnlaget for å jobbe videre med å få på plass en mer raffinert metode som ikke bare tar for seg tilstedeværelsen av kreftceller i lymfeknutene, men som også vil ha potensiale for å si noe om aggressiviteten til kreftcellene.