eRapport

Mikrobiell Farmakologi og Populasjonsbiologi (MicroPop)

Prosjekt
Prosjektnummer
Strategisk-HN04-14
Ansvarlig person
Pål Johnsen
Institusjon
UiT Norges arktiske universitet
Prosjektkategori
strategisk tildeling
Helsekategori
Infection
Forskningsaktivitet
1. Underpinning, 5. Treatment Development
Rapporter
2019 - sluttrapport
Forskningsgruppen Mikrobiell Farmakologi og Populasjonsbiologi (MicroPop) ved Institutt for Farmasi (IFA) ble startet ved hjelp av miljøstøttetildeling til Pål J Johnsen i 2014. Formell oppstart var januar 2015. Per januar 2020 består gruppen av 18 personer inkludert masterstudenter. Aktiviteten er primært finansiert av ekstern prosjektfinansiering fra EU, NFR, HelseNord, Olav Thon Stiftelsen og Trond Mohn stiftelsen. I løpet fem år har "MicroPop" blitt etablert, konsolidert og vi er per januar 2020 definert som et "toppforskningsmiljø" ut ifra Det Helsevitenskapelige Fakultets (HelseFak) egne utviklingstrinn for forskningsgrupper. Forskere i Micropop hevder seg meget godt internasjonalt, har et sterkt internasjonalt nettverk, publiserer i anerkjente internasjonale tidsskrift og har hatt svært god uttelling på søknader om ekstern forskningsfinansiering. MicroPop fikk forskningspriser ved HelseFak i 2017 og var en av to utvalgte forskningsgrupper ved Fakultetet som konkurrerte om å få status som "Aurora Centre" ved UiT i 2019. MicroPop har i løpet av fem år fått innvilget eksterne søknader for i overkant av 56 millioner kroner inkludert koordinatorrolle i et EU prosjekt. Forskningsgruppens hovedfokus er basal forskning på evolusjon, seleksjon og spredning av antibiotikaresistens. Vår forskning har ikke hatt direkte konsekvenser for helsetjenesten. Indirekte har vi gjennom vårt formidlingsarbeid (TV, aviser, radio og sosiale medier) og foredragsvirksomhet bidratt til et økt fokus på farene rundt antibiotikaresistens. Dette er viktig arbeid som vil bidra til ytterligere reduksjon av unødvendig bruk av antibiotika.

Ikke samarbeid med brukerrepresentanter

2018
Forskningsgruppen Mikrobiell Farmakologi og Populasjonsbiologi (MicroPop) ved Institutt for Farmasi (IFA) ble startet ved hjelp av miljøstøttetildeling til Pål J Johnsen i 2014. Formell oppstart var januar 2015. Per januar 2019 består gruppen av 18 personer inkludert masterstudenter.I 2018 har gruppen startet opp tre eksternfinansierte prosjekter finansiert av Thon stiftelsen, et «FriPro» prosjekt, og konsortium (iResist)- begge fra Norges Forskningsråd. Det er nå to eksternfinanserte forskningsakser med mye overlapp i gruppen: En grunnforskningsakse som omhandler hvordan og hvorfor genetisk diversitet oppstår i bakteriepopulasjoner og en akse på seleksjon og spredning av antibiotikaresistens. Faglig aktivitet: 1. Publikasjoner: totalt 9 artikler publisert av gruppens medlemmer 2. Søknadsaktivitet mot ekstern finansiering: NFR «FriPro» resultat: avslag, karakter 6 (excellent) Bergen forskningsstiftelse: invitert til å skrive full søknad- resultat tidlig 2019.01.10 Konferansedeltakelse, foredrag og formidling 2018: Foredrag: PJ. Johnsen. Evolution of antibiotic resistance in biofilms. March 8, Thon awards seminar, University of Oslo. C. Fröhlich. Development of OXA-48 mediated ceftazidime-avibactam resistance is associated with an evolutionary trade-off. April 24, 2018. European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases PJ. Johnsen. Can we predict Collateral responses in clinical E. coli isolates. May 30- June 2 2018, Wennergren Symposium, Stockholm, Sweden J. Gama. Plasmid interactions: shaping conjugative transfer dynamics”. August 5-10, Plasmid Biology conference in Seattle, USA, K. Harms. The cellular genome as an endogenous mutagen. October 9-12 2018, GMM5/TTA3: 5th Genome Maintenance Meeting and turning the tide of antimicrobial resistance” in Norway PJ. Johnsen. Conserved antibiotic collateral responses in clinical diverse strains of E. coli. 29-30 Oct. 2018, Tromsø, Infection Biology and Antimicrobials National Research School Norway PJ. Johnsen. The cost of antibiotic resistance from the perspective of a bacterium- can we reverse antibiotic resistance. 26-30 Nov 2018- Key Note lecture at National Doctoral Programme in Infections and Antibiotics, Gothenburg, Sweden Ø. Samuelsen. Beta lacams and beta lactamases. 26-30 Nov 2018- Key Note lecture at National Doctoral Programme in Infections and Antibiotics, Gothenburg, Sweden Formidling: PJ. Johnsen. Networking as basis for research collaboration and recruitment. Research group Leader seminar Sept 6th 2018, Sommarøy, Norway. PJ. Johnsen. Fra idé til (finansiert) forskningsprosjekt- erfaringer fra søknadsskrivning og formidling. Nov 1st, 2018- UiT- Norges Arktiske Universitet, Tromsø, Norway Intervjuer og nyhetsoppslag: Intervju «ITromsø» i forbindelse med finansiering fra Thon stiftelsen 07.03. 2018. https://itromso.alda.no/bestillpluss?3&artRefId=16231442&aviskode=IT&targetUrl=https%253A%252F%252Fwww.itromso.no%252F%253Fservice%253DpaywallRedirect%2526articleUrl%253Dhttps%253A%252F%252Fwww.itromso.no%252Fpluss%252Farticle16231442.ece Intervju og artikkel på «Forskning.no» i forbindelse med artikkel publisert i Nature Communications. 12.09. 2018- https://forskning.no/medisiner-uit-norges-arktiske-universitet-partner/norske-forskere-har-funnet-ny-metode-i-kampen-mot-resistente-bakterier/1238241 Intervju og artikkel på «nrk.no» i forbindelse med artikkel publisert i Nature Communications. 12.09. https://www.nrk.no/troms/norske-forskere-med-gjennombrudd-mot-resistente-bakterier-1.14203847 Nyhetsoppslag NRK «Kveldsnytt» og «Nordnytt» i forbindelse med artikkel publisert i Nature Communications. 12.09. Intervju på NRK P1 og P2 i forbindelse med artikkel publisert i Nature Communications. 12.09.

Ingen brukermedvirkning i prosjektet

2017
Forskningsgruppen Mikrobiell Farmakologi og Populasjonsbiologi (MicroPop) ved Institutt for Farmasi (IFA) ble startet ved hjelp av miljøstøttetildeling til Pål J Johnsen i 2014. Formell oppstart var januar 2015. Gruppen vil i løpet av våren 2018 bestå av 17 personer inkludert master og Erasmus studenter.Den vitenskapelige produksjonen i 2017 har vært god. Vi har spisset og fokusert forskningen inn mot hovedaktiviteten i gruppen som er å studere seleksjon og spredning av antibiotikaresistens. Vi har startet opp EU prosjektet (Joint Programme Initiative on Antimicrobial Resistance) som koordineres av P. J. Johnsen og hatt et sterkt fokus på ytterligere ekstern finansiering med svært gode resultater. Faglig aktivitet: 1. Publikasjoner: totalt 13 stk- spesifisert under "Forskningsproduksjon". 2. Søknadsaktivitet mot ekstern forskningsfinansiering: innvilgede søknader i 2017: NFR FriPro: Klaus Harms prosjektleder (P. Johnsen medsøker)- "Molecular and evolutionary characterization of short-patch double illegitimate recombination, a recently discovered mutation mechanism"- Søknad innvilget (ca. 7,7 mio NOK) NFR Helse EU: P. Johnsen prosjektleder. "iResist: Infeksjonsbiologi og antibiotikaresistens i et enhelse-perspektiv: fra epidemiologi til nye antibakterielle behandlingsstrategier"- Søknad innvilget (2 mio NOK). Olav Thon Stiftelsen: P Johnsen (UIT), Hanne Ingmar (Københavns Universitet) og Dan Andersson (Uppsala Universitet): "Development of antibiotic resistance in bacterial biofilms"- Søknad innvilget (10 mio NOK). Konferansedeltakelse, foredrag og formidling: PJ Johnsen "Chair" ECCMID 2017, 22-25 april (Vien)- ECCMID er en av de største og mest innflytelsesrike kongresser i infeksjonsfeltet. MicroPop stilte med poster på ECCMID 2017- Presentert av Nicole Podnecky- "Sign, magnitude and generality of collateral susceptibility networks in clinical E. coli strains" PJ Johnsen Invitert foredragsholder "Bioingeniørdagen" 2017, Tromsø- "Er antibiotikaresistens reverserbart?" PJ Johnsen (2017): "Reversal of antibiotic resistance- easy to get but hard to loose." Advanced antimicrobial resistance course (MBI-8005). Tromsø, Norway. PJ Johnsen (2017): "Selection inversion strategies" Advanced antimicrobial resistance course (MBI-8005). Tromsø, Norway. Samuelsen Ø (2017) ESBLCARBA. Kurs i resistensbestemmelse av mikrober ”AFA-kurset”. Oslo, Norway Samuelsen Ø (2017) ESBLA and ESBLM. Kurs i resistensbestemmelse av mikrober ”AFA-kurset”. Oslo, Norway Samuelsen Ø (2017) Challenges in Gram-negative resistance – β-lactamases and colistin resistance. Advanced antimicrobial resistance course (MBI-8005). Tromsø, Norway. Samuelsen Ø (2017) Whole genome sequencing for antimicrobial susceptibility testing. Advanced antimicrobial resistance course (MBI-8005). Tromsø, Norway. Samuelsen Ø (2017) Carbapenem and colistin resistance in Gram-negatives – mechanisms and epidemiology. 34th Annual Meeting of the Nordic Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. Torshavn, Faroe Islands (Invited speaker) Samuelsen Ø (2017) Resistance databases. NordicAST Workshop (meet-the-expert session). Gothenburg, Sweden (Invited speaker). Samuelsen Ø (2017) Genomic epidemiology of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Norway. Turning the Tide of Antimicrobial Resistance (TTA) – Goes Nordic. Oslo, Norway (Invited speaker) Samuelsen Ø (2017) Helgenomsekvensering/hurtigdiagnostikk (Whole genome sequencing/rapid diagnostics). Bioingeniørdagen 2017. Tromsø, Norway (Invited speaker) Kronikk i Aftenposten- "Det er ikke nok å redusere bruken av antibiotika- vi trenger nye. Og noen må betale." PJ Johnsen og Ø Samuelsen sammen med A. Sundsfjord, GS Simonsen og K Hegstad. Publisert 27/3 2017
Vitenskapelige artikler
Zykov IN, Frimodt-Møller N, Småbrekke L, Sundsfjord A, Samuelsen Ø

Efficacy of mecillinam against clinical multidrug-resistant Escherichia coli in a murine urinary tract infection model.

Int J Antimicrob Agents 2020 Feb;55(2):105851. Epub 2019 nov 23

PMID: 31770624

Fröhlich C, Sørum V, Thomassen AM, Johnsen PJ, Leiros HS, Samuelsen Ø

OXA-48-Mediated Ceftazidime-Avibactam Resistance Is Associated with Evolutionary Trade-Offs.

mSphere 2019 03 27;4(2). Epub 2019 mar 27

PMID: 30918055

Kildahl-Andersen G, Schnaars C, Prandina A, Radix S, Le Borgne M, Jordheim LP, Gjøen T, Andresen AMS, Lauksund S, Fröhlich C, Samuelsen Ø, Rongved P, Åstrand OAH

Synthesis and biological evaluation of zinc chelating compounds as metallo-β-lactamase inhibitors.

Medchemcomm 2019 Apr 01;10(4):528-537. Epub 2019 mar 8

PMID: 31057732

Elstrøm P, Astrup E, Hegstad K, Samuelsen Ø, Enger H, Kacelnik O

The fight to keep resistance at bay, epidemiology of carbapenemase producing organisms (CPOs), vancomycin resistant enterococci (VRE) and methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in Norway, 2006 - 2017.

PLoS One 2019;14(2):e0211741. Epub 2019 feb 4

PMID: 30716133

Granslo HN, Aarag Fredheim EG, Esaiassen E, Christophersen L, Jensen PØ, Mollnes TE, Moser C, Flaegstad T, Klingenberg C, Cavanagh JP

The synthetic antimicrobial peptide LTX21 induces inflammatory responses in a human whole blood model and a murine peritoneum model.

APMIS 2019 Jun;127(6):475-483. Epub 2019 apr 26

PMID: 30916807

Dionisio F, Zilhão R, Gama JA

Interactions between plasmids and other mobile genetic elements affect their transmission and persistence.

Plasmid 2019 03;102():29-36. Epub 2019 feb 14

PMID: 30771401

Hülter N, Sørum V, Borch-Pedersen K, Liljegren MM, Utnes AL, Primicerio R, Harms K, Johnsen PJ

Costs and benefits of natural transformation in Acinetobacter baylyi.

BMC Microbiol 2017 Feb 15;17(1):34. Epub 2017 feb 15

PMID: 28202049

Podnecky NL, Fredheim EGA, Kloos J, Sørum V, Primicerio R, Roberts AP, Rozen DE, Samuelsen Ø, Johnsen PJ.

Conserved collateral antibiotic susceptibility networks in diverse clinical strains of Escherichia coli.

Nat Commun. 2018 Sep 10;9(1):3673. doi: 10.1038/s41467-018-06143-y.

Haldorsen B, Giske CG, Hansen DS, Helgason KO, Kahlmeter G, Löhr IH, Matuschek E, Österblad M, Rantakokko-Jalava K, Wang M, Småbrekke L, Samuelsen Ø, Sundsfjord A; NordicAST CPE Study Group.

Performance of the EUCAST disc diffusion method and two MIC methods in detection of Enterobacteriaceae with reduced susceptibility to meropenem: the NordicAST CPE study

J Antimicrob Chemother. 2018 Oct 1;73(10):2738-2747. doi: 10.1093/jac/dky276.

Schnaars C, Kildahl-Andersen G, Prandina A, Popal R, Radix S, Le Borgne M, Gjøen T, Andresen AMS, Heikal A, Økstad OA, Fröhlich C, Samuelsen Ø, Lauksund S, Jordheim LP, Rongved P, Åstrand OAH.

Synthesis and Preclinical Evaluation of TPA-Based Zinc Chelators as Metallo-β-lactamase Inhibitors.

ACS Infect Dis. 2018 Sep 14;4(9):1407-1422. doi: 10.1021/acsinfecdis.8b00137. Epub 2018 Aug 2.

Roer L, Overballe-Petersen S, Hansen F, Schønning K, Wang M, Røder BL, Hansen DS, Justesen US, Andersen LP, Fulgsang-Damgaard D, Hopkins KL, Woodford N, Falgenhauer L, Chakraborty T, Samuelsen Ø et. al

Escherichia coli Sequence Type 410 Is Causing New International High-Risk Clones.

mSphere. 2018 Jul 18;3(4). pii: e00337-18. doi: 10.1128/mSphere.00337-18.

Zykov IN, Samuelsen Ø, Jakobsen L, Småbrekke L, Andersson DI, Sundsfjord A, Frimodt-Møller N.

Pharmacokinetics and Pharmacodynamics of Fosfomycin and Its Activity against Extended-Spectrum-β-Lactamase-, Plasmid-Mediated AmpC-, and Carbapenemase-Producing Escherichia coli in a Murine Urinary Tract Infection Model.

Antimicrob Agents Chemother. 2018 May 25;62(6). pii: e02560-17. doi: 10.1128/AAC.02560-17. Print 2018 Jun.

Pedersen T, Sekyere JO, Govinden U, Moodley K, Sivertsen A, Samuelsen Ø, Essack SY, Sundsfjord A.

Spread of Plasmid-Encoded NDM-1 and GES-5 Carbapenemases among Extensively Drug-Resistant and Pandrug-Resistant Clinical Enterobacteriaceae in Durban, South Africa.

Antimicrob Agents Chemother. 2018 Apr 26;62(5). pii: e02178-17. doi: 10.1128/AAC.02178-17. Print 2018 May.

Rapp E, Samuelsen Ø, Sundqvist M.

Detection of carbapenemases with a newly developed commercial assay using Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight.

J Microbiol Methods. 2018 Mar;146:37-39. doi: 10.1016/j.mimet.2018.01.008. Epub 2018 Feb 3

Taiaroa G, Samuelsen Ø, Kristensen T, Økstad OAL, Heikal A.

Complete Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa K34-7, a Carbapenem-Resistant Isolate of the High-Risk Sequence Type 233.

Microbiol Resour Announc. 2018 Aug 2;7(4). pii: e00886-18. doi: 10.1128/MRA.00886-18. eCollection 2018 Aug.

Igumnova EM, Mishchenko E, Haug T, Blencke HM, Sollid JUE, Fredheim EGA, Lauksund S, Stensvåg K, Strøm MB

Amphipathic sulfonamidobenzamides mimicking small antimicrobial marine natural products; investigation of antibacterial and anti-biofilm activity against antibiotic resistant clinical isolates.

Bioorg Med Chem 16;25(17): 4930-4941. doi: 10.1016/j.bmc.2018.08.032. Epub 2018 Aug 28.

Nicole L Podnecky, Elizabeth GA Fredheim, Julia Kloos, Vidar Sorum, Raul Primicerio, Adam P Roberts, Daniel E Rozen, Orjan Samuelsen, Pal J Johnsen

Conserved collateral susceptibility networks in diverse clinical strains of Escherichia coli.

BioRxive 2018, doi: https://doi.org/10.1101/248872

Rapp E, Samuelsen Ø, Sundqvist M

Detection of carbapenemases with a newly developed commercial assay using Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight.

J Microbiol Methods. Jan 19. pii: S0167-7012(18)30017-4. doi: 10.1016/j.mimet.2018.01.008. [Epub ahead of print], 2018

Samuelsen Ø, Hansen F, Aasnæs B, Hasman H, Lund BA, Leiros HS, Lilje B, Janice J, Jakobsen L, Littauer P, Søes LM, Holzknecht BJ, Andersen LP, Stegger M, Andersen PS, Hammerum AM.

Dissemination and characteristics of a novel plasmid-encoded carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamase, OXA-436 from four patients involving six different hospitals in Denmark.

Antimicrob Agents Chemother. 62(1) e01260-17, 2018

Charnock C, Samuelsen Ø, Nordlie AL, Hjeltnes B.

Use of a commercially available microarray to characterize antibiotic-resistant clinical Isolates of Klebsiella pneumoniae.

Curr Microbiol. 75:163–172, 2018

Samuelsen Ø, Overballe-Petersen S, Bjørnholt JV, Brisse S, Doumith M, Woodford N, Hopkins KL, Aasnæs B, Haldorsen B, Sundsfjord A, on behalf of The Norwegian Study Group on CPE.

Molecular and epidemiological characterization of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in Norway 2007 to 2014.

PLoS ONE 12(11):e0187832, 2018

Knudsen PK, Brandtzaeg P, Høiby EA, Bohlin J, Samuelsen Ø, Steinbakk M, Abrahamsen TG, Müller F, Gammelsrud KW.

Impact of extensive antibiotic treatment on faecal carriage of antibiotic-resistant enterobacteria in children in a low resistance prevalence setting.

PLoS One. Nov 7;12(11):e0187618, 2017

Heikal A, Samuelsen Ø, Kristensen T, Økstad OA.

Complete genome sequence of a multidrug-resistant blaNDM-1-expressing Klebsiella pneumoniae K66-45 clinical isolate from Norway.

Genome Announc. 5(27). pii: e00601-17, 2017

Skagseth S, Christopeit T, Akhter S, Bayer A, Samuelsen Ø, Leiros HS.

Structural insights into TMB-1 and the role of residue 119 and 228 and inhibitor binding.

Antimicrob. Agents Chemother. 61:e02602-16 , 2017

Skagseth S, Akhter S, Paulsen MH, Muhammad Z, Lauksund S, Samuelsen Ø, Leiros HS, Bayer A.

Metallo-β-lactamase inhibitors by bioisosteric replacement: preparation, activity and binding.

Eur. J. Med. Chem. 135:159-173, 2017

Berg ES, Wester AL, Ahrenfeldt J, Mo SS, Slettemeås JS, Steinbakk M, Samuelsen Ø, Grude N, Simonsen GS, Löhr IH, Jørgensen SB, Tofteland S, Lund O, Dahle UR, Sunde M.

Norwegian patients and retail chicken meat share cephalosporin-resistant Escherichia coli and IncK/blaCMY-2 resistance plasmids.

Clin. Microbiol. Infect. 23(6):407.e9-407.e15, 2017

Ellington MJ, Ekelund O, Aarestrup FM, Canton R, Doumith M, Giske C, Grundman H, Hasman H, Holden MT, Hopkins KL, Iredell J, Kahlmeter G, Köser CU, MacGowan A, Mevius D, Mulvey M, Naas T, Peto T, Rolain JM, Samuelsen Ø, Woodford N.

The role of whole genome sequencing in antimicrobial susceptibility testing of bacteria: report from the EUCAST Subcommittee

Clin. Microbiol. Infect. 23(1):2-22., 2017

Di Luca MC, Sørum V, Starikova I, Kloos J, Hülter N, Naseer U, Johnsen PJ, Samuelsen Ø.

Low biological cost of carbapenemase-encoding plasmids following transfer from Klebsiella pneumoniae to Escherichia coli.

J. Antimicrob. Chemother. 72(1):85-89., 2017

Deltagere
  • Joachim Hegstad Prosjektdeltaker
  • Angie Carola Rios Prosjektdeltaker
  • Emma L Øynes Prosjektdeltaker
  • Anna Sollied Møl Prosjektdeltaker
  • Mikkel Meyn Liljegren Prosjektdeltaker
  • Christopher Frøhlich Doktorgradsstipendiat
  • Maria Elena Putz Prosjektdeltaker
  • Ørjan Samuelsen Prosjektleder
  • Raul Primicerio Prosjektdeltaker
  • Elizabeth G Arag Fredheim Prosjektdeltaker
  • Klaus Harms Prosjektleder
  • Vidar Sørum Postdoktorstipendiat
  • Nicole Podnecky Postdoktorstipendiat
  • Julia Maria Kloos Doktorgradsstipendiat
  • Marie Hella Lindberg Prosjektdeltaker
  • Francois Cleon Prosjektdeltaker
  • Jonina Gudmundsdottir Doktorgradsstipendiat
  • Joao Gama Postdoktorstipendiat
  • Pål Jarle Johnsen Forskningsgruppeleder
  • Maria Chiara Di Luca Postdoktorstipendiat
  • Elizabeth G Aarag Fredheim Prosjektdeltaker

eRapport er utarbeidet av Sølvi Lerfald og Reidar Thorstensen, Regionalt kompetansesenter for klinisk forskning, Helse Vest RHF, og videreutvikles av de fire RHF-ene i fellesskap, med støtte fra Helse Vest IKT

Alle henvendelser rettes til eRapport, Helse Nord

Personvern  -  Informasjonskapsler